当阳鱼腥草花叶病病原分子鉴定

明确当阳鱼腥草花叶病致病菌种类,为当阳鱼腥草花叶病的田间防治提供依据。采集鱼腥草花叶叶片提取当阳鱼腥草典型病样的总RNA,利用sRNA深度测序,结合生物信息学分析初步确定病原菌,利用该病毒外壳蛋白(CP)特异性引物进行RT-PCR检测,所得序列进行BLAST比对和系统进化树构建,以进一步确定病原菌种类。利用sRNA深度测序和生物信息学初步确定鱼腥草花叶病致病菌为黄瓜花叶病毒(CMV),特异性引物扩增得到878 bp特异性条带,经BLAST比对发现其与已发表的CMV序列高度同源,相似性最高达97.84%。通过CMV病毒CP基因的核苷酸序列构建系统进化树可得鱼腥草花叶病病毒属于CMV亚组Ⅱ。引起鱼腥草花叶病的病原属于黄瓜花叶病毒Ⅱ亚组,研究结果为鱼腥草花叶病防治提供了理论基础。

内蒙古籽用西葫芦病毒病病原鉴定

【目的】对内蒙古自治区籽用西葫芦病毒病进行病原鉴定,并确定其分类地位,为该地区籽用西葫芦病毒病的防治提供理论依据。【方法】以采自内蒙古土默特左旗具有典型花叶症状的籽用西葫芦叶片为材料,对其进行sRNA深度测序和RT-PCR检测,并对所得序列进行一致性分析和构建系统发育进化树。【结果】对具有典型花叶症状的籽用西葫芦叶片的sRNA测序结果进行拼接,在数据库中比对共注释到14种病毒,其中西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)、小西葫芦黄化花叶病毒(Zuchhini yellow mosaic virus,ZYMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)所占比例较高,分别为59.48%,20.70%和13.70%,这说明内蒙古自治区籽用西葫芦病毒病为多种病毒混合侵染引起。RT-PCR扩增除了检测到WMV、ZYMV和CMV外,还检测到马蹄莲潜隐病毒(Calla lily latent virus,CLLV)的外壳蛋白特异性条带。系统进化树分析显示,2个籽用西葫芦ZYMV分离物(MK002236和MK002237)与伊朗蚜虫ZYMV分离物(KU528623)聚合在同一支;籽用西葫芦Z1样品WMV分离物(MK015646)与意大利柑橘WMV分离物(FJ823122)亲缘关系最近,而Z2样品WMV分离物(MK015645)则与法国甜瓜WMV分离物、法国未知作物WMV分离物、法国西葫芦WMV分离物以及Z1样品WMV分离物(MK015646)和意大利柑橘WMV分离物形成一个大分支。【结论】内蒙古籽用西葫芦病毒病主要病原为WMV、ZYMV和CMV,自然条件下常发生复合侵染。籽用西葫芦上最初的WMV和ZYMV可能由媒介昆虫或人从其他作物上传播而来,也可能是通过籽用西葫芦种子进口、国内调运而传播到本地的。

海南文心兰切花品种病毒病的分子鉴定

【目的】文心兰切花产业占我国70%的市场,已经成为海南省重要的热带花卉支柱产业之一。文心兰生长过程中易受病毒的侵染,严重影响其植株生长、叶片发育、花形花色,同时降低其观赏价值,开展海南文心兰切花品种叶片病毒病的系统性分子鉴定有助于病害防治。【方法】本研究以海口、文昌、乐东、三亚、五指山、保亭、琼海、儋州8个主产区县市采集的12个品种共178份文心兰疑似病毒感染样品为试验材料,通过RT-PCR及小RNA(sRNA)深度测序技术进行病原分子鉴定,克隆其CP基因并进行生物信息学分析。【结果】1)海南文心兰疑似病毒感染样品叶片呈现褪绿状斑或条纹、黄化雾状斑、皱缩、黑色坏色斑等症状,且不同品种间存在差异,主要侵染病毒为建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus, CymMV)和齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus, ORSV);2)建兰花叶病毒海南分离物CymMV-HN和齿兰环斑病毒海南分离物ORSV-HN的CP基因核酸序列长度分别为672和477 bp,编码223和158个氨基酸,与已报道的病毒CP基因序列具有较高的同源性,表明在进化过程中具有较高的保守性;3)s RNA深度测序共获得26 976 941条raw reads,过滤后得到26 039 391条clean reads,拼接后获得1 256个Contigs,在Nr等数据库中共同注释到66个contigs,在CymMV和ORSV基因组数据库中分别注释到56和39个contigs,表明海南文心兰病毒病主要由CymMV和ORSV侵染而导致。【结论】CymMV和ORSV是海南文心兰感病的主要病毒类型。