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白菜种子cDNA酵母文库的构建及BrTTG1互作蛋白的筛选及分析
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作者 任延靖 张鲁刚 +2 位作者 赵孟良 李江 邵登魁 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期223-232,共10页
【目的】通过构建白菜种子的cDNA文库,筛选WDR 40蛋白TRANSPARENT TESTA GLABRA 1(TTG1)的互作蛋白,探究TTG1参与MBW三元复合体调控种皮原花青素形成的分子机制。【方法】以棕籽白菜自交系‘B147’的种子为材料,提取总RNA并建立cDNA文库... 【目的】通过构建白菜种子的cDNA文库,筛选WDR 40蛋白TRANSPARENT TESTA GLABRA 1(TTG1)的互作蛋白,探究TTG1参与MBW三元复合体调控种皮原花青素形成的分子机制。【方法】以棕籽白菜自交系‘B147’的种子为材料,提取总RNA并建立cDNA文库,通过gateway技术构建诱饵载体pGBKT7-TTG1并进行酵母双杂交筛库。【结果】酵母文库库容为1.2×10^(7)CFU,文库滴度是5.0×10^(7)CFU/mL,插入片段平均长度大于1000 bp,诱饵载体在酵母中无自激活活性。通过构建的诱饵载体pGBKT7-TTG1与构建的cDNA文库杂交,共获得了38个阳性互作蛋白,功能预测显示其中一个蛋白注释为MYB转录因子,注释为MYB73,序列分析结果显示该基因含有R2R3-MYB型抑制子保守基序C1和C2,推测该基因为白菜中参与种皮颜色形成的R2R3-MYB型抑制子,暗示着白菜中可能存在不同MYB转录因子参与的调控网络,影响着原花青素的形成。【结论】本研究构建了白菜种子组织的酵母双杂交cDNA文库,获得了38个TTG1阳性互作蛋白,首次挖掘到了可能影响白菜种皮颜色原花青素形成的R2R3-MYB型抑制子MYB73,为后期探究白菜种皮原花青素的调控网络奠定良好的基础。 展开更多
关键词 白菜种皮颜色 cdna文库 酵母双杂交 互作蛋白 MYB73 基因克隆 表达分析
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Molecular Cloning of a Thiol Proteinase Inhibitor Gene and Its Expression in E.coli
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作者 周兆斓 《High Technology Letters》 EI CAS 1996年第2期89-94,共6页
A cDNA library was constructed with 1.5×10~6 pfu from rice immature seeds,fromwhich a cDNA clone for rice thiol proteinase inhibitor,oryzacystatin(OC),was isolated byscreening with synthesized oligodeoxynucleotid... A cDNA library was constructed with 1.5×10~6 pfu from rice immature seeds,fromwhich a cDNA clone for rice thiol proteinase inhibitor,oryzacystatin(OC),was isolated byscreening with synthesized oligodeoxynucleotide probe,which contained a 309bp open read-ing frame,84bp 5′-end noncoding region and a poly(A)signal AATAAA at the 3′-end fol-lowed by 31Nt poly(A).Then the coding region of OC was amplified and inserted into thedownstream of λP_RP_L promoter for thermal-inducible expression in E.coli.Shifting the cul-ture temperature from 30℃ to 42℃ led to a high level expression of OC,which exhibited adistinct band of 12.0 kDa and accounted for at least 10% of the total soluble proteins fromSDS-PAGE.The papain-inhibitory activity of the expressed OC was further confirmed. 展开更多
关键词 Rice cdna library THIOL PROTEINASE inhibitor Insect-resistant GENE Sequence analysis High level expression
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从大肠癌组织cDNA表达文库筛选肿瘤抗原基因 被引量:6
3
作者 何敬东 周高速 +4 位作者 肖冰 李旭 刘宇虎 张振书 南清振 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期382-384,共3页
目的利用肿瘤患者血清筛选大肠癌cDNA噬菌体表达文库,寻找肿瘤特异性抗原基因。方法采用SMART技术构建中国人大肠癌cDNA噬菌体表达文库。用SEREX方法筛选中国人大肠癌组织cDNA噬菌体表达文库。对获得的阳性克隆片段进行测序、鉴定和BLAS... 目的利用肿瘤患者血清筛选大肠癌cDNA噬菌体表达文库,寻找肿瘤特异性抗原基因。方法采用SMART技术构建中国人大肠癌cDNA噬菌体表达文库。用SEREX方法筛选中国人大肠癌组织cDNA噬菌体表达文库。对获得的阳性克隆片段进行测序、鉴定和BLAST同源性比较,并对其生物信息进行分析。结果成功地构建了大肠癌cDNA噬菌体表达文库,原始文库含2.39×106个重组子,重组率达到97.5%,文库扩增后滴度达到4.1×1010pfu/ml。插入外源性cDNA片段的大小为0.5~4.0kb。SEREX筛选共获得16个阳性克隆,代表12个不同抗原基因,其中10个基因片段为已知抗原基因,如IFITM1、CD24、Survivin、KLK6等,2个为未知EST片段。根据序列分析,筛选出的抗原基因有结构基因、调节基因、代谢相关基因等。结论利用SEREX方法筛选出大肠肿瘤相关抗原基因并获得2个肿瘤抗原候选基因。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 SEREX抗原基因 cdna表达文库
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青杄均一化cDNA文库构建及EST序列分析 被引量:17
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作者 张盾 刘亚静 +2 位作者 李长江 曹一博 张凌云 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期71-76,共6页
以青杄花粉和针叶为材料,将青杄全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了其非剪切型全长cDNA原始文库,利用基因组DNA饱和杂交技术对原始cDNA文库进行均一化处理,构建青杄的均一化全长cDNA文库。文库的总库容量为1.1×106CFU/... 以青杄花粉和针叶为材料,将青杄全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了其非剪切型全长cDNA原始文库,利用基因组DNA饱和杂交技术对原始cDNA文库进行均一化处理,构建青杄的均一化全长cDNA文库。文库的总库容量为1.1×106CFU/mL,平均插入片段长度大于1.0 kb,重组率大于95%。定量RT-PCR检测表明,青杄高丰度表达基因EF1-α在均一化cDNA文库中的表达量下降了约41倍。接着对文库中随机的5 144个克隆进行了测序,获得高质量的有效EST(expressedsequence tag)序列为5 144条,经拼接共获得单一基因(unigene)为2 717个,其中包括片段重叠群(contig)628个和单一EST序列(singlet)2 089个。NCBI同源比对分析表明,其中1 887个序列unigenes获得分子功能注释,这些EST涉及细胞生长、信号转导、转录、抗逆、能量代谢等功能。这些数据有助于对青杄的相关功能蛋白及分子机制开展进一步的研究。 展开更多
关键词 青杄 均一化 cdna文库 EST序列分析
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华北大黑鳃金龟中肠丝氨酸蛋白酶cDNA克隆、序列分析及表达 被引量:9
5
作者 刘海明 郑桂玲 +1 位作者 李长友 周洪旭 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期147-155,共9页
丝氨酸蛋白酶是昆虫体内一类重要的消化酶,为了了解该类酶的分子特性及功能,本研究利用粉纹夜蛾Trichoplusia ni围食膜蛋白多克隆抗体筛选华北大黑鳃金龟Holotrichia oblita中肠cDNA表达文库,首次得到编码华北大黑鳃金龟丝氨酸蛋白酶cDN... 丝氨酸蛋白酶是昆虫体内一类重要的消化酶,为了了解该类酶的分子特性及功能,本研究利用粉纹夜蛾Trichoplusia ni围食膜蛋白多克隆抗体筛选华北大黑鳃金龟Holotrichia oblita中肠cDNA表达文库,首次得到编码华北大黑鳃金龟丝氨酸蛋白酶cDNA序列,命名为HoSP1(GenBank登录号为FJ573146)。序列分析表明,该基因长902bp,开放阅读框(ORF)长783bp,编码260个氨基酸,推测分子量和pI值分别为26.7kDa和4.19,不含有N-糖基化位点,但在Thr157处有一个O-糖基化位点,含有6个保守的半胱氨酸残基,组成3对二硫键,对于维持蛋白质的三级结构起着重要的作用。通过与几种丝氨酸蛋白酶的比对发现,该酶具有组氨酸(His)、天冬氨酸(Asp)、丝氨酸(Ser)催化中心,与褐新西兰肋翅鳃金龟Costelytra zealandica的14种丝氨酸蛋白酶有明显的相似性,其中与CzSP3的序列一致性最高,为52.47%。把该基因与pET21b载体重组后,进行体外表达,以BTEE为底物,测得该酶的活力为0.0378μmol/mg·min。HoSP1基因的克隆及体外表达为进一步研究该酶在华北大黑鳃金龟体内的表达及功能提供了依据。 展开更多
关键词 华北大黑鳃金龟 cdna表达文库 丝氨酸蛋白酶 序列分析 体外表达
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棉铃虫幼虫唾液腺cDNA文库的构建及EST分析 被引量:8
6
作者 张帅 崔金杰 +2 位作者 王春义 雒珺瑜 吕丽敏 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期625-633,共9页
棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)幼虫唾液中的各种酶类及各种生化组分在棉铃虫与植物相互作用及协同进化中起到重要作用;唾液腺是棉铃虫唾液成分的合成器官。本研究通过构建棉铃虫幼虫唾液腺全长cDNA文库,测序得到1502条EST序... 棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)幼虫唾液中的各种酶类及各种生化组分在棉铃虫与植物相互作用及协同进化中起到重要作用;唾液腺是棉铃虫唾液成分的合成器官。本研究通过构建棉铃虫幼虫唾液腺全长cDNA文库,测序得到1502条EST序列,聚类分析后获得821个unigenes,为筛选棉铃虫与寄主互作信号因子提供基因信息资源。使用Blast2GO软件对821个unigenes进行了比对和功能注释,初步获得棉铃虫幼虫唾液腺中mRNA的构成特征。结果显示,在棉铃虫唾液腺ESTs文库中,鉴定得到脂类相关消化酶基因17个,糖类相关消化酶基因5个,半胱氨酸蛋白酶基因1个,丝氨酸蛋白酶基因20个(其中16个为新发现),提示唾液腺的主要功能是分泌消化酶进行预消化;还发现在棉铃虫幼虫唾液腺中存在表皮蛋白、气味结合蛋白和化学感受蛋白基因。结果为研究棉铃虫预消化系统打下基础。 展开更多
关键词 棉铃虫 唾液腺 cdna文库 消化酶 表达谱 EST分析
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甜菜夜蛾羧酸酯酶基因cDNA的克隆、表达及序列分析 被引量:7
7
作者 张霞 郭巍 +1 位作者 李国勋 宋水山 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期681-688,共8页
羧酸酯酶是昆虫体内重要的解毒酶系之一,与昆虫抗药性产生相关。利用粉纹夜蛾Trichoplusia ni(Hübner)肠粘蛋白多克隆抗体免疫筛选甜菜夜蛾Spodoptera exigua(Hübner)中肠cDNA表达文库,得到编码羧酸酯酶的全长cDNA克隆。该cDN... 羧酸酯酶是昆虫体内重要的解毒酶系之一,与昆虫抗药性产生相关。利用粉纹夜蛾Trichoplusia ni(Hübner)肠粘蛋白多克隆抗体免疫筛选甜菜夜蛾Spodoptera exigua(Hübner)中肠cDNA表达文库,得到编码羧酸酯酶的全长cDNA克隆。该cDNA克隆全长1812bp(GenBank登录号EF580101),开放阅读框长1605bp,编码535个氨基酸。该蛋白活性中心包括3个氨基酸残基(催化三联体):Ser186,Glu319和His443,3个N-联糖基化位点,具备羧酸酯酶的结构特征,属羧酸酯酶家族(EC:3.1.1.-)。将该基因与pQE30载体重组,经IPTG诱导,spot-blot鉴定,蛋白获得了表达;以α-醋酸萘酯为底物,检测表达的羧酸酯酶活性为1.3nmol/100μL酶液。 展开更多
关键词 甜菜夜蛾 cdna表达文库 羧酸酯酶 表达 spot-blot鉴定
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棉铃虫羧酸酯酶基因cDNA的克隆、表达及活性分析 被引量:7
8
作者 刘小民 李杰 +2 位作者 郭巍 张霞 李新娜 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期730-737,共8页
【目的】克隆棉铃虫中肠羧酸酯酶基因,了解该酶的分子特性,为研究棉铃虫抗药性机理奠定基础。【方法】制备抗血清,对棉铃虫(Helicoverpa armigera(Hübner))中肠cDNA表达文库进行免疫筛选,得到编码棉铃虫羧酸酯酶基因的cDNA克隆,利... 【目的】克隆棉铃虫中肠羧酸酯酶基因,了解该酶的分子特性,为研究棉铃虫抗药性机理奠定基础。【方法】制备抗血清,对棉铃虫(Helicoverpa armigera(Hübner))中肠cDNA表达文库进行免疫筛选,得到编码棉铃虫羧酸酯酶基因的cDNA克隆,利用生物信息学软件和网站进行序列分析,构建原核表达载体进行表达,并以α-醋酸萘酯溶液为底物进行活性测定。【结果】测序分析表明,羧酸酯酶基因hc3(GenBank登录号:GU119888)全长2 896 bp,编码795个氨基酸。羧酸酯酶HC3的等电点pI为3.94,活性中心包括3个氨基酸残基(催化三联体):Ser204,Glu331,His444;第545—773位包含大量高度重复的Gly,Asp、Glu(GDE区域)构成亲水区。该基因在大肠杆菌BL21中成功表达约100 kD的HC3蛋白,检测表达的羧酸酯酶活性为0.32 mmol/100μL酶液。【结论】成功克隆、表达了棉铃虫羧酸酯酶蛋白HC3,并发现GDE亲水结构域。为进一步了解羧酸酯酶的三维结构及其水解作用并设计新型杀虫剂提供了可能。 展开更多
关键词 棉铃虫 cdna表达文库 羧酸酯酶 活性分析
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粉尘螨cDNA文库的构建 被引量:3
9
作者 刘志刚 周珍文 +3 位作者 高波 罗时文 陈淑贞 张兆松 《中国人兽共患病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第11期923-925,共3页
目的构建粉尘螨cDNA表达文库。方法提取粉尘螨总RNA和mRNA,以NotIdT18作为引物反转录合成第一链,置换法合成第二链。加EcoRI接头,经NotI酶切后,应用定向克隆技术将相应dscDNA片段插入λExCell/NotI/EcoRI/CIP载体的NotI和EcoRI双酶切位... 目的构建粉尘螨cDNA表达文库。方法提取粉尘螨总RNA和mRNA,以NotIdT18作为引物反转录合成第一链,置换法合成第二链。加EcoRI接头,经NotI酶切后,应用定向克隆技术将相应dscDNA片段插入λExCell/NotI/EcoRI/CIP载体的NotI和EcoRI双酶切位点间,经包装、转染宿主菌,构建成cDNA文库。检测文库库容量和重组效率,并采用PCR方法对插入片段大小进行分析。结果已成功构建一个含4.8×105个重组子的cDNA表达文库,重组率为100%,插入片段大小平均约1.2kb。结论所建文库容量及插入片段大小适合对粉尘螨特异性重组变应原的进一步研究。 展开更多
关键词 粉尘螨 cdna文库 构建 定向克隆技术
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特异茶树种质紫阳1号cDNA文库构建及ESTs初步分析 被引量:5
10
作者 李冬花 姚丽娟 +3 位作者 余有本 江昌俊 周天山 伍丽 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期347-350,共4页
紫阳1号是一常年不开花不结果的特异茶树种质。以紫阳1号新梢为材料,采用Creator SMARTTM cDNA Library Construction技术构建了cDNA文库。经鉴定,文库的库容量为1.0×10^6,重组率为93%,插入片段在0.5~2.0kb之间。经随机测序,获得59... 紫阳1号是一常年不开花不结果的特异茶树种质。以紫阳1号新梢为材料,采用Creator SMARTTM cDNA Library Construction技术构建了cDNA文库。经鉴定,文库的库容量为1.0×10^6,重组率为93%,插入片段在0.5~2.0kb之间。经随机测序,获得594个有效ESTs,聚类拼接后得到299条单基因簇,包括98个重叠群和201个单拷贝。与NCBI核酸数据库进行比对分析结果表明,227个为已知功能基因或具推测功能的基因;46个为未知功能基因;26个为新的表达基因。这些数据为今后茶树功能基因分离克隆和功能基因组学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 茶树 cdna文库 表达序列标签 序列分析
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棉铃虫中肠cDNA文库的构建及EST分析 被引量:3
11
作者 邹朗云 曹广春 +4 位作者 张谦 张彦 梁革梅 吴孔明 郭予元 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期739-745,共7页
中肠是苏云金芽孢杆菌Bacillus thuringiensis(Bt)发挥作用的主要部位,中肠上很多蛋白被认为是Bt毒素的结合蛋白。为了探索棉铃虫Helicoverpa armigera对Bt的抗性机制,我们运用RNA转录过程中的5'末端转换机制(Switching Mechanism a... 中肠是苏云金芽孢杆菌Bacillus thuringiensis(Bt)发挥作用的主要部位,中肠上很多蛋白被认为是Bt毒素的结合蛋白。为了探索棉铃虫Helicoverpa armigera对Bt的抗性机制,我们运用RNA转录过程中的5'末端转换机制(Switching Mechanism at5'end of the RNA Transcript,SMART)技术构建了棉铃虫中肠的cDNA文库。先提取棉铃虫5龄幼虫中肠组织的总RNA,合成双链cDNA,经过均一化处理后,酶切、连接载体、转化到大肠杆菌Escherichia coli感受态细胞,最后进行滴度测试、文库扩增并进行EST序列测定。对该文库质量分析表明:文库滴度为2×106pfu/mL,重组率为100%,平均插入片段大于1kb,全长率为50%。最终成功得到1098条表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)序列,经Phrap程序聚类拼接后得到789条单基因簇(unigene),包括132个重叠群(congtigs)和657个单拷贝(singlets)。将聚类拼接后的789条ESTs序列在NT,NR和SWISSPORT库中进行本地化搜索,比对后发现:218条序列(27.62%)没有注解;119条序列(15.08%)注解不明确;452条序列(57.29%)有功能注解,并表达300多种基因产物。构建的文库各项指标均达到要求,该文库的构建为棉铃虫中肠各类基因的克隆及功能分析奠定了基础。 展开更多
关键词 棉铃虫 中肠 cdna文库 表达序列标签(EST) 序列分析
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华北大黑鳃金龟两种围食膜蛋白cDNA的分子克隆与序列分析 被引量:3
12
作者 周洪旭 谭秀梅 +4 位作者 李长友 王俊平 孙绪艮 郭巍 李国勋 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期10-16,共7页
6本文以华北大黑鳃金龟Holotrichia oblita中肠为材料,依据Stratagene公司文库构建试剂盒方法,构建其中肠cDNA表达文库,该文库滴度为1.9×106pfu/mL,重组率为99.97%。依据现代免疫学原理,利用棉铃虫Helicoverpaarmigera围食膜蛋白... 6本文以华北大黑鳃金龟Holotrichia oblita中肠为材料,依据Stratagene公司文库构建试剂盒方法,构建其中肠cDNA表达文库,该文库滴度为1.9×106pfu/mL,重组率为99.97%。依据现代免疫学原理,利用棉铃虫Helicoverpaarmigera围食膜蛋白多克隆抗体筛选文库,得到两个编码华北大黑鳃金龟围食膜蛋白的cDNA克隆Ho-Peritrophin1与Ho-Peritrophin2,其cDNA长分别为2385bp和1633bp,在polyA末端上游各有3个多聚腺苷酸信号序列AATAAA,最长开放阅读框(ORF)分别编码729个和477个氨基酸,与粉纹夜蛾Trichoplusia niCBP2(chitin bindingprotein2)的相似性最高,分别为21.9%和19.1%。结构域分析表明,Ho-Peritrophin1与Ho-Peritrophin2分别具有9个和6个几丁质结合功能域,只含有较少的O-糖基化位点,不含有类粘蛋白结构域。胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶对两种蛋白的作用位点主要位于几丁质结合功能域(chitin binding domain,CBD)内部,而因受几丁质结合功能域保护,这两种蛋白能够抵抗这些蛋白酶的降解。与正常CBD比较,这两种蛋白C端的CBD只含有4个Cys,只在第1与第3、第4与第5个Cys之间形成两对二硫键,缺少由第2与第6个Cys形成的二硫键。推测其N端还应包括信号肽序列和几丁质结合功能域的未知序列。 展开更多
关键词 华北大黑鳃金龟 中肠 cdna表达文库 围食膜蛋白 序列分析
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大鲵皮肤cDNA文库构建及Arpc5l基因cDNA序列和组织表达分析 被引量:6
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作者 王立新 郑尧 +2 位作者 艾闽 杨辉 杨朝霞 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期273-281,共9页
以健康大鲵背部皮肤为材料,采用Smart技术构建大鲵皮肤cDNA文库,经检测文库容量为1.50×106cfu,文库重组率为98%,插入片段平均长度约为1 kb.通过对大鲵皮肤cDNA文库的随机筛选,分离获得了大鲵肌动蛋白相关2/3复合物亚基-5样蛋白(Arp... 以健康大鲵背部皮肤为材料,采用Smart技术构建大鲵皮肤cDNA文库,经检测文库容量为1.50×106cfu,文库重组率为98%,插入片段平均长度约为1 kb.通过对大鲵皮肤cDNA文库的随机筛选,分离获得了大鲵肌动蛋白相关2/3复合物亚基-5样蛋白(Arp2/3 complex subunit 5-like,Arpc5l)基因cDNA序列.生物信息学分析表明,大鲵Arpc5l基因全长cDNA为699 bp,包含459 bp的开放阅读框,分子量为17 154.36,等电点(pI)为5.43;该基因编码的Arpc5l蛋白分别在7-29 AA处和44-66 AA处具有跨膜结构域及多种二级结构,且三级结构与Arp2/3 complex家族成员相似.实时定量PCR结果表明,该基因在大鲵皮肤、肌肉、肠、肝、脾、肺、胃以及肾等组织中广泛表达,且在肾、肠、肌肉中的表达量极显著高于其它组织(P<0.01).进化分析结果表明,大鲵Arpc5l氨基酸序列和小鼠(77%)等陆生动物同源性最高,和爪蟾同源性为73%,大鲵处于水生到陆生之间的过渡类型,且与陆生动物的亲缘关系更近. 展开更多
关键词 大鲵 皮肤cdna文库 大鲵肌动蛋白相关2/3复合物亚基-5样蛋白(Arpc5l)基因 组织表达 进化关系
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日本通草蛉cDNA文库构建及部分ESTs分析 被引量:4
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作者 聂瑞娥 杨星科 刘志琦 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期792-797,共6页
本研究以日本通草蛉Chrysoperla nipponensis(Okamoto)为材料,采用Oligo(dT)引物定向克隆构建cDNA文库并进行EST序列测定,旨在以基因库的形式进行种质资源的保存,为其遗传改良奠定基础,并为探讨其分类地位提供分子依据。对该文库质量分... 本研究以日本通草蛉Chrysoperla nipponensis(Okamoto)为材料,采用Oligo(dT)引物定向克隆构建cDNA文库并进行EST序列测定,旨在以基因库的形式进行种质资源的保存,为其遗传改良奠定基础,并为探讨其分类地位提供分子依据。对该文库质量分析表明:库容量为1.0×106,重组率为80.0%,平均插入片段为512bp。测序后最终成功得到323条表达序列标签(expressed sequencetags,ESTs)序列,经Phrap程序聚类拼接后得到236条单基因簇(unigene),包括86个重叠群(congtigs)和150个单拷贝(singlets)。使用NCBI中的BlastN和BlastX程序对236条ESTs进行本地化搜索,BlastN的结果表明:180条ESTs(76.3%)没有注解,56条ESTs(23.7%)与GenBank上公布的序列有较高的同源性,其中一条序列被确定为该种的16SrRNA基因,利用MEGA软件构建了基于该16SrRNA序列草蛉科的系统发育树,结果显示通草蛉属Chrysoperla与叉草蛉属Dichochrysa、玛草蛉属Mallada、草蛉属Chrysopa的亲缘关系比较近,这与传统分类相吻合。BlastX的比对结果为197条ESTs(83.5%)有功能注解,39条ESTs(16.5%)无注解或score值小于100。使用GO(geneontology)数据库对236条ESTs序列进行功能注释,结果表明:142条ESTs(59.7%)有注解,并表达出40多种基因产物。 展开更多
关键词 日本通草蛉 cdna文库 表达序列标签(EST) 序列分析 系统树
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甜菜夜蛾中肠cDNA表达文库免疫学筛选、克隆及序列分析 被引量:1
15
作者 李雯 郭巍 张霞 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期33-37,共5页
昆虫围食膜是由几丁质和蛋白质组成一个半透膜结构,由中肠分泌,保护细胞免受机械性损伤和细胞微生物感染。以害虫生物防治的新靶标——中肠围食膜作为研究对象,分离和鉴定甜菜夜蛾中肠围食膜蛋白基因。依据免疫学筛选方法,用制备的甜菜... 昆虫围食膜是由几丁质和蛋白质组成一个半透膜结构,由中肠分泌,保护细胞免受机械性损伤和细胞微生物感染。以害虫生物防治的新靶标——中肠围食膜作为研究对象,分离和鉴定甜菜夜蛾中肠围食膜蛋白基因。依据免疫学筛选方法,用制备的甜菜夜蛾围食膜蛋白多克隆抗体,对甜菜夜蛾中肠cDNA表达文库进行免疫筛选。获得231个围食膜蛋白阳性克隆,经测序、生物信息学分析可知得到8个几丁质结合蛋白,2个肠粘蛋白;并对结构功能进行分析预测。研究结果为揭示围食膜分子结构,进一步以中肠围食膜为靶标进行生物防治奠定了基础。 展开更多
关键词 甜菜夜蛾 cdna表达文库 免疫学筛选 围食膜 序列分析
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采用SEREX方法从cDNA表达文库中筛选大肠癌抗原基因
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作者 肖冰 刘宇虎 +2 位作者 何敬东 赖卓胜 张振书 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2008年第4期276-278,共3页
目的寻找人源性大肠癌特异性抗原基因。方法采用SMART技术构建人大肠癌组织来源的cDNA噬菌体表达文库,以自体或异体大肠癌患者血清按SEREX方法进行免疫筛选,对平板法扩增获得的阳性克隆片段导入克隆载体PUCm-T后进行测序、鉴定和BLAST... 目的寻找人源性大肠癌特异性抗原基因。方法采用SMART技术构建人大肠癌组织来源的cDNA噬菌体表达文库,以自体或异体大肠癌患者血清按SEREX方法进行免疫筛选,对平板法扩增获得的阳性克隆片段导入克隆载体PUCm-T后进行测序、鉴定和BLAST同源性比较,并根据cDNA序列进行生物信息分析。结果构建了3个大肠癌抗原cDNA噬菌体表达文库,其滴度分别为2.39×10^6pfu/mL、2.07×10^6pfu/mL和1.86×10^6pfu/mL,插入片段长度为0.5-4 kb,平均分别为1.4、1.6和1.3 kb,重组率最高达到97.5%。选择高滴度文库扩增后滴度达到4.1×10^10pfu/mL。SEREX筛选共获得16个阳性克隆,代表12个不同抗原基因,其中10个基因片段为已知抗原基因,如IFITM1、CD24、Survivin、KLK6等,2个为未知EST片段。根据序列分析,筛选出的抗原基因有结构基因、调节基因、代谢相关基因等。结论利用SEREX方法筛选出大肠肿瘤相关抗原基因并获得2个肿瘤抗原候选基因。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 血清学筛选技术 抗原基因 cdna表达文库
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粗毛栓菌cDNA文库的构建和漆酶基因的表达分析 被引量:3
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作者 张希根 何川 张义正 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期528-533,共6页
粗毛栓菌(Trametesgallica)能够分泌多种胞外氧化酶并且快速降解木质纤维素.为了快速高效分离鉴定粗毛栓菌木质纤维素降解酶相关基因,用Trizol试剂提取不同培养条件下粗毛栓菌总RNA,用CreatorTM SMARTTM cDNA Library Construction Kit... 粗毛栓菌(Trametesgallica)能够分泌多种胞外氧化酶并且快速降解木质纤维素.为了快速高效分离鉴定粗毛栓菌木质纤维素降解酶相关基因,用Trizol试剂提取不同培养条件下粗毛栓菌总RNA,用CreatorTM SMARTTM cDNA Library Construction Kit和Advantage 2PCR Kit成功构建了该菌全长cDNA文库.原始文库滴度为1.5×105cfu,重组率达99%,插入片段在0.7~2.0kb之间,平均大小约1kb.随机取16个重组子进行测序,全长cDNA序列完整性率为85.7%;并筛选到1个漆酶基因,编码区长1551bp,预测的蛋白质由517个氨基酸残基组成,分子量为55.41kD,等电点为4.76.用半定量RT-PCR法分析了该漆酶基因在不同培养条件下的表达水平.结果显示,高浓度的碳源,氮源,Cu2+均能诱导此基因的表达,该结果为漆酶基因的表达调控机制的深入研究奠定了基础. 展开更多
关键词 粗毛栓菌 cdna文库 漆酶 基因表达 反转录PCR分析
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TIA重组cDNA表达克隆血清抗原基因的识别 被引量:1
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作者 卢浩 王昊 +3 位作者 张晓萌 刘霁月 李雅兰 日和佐隆树 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期61-66,共6页
目的:应用重组cDNA表达克隆血清学鉴定技术(SEREX)筛选与识别短暂性脑缺血发作(TIA)血清相关性抗原基因.方法:采集19例TIA患者血清,免疫筛选人主动脉内皮细胞cDNA表达文库;对阳性靶抗原行单克隆扩增,经单克隆内切除后转换载体pBluescrip... 目的:应用重组cDNA表达克隆血清学鉴定技术(SEREX)筛选与识别短暂性脑缺血发作(TIA)血清相关性抗原基因.方法:采集19例TIA患者血清,免疫筛选人主动脉内皮细胞cDNA表达文库;对阳性靶抗原行单克隆扩增,经单克隆内切除后转换载体pBluescript SK(+)提取质粒;对包含cDNA插入目的基因片段的质粒进行DNA序列检测,通过NCBI-BLAST同源性检索,鉴定具有免疫原性的独立的TIA重组cDNA表达克隆血清抗原基因.结果:(1)SEREX筛选出172个重组cDNA阳性单克隆;(2)单克隆内切除后获得167个pBluescript质粒,酶切鉴定质粒中均包含有目的基因插入片段;(3)生物信息学分析:识别11个独立的重组cDNA表达克隆抗原基因.(4)基因功能解析:发现matrix metalloproteinase 1(MMP1)、chromobox homolog 1(CBX1)和chromobox homolog 5(CBX5)与TIA和脑梗死(CI)的发生、发展关系密切.结论:应用SEREX技术成功筛选及鉴定出TIA相关靶抗原基因,发现MMP1、CBX1和CBX5可能与短暂性脑缺血发作(TIA)和脑梗死(CI)发生发展有关. 展开更多
关键词 短暂性脑缺血发作 脑梗死 重组cdna表达克隆血清学鉴定技术 抗原基因 基因功能
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SEREX方法鉴定胃癌肿瘤相关抗原基因 被引量:5
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作者 王运伟 朱正纲 +4 位作者 顾琴龙 李建芳 陈雪华 刘炳亚 林言箴 《上海第二医科大学学报》 CSCD 北大核心 2005年第3期235-238,共4页
目的采用重组CDNA表达文库血清学分析法(SEREX法)寻找胃癌相关肿瘤抗原的编码基因。方法抽提胃癌细胞株SGC7901和1例胃癌组织标本PolyA+RNA,分别构建2个胃癌cDNA表达文库,用含有抗体的胃癌患者血清对2个文库进行筛选,并对筛选所得到的... 目的采用重组CDNA表达文库血清学分析法(SEREX法)寻找胃癌相关肿瘤抗原的编码基因。方法抽提胃癌细胞株SGC7901和1例胃癌组织标本PolyA+RNA,分别构建2个胃癌cDNA表达文库,用含有抗体的胃癌患者血清对2个文库进行筛选,并对筛选所得到的阳性克隆进行测序和生物信息学分析。结果经测定2个原始文库滴度分别为1.6×106pfu和2.5×106pfu,重组率为95%和98%。2个文库经3轮筛选共获得14个胃癌肿瘤相关抗原编码基因,其中一个为未知基因。13个已知基因编码产物包括代谢酶、RNA转录和翻译调控蛋白、蛋白代谢相关分子、自身免疫疾病相关抗原及未知功能蛋白分子。结论 胃癌相关肿瘤抗原编码基因的筛选和鉴定,为胃癌的临床诊断和特异性免疫治疗提供了靶点,有助于对胃癌发生机制的深入理解。 展开更多
关键词 胃癌 相关抗原 SEREX 癌肿瘤 编码基因 cdna表达文库 肿瘤抗原 原基 重组率 阳性克隆
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肺癌相关抗原的血清学筛选与鉴定 被引量:2
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作者 王鹏 王凯娟 +2 位作者 代丽萍 徐学琴 张建营 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2007年第3期464-467,共4页
目的:筛选和鉴定肺癌肿瘤相关抗原,为肺癌早期诊断提供血清学标志物,并为研制肺癌疫苗提供候选抗原。方法:5份异体肺癌患者血清采用重组cDNA表达文库的血清学分析(SEREX)技术对肺癌cDNA表达文库筛选;对阳性克隆插入片段进行测序、... 目的:筛选和鉴定肺癌肿瘤相关抗原,为肺癌早期诊断提供血清学标志物,并为研制肺癌疫苗提供候选抗原。方法:5份异体肺癌患者血清采用重组cDNA表达文库的血清学分析(SEREX)技术对肺癌cDNA表达文库筛选;对阳性克隆插入片段进行测序、生物信息学分析。结果:①筛选出70个阳性克隆,插入片段大小为300-2800bp。②测序70个阳性克隆代表63个不同的基因。③生物信息学分析1个基因与肺癌的发生、发展关系密切;34个基因报道与细胞的分化、代谢及信号转导等有关系,与其他肿瘤的发生、发展有关;26个基因的生理功能未见文献报道;2个插入片段未发现有同源基因,推测可能为新发现的基因。结论:使用SEREX技术成功鉴定了一组肺癌相关的肿瘤抗原。 展开更多
关键词 肺癌 肿瘤相关抗原 cdna文库 重组cdna表达文库的血清学分析
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