目的采用网络药理学方法探究中药赤芍的主要活性成分及其治疗IgA肾病(IgA Nephropathy,IgAN)的作用机制。方法以口服生物利用度(Oralbioavailability,OB)≥30%和类药性(Drug like,DL)≥0.18为标准,从中药系统药理学数据库分析平台(Tradi...目的采用网络药理学方法探究中药赤芍的主要活性成分及其治疗IgA肾病(IgA Nephropathy,IgAN)的作用机制。方法以口服生物利用度(Oralbioavailability,OB)≥30%和类药性(Drug like,DL)≥0.18为标准,从中药系统药理学数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)中筛选出赤芍的活性成分、作用靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-作用靶点网络图。在GeneCards、DrugBank、DisGeNET、GAD等数据库中寻找与IgAN有关的所有靶点,将赤芍作用靶点与IgAN相关靶点取交集,筛选出赤芍治疗IgAN的活性成分及作用靶点。借助Cytoscape3.7.2软件,构建赤芍治疗IgAN的活性成分-作用靶点网络,选出关键化合物。通过STRING数据库构建靶蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络,并选出核心靶点。在基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库,下载基因矩阵与平台数据文件,运用Perl脚本和R语言分析验证关键靶点可行性。使用DAVID数据库分析平台,对靶点基因进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果从赤芍中筛选获得13个有效活性成分,80个作用靶点,与IgAN有关的有效活性成分11个,核心靶点35个。利用GEO数据库中GSE93798芯片与平台数据,分析验证前10个关键靶点,其中FOS、JUN为赤芍治疗IgAN的显著性差异基因。KEGG信号通路主要涉及乙型肝炎(Hepatitis B)通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等,这些通路可能是赤芍防治IgAN的作用途径。结论初步研究了赤芍治疗IgAN的药效物质基础及其可能的作用机制,赤芍可以通过多个靶点、多条通路来发挥治疗IgAN。展开更多
文摘目的采用网络药理学方法探究中药赤芍的主要活性成分及其治疗IgA肾病(IgA Nephropathy,IgAN)的作用机制。方法以口服生物利用度(Oralbioavailability,OB)≥30%和类药性(Drug like,DL)≥0.18为标准,从中药系统药理学数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)中筛选出赤芍的活性成分、作用靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-作用靶点网络图。在GeneCards、DrugBank、DisGeNET、GAD等数据库中寻找与IgAN有关的所有靶点,将赤芍作用靶点与IgAN相关靶点取交集,筛选出赤芍治疗IgAN的活性成分及作用靶点。借助Cytoscape3.7.2软件,构建赤芍治疗IgAN的活性成分-作用靶点网络,选出关键化合物。通过STRING数据库构建靶蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络,并选出核心靶点。在基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库,下载基因矩阵与平台数据文件,运用Perl脚本和R语言分析验证关键靶点可行性。使用DAVID数据库分析平台,对靶点基因进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果从赤芍中筛选获得13个有效活性成分,80个作用靶点,与IgAN有关的有效活性成分11个,核心靶点35个。利用GEO数据库中GSE93798芯片与平台数据,分析验证前10个关键靶点,其中FOS、JUN为赤芍治疗IgAN的显著性差异基因。KEGG信号通路主要涉及乙型肝炎(Hepatitis B)通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等,这些通路可能是赤芍防治IgAN的作用途径。结论初步研究了赤芍治疗IgAN的药效物质基础及其可能的作用机制,赤芍可以通过多个靶点、多条通路来发挥治疗IgAN。