日本脑炎病毒sfRNA靶向PKR和IFITM2的翻译抑制细胞干扰素应答

本研究旨在探究日本脑炎病毒(JEV)感染细胞后产生非编码亚基因组RNA(sfRNA)的生物学功能。应用Northern blot检测JEV感染细胞产生sfRNA的动态特征;通过Western blot和qPCR检测JEV感染细胞中PKR、IFITM2等干扰素刺激基因的表达;通过体外转录制备JEV sfRNA,转染细胞研究其功能。实验结果表明:JEV感染Huh7细胞后期可下调PKR、IFITM2的表达,与sfRNA产生的时间规律一致;将体外转录制备的JEV sfRNA转染细胞后可下调IFN-α刺激细胞中IFITM2、PKR蛋白的含量,但其mRNA水平与对照组差异不显著,推测JEV sfRNA抑制其翻译过程;SL-Ⅱ区域缺失的JEV sfRNA不能有效下调干扰素诱导细胞中IFITM2和PKR蛋白的表达。因此,本研究发现JEV sfRNA在翻译阶段抑制PKR和IFITM2蛋白的表达,为病毒增殖营造有利环境。

基因Ⅰ型和Ⅲ型日本脑炎病毒sfRNA亚型鉴定及遗传演化分析

旨在探究基因Ⅰ型和Ⅲ型日本脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)感染细胞产生的黄病毒亚基因组RNA(subgenomic flaviviral RNA,sfRNA)亚型与演化趋势。应用高分辨率Northern blot检测Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染细胞产生sfRNA亚型特征;对美国国立生物技术信息中心(NCBI)收录的99条JEV sfRNA序列通过Mega X软件进行多序列比对及遗传演化分析,用Megalign软件进行核苷酸相似性比较及变异分析。结果表明:Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染细胞产生特征相似的4种亚型sfRNA;JEV sfRNA序列10440、10673、10853位核苷酸差异具有基因型特异性(位点说明以JEV HEN0701为例,GenBank:FJ495189.1);Ⅰ型10477位核苷酸的变化相较于Ⅲ型更有利于sfRNA PK1结构的碱基配对;Ⅰ型和Ⅲ型sfRNA组间核苷酸序列相似性为79.2%~100%,Ⅰ型sfRNA组内核苷酸序列相似性为81.6%~100%,Ⅲ型sfRNA组内核苷酸序列相似性为85.6%~100%;Ⅰ型和Ⅲ型sfRNA核苷酸变异以碱基转换为主。本研究发现JEV sfRNA存在一定差异,但同种基因型sfRNA遗传距离接近,结果为揭示JEV基因型差异提供了新思路。