基于mtDNA Cytb基因对甘肃4个马群体遗传多样性和系统发育的研究

为了研究甘肃境内部分马群体的遗传多样性、遗传结构和母系起源,试验采用DNA测序技术对甘肃4个马群体(岔口驿马49匹、河曲马20匹、山丹马30匹和肃南马34匹)共133个个体血样的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)中的细胞色素b(cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增,并对4个马群体的Cytb基因序列特征、遗传多样性、遗传距离、遗传分化与变异进行了分析,结合其他马群体的Cytb基因序列构建了系统发育树单位型网络关系图。结果表明:4个马群体Cytb基因序列全长1140 bp,A+T含量(54.6%)大于G+C含量(45.4%),共检测到46个多态位点,33种单倍型;总单倍型多样度为0.9332±0.0100,总核苷酸多样度为0.00385±0.00017,总平均核苷酸差异为4.3714,平均Tajima's D值和Fu's Fs值分别为-1.0352和-13.057;4个马群体间的遗传距离、遗传变异系数和基因流的范围分别为0.0035~0.0042,0.01923~0.09132,4.975~25.504;4个马群体内的遗传变异(94.54%)远大于其群体间的遗传变异(5.46%);4个马群体的33种单倍型分散于6个支系(A~F)中。说明甘肃4个马群体间亲缘关系较近,都具有较高的遗传多样性且均为多母系起源。

基于mtDNA Cytb基因序列的新疆两个地方黄牛品种遗传多样性和系统发育研究

为了探讨新疆地方黄牛品种的遗传多样性和母系起源,试验以新疆2个地方黄牛品种(哈萨克牛72头和阿勒泰白头牛34头)为研究对象,利用PCR技术扩增其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因序列并进行多态位点、单倍型、核苷酸多样度(Pi)、单倍型多样度(Hd)及平均核苷酸差异(K)和中性检验分析,并与我国部分黄牛品种的mtDNA Cytb基因序列进行综合分析以探讨二者的母系起源。结果表明:哈萨克牛和阿勒泰白头牛Cytb基因序列全长为463 bp, A、T、C三种碱基含量均为32.3%、27.0%、 26.2%,G碱基含量分别为14.5%和14.6%;A+T含量均为59.3%,G+C含量分别为40.7%和40.8%,A+T含量高于G+C含量;共检测到19个多态位点,包含12个转换、4个颠换和3个颠换/转换,其中单一多态位点10个,简约信息位点9个,导致6个氨基酸发生错义突变;19个多态位点共定义了24种单倍型(即Hap-1~24),总单倍型多样度为0.701±0.046,总核苷酸多样度为0.003 45±0.000 46,平均核苷酸差异为1.598;72头哈萨克牛Cytb基因序列的单倍型多样度为0.674±0.059,核苷酸多样度为0.003 28±0.000 53,且中性检验结果不显著(0.050.10);哈萨克牛和阿勒泰白头牛的优势单倍型均为Hap-1、Hap-6、Hap-3,起源于德国普通牛和瘤牛两大混合母系,以德国普通牛血统为主。说明哈萨克牛和阿勒泰白头牛的遗传多样性较匮乏,且有两个共同的母系祖先。

几个地方绵羊品种线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因多态性研究

用12种限制性内切酶分析了6个地方绵羊品种线粒体DNA(m tDNA)细胞色素b(cytb)基因的RFLP。结果表明,在71只绵羊个体中,检出的14种限制性态型可归结成4种单倍型,其间的差异主要来源于几个限制性位点的点突变;4种单倍型间和6个绵羊群体间的平均遗传距离(D)分别为0.412%和0.041%,遗传多态程度(π)为0.028%,说明遗传多样性较为贫乏;单倍型聚类结果和群体聚类结果提示,我国地方绵羊品种的起源可能是单一的。

4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究

测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊和鲁北白山羊5个品种羊415bp线粒体DNA细胞色素b基因片段,其中44个位点检出变异。分析其碱基组成和变异情况,并以鲁北白山羊为外群,用UPGMA和NJ法构建了一系列分子系统树,得到相同的拓扑结构,在分子水平从母系遗传的角度澄清4个绵羊品种的起源分化关系。结果显示:在4个绵羊品种之间,洼地绵羊与滩羊关系最近与小尾寒羊亲缘关系最远。绵羊品种内的平均差异为0185%,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测4个品种绵羊具有共同的母系祖先。

从细胞色素b基因全序列分析岩羊和山羊、绵羊的系统发生关系

本文测定了来自四川和青海岩羊的细胞色素b基因全序列(1140bp),结合从GenBank中检索获得的山羊、北山羊、绵羊和盘羊4个近缘种细胞色素b核苷酸同源区序列进行比较,分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。分别采用简约法和距离矩阵法构建分子系统树,得到了基本相同的拓扑结构,从分子水平初步探讨了岩羊的系统起源问题。岩羊与山羊属的山羊、北山羊有着比绵羊属的绵羊、盘羊更近的亲缘关系。岩羊与山羊、北山羊的分歧时间大约在3～6百万年,而与盘羊、绵羊的分歧时间大约在6～8百万年。

暗纹东方鲀线粒体细胞色素b及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方豚(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定线粒体细胞色素b(Cyt b)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆的暗纹东方Cyt b基因(1 137 bp)及其5′端上游的tRNAGlu基因和3′端下游的tRNAThr基因序列共1 327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析,显示暗纹东方与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方的同源性最高,为96.1%;与同目不同科的矛尾翻车(Masturus lanceolatus)和翻车(Mola mola)的同源性分别为74.1%和74.8%。tRNAGlu基因由69个碱基组成,tRNAThr基因由72个碱基组成,与红鳍东方相应tRNA的碱基组成完全相同。推定的这两种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构,各臂的碱基配对率高,稳定性好。根据暗纹东方与其他13种鱼的Cyt b基因序列同源性所建立的进化树比较,结果与传统的分类地位基本吻合。

山东主要绵羊品种线粒体细胞色素b的多态性研究

本文测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊 3种动物 4 15bp的线粒体DNA细胞色素b基因片段 ,共发现 7个变异位点 ,变异率为 1.15 %。结果显示 :山东 3个绵羊品种平均差异为 0 .0 115 ,线粒体DNA多态性相对贫乏 ,洼地绵羊与大尾寒羊亲缘关系最近 ,与小尾寒羊的亲缘关系较远 ,推测三个品种具有共同母系祖先。

山东3个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的系统进化研究

本文测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊共3个品种部分线粒体DNA细胞色素b 基因片段,并以鲁北白山羊为外群,应用NJ法构建分子系统树。结果显示: 44 个位点检出变异,绵羊群体变异度为0.0102,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测3个品种具有共同母系祖先;洼地绵羊与大尾寒羊关系较近,与小尾寒羊亲缘关系最远。

极边扁咽齿鱼线粒体DNA细胞色素b序列特征及其遗传多样性

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,获得了极边扁咽齿鱼两个黄河河段共10个个体和3个近缘种的细胞色素b基因的全序列(1 140bp),并构建了ML系统发育树。极边扁咽齿鱼10个个体的序列比对后,共检测到7个单倍型,其中4个单倍型来自贵南黄河段,3个单倍型来自玛多黄河段。序列差异和分子系统学分析显示,来自贵南黄河段和玛多黄河段的个体间存在很低的遗传差异,两群体没有形成相应的单系群,表明两河段种群间可能有着较频繁的基因交流。

基于线粒体DNA黑龙江野猪进化分析

野猪是我国重要野生资源,野猪系统进化研究对于阐述家猪起源和进化历史具有重要意义。为研究黑龙江野猪系统进化,在黑龙江地区提取23个野猪样本,对其线粒体细胞色素b基因和D-loop高变区150~591 bp开展测序和进化分析。结果表明,黑龙江野猪Cyt b基因序列遗传多样性相对较低,不同地区野猪亲缘关系符合地理分布;线粒体D-loop区目标序列包括27个SNP位点、21个单倍型,形成两个类群,类群Ⅰ为古老类群,黑龙江野猪有3个单倍型,包括内蒙古野猪和吉林野猪所有单倍型,黑龙江地区可能为野猪分化中心之一,研究为东北亚地区野猪起源与进化提供理论依据。

基于cytb基因分析帕米尔盘羊和新疆地方家绵羊的系统发育

[目的]研究帕米尔盘羊对新疆地方家绵羊是否有遗传贡献。[方法]测定了盘羊、家绵羊75个体的细胞色素b基因全序列,分析其遗传多样性,计算不同群体间遗传距离,进而构建系统发生树。[结果]新疆地方绵羊中检测到43个多态位点,定义为23个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.889±0.00102,核苷酸多样度(Pi)为0.521%。新疆地方家绵羊群体可分为4个支系(A、B、C和D),其中支系D首次在新疆多浪羊群体中被检测到。[结论]系统发育分析表明,新疆绵羊有多个母系起源或经过多次驯化,摩弗伦羊是绵羊母系祖先之一。