基因芯片技术检测NOB1对骨肉瘤细胞相关基因的调控作用

目的:探讨应用基因芯片技术筛选出可能受NOB1调控的基因,阐明NOB1对骨肉瘤细胞相关基因表达的调控作用。方法:应用慢病毒介导的短发夹RNA(shRNA)干扰技术建立抑制NOB1 mRNA表达的Lv-shNOB1-U2OS骨肉瘤细胞株,实验分为2组,分别为对照病毒液感染U2OS骨肉瘤细胞(Lv-shCon-U2OS)组和含NOB1干扰质粒病毒感染U2OS骨肉瘤细胞(Lv-shNOB1-U2OS)组。利用mRNA表达谱芯片对LvshCon-U2OS组和Lv-shNOB1-U2OS组细胞分别行表达谱分析,并利用生物信息学数据库肿瘤基因(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)预测miRNA参与调控的生物学过程、细胞组分、分子功能和信号通路。结果:mRNA表达谱芯片数据显示,NOB1干扰后共有792个基因mRNA表达水平上调,1 059个基因mRNA表达水平下调,总共差异变化基因为1 851个。GO分析,从细胞位置条目的富集程度来看,差异基因编码产物蛋白主要分布于细胞质膜上,占总差异基因的56.9%,分布于细胞外区域的差异基因编码产物蛋白占总差异基因的39.4%,分布于细胞外空间占总差异基因的20%;从分子功能条目的富集程度来看,差异基因编码产物蛋白主要功能为钙离子结合相关功能(占总差异基因的22%),其次功能为转运子活性(占总差异基因的9.2%),第3位功能为肌动蛋白结合活性,(占总差异基因的8.7%);从生化过程条目的富集程度来看,差异基因编码产物蛋白主要参与过程为信号转导(占总差异基因的18.7%),其次参与过程为多种细胞器的生成(占总差异基因的15.6%),第3位过程为细胞黏附过程(占总差异基因的10.2%);KEGG分析,差异分子所编码的蛋白涉及领域包括细胞质膜成分、钙离子结合活性以及信号转导过程。结论:敲除NOB1可以对骨肉瘤细胞相关基因表达产生全方位的影响。