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利用siRNA高通量测序技术检测烟草病毒 被引量:7
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作者 王浩军 王芳 +2 位作者 姚忠达 郭东锋 舒俊生 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第3期107-110,共4页
植物可以利用小干扰RNA(siRNA)机制干扰体内RNA病毒的增殖,从而获得对该病毒的免疫能力。为了快速检测田间烟草病毒病种类和发现烟草新病毒,本文通过第二代测序技术对烟草的小RNA进行高通量测序,利用软件velvet version 1.1.06对测得的... 植物可以利用小干扰RNA(siRNA)机制干扰体内RNA病毒的增殖,从而获得对该病毒的免疫能力。为了快速检测田间烟草病毒病种类和发现烟草新病毒,本文通过第二代测序技术对烟草的小RNA进行高通量测序,利用软件velvet version 1.1.06对测得的短序列进行组装,再通过生物信息学方法将得到的重叠群进行数据库比对寻找其中的病毒序列。研究结果得出我国安徽皖南烟区烟草存在PVY、CMV、TMV和TVBMV等RNA病毒。检测到3个重叠群与Potato leafroll virus部分同源,同源性低于90%,疑似一种烟草新病毒。至此建立了检测烟草病毒和发现新病毒的一种新方法,可用于大田烟草病毒的本底调查。 展开更多
关键词 高通量 小干扰RNA 病毒检
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利用siRNA高通量测序技术检测平菇病毒 被引量:5
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作者 丛倩倩 兰玉菲 +1 位作者 崔晓 安秀荣 《中国食用菌》 北大核心 2018年第1期61-64,共4页
为了检测采集于聊城市郑家镇的球形平菇(Pleurotus ostreatus)样品是否感染病毒,提取样品总RNA,构建小RNA文库并对其进行高通量测序,然后利用生物信息学方法寻找其中的病毒序列。结果证明球形平菇样品中未携带病毒,说明这种球形症状的... 为了检测采集于聊城市郑家镇的球形平菇(Pleurotus ostreatus)样品是否感染病毒,提取样品总RNA,构建小RNA文库并对其进行高通量测序,然后利用生物信息学方法寻找其中的病毒序列。结果证明球形平菇样品中未携带病毒,说明这种球形症状的产生不是由于病毒侵染所导致的。 展开更多
关键词 平菇 高通量 小干扰RNA 重叠群
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利用siRNA高通量测序技术筛查蚊子体内携带的RNA病毒 被引量:5
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作者 陈斌 龚正达 +10 位作者 张丽云 朱大强 李存 江晓芳 安小平 米志强 范华昊 何后军 陈禹保 童贻刚 刘玮 《生物信息学》 2011年第3期189-191,共3页
昆虫可以利用小干扰RNA(siRNA)机制干扰体内RNA病毒的增殖,从而获得对该病毒的免疫能力。通过第二代测序技术对蚊子的小RNA进行高通量测序,再通过生物信息学方法寻找其中的RNA病毒序列,发现在我国云南地区的白纹伊蚊和致倦库蚊体内存在M... 昆虫可以利用小干扰RNA(siRNA)机制干扰体内RNA病毒的增殖,从而获得对该病毒的免疫能力。通过第二代测序技术对蚊子的小RNA进行高通量测序,再通过生物信息学方法寻找其中的RNA病毒序列,发现在我国云南地区的白纹伊蚊和致倦库蚊体内存在Marayo,Omsk hemorrhagic fever和Ilheus等RNA病毒的基因片段。至此建立了发现媒介昆虫体内携带病毒的一种新方法,可用于媒介昆虫携带RNA病毒的本底调查。 展开更多
关键词 高通量 小干扰RNA 病毒 白纹伊蚊 致倦库蚊
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利用siRNA高通量测序和RT-PCR技术鉴定引起茄子斑驳紫花病的病毒种类 被引量:9
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作者 柴阿丽 陈利达 +4 位作者 曹金强 康华军 石延霞 谢学文 李宝聚 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期508-518,共11页
为了明确引起茄子斑驳紫花病的病毒种类,利用小干扰RNA(si RNA)高通量测序技术,结合生物信息学方法寻找茄子样本中的病毒序列,发现存在烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mos... 为了明确引起茄子斑驳紫花病的病毒种类,利用小干扰RNA(si RNA)高通量测序技术,结合生物信息学方法寻找茄子样本中的病毒序列,发现存在烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)。为了验证该结果,对待测样品中TMGMV和ToMMV的外壳蛋白(coatprotein,CP)全长基因进行RT-PCR扩增和系统进化分析,分别得到500bp的TMGMV-CP和482bp的ToMMV-CP特异性条带,与GenBank中TMGMV和ToMMV序列相似性分别达到98%~100%和100%,说明待测样品中确实存在TMGMV和ToMMV。对采自山东、河南、辽宁、河北等地的23份疑似斑驳紫花病茄子样品,分别采用特异性引物524-F/R和ToMMV-F/R进行检测。结果显示,所有样品中均含有TMGMV,20份样品中含有ToMMV,复合侵染检出率为86.96%。对茄子、番茄和辣椒幼苗的致病性检测显示,接种后茄子花表现出与田间相同的症状,茄子、番茄和辣椒的叶片表现典型的病毒侵染症状,在接种发病组织中检测到病毒ToMMV和TMGMV。结果表明,茄子斑驳紫花病样中鉴定出TMGMV和ToMMV两种病毒。 展开更多
关键词 茄子斑驳紫花病 sirna高通量测序 分子鉴定 烟草轻型绿花叶病毒 番茄斑驳花叶病毒
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基于高通量测序技术分析不同窖龄窖泥真菌群落多样性与空间异质性 被引量:4
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作者 任海伟 李志娟 +7 位作者 刘美琪 蔡早宁 孙一帆 郭晓鹏 范文广 张丙云 李彦涛 尉军强 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期178-187,共10页
利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥... 利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥的多样性和丰富度呈现降低趋势,50 a窖池窖泥的多样性整体呈现升高趋势,而丰富度则呈现先降低后升高趋势,其中10a窖池窖壁上层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05),而50a窖池窖底层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05)。10a窖池窖壁层的多样性和丰富度显著高于50a窖池(P<0.05),而50a窖底层的多样性和丰富度明显高于10a窖池(P<0.05)。所有窖泥样品共检测到21个真菌门和520个真菌属,其中子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、被孢霉门(Mortierellomycota)和罗兹菌门(Rozellomycota)4个优势真菌门以及曲霉属(Aspergillus)和哈萨克斯坦酵母属(Kazachstania)等多数优势真菌属的相对丰度随窖池窖龄和空间位置的变化差异显著(P<0.05)。镰刀霉属(Fusarium)、Aspergillus、Kazachstania和红曲霉属(Monascus)与水分、腐殖质、K^(+)和Ca^(2+)含量呈正相关,枝孢菌属(Cladosporium)、维希尼克氏酵母属(Vishniacozyma)与pH值呈正相关。窖泥真菌营养类型主要有腐生营养型和病理-腐生-共生营养型等7种,功能类群包括4个单一功能群和7个混合功能群。通过系统分析不同窖龄窖池和空间位置的窖泥真菌群落多样性,为明确甘肃金徽酒窖泥的真菌群落结构及空间分布规律奠定了理论基础。 展开更多
关键词 窖泥 高通量 真菌群落 冗余分析 功能预
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高通量测序技术在低频突变检测中的应用 被引量:2
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作者 栾洋 尤馨悦 杨劲 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期126-139,共14页
体细胞突变的累积与衰老、肿瘤及多种疾病的发生密切相关。在正常组织细胞中,基因组中自发突变和诱发突变的变异等位基因频率极低,对这类低频突变的检测一直面临挑战。第二代和第三代高通量测序(next-generation sequencing,NGS)技术的... 体细胞突变的累积与衰老、肿瘤及多种疾病的发生密切相关。在正常组织细胞中,基因组中自发突变和诱发突变的变异等位基因频率极低,对这类低频突变的检测一直面临挑战。第二代和第三代高通量测序(next-generation sequencing,NGS)技术的出现,可以实现任意物种全基因组上变异的直接检测,克服传统突变检测技术的诸多局限性。但是常规NGS由于测序错误率较高从而限制了其在低频突变检测上的应用,基于分子一致性测序策略进行错误矫正的高准确性NGS测序技术作为有效的低频突变检测工具,有望在环境诱变剂的评价与研究、细胞与基因治疗药物风险评估、人群健康风险监测和生命科学基础研究领域发挥重要作用。本文对比经典突变检测方法,对基于NGS的低频突变检测技术研究进展进行综述,并对应用前景进行展望,以期为该技术的进一步开发、研究和在相关领域的应用提供参考。 展开更多
关键词 高通量技术 低频突变 分子一致性 致突变 风险评估
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基于高通量测序分析毛菊苣醇提物对db/db小鼠肠道菌群的影响 被引量:1
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作者 康金森 闫俊林 +5 位作者 张芮 仲烨伟 谭惠文 阿达来提·阿布都热西提 仝凤莲 马晓丽 《现代食品科技》 CAS 北大核心 2024年第5期1-7,共7页
该文探究毛菊苣醇提物对糖尿病小鼠(db/db小鼠)肠道菌群的影响。该研究以m/m小鼠为正常对照组(CON组),db/db小鼠随机分为模型组(MOD组)、二甲双胍组(MET组)、毛菊苣醇提物低剂量组(CGL组)、毛菊苣醇提物高剂量组(CGH组)。灌胃给药8周,... 该文探究毛菊苣醇提物对糖尿病小鼠(db/db小鼠)肠道菌群的影响。该研究以m/m小鼠为正常对照组(CON组),db/db小鼠随机分为模型组(MOD组)、二甲双胍组(MET组)、毛菊苣醇提物低剂量组(CGL组)、毛菊苣醇提物高剂量组(CGH组)。灌胃给药8周,对小鼠体质量、空腹血糖、肝脏总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)进行分析,对小鼠粪便进行16S rRNA测序分析,探究毛菊苣醇提物对小鼠肠道菌群的影响。毛菊苣醇提物高剂量组可调节db/db小鼠体质量及血糖,显著降低db/db小鼠TC、TG水平(P<0.05);测序结果显示CON组、MOD组、CGH组三组小鼠肠道菌群情况存在差异,毛菊苣醇提物给药可改善db/db小鼠的肠道菌群失调,上调db/db小鼠肠道菌群中有益菌双歧杆菌属(Bifidobacterium)、Romboutsia、普雷沃氏菌属(Prevotella)菌群相对丰度。研究证明了毛菊苣醇提物给药能调节db/db小鼠肠道菌群,通过提高有益菌相对丰度调节糖脂代谢,可为新疆地产毛菊苣药材资源的开发利用提供全新的研究思路。 展开更多
关键词 毛菊苣 2型糖尿病 DB/DB小鼠 肠道菌群 高通量
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基于高通量测序的昭通核心烟区植烟土壤真菌多样性分析 被引量:1
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作者 倪霞 龚林 +12 位作者 陈华 宋明健 周玉忠 陈敏 付业明 龚浩瀚 盘文政 张孟升 罗启鹏 李建云 鲍宏明 李德文 张海鹍 《中国农学通报》 2024年第2期61-70,共10页
本研究利用高通量测序技术,从分子水平探究昭通8个种烟县(区)新烟区、土传病害发病严重的连作区以及典型的轮作区的土壤真菌多样性。结果表明:从群落组成来看,昭通核心烟区土壤真菌群落包括30个门、79个纲、202个目、443个科和976个属,... 本研究利用高通量测序技术,从分子水平探究昭通8个种烟县(区)新烟区、土传病害发病严重的连作区以及典型的轮作区的土壤真菌多样性。结果表明:从群落组成来看,昭通核心烟区土壤真菌群落包括30个门、79个纲、202个目、443个科和976个属,其中子囊菌门为昭通核心烟区土壤真菌群落的绝对优势门,被孢霉属和青霉菌属为昭通核心烟区土壤真菌群落的优势属。群落指示物种分析表明,新烟区土壤真菌群落壳二胞菌属的相对丰度显著高于连作区和轮作区,连作区拟青霉菌属、假裸囊菌属和篮状菌属的相对丰度显著高于新烟区和轮作区烟,轮作区镶刀菌属的相对丰度显著高于新烟区、被孢霉属的相对丰度显著高于连作区。从生物多样性特征来看,新烟区土壤真菌群落的生物多样性最高,物种丰富度显著高于连作区和轮作区;轮作区土壤真菌群落的物种丰富度显著高于连作区,物种均匀度显著低于连作区,真菌群落生物多样性略高于连作区。从真菌群落的功能来看,病理营养型、腐生营养型和腐生—共生营养型的真菌群落为主要组成,新烟区真菌群落占比前1至前3的营养型分别为腐生—共生营养型、腐生营养型和病理营养型,连作区分别为腐生营养型、病理营养型和腐生—共生营养型,轮作区分别为腐生—共生营养型、病理—腐生—共生营养型和腐生营养型。昭通植烟土壤真菌群落组成丰富,新烟区土壤真菌群落的生物多样性最高,物种丰富度显著高于连作区和轮作区,不同类型土壤的真菌群落结构组成差异不显著,轮作有利于降低病理营养型的真菌群落,能减少真菌性病害发生的几率。 展开更多
关键词 高通量 植烟土壤 群落组成 真菌多样性
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高通量测序在新生儿遗传代谢病筛查中的应用研究 被引量:1
9
作者 尹欢 雷菊芳 +1 位作者 陈小林 程红斌 《国际医药卫生导报》 2024年第1期47-52,共6页
目的分析高通量测序(NGS)在新生儿遗传代谢病筛查中的应用价值。方法采用前瞻性研究方式,选取2021年1月至2023年6月黄石市妇幼保健院新生儿重症监护病房(NICU)住院的不明原因的酸中毒、脑病等185例危重新生儿病例为研究对象,其中男95例... 目的分析高通量测序(NGS)在新生儿遗传代谢病筛查中的应用价值。方法采用前瞻性研究方式,选取2021年1月至2023年6月黄石市妇幼保健院新生儿重症监护病房(NICU)住院的不明原因的酸中毒、脑病等185例危重新生儿病例为研究对象,其中男95例、女90例。所有受试者均采集足跟血,实施生化筛查(串联质谱技术、时间分辨免疫荧光法)、NGS筛查。NGS筛查设计与遗传代谢相关的202个基因捕获探针,依据相关指南进行变异致病判读,对阳性异位点采用Sanger测序验证。结果185例新生儿中,早产儿占7.57%(14/185),辅助生殖占8.11%(15/185);生化筛查初筛阳性者15例(8.10%),召回复测后阳性者5例(2.70%),其中5例复查阳性者分别为存在葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)降低1例、17α-羟孕酮(17α-OHP)升高1例、促甲状腺素(TSH)升高1例、苯丙氨酸(Phe)升高2例。NGS阳性筛查率为3.24%(6/185),分别为DOUX2、MATIA、G6PD、CYP21A2复合杂合突变各1例,PAH基因复合杂合突变2例。此外,除阳性者外,存在隐性遗传病变异携带的新生儿有45例(24.32%),阴性新生儿140例(72.43%)。两种筛查结果一致有5例,不一致有1例,6例患者中3例得到确诊,分别为高苯丙氨酸血症1例、21-羟化酶缺乏性先天性肾上腺皮质增生症1例、先天性甲腺功能减退症1例。以临床诊断为参考,将待确诊病例纳入真阳性中,生化筛查灵敏度为83.3%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%;NGS筛查灵敏度为100.0%,特异度为100.0%,阳性预测值为100.0%。结论NGS筛查准确度较高,可较为全面的诊断新生儿遗传代谢病。 展开更多
关键词 高通量 新生儿 遗传筛查 代谢 灵敏度
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高通量测序技术在生殖医学领域的研究与应用 被引量:1
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作者 曹云霞 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第6期929-934,共6页
高通量测序技术的发明是基因组学领域一项具有里程碑意义的事件。经过20多年的发展与更迭,高通量测序技术在遗传学检测、肿瘤检测、病原体鉴定、疾病诊断等领域为精准医疗提供了一个高效的检测工具,成为推动现代医学发展的重要力量。在... 高通量测序技术的发明是基因组学领域一项具有里程碑意义的事件。经过20多年的发展与更迭,高通量测序技术在遗传学检测、肿瘤检测、病原体鉴定、疾病诊断等领域为精准医疗提供了一个高效的检测工具,成为推动现代医学发展的重要力量。在生殖医学领域,在高通量测序技术基础之上发展出的适用于各种生殖医学应用场景的新技术,为更进一步揭示人类生殖自然规律、生殖疾病致病机制以及临床诊断和治疗提供新策略。 展开更多
关键词 高通量 生殖医学 单细胞 胚胎植入前遗传学检
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高通量测序技术对杀菌型益生菌含乳饮料菌群结构分析 被引量:1
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作者 俞漪 庄孝飞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第2期243-250,共8页
目的分析杀菌型益生菌含乳饮料中菌群组成结构,并探究宣称添加益生菌的真实性和合规性。方法本研究以高通量测序技术为基础,从市售11批次杀菌型益生菌含乳饮料中全基因组提取,进行V3/V4变异区序列的聚合酶链式反应(polymerase chain rea... 目的分析杀菌型益生菌含乳饮料中菌群组成结构,并探究宣称添加益生菌的真实性和合规性。方法本研究以高通量测序技术为基础,从市售11批次杀菌型益生菌含乳饮料中全基因组提取,进行V3/V4变异区序列的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增后,整理及统计样品测序序列数目,操作分类单元(operational taxonomic unit,OUT)归类,生成稀释曲线、Alpha多样性、聚类、丰度分布曲线与分析菌群结构和菌种标示合规性。结果共得到39231条优质序列,分布在210~518 bp范围内;共注解到16个门、37个纲、71个目、129个科、265个属;从门分类水平主要为厚壁菌门(Firmicutes 91.66%),从纲的分类水平主要为芽孢杆菌纲(Bacill 90.43%),从目的分类水平主要为乳杆菌目(Lactobacillales 82.74%);优势菌种为德氏乳杆菌保加利亚亚种、嗜热链球菌;同时产品有检出携带致病性非益生菌菌群。11种产品标签标示与实际检测到菌株完全一致的仅有1批次。结论本研究建立的高通量测序技术能准确、快速地探究杀菌型益生菌含乳饮料中微生物菌群多样性和潜在的致病性,市售产品益生菌种类丰富,但同质化程度较高,产品间菌群分布均匀度差异大。 展开更多
关键词 益生菌 杀菌型 高通量技术 菌群结构
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基于高通量测序技术分析蒙古族传统奶酪微生物菌群多样性 被引量:1
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作者 刘敏 林佳卫 +1 位作者 焦昱玮 杜浩月 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第3期116-120,共5页
以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群... 以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群多样性最高,成熟30 d时真菌菌群丰富度最高。发酵凝乳及奶酪成熟过程中优势细菌属(平均相对丰度>1%)为乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、拉乌尔菌属(Raoultella)、葡萄糖杆菌属(Gluconobacter)、链球菌属(Streptococcus);优势真菌属为地霉属(Geotrichum)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、克鲁维酵母属(Kluyveromyces)、未分类双足囊菌科(unclassified_f_Dipodascaceae)、毕赤酵母属(Pichia)、孢圆酵母属(Torulaspora)、德克酵母属(Dekkera)。主坐标分析(PCoA)结果表明,发酵凝乳和奶酪成熟0 d时细菌群落结构差异较大,真菌群落结构较为相似;奶酪成熟10 d、20 d和30 d时细菌群落结构较为相似,真菌群落结构差异较大。综上,奶酪成熟过程中微生物丰富,且成熟过程对微生物群落结构具有明显影响。 展开更多
关键词 蒙古族奶酪 高通量 微生物群落 多样性 优势菌群
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基于高通量测序技术的9种铁线莲属药材混合粉末分子鉴定
13
作者 呼和 莫日根 +5 位作者 乌雅汉 乌日汗 额尔敦呼 白明君 包桂花 许亮 《药学研究》 CAS 2024年第1期30-34,共5页
目的建立基于高通量测序技术的9种铁线莲属混合粉末分子鉴定方法。方法采用高通量测序技术,对9种铁线莲属药材混合粉末样品中的总DNA经提取,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME、... 目的建立基于高通量测序技术的9种铁线莲属混合粉末分子鉴定方法。方法采用高通量测序技术,对9种铁线莲属药材混合粉末样品中的总DNA经提取,对ITS2片段进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用FLASH、QIIME、GraPhlAn及MEGA 7.0软件对序列进行整理并聚类分析,鉴定混合粉末中的物种。结果混合粉末样品中得到高质量的ITS2序列共496条,铁线莲属物种含有序列72条,比对出棉团铁线莲、女萎铁线莲、短尾铁线莲、灌木铁线莲、单叶铁线莲、黄花铁线莲、粗齿铁线莲等7个物种,未能比对出东北铁线莲和芹叶铁线莲。结论以ITS2作为DNA条形码,采用高通量测序技术,可以鉴定出铁线莲属药材混合样品中的7个物种,为混合药材的鉴定提供依据。 展开更多
关键词 高通量技术 ITS2 铁线莲属 药材 混合粉末 分子鉴定
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基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络
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作者 王瑾瑾 段英奇 +2 位作者 崔文飞 牛钰琪 闫国立 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2024年第5期607-612,共6页
目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型... 目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型。处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测。构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析。结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1495个、差异表达的miRNA 72个。成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23个lncRNA、23个miRNA与2个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络。GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关。结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络。 展开更多
关键词 竞争性内源RNA lncRNA 糖尿病肾病 高通量 生物信息学 小鼠
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基于高通量测序技术对不同地区米酒曲微生物群落结构的分析
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作者 罗莉 甘晋铭 +4 位作者 向亮亮 毛文定 谭爱华 徐丹艺 李方桥 《酿酒科技》 2024年第9期82-86,共5页
采用高通量测序技术对湖北宜昌当地传统米酒曲与广西玉林传统米酒曲中的微生物群落结构进行解析,获得了酒曲中主要微生物种属和占比。结果表明,广西米酒曲在物种丰富度以及群落多样性上均高于宜昌米酒曲;广西米酒曲中优势真菌属以根霉属... 采用高通量测序技术对湖北宜昌当地传统米酒曲与广西玉林传统米酒曲中的微生物群落结构进行解析,获得了酒曲中主要微生物种属和占比。结果表明,广西米酒曲在物种丰富度以及群落多样性上均高于宜昌米酒曲;广西米酒曲中优势真菌属以根霉属(Rhizopus)、毛霉属(Mucor)、毕赤酵母属(Pichia)和假丝酵母属(Candida)为主,宜昌米酒曲中根霉属(Rhizopus)和毛霉属(Mucor)为优势菌属;在细菌属水平上,广西米酒曲以片球菌属(Pediococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、魏斯氏属(Weissella)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主,宜昌米酒曲优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)和魏斯氏属(Weissella);ASV/OTU韦恩图分析表明宜昌酒曲在物种独特性上要优于广西玉林酒曲。本研究揭示了宜昌传统米酒曲中的真菌与玉林传统米酒曲真菌菌种的差别,为逐步改善传统酒曲质量,以及相关微生物的进一步利用提供了理论指导依据。 展开更多
关键词 高通量技术 菌落结构 米酒曲 ASV/OTU韦恩图
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基于高通量测序的营养不良儿童肠道菌群多样性研究
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作者 吴慧丹 黄峥 +3 位作者 阳丽君 江美花 李扬帆 梅桂斌 《中国现代药物应用》 2024年第1期175-180,共6页
目的 使用高通量测序模式和方法 ,对比分析营养不良儿童和正常儿童中肠道菌群物种存在的多样性和实际组成特点存在的差异。方法 选取20例营养不良患儿作为A组,选择20例身体正常的儿童作为B组,采集分析粪便样本,提取细菌中的核糖体DNA(RD... 目的 使用高通量测序模式和方法 ,对比分析营养不良儿童和正常儿童中肠道菌群物种存在的多样性和实际组成特点存在的差异。方法 选取20例营养不良患儿作为A组,选择20例身体正常的儿童作为B组,采集分析粪便样本,提取细菌中的核糖体DNA(RDNA),通过两组聚合酶链式反应(PCR)模式和方法 ,增加V4~V5区域实现高通量的测序设计,并进行生物信息学的分析研究;构建相应的稀释曲线,使用MOTHUR软件实现APLHA的多样化的计算分析,通过R语言实现热图(HEAT MAP)分析研究,实现典型关联分析(CCA),之后分别在样本的门和属两个列表中实现数据的整合和归纳,进行统计分析。结果 两组年龄、性别、分娩方式等一般资料比较,差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组样本中共发现微生物154种。A组肠道菌群的操作性分类单元(OTU)为320, B组大肠产甲烷菌群的OTU为348,以及其共同OTU为290,两组肠细菌群门的细菌中共检出14个。为更好地展现检测结果 ,本研究依托柱状图优势,将各个样品进行分类学层面的比较和研究。A组硬壁菌门及未分级菌(乳酸菌)的OTU少于B组,拟杆菌(多形状杆菌、罗斯菌)的OTU多于B组,差异有统计学意义(P<0.05)。除A组含有的菌群外, B组还独有厌氧弧菌属、厌氧螺菌属等19种,远超A组体内的菌群种类和丰度。两组体内多形杆状菌、隐秘杆菌属等5种菌群丰度相同,差异无统计学意义(P>0.05),其他菌群丰度比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论 营养不良儿童肠道菌群中硬壁菌的数量较少,其中多形杆状菌和罗斯菌的浓度较高,为保持菌群的稳定性与均衡,必须利用不同菌属的实际特性做好菌落的调节,确保儿童有良好的消化吸收与身体生长发育。 展开更多
关键词 高通量 营养不良 儿童肠道 菌群多样性
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基于高通量测序技术的老化油泥对大庆油田土壤细菌多样性的影响
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作者 王卉卉 匡少平 王炳辰 《青岛科技大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第3期60-68,共9页
采集大庆油田不同泥龄老化油泥污染土壤样本,采用高通量测序技术对样本细菌多样性特征开展研究,结合土壤理化性质分析,揭示老化油泥对大庆油田土壤细菌多样性的影响效应,并筛选确定样本中的优势特色耐油菌,为老化油泥污染土壤的原位微... 采集大庆油田不同泥龄老化油泥污染土壤样本,采用高通量测序技术对样本细菌多样性特征开展研究,结合土壤理化性质分析,揭示老化油泥对大庆油田土壤细菌多样性的影响效应,并筛选确定样本中的优势特色耐油菌,为老化油泥污染土壤的原位微生物修复提供理论依据和数据支持。理化性质分析结果表明,污染土壤pH值下降,由碱性(8.44)变为中性(7.47~7.85),总有机碳(TOC,20.12~28.35g·kg^(-1))和总石油烃(TPHs,2475~2955 mg·kg^(-1))含量均显著升高,有效磷(AP)和有效氮(AN)急剧降低。Illumina Miseq高通量测序结果显示,老化油泥对土壤细菌多样性和群落结构具有显著影响。土壤受老化油泥污染后,厚壁菌减少了约85%,变形菌(Proteobacteria)和芽单胞菌(Gemmatimonadetes)的相对丰度显著增加至46.63%±4.65%和14.11%±1.53%,且污染时间越长,对变形菌的促进作用越大。细菌科和属水平凸显了Woeseiaceae(γ-变形菌)和JTB255-MBG(变形菌门-Woeseiaceae菌科)的丰度增长,且其相对丰度与油泥污染时间呈显著正相关。高通量测序结果揭示,老化油泥污染一方面抑制了土壤中许多重要细菌的生长,另一方面也衍生和促进了具有耐油特性的其他细菌的生长发育。其中,变形菌门是石油污染土壤中最主要的优势菌门,它与所包含的耐油细菌科、属形成了“变形菌门-Woeseiaceae菌科-JTB255-MBG菌属”的优势耐油细菌群落结构。本研究成果可为老化油泥污染土壤的原位微生物修复提供理论依据与支持。 展开更多
关键词 高通量 细菌多样性 老化油泥 土壤
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X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系TRAPPC2基因缺失突变的高通量测序分析
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作者 刘宇 王环环 +1 位作者 肖冰 唐利芳 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期407-411,共5页
目的·研究一个X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因及突变类型。方法·提取一个SEDT家系6名成员外周血基因组DNA。应用Clearseq遗传性疾病试剂盒靶向捕获先证者基因组样本中... 目的·研究一个X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因及突变类型。方法·提取一个SEDT家系6名成员外周血基因组DNA。应用Clearseq遗传性疾病试剂盒靶向捕获先证者基因组样本中与罕见遗传性疾病相关的致病区域,并进行高通量测序,过滤去除高频突变。采用外显子组隐马尔科夫模型(exome hidden Markov model,XHMM)分析拷贝数变异(copy number variant,CNV),并进一步对6名家系成员基因缺失片段的拷贝数进行实时定量PCR分析。结果·高通量测序分析结果显示,先证者X染色体存在2.5 kb缺失(chrX:13732385~13734927),该区域覆盖转运蛋白复合体亚单位2(transport protein particle complex subunit 2,TRAPPC2)基因的第4~6个外显子。定量PCR结果证实先证者及其表哥均存在该缺失,先证者母亲为杂合缺失,先证者父亲、姐姐和表型正常的舅舅拷贝数均正常。结论·TRAPPC2基因第4~6个外显子片段的缺失为SEDT的致病性突变;同时高通量测序分析中运用XHMM算法可检测到致病基因多个外显子的缺失。 展开更多
关键词 迟发性脊椎骨骺发育不良 高通量 转运蛋白复合体亚单位2基因
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基于高通量测序的眼-鼻区系微生物菌群研究进展
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作者 张馨心 董魁 +1 位作者 康志明 孙斌 《临床眼科杂志》 2024年第4期379-383,共5页
近年来,微生物在眼部的作用日益受到重视。传统的眼部微生物鉴定主要集中于涂片、细菌培养等检查手段,但受到培养条件等各种因素限制导致阳性率低。随着人类宏基因组计划的启动实施,高通量测序技术因其通量高、灵敏度及特异性高、信息... 近年来,微生物在眼部的作用日益受到重视。传统的眼部微生物鉴定主要集中于涂片、细菌培养等检查手段,但受到培养条件等各种因素限制导致阳性率低。随着人类宏基因组计划的启动实施,高通量测序技术因其通量高、灵敏度及特异性高、信息量丰富、成本低的特点可将微生物群落定义到属、种水平,有助于更好的理解眼部疾病的病因、诊断、治疗及预防,推动眼科实现精准化医疗进程。由于眼部与鼻部在解剖结构上相通,本文旨在探讨眼部和鼻部微生物菌群策略的研究进展及眼-鼻区系微生物可能的传播途径,为眼鼻相关疾病的研究提供基础。 展开更多
关键词 眼部 鼻部 微生物 高通量
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高通量测序技术在结核病诊断和耐药检测中的应用进展
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作者 朱庆东 王琦 +2 位作者 宋畅 赵春艳 阳世雄 《新发传染病电子杂志》 2024年第5期78-82,共5页
结核病是一种传染性强、病死率高的慢性疾病,及时诊断和耐药性检测对结核病的防治至关重要。尽管常规的病原学检测方法在结核病的诊断中起到了重要作用,但也存在一定的局限性,难以满足临床快速、精确诊断的需求。高通量测序技术在感染... 结核病是一种传染性强、病死率高的慢性疾病,及时诊断和耐药性检测对结核病的防治至关重要。尽管常规的病原学检测方法在结核病的诊断中起到了重要作用,但也存在一定的局限性,难以满足临床快速、精确诊断的需求。高通量测序技术在感染性疾病病原体检测方面的应用日益广泛,随着技术的发展,在结核病的诊断和耐药性检测方面也有新的突破。高通量测序技术能够在短时间内分析大量样本,快速识别结核分枝杆菌的基因序列,同时检测耐药基因突变,在结核病的诊断和耐药性快速检测方面显现出巨大的潜力和价值。本文重点探讨了二代测序(next-generation sequencing,NGS)和三代纳米孔等高通量测序技术在结核病早期诊断和耐药基因突变监测方面的应用,讨论宏基因组测序、靶向测序和全基因组测序等测序技术的临床应用策略。 展开更多
关键词 结核病 高通量技术 二代 三代纳米孔
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