大白猪多群体一步法基因组选择的应用效果分析

【目的】探究在拥有大量无基因型参考群的群体中,基因组选择(GS)方法与传统BLUP方法预测准确性的差异。同时,对比联合评估中GBLUP和一步法GBLUP的应用效果,为联合评估提供参考依据。【方法】使用6个大白猪群体(A~F)的校正达100 kg体重日龄(DAYS_100)和校正达100 kg体重背膘厚(BFT_100)2个性状进行分析,并估计遗传力及遗传相关。探究BLUP、GBLUP和ssGBLUP模型在不同群体及合并群体中的预测准确性。【结果】(1)F群体BFT_100性状遗传力较低、仅为0.071,其他群体的BFT_100性状遗传力为0.205~0.383。6个群体的DAYS_100性状遗传力为0.258~0.598。(2)除D群体2个性状间的遗传相关为0.211外,其他群体的遗传相关为负相关(-0.462~-0.200)。(3)对于DAYS_100性状,B、C、E和F群体中GBLUP模型的预测准确性最高。对于BFT_100性状,A、B和C群体中ssGBLUP模型的预测准确性最高,而D和E群体中GBLUP模型的预测准确性最高。(4)F群体与A群体的场间关联率(CR)达3.096%,而在F群体中,使用合并参考群的一步法基因组选择,可以提高BFT_100性状的预测准确性。【结论】在基因型个体数>500且群体占比>7%的群体中,GBLUP或ssGBLUP模型的预测准确性高于BLUP模型;利用ssGBLUP模型对场间关联率达到3%的群体进行联合评估,可提高低遗传力性状的预测准确性。