燕麦全基因组SSR位点鉴定及多态性标记开发

【目的】了解燕麦基因组SSR位点分布情况并开发燕麦全基因组SSR标记,为燕麦皮裸基因克隆、遗传图谱构建、群体多样性分析等提供科学的参考依据。【方法】利用已公布的“三分三”裸燕麦参考基因组,通过TBtools软件对燕麦全基因组的SSR位点进行检索并利用EXCEL和SPSS软件对检索数据分析其分布特征。根据检索结果设计引物,在构建的F_(2)遗传群体中小规模进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证,并克隆测序其有效性与真实性。【结果】在燕麦基因组中,SSR数量众多,类型丰富。全基因组共检索到828138个SSR位点,SSR平均密度为78.16个/Mb,平均距离为12.90 kb。单、双、三核苷酸重复类型占主导优势。基元重复次数主要集中在5次和6次,A/T、AG/CT和AAC/GTT重复基元为优势基元。燕麦基因组SSR位点呈现中度多态性,长度变化范围为11-1587 bp。并由此开发设计52对多态性引物在试验材料中进行扩增验证,在构建的遗传群体中均具有多态性。【结论】在“三分三”裸燕麦参考基因组中开发SSR引物有效可行,可以用于后续进一步试验研究。

Multikinase inhibitor-associated hand-foot skin reaction as a predictor of outcomes in patients with hepatocellular carcinoma treated with sorafenib

AIM To investigate the relationship between the onsets of multikinase inhibitor(MKI)-associated hand-foot skin reaction(HFSR) and prognosis under intervention by pharmacists after the introduction of sorafenib.METHODS We conducted a retrospective study involving 40 patients treated with sorafenib. Intervention by pharmacists began at the time of treatment introduction and continued until the appearance of symptomatic exacerbation or non-permissible adverse reactions. We examined the relationship between MKI-associated HFSR and overall survival(OS) after the initiation of treatment.RESULTS The median OS was 10.9 mo in the MKI-associated HFSR group and 3.4 mo in the no HFSR group, showing a significant difference in multivariate analysis. A multivariate analysis of the time to treatment failure indicated that the intervention by pharmacists and MKI-associated HFSR were significant factors. The median cumulative dose and the mean medication possession ratio were significantly higher in the intervention group than in the non-intervention group. A borderline significant difference was observed in terms of OS in this group.CONCLUSION Intervention by pharmacists increased drug adherence. Under increased adherence, MKI-associated HFSR was an advantageous surrogate marker. Intervention by healthcare providers needs to be performed for adequate sorafenib treatment.

新型眼科手术部位标记笔的设计及应用

目的设计新型眼科手术部位标记笔,探讨其应用的效果,为临床提供一种更安全、精准的手术部位皮肤标记工具。方法采用便利抽样法,选取2021年6月至7月拟准备手术的患者160例作为对照组,选取2021年8月至9月拟准备手术的患者160例作为观察组。对照组患者采用普通皮肤记号笔标记手术部位,观察组采用新型眼科手术部位标记笔进行标记。比较两组患者标识的规范性(包括标识的大小、形状、位置)。结果采用新型眼科手术部位标记笔后,观察组手术部位标记的大小、形状、位置的规范性均较对照组明显提升,组间比较,均P<0.001,差异具有统计学意义。结论新型眼科手术部位标记笔能提高手术部位标识的规范性,同时确保手术安全。

苹果果皮颜色性状的SSR标记

以24个苹果品种以及来自3个不同杂交组合的60个F1代结果单株为试材,对与苹果果皮颜色性状相关的DNA分子标记进行了研究。通过采用集群分类法(Bulked Segregant Analysis,BSA)对当前定位于苹果基因组图谱LG9上的所有SSR引物的分析,筛选到了一个与苹果果皮红色/非红色性状相关的SSR标记CN444542-156,该标记在红色表型上表现为隐性,在非红色表型上表现为显性。进一步分析表明,该标记对F1代单株性状预测的正确率为93.3%。

黄瓜白色果皮基因遗传规律及定位研究

以黄瓜嫩果深绿色果皮自交系1507(P1)和白色果皮自交系1508(P2)为亲本,构建6世代遗传群体(P1、P2、F1、F2、BC1P1、BC1P2),对黄瓜嫩果白色果皮基因(w)进行遗传规律分析和基因定位研究。结果表明,黄瓜白色果皮性状由隐性单基因(w)控制,深绿色对白色为显性。利用F2群体,结合分离群体分组分析法筛选得到了14个与w基因相关的SSR标记,构建了该基因的SSR连锁群,将其定位到黄瓜3号染色体上,两侧的标记为SSR23517和SSR23141,遗传距离分别为4.9cM和1.9cM。侧翼标记之间的物理距离为1 150kb,在该区域中共预测了500个候选基因。该研究对w基因的初步定位,为该基因精细定位及分子标记辅助选择育种奠定了良好的基础。

新近交系HLC小鼠的遗传监测

目的 :检测新培育的HLC近交系的基因纯合性。方法 :按照国家实验动物质量检测中心编著的实验动物遗传检测操作规程 ,用电泳法分别对第 2 5代HLC近交系小鼠 9条染色体上基因编码的 13个生化标记蛋白进行了生化标记检测 ,用同系异体间尾部皮肤进行了移植试验 ,并与DBA/ 2交配进行了毛色基因测试。结果 :各生化标记位点全部纯合 ;皮肤移植 10 0d后 ,未见排斥现象 ,为同系组织遗传性 ;杂交F1的毛色同BALB/C与DBA/ 2杂交的F1代相同 ,全部为桂皮色 ,基因型为AAbbccDD。结论 :HLC小鼠是基因位点高度纯合的近交系小鼠。

与苹果果皮红色性状相关的RAPD分子标记的筛选

用355条10bp随机引物来筛选与苹果果实红色性状连锁的分子标记。通过分离群体分组分析,在果实红色与非红色2个对比基因池间进行了扩增筛选,初步选出49个多态性引物,进一步对这些多态性引物进行群体上的分析发现S519可以扩增出大约1000bp左右的一条与红色性状相关的DNA特异带。对本研究的73个来自3个不同杂交组合的F1后代个体分析表明,该标记判断果实红色性状的符合率为76.7%。鉴于获得的多态性标记对果皮颜色预测的准确率不高的现状,我们采用了双标记组合分析方案,即用S5191000分别与以往获得的3个与果色性状相关的标记(S12891200、S12351000和S21071200)配对组合进行判断,从而使得标记对目标性状预测的正确性大为提高。另外,对总共获得的4个RAPD标记在9个栽培品种上进行了分析,大多数品种的表现与理论一致。

基于标记点测量方法的上肢日常活动测量研究

使用基于普通摄像机的多维摄像系统,实现了基于体表标记点测量方法的上肢关节运动分析。在建立上肢运动模型基础上利用重构得到的标记点的空间数据,获得空间运动参数,建立了关节坐标系,并提出关节转角的计算方法。对上肢的日常活动进行了分析与测量。

野生来源TW近交系小鼠的遗传监测

目的 对中国特有野生来源的TW (TianjinWild)小鼠近交系进行遗传质量检测。方法 按照国标GB T14 92 7 1 2 0 0 1、GB T14 92 7 2 2 0 0 1及WHO(国际实验动物科学理事会 )遗传检测操作规程 ,对TW近交系小鼠进行Akp1等 2 5个遗传生化标记基因纯合度测定 ,进行组织相容性基因纯合度的测定。结果 对TW近交系小鼠进行Akp1等 2 5个遗传生化标记基因的测定 ,所检基因均为纯合体。同时 ,在所检的 2 5个遗传位点中 ,发现有 8个罕见生化标记基因多态性位点 ;检测的组织相容性基因为纯合。结论 按照国家标准 ,野生来源的TW小鼠近交系遗传纯合度已达国标 ,成为高度纯合的近交实验小鼠品系 ,并可望成为具有标准基因库 (型 )

红皮梨研究进展

果皮色泽是果实重要的外观品质性状,红皮梨颜色鲜艳喜人,受到育种者和消费者的青睐,具有较高的商品价值。综述了国内外红皮梨种质资源和新品种选育情况、红皮梨着色特点、红皮梨花青苷主要组分及分布,总结了花青苷生物合成过程中结构基因与调节基因的作用机制、影响红皮梨花青苷积累的因素,以及红皮梨遗传图谱构建及红皮性状定位方面的研究进展。分析了国内外红皮梨研究方面存在的问题,提出了红皮梨下一步的研究重点和种质创新与新品种选育的方向。

SX1近交系小鼠遗传纯度的初步研究

目的初步鉴定山西省肿瘤研究所第22代SX1近交系小鼠遗传纯度。方法应用生化基因位点遗传质量检测法和皮肤移植测试法对山西省肿瘤研究所自行培育的第22代昆明近交系小鼠进行了遗传纯度的初步鉴定。结果所检测的6只近交系小鼠的13个生化位点均未发现杂合基因型,所检基因位点全部纯合;所检测的10只近交系小鼠异体间未发现急性排斥现象。结论初步判定山西省肿瘤研究所自行培育的第22代昆明近交系小鼠在遗传质量上符合国标有关实验动物遗传质量检测的要求。

膀胱CBCT图像中标记物选取的研究

目的制定一种可视性量化算法,研究膀胱CBCT图像中不同标记物特性,选取最佳标记物。方法拍摄粘贴于体侧的不同类型及粗细的标记物的CBCT平片,计算不同标记物的信号值、噪音值,进而量化标记物可视性,并获得相应条件下的皮肤剂量。结果所研究的标记物,若其量化值对比度同背景噪音比(CNR)﹥2,该标记物可视性是可以接受的。多数标记物CNR﹥2,但碳标记物和线性螺旋金标记物(0.35 mm×5 mm)在穿越骨组织成像时CNR﹤2;线性螺旋金标记物(5 mm×0.5 mm)的CNR﹥2且射线扰动最小,皮肤剂量可以接受,最适合用来成像。结论线性螺旋金标记物(5 mm×0.5 mm)最适合用来成像,但需完善内植标记物的临床手术。由于条件限制,无法在治疗中实时计算标记物坐标,需提高软硬件水平并研究新的方法。

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。

IRM-2近交系小鼠的遗传监测

目的观察ＩＲＭ－２小鼠基因纯合性和遗传质量。方法用电泳法对ＩＲＭ－２近交系小鼠进行了生化标记基因检测，并做了毛色基因和皮肤移植试验。结果分析测定了第２３代小鼠１３条染色体上２５个基因位点和第３８代的１３个生化标记基因，所查基因位点全部纯合；同系异体间背部皮肤移植１００ｄ后，未见排斥现象，为同系组织遗传性；与ＢＡＬＢ／ｃ白化系小鼠交配进行的毛色基因测试，杂交第一代小鼠的毛色与ＩＲＭ－２小鼠一致，均为浅桂皮色，基因型为ＡＡｂｂＣＣＤＤ。结论可以认为，ＩＲＭ－２小鼠是遗传上高度纯合的近交系小鼠。

传统乳腺癌放疗定位托架的改进

目的对传统乳腺癌放疗定位托架的结构进行改进,以更有效地固定乳腺癌放疗定位时病人的体部。方法在传统乳腺癌放疗定位托架倾斜板的左右两侧装配1对可滑动的有机玻璃挡板,挡板的滑动位移值可由托架面上的刻度尺指示。结果对1例乳腺癌病人,分别应用改进前和改进后的定位托架进行摆位,并对其10次摆位的体表标记点位移偏差进行比较。结果显示,应用改进前托架的体表标记点摆位偏差为(7.5±0.65)mm;应用改进后托架的体表标记点摆位偏差为(1.5±0.32)mm。结论改进后的乳腺癌放疗定位托架能够更有效地固定病人上体部,从而提高乳腺癌病人的放疗定位精度。

一种基于计划床值的摆位方法在保乳术后调强放疗中的应用

目的为提高在Orfit板+体表标线固定技术下的乳腺癌保乳术后调强放疗患者摆位治疗精准度,提出一种基于计划床值的改良摆位方法。方法选取29例在Orfit板+体表标线固定技术下接受保乳术后调强放疗病例,同一患者分别按体表治疗标记点(常规摆位组)与计划床值(试验摆位组)进行摆位,并通过锥形束计算机断层扫描(cone⁃beam computed tomography,CBCT)自动配准方式获取两组在左右(lateral,Lat)方向、头脚(longitudinal,Lng)方向和腹背(vertical,Vrt)方向的配准误差,同时收集患者治疗前的体质量指数(body mass index,BMI)、乳房最大厚度值,与各方向误差值进行相关性Pearson分析。结果常规摆位组在左右(Lat)方向、头脚(Lng)方向和腹背(Vrt)方向的摆位误差分别为(-0.01±0.32)cm、(-0.03±0.23)cm和(-0.20±0.38)cm;试验摆位组摆位误差依次为(-0.04±0.31)cm、(0.04±0.22)cm和(-0.06±0.23)cm。两组在头脚(Lng)方向和腹背(Vrt)方向的摆位误差(P<0.05)有统计学意义;而左右(Lat)方向的(P>0.05)无统计学意义。BMI值与常规摆位误差存在相关性[腹背(Vrt)方向r=-0.435,P=0.018],与试验组各方向摆位误差均不存在相关(P>0.05);乳房厚度与两组各方向摆位误差均不存在相关(P>0.05)。结论计划床值摆位精度优于体表治疗标记点,提示对Orfit板+体表标线固定技术下的保乳术后患者放疗具有潜在的临床获益。

中国山羊痘弱毒疫苗AV41株基因组分子标记的比较分析

为鉴别我国山羊痘病毒(GTPV)弱毒疫苗AV41株与牛结节性皮肤病病毒(LSDV)野毒株,运用生物信息学方法将AV41株基因组全序列与GenBank中已发表的LSDV、GTPV和绵羊痘病毒(SPPV)基因组进行比较,筛选AV41株基因组分子标记。采用我国不同厂家来源的AV41株疫苗测序验证分子标记相关序列,并与我国LSDV野毒株相应位置序列比较。结果显示,通过基因组比较分析共筛选获得分子标记19个,经测序确认其中7个为AV41株基因组独特分子标记,包括DNA ligase基因2433A2434、Kelch-like protein基因1831A1832、GTPV_gp020基因G203A、GTPV_gp021基因C681T、DNA-binding viron core protein基因C47T、RNA polymerase subunit基因T64C和Myristylated protein基因C746A,而我国LSDV野毒株相应位置序列未见上述变化。本研究揭示了AV41株基因组独特分子标记分布情况,可用于我国牛结节性皮肤病疫情防控中与LSDV野毒株的分子鉴别。

改良动脉穿刺法在危重患者中的应用

目的探讨改良动脉穿刺法,即痕迹动脉穿刺法对患者动脉采血成功率的影响及临床效果。方法收集2012年7月至2014年5月在急诊综合ICU和急诊抢救室的719例患者临床资料,随机分为研究组和对照组,分别采用痕迹动脉穿刺法和触摸动脉穿刺法,比较2种穿刺法差别。结果研究组一次穿刺成功率为74.80%,明显高于对照组的35.38%,2组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论应用改良动脉穿刺法成功率明显优于触摸动脉穿刺法。

胸腹部肿瘤放射治疗定位和摆位的研究与改进

目的:对现行胸腹部肿瘤放射治疗定位和摆位方法进行研究,提出改进方案,对改进方案进行说明分析。方法:通过对皮肤标记点位移误差产生原因分析,说明现行定位和摆位的缺陷,通过对改进方案介绍及改进后皮肤标记点位移误差的统计分析,说明改进方案的优点。结果:现行定位摆位方法,肿瘤中心皮肤标记点平均位移误差是5.3 mm,改进后皮肤标记点平均位移误差是1.8 mm。结论:胸腹部定位摆位方法改进后,可以到达理想精确定位摆位目的,为胸腹部肿瘤"三精"放射治疗提供可靠保障,值得推广。

一测多评法同时测定蟾皮中7种蟾毒内酯

目的 建立一测多评法同时测定蟾皮中华蟾酥毒基、日蟾毒它灵、蟾毒它灵、蟾毒灵、酯蟾毒配基、远华蟾蜍精、伪异沙蟾毒精的含量。方法 该药材甲醇提取液的分析采用Agilent ZORBAX SB-C_(18)色谱柱(250 mm×4.6 mm, 5μm);流动相乙腈-0.1%甲酸,梯度洗脱;体积流量1.0 mL/min;柱温30℃;检测波长296 nm。以华蟾酥毒基为内标,计算其他6种蟾毒内酯的相对校正因子,测定其含量。结果 7种蟾毒内酯在各自范围内线性关系良好(r≥0.999 0),平均加样回收率97.61%~100.83%,RSD 1.15%~2.69%,一测多评法与外标法所得结果接近。结论 该方法准确可靠,可用于蟾皮的质量控制。