SDS-CTAB法提取烟草病圃土壤微生物总DNA

采用SDS-CTAB法提取了烟草病圃土壤中微生物的总DNA,经过纯化后获得的DNA大小约为21 kb,OD260/OD280高于1.70;用细菌和真菌保守序列引物进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳能检测到预期大小的扩增条带。

基于荧光定量PCR的土壤总DNA提取次数研究

探究在不借助其它仪器设备和试剂的条件下,土壤总DNA提取的优化方案。结合荧光定量PCR技术和高通量测序技术对土壤总DNA的提取次数进行研究;发现3次提取的DNA样品的核酸累计量和16S rRNA基因的拷贝数分别占总量的94.84%、85.37%,前4次提取的DNA样品的测序分析结果显示各样品中细菌的相对丰度差异不显著。因此,建议绝对定量分析的实验进行2次以上的DNA提取,定性分析和相对定量分析实验则只需1次提取即可。

露天矿排土场土壤微生物总DNA提取方法的研究

对露天矿排土场土壤微生物总DNA的提取方法进行了研究,将化学法(SDS高盐法和PBS缓冲液法)、酶法(溶菌酶和蛋白酶K)和机械法(循环冻融)组合为12种细胞裂解方案。琼脂糖凝胶电泳和UV检测的结果表明,SDS高盐法与酶法和机械法组合的6种方案所获得的DNA均具有较好的完整性和较大的浓度。为缩短试验时间,减小DNA在循环冻融过程中造成机械断裂的可能性,故SDS高盐裂解液不经循环冻融、并加入蛋白酶K和溶菌酶的方案组合为最佳,该结果为从分子水平上研究露天矿排土场土壤微生物的多样性及以PCR为基础的研究提供了可行的方法。

盐芥根际土壤微生物DNA提取方法的比较

目的:实验通过采集黄河三角洲地区耐盐植物盐芥的根际土壤,采用Martin法、SDS法、高盐改进法3种方法提取根际土壤的总DNA,测定提取的纯度和浓度。方法:对以上3种方法进行改进后,获得了较高的DNA质量和提取率。结果:采用SDS加蛋白酶K和溶菌酶的方法,提取总DNA的浓度为145.3μg/g,A260/A280为1.82;在高盐改进法中将样品反复冻融5次,提取总DNA的浓度为141.3μg/g,A260/A280为1.81。优化后的提取方法均得到了纯度较高的DNA样品,本实验为后续微生物多样性的研究提供了基础。

链霉菌查尔酮合成酶基因克隆及原核表达载体构建

根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该1条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明:该基因为放线菌来源chs基因.分别在该基因5'末端和3'末端分别引入的限制酶NcoI和EcoR I酶切位点,利用上述2种限制酶分别酶切导入到psimple-T/chs载体和原核表达pET32a,凝胶回收目的片段后,将二者连接并转化大肠杆菌感受态细胞,转化子经菌液PCR筛选、双酶切鉴定后,3730测序结果表明,该基因全长编码区为1089 bp,推测该基因编码全长为362个氨基酸残基,等电点(PI)为5.41、分子量为3 965道尔顿含有CHS保守功能区的酸性蛋白质.分析表明,该基因与Streptomyces lividans来源的查尔酮合成酶RppA基因核苷酸相似性高达93﹪,氨基酸序列相似性高达87.70﹪.测序结果表明,该基因已经成功插入到pET32a载体中.

一条土壤来源S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因克隆与进化分析

目的获取土壤来源基因编码s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因,为通过基因工程生产s-腺苷甲硫氨酸创造条件。方法设计基因特异简并引物,以土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到一条基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明该基因为放线菌来源基因。结果该基因全长编码区为1209bp,推测该基因编码全长为402个氨基酸残基,等电点(PI)为4.68、分子量为43452道尔顿,含有S-腺苷甲硫氨酸合成酶全酶必备的3个完整功能区的酸性蛋白质。进化分析表明该蛋白与天蓝色链霉菌A3(2)来源的s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因相似性高达98%。结论成功从土壤总DNA中克隆得到1条链霉菌同源的s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因,为进一步利用该蛋白奠定了基础。

脱腐预处理对土壤总DNA提取质量的影响

目的探索一种提高土壤总DNA提取质量的简易脱腐方法。方法于2014年3月,采集河南省某市农田4个采样区的混合土样(07、08、1A、2A)。分别用脱腐预处理后试剂盒提取(预处理组)和直接试剂盒提取法(未预处理组)提取土样总DNA,对保守序列16S r DNA和非保守序列(抗生素抗性基因sulⅡ、tet M、tet C和1类整合子酶基因int I1)进行PCR扩增。采用Gene Genius凝胶成像系统定量分析软件Gene Tools进行灰度值分析。结果预处理组和未预处理组提取的各个土壤总DNA均可扩增出16S r DNA,且PCR产物灰度值差异无统计学意义(均P>0.05);非保守序列sulⅡ、tet C和int I1基因的PCR扩增产物灰度值在两组中差异无统计学意义(均P>0.05);预处理组tet M基因的表达水平高于未预处理组,差异有统计学意义(P<0.05)。未预处理组的sulⅡ、tet M、tet C和int I1基因PCR扩增产物中均检测出了非特异性条带,而预处理组目的条带单一、较少非特异性条带。结论脱腐预处理方法提取的土壤总DNA更有利于后续分子生物学实验。

重金属污染土壤总DNA提取方法的研究——土壤预处理和硫酸铵铝在DNA提取中的应用

【目的】从土壤中获得高纯度、高得率和完整性好的总DNA,为重金属污染土壤微生物群落多样性的分析奠定基础。【方法】将一定浓度的硫酸铵铝增补入DNA提取液中,分别联合不同方式的土壤预处理,对所提取的土壤总DNA进行完整性、纯度和得率分析。【结果】TENP-AlNH4(SO4)2法、ABG-AlNH4(SO4)2法、Wash-AlNH4(SO4)2法和试剂盒4种提取方法获得的DNA片段均在23 kb左右,总DNA完整;Wash-AlNH4(SO4)2法提取的DNA纯度较高,A260/A230达到2.00,A260/A280达到1.62;ABG-AlNH4(SO4)2法的DNA得率最高,达到1 010μg/g土壤;这两种方法提取的DNA在纯度和浓度上均达到后续PCR等分子实验要求。通过扩增提取的土壤总DNA中16S rRNA基因,表明合适浓度的硫酸铵铝能有效去除土壤中的PCR干扰因子。【结论】本研究将土壤的预处理和一定浓度的硫酸铵铝联合使用,获得理想的重金属污染土壤的总DNA。

河西走廊地区盐碱土壤微生物总DNA提取方法的比较

为了找出一种更适于河西走廊地区盐碱土壤微生物总DNA的提取方法,分别运用方法 1(Omega试剂盒法)、方法 2(Mo Bio试剂盒法)、方法 3(CTAB-SDS法)和方法 4(Ca Cl2-SDS-酶解法),对河西走廊盐碱土壤微生物总DNA的提取方法进行比较。4种方法所提取总DNA片段分子量大约在23.1 kb,完整性较好,无明显降解现象。但4种方法所提取DNA的量差异很大,其中方法 1和方法 2提取的DNA目的条带不清晰,但纯度较高;方法 3和方法 4所提取的DNA产量高于方法 1和方法 2,但方法 3提取的总DNA杂质较多,影响后续分析的准确性;而方法4所提取得DNA纯度基本与试剂盒法接近,DNA提取量可达到452.875μg·g-1,远远高于其他3种方法,能满足后续实验,是一种较理想的且适合于河西走廊盐碱土壤微生物多样性和种群结构的总DNA提取方法。

风沙土微生物总DNA不同提取和纯化方法比较

为筛选和建立风沙土中总DNA的提取和纯化方法,选取了5种直接提取法、1种间接提取法和2种纯化法分别对风沙土中总DNA进行了提取和纯化,并对其质量和产量进行了比较.结果表明:6种方法均可从风沙土中提取到大小为23kb左右的总DNA,其中改进后的高盐提取法(用40%聚乙二醇8000和4mol·L-1NaCl沉淀DNA)效果最好,纯化后总DNA的纯度最高,可进行16S rDNA的PCR扩增,且产量仅稍低于试剂盒提取法;电泳加柱回收纯化法的纯化效果较好,经该方法纯化后的总DNA大部分可进行PCR扩增,可满足后续分子操作对DNA纯度的要求.