16SrDNA测序在细菌性重症肺炎痰液致病菌分析中的应用

目的 采用16S rDNA测序,分析重症肺炎痰液中致病菌构成,探索病原学诊断的新方法.方法 收集细菌性重症肺炎患者的痰液标本,运用聚合酶链反应（PCR）扩增及高通量测序技术,对标本中病原菌16SrDNA V3～V5区进行多样性分析.结果 测序显示痰液样本含有的物种种类相对较多,还存在较多未被测序检测到的物种,优势菌属主要为链球菌属、变性菌属、不动杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、普氏菌属、克雷伯菌属、假单胞菌属、水杆菌属、棒状杆菌属等.结论 细菌性重症肺炎痰液致病菌种复杂多样,物种丰富,16S-rDNA测序是临床实践中一种新的尝试.

基于16SrDNA测序的肥胖儿童肠道菌群变化分析

目的通过16SrDNA测序研究肥胖儿童肠道微生物的组成及变化特点,为后期相关研究奠定基础。方法于2017年4月-2018年4月选取肥胖儿童及正常体重儿童共59例,收集粪便,采用16SrDNA扩增子测序的方法检测儿童肠道菌群组成。结果肥胖组儿童和正常体重组儿童的肠道微生物多样性差异无统计学意义(P>0.05),但分布规律和数量差异有统计学意义(P<0.05)。在门水平中厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门是儿童肠道微生物群落中最丰富的菌群。其中疣微菌门数量在正常体重组显著高于肥胖组儿童。在属水平,发现多尔氏菌数量在肥胖组儿童肠道内显著高于正常体重组儿童,嗜黏蛋白阿克曼氏菌数量在正常体重组儿童显著高于肥胖组儿童。结论肠道菌群分布规律和数量的改变与肥胖的发生有密切联系。

四株细菌纤维素生产菌株16SrDNA序列分析及生产性能比较研究

对实验室筛选保藏的DHU-HL-Z1、DHU-HL-Z2和DHU-HL-Z3三株细菌纤维素(bacterial nanocellulose,BNC)生产菌株和对照菌Komagataeibacter xylinus ATCC 23770进行16SrDNA序列分析以及BNC生产性能比较。序列分析结果显示三株菌均属于木葡糖醋杆菌K. xylinus,与已报道的多株BNC生产菌株亲缘性较近。该三株菌的产量(12.8～14.8 g/L)均明显高于8.7 g/L(p>0.05)。DHU-HL-Z1和DHU-HL-Z2所产BNC的结晶度(87.64%和86.65%)明显高于对照菌ATCC 23770(62.34%)。凝胶膜力学性能方面,DHU-HL-Z2、DHU-HL-Z3和DHU-HL-Z1的杨氏模量分别为130 KPa、96 KPa和39 KPa,均高于ATCC 23770的23 KPa。结果表明三株保藏菌优良性能,在BNC研究和生产领域具有很好的利用价值。

复配香辛料精油对鲶鱼肉风干肠品质及安全性的影响

为了探究不同的香辛料精油复配组合对鲶鱼肉风干肠品质及安全性的影响,在腌制好的鲶鱼肉馅中分别添加丁香精油和八角精油(CA组)、丁香精油和紫苏精油(CP组)、八角精油和紫苏精油(AP组)、丁香精油和八角精油和紫苏精油(CAP组),各种精油以质量比1∶1复配,添加量为肉馅质量的0.03%,搅匀后经灌肠、风干制成鲶鱼肉风干肠,以不添加香辛料精油组为对照(CK组)。对风干肠的水分含量、水分活度(a_(w))、pH值、色差、硫代巴比妥酸反应物(thiobarbituric acid reactive substance,TBARS)值、生物胺含量、N-亚硝胺含量、微生物数量进行测定,并对样品进行16SrDNA高通量测序分析。结果表明,AP组鲶鱼肉风干肠的水分含量为27.13%,a_(w)值为0.765。CA组的L*值和a*值较高,具有风干肠典型的外观。4个处理组的pH值均高于对照组,由高至低依次为CAP>AP>CA>CP。不同的精油复配组合在抑制脂肪氧化方面总体无显著差异(P>0.05),但均能显著降低风干肠的TBARS值(P<0.05)。AP组中生物胺和N-亚硝胺的含量较低,菌落总数、肠杆菌科数、气单胞菌数显著低于CK组(P<0.05)。高通量测序结果显示AP组和CAP组物种丰富度较低,且AP组中致病菌的相对丰度较低。综合分析,八角精油和紫苏精油复配(AP组)在改善鲶鱼肉风干肠品质和提高安全性方面效果优于其他组。

一株耐铬菌株的分离、鉴定及其耐铬性能的检测

铬污染对环境和人类健康的危害日益严重,Cr(Ⅵ)和Cr(Ⅲ)是最常见的形态。与Cr(Ⅲ)相比,Cr(VI)毒性更大,更容易被人体吸收,对人体危害更大。因此,将有毒Cr(Ⅵ)转化为Cr(Ⅲ)是一种公认的铬解毒策略。从土壤中分离出一株能耐受高浓度Cr(Ⅵ),并对Cr(Ⅵ)具有较高去除作用的菌株,命名为FDR11。该菌株表现出较强的盐浓度、pH值和温度适应性。FDR11在24 h内能将0.5 mmol/L Cr(Ⅵ)完全去除,在2.5 mmol/L浓度的Cr(Ⅵ)溶液中,去除率仍能达到55%。此研究发现的FDR11可以作为铬污染生物修复的高活性菌株。

一种国产全自动微生物质谱检测系统性能评价

目的对国产全自动微生物质谱检测系统的临床常见病原菌鉴定能力进行评价。方法收集该院2021年3-5月来自临床非重复菌株302株。采用CMI-3800全自动微生物质谱检测系统(CMI-3800 MS)和VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定仪(VITEK 2 Compact)对病原菌进行鉴定,结果不一致的菌株采用16SrDNA基因测序予以确认。结果CMI-3800 MS鉴定到属水平有297株(98.34%),鉴定到种水平有288株(95.36%);VITEK 2 Compact鉴定到属水平有296株(98.01%),鉴定到种水平有277株(91.72%)。两种检测方法鉴定属一致的为296株(98.01%),种一致的为277株(91.72%);在种不一致的25株中取18株采用16SrDNA测序鉴定。结果显示,CMI-3800 MS有12株标本在种水平鉴定与16SrDNA基因测序结果完全一致,4株标本属水平一致,其余2株种属均不一致;VITEK 2 Compact有13株标本在属水平鉴定与16SrDNA基因测序的结果一致,4株种属均不一致,有1株未能鉴定出来。结论CMI-3800 MS与VITEK 2 Compact对临床常见病原菌的鉴定结果较一致,但前者通量大、重复性好、操作简便,且在时间和经济成本上明显优于后者,符合对临床微生物鉴定的要求。

基于16SrDNA高通量测序方法检测猪舍空气微生物多样性

采用16SrDNA高通量测序方法研究猪舍空气微生物的多样性。实验采用Illumina MiSeq 2×250系统,对细菌16S rDNA(V4)区进行测序;采用QIIME软件对数据进行分析。结果表明:猪舍空气微生物多样性丰富,基于97%的相似规律来确定OTU(operational taxonomical unit),其中,有16种门、115种科、217种属被鉴定;在属水平上,10种优势菌群是Pseudomonas、Acinetobacter、Streptococcus、Lactococcus、Enhydrobacter、Lactobacillus、Chryseobacterium、Wautersiella、Flavobacterium、Leuconostoc,其中,6种被报道为病原微生物。实验结果表明,了解猪舍空气微生物的多样性、丰度及优势菌群的病原性对猪舍疾病防控有一定指导意义。

基于16SrDNA基因测序探究骨碎补总黄酮对骨关节炎大鼠肠道菌群的影响

目的:探究骨碎补总黄酮对骨关节炎(OA)模型大鼠肠道菌群的影响,并分析其治疗OA的潜在机制。方法:通过Hulth法建立OA大鼠模型,使用骨碎补总黄酮干预后获取大鼠粪便及膝关节软骨。将大鼠膝关节软骨进行病理学观察并进行Mankin's评分以评估模型的建立及骨碎补总黄酮的干预效果。通过16SrDNA基因测序技术检测各组大鼠肠道菌群的变化。结果:骨碎补总黄酮进行干预后,OA大鼠软骨退变得到改善,Mankin’s评分降低(P<0.05)。LEfSe分析显示经骨碎补总黄酮治疗后,罗姆布茨菌属、瘤胃球菌属、消化链球菌科、鼠乳杆菌种等相对丰度下降,Muri菌科相对丰度显著升高。KEGG富集结果表明,相关肠道菌落调控OA与碳水化合物代谢、糖合成代谢和能量代谢密切相关。结论:骨碎补总黄酮可能通过促进肠道内有益菌生长,抑制有害菌繁殖调整大鼠肠道内微生态平衡,减轻肠道内炎症反应,发挥OA的治疗作用。

产嗅藻类对东太湖某地原水中嗅味物质2-MIB的贡献

针对东太湖某水源地原水中嗅味物质2-甲基异莰醇(2-MIB)浓度过高问题,检测并鉴定原水中藻类分布及组成,考察并建立藻类与2-MIB的相关性,并利用16SrDNA基因测序方法对其中两种主要丝状藻类进行鉴定.结果表明:两个原水取水口及附近养殖区中2-MIB与藻密度呈明显的线性相关(R2>0.85),且颤藻目浮丝藻、泽丝藻以及针杆硅藻等占总藻数量的55%以上.值得注意的是,存在于藻细胞内部的2-MIB比例可达68%,水处理过程中需考虑胞内2-MIB的释放风险.此外,对养殖区周围水质数据分析表明采样点中2-MIB浓度、藻密度、氨氮浓度均和其与离养殖区距离呈负相关性,表明该地区取水口附近的水产养殖可能是导致2-MB偏高的主要原因.

黄花棘豆在腐解过程中的化感作用及其土壤细菌群落结构分析

黄花棘豆属豆科棘豆属多年生草本植物,是我国西部草场广泛分布的主要毒草之一,为了探索黄花棘豆的危害机制,揭示其发生发展规律,本研究通过模拟黄花棘豆在土壤中的腐解过程,检测其对紫花苜蓿和黑麦草两种牧草的化感作用。结果显示当土壤中含有质量分数为5%的黄花棘豆时,黄花棘豆在腐解过程中就会对两种牧草的生长产生显著的化感抑制作用,其中对紫花苜蓿的化感作用更为明显。同时通过细菌16SrDNA测序对黄花棘豆根系土和非根系土中的细菌群落进行了比较,结果显示土壤细菌群落中的部分分类单元,如变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)的比例在两组中存在显著差异;同时,非根系土的细菌群落多样性高于根系土。以上结果相结合表明黄花棘豆可能通过化感作用改变其生长土壤的微生物环境,在促进自身生长的同时降低不良微生物对其自身的影响,并抑制其他共生植物生长。本研究为更好地寻找黄花棘豆的有效防控提供了一定理论依据。

一株水产芽孢杆菌的鉴定及其培养基优化的研究

对从水产养殖环境中筛选出一株菌MM01进行了鉴定和培养条件优化研究。结果显示:此菌MM01能有效的降低养殖水水体中的氨氮和亚硝酸盐含量,经生理生化实验及16S rDNA测序鉴定其为枯草芽孢杆菌。单因素和正交实验结果显示:枯草芽孢杆菌MM01最佳发酵培养基配方为,玉米淀粉18 g/L、玉米浆12 g/L、NH4Cl6 g/L、MnSO4.H2O 0.2 g/L、KH2PO43 g/L、CaCl20.2 g/L、MgSO4.7H2O 0.2 g/L。

大豆根腐病生防菌株的筛选及鉴定

采用常规方法从大豆根际分离筛选出105株对大豆根腐病菌有拮抗作用的细菌和放线菌,利用磷脂脂肪酸法和16S rDNA测序鉴定出13株细菌,分别为1株Pseudomonas putida biotype B,1株Pseudomonas chloro-raphis,1株Pseudomonas sp.,4株Bacillus subtilis,2株Bacillus sp.,1株Bacillus pumilus,1株Bacillus atophaeus,1株Virgibacillus pantothenticus,1株Pantoea agglomerans GC subgroup A;10株放线菌,分别为3株Streptomyces violaceusniger violaceusniger,1株Streptoverticillium cinnamoneum,2株Streptomyces halstedii olivaceus,1株Strepto-myces exfoliatus,2株Streptomyces halstedii scabies,1株Streptomyces violaceusniger hygroscopicus ossam。

甜瓜角斑病拮抗菌的鉴定及生长条件研究

G-14是从新疆昌吉及吐鲁番甜瓜根际土壤中筛选得到的一株革兰氏阴性生防菌,管碟法测定结果表明,它对3种甜瓜细菌性病原菌具有明显拮抗作用。根据形态观察、培养性状并结合微生物自动鉴定仪及对G-14的16SrDNA基因序列比对,对该菌株进行了鉴定。结果表明：拮抗菌G-14属于多粘类芽孢杆菌（Paenibacillus polymyxa）,在第4 h进入对数生长期,最适生长温度为25-28℃,最适pH值6-7,为兼性厌氧菌。

一株Clostridium属厌氧菌的分子鉴定与产氢特性

采用厌氧培养技术分离出产氢细菌Rennanpilyf33。通过16SrDNA测序和比对证实,该菌株是目前尚未报道过的一个新菌种。菌株Rennanqilyf33国际生物信息学数据库GenBank的注册登录号为AY332380。采用间歇试验测定其产氢量和细菌生长的结果表明,菌株Rennanpilyf33在葡萄糖浓度为12~5g／L时具有最大的细胞生长量和比产气率,分别为0.055OD600nm和0.08mol H^2／mol glucose；最佳生长和产氢的pH值为4.0左右,此时细胞生长量和比产氢率分别为0.071OD600nm和0.10molH^2／mol glucose。

基于16S rDNA测序分析胆囊结石及胆囊切除对结直肠癌患者肠道菌群的影响

目的探讨胆囊结石伴胆囊炎和胆囊切除对结直肠癌患者肠道菌群的影响。方法选取2020年6月至2021年3月期间就诊于甘肃省人民医院肛肠科的结直肠癌患者168例,最终纳入符合条件的29例结直肠癌患者作为研究对象,其中结直肠癌合并胆囊结石伴胆囊炎患者10例(胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组),胆囊切除术后结直肠癌患者10例(胆囊切除+结直肠癌组),胆囊正常结直肠癌患者9例(正常胆囊+结直肠癌组)。收集并比较3组患者的临床资料;采集纳入研究患者的新鲜大便样本,采用16S rDNA高通量测序技术测定并分析获得样本肠道菌群的组成和分布情况。结果胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组的白细胞介素-6较正常胆囊+结直肠癌组和胆囊切除+结直肠癌组升高(P<0.05)。3组患者的大便菌群在门水平上:①3组样本中拟杆菌(Bacteroidetes)门、厚壁菌(Firmicutes)门、变形杆菌(Proteobactenia)门、梭杆菌(Fusobacteria)门和疣微菌(Verrucomicrobia)门的相对丰度都较高,几乎占据了肠道细菌总量的95%以上;②梭杆菌门的相对丰度在胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组较正常胆囊+结直肠癌组增高(P<0.05);③疣微菌门的相对丰度在正常胆囊+结直肠癌组较胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组和胆囊切除+结直肠癌组增高(P<0.05);④互养菌(Synergistetes)门的相对丰度在胆囊切除+结直肠癌组较胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组和正常胆囊+结直肠癌组增高(P<0.05)。在属水平上:①拟杆菌属和罗斯菌(Roseburia)属的相对丰度在胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组较胆囊切除+结直肠癌组和正常胆囊+结直肠癌组均降低(P<0.05);②志贺杆菌(Shigella)属的相对丰度在胆囊切除+结直肠癌组较胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组增高(P<0.05);③毛螺旋菌(Lachnospira)属的相对丰度在胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组较正常胆囊+结直肠癌组降低(P<0.05);④普氏菌(Prevotella)属和梭杆菌属的相对丰度在胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组较胆囊切除+结直肠癌组和正常胆囊+结直肠癌组均增高(P<0.05);⑤梭菌(Clostridium)属和阿克曼菌(Akkermansia)属的相对丰度在胆囊结石伴胆囊炎+结直肠癌组和胆囊切除+结直肠癌组较正常胆囊+结直肠癌组均降低(P<0.05);⑥肠球菌(Enterococcus)属的相对丰度在正常胆囊+结直肠癌组较胆囊切除+结直肠癌组增高(P<0.05)。结论①长期患胆囊结石伴胆囊炎会引起拟杆菌属、罗斯菌属、毛螺旋菌属等菌群丰度显著降低;②胆囊切除术后会引起梭菌属、肠球菌属、疣微菌门、互养菌门等菌群相对丰度改变;③梭杆菌属的相对丰度在结直肠癌合并胆囊结石伴胆囊炎患者显著增高,促进炎症细胞因子释放引起肠道炎症,有利于条件致病菌的生长,可能影响结直肠癌的发生发展。

肺癌患者唾液中细菌构成分析

目的探讨唾液中细菌构成与肺癌的关系。方法收集鳞癌和腺癌以及非肿瘤对照组唾液标本,每组10例。对唾液中大量的16s rDNA进行测序分析。结果经定量PCR(qPCR)证实,5个细菌集群在癌症和对照组样本间有显著差异。结论 16s测序和PCR相结合的研究显示,有两个细菌属(二氧化碳噬纤维菌属和韦永氏球菌属)水平癌症组要显著高于非癌症组。

健康鲁西黄牛消化道和阴道的细菌多样性研究

为了研究健康鲁西黄牛口腔、瘤胃、肠道和阴道的细菌组成及其相似性,分别提取各部位样本细菌的总DNA,特异扩增16Sr DNA的V3～V4高变区,扩增产物进行测序,对测序结果进行Chao1和Shannon Index多样性指数分析、OTUs交叠分析、聚类分析、物种分布波动性分析。结果发现,阴道和肠道的菌群多样性更高且比较相似,而口腔和瘤胃的则相对较低且比较相近;各样本中厚壁菌门、拟杆菌门所占的比例均较高;口腔和阴道的变形菌门较多,瘤胃的纤维杆菌门较多;阴道和肠道厚壁菌门占优势。结果表明：健康鲁西黄牛阴道和肠道细菌相似性很高并且含有相同的优势菌为厚壁菌门。阴道与口腔和瘤胃细菌的相似性很低,口腔、瘤胃和肠道的细菌相似性也很低。

唐山地区一种新发番茄病害的病原菌分离与鉴定

在唐山地区发现一种危害越来越严重的番茄病害,该病害与文献报道的溃疡病和青枯病类似。对其病原进行分离和鉴定,关系到对该病害的预测预报和防治。从该病害的典型病株上分离获得2种细菌TSK-1和TSK-2,分别接种健康植株,TSK-1能够产生典型症状,TSK-2没有产生致病性。通过形态学鉴定和16S rDNA测序鉴定表明,该病菌为密执安棒形杆菌密执安亚种(Clavibacter michiganensis subsp.michiganensis)。因此,唐山地区的种新发番茄病害为番茄溃疡病,而不是番茄青枯病。该研究结果将为控制该病害的发生起到决定性作用。

杉木人工林土壤养分及酸杆菌群落结构变化

【目的】研究浙江开化杉木人工林连栽过程中土壤养分及寡营养细菌酸杆菌群落变化规律,揭示不同类型杉木林地导致土壤肥力变化的酸杆菌分子生态学机制,为该地区杉木人工林林分结构调整、土壤资源的科学管理以及构建健康土壤生态系统提供科学依据。【方法】以马尾松林(对照)、马尾松林皆伐后的一代杉木林、杉木林迹地自然更新二代林土壤为研究对象,测定不同深度土层(0～20 cm, 20～40 cm)的土壤pH、束缚水含量、有机碳及主要速效养分含量,比较分析土壤肥力水平,同时进行土壤细菌16S rDNA高通量测序分析了优势酸杆菌群的结构变化。【结果】1)马尾松林改植杉木后土壤酸化显著,碱解氮、有效磷及速效钾含量显著降低(P<0.05),不同林地肥力水平大致规律表现为马尾松林>杉木一代林>杉木连栽林。2) 3种森林类型的土壤细菌中酸杆菌门均占明显优势(32.68%～49.17%),且连栽后的杉木连栽林0～20 cm土层酸杆菌占比显著高于马尾松林0～20 cm土层(P<0.05)。3)共检测出18个酸杆菌类群,其中Gp2在各个样地中均为绝对优势菌群,占酸杆菌群的47.74%～68.80%,Gp1占21.69%～29.72%,其次是Gp3占13.30%～22.41%。酸杆菌类群中Gp2优势加强,同时Gp3具有由优势菌属转变为次优势菌属的趋势。Gp1和Gp10相对丰度分别与土壤pH呈显著负相关(P=0.035)和显著正相关(P=0.035),Gp2相对丰度与土壤有效磷呈显著负相关(P=0.010)。【结论】马尾松林改植杉木及杉木人工林连栽过程中土壤肥力水平降低,而土壤寡营养细菌酸杆菌相对丰度提高,酸杆菌群落作为土壤优势菌群随土壤环境变化而不断调整,这预示着酸杆菌在杉木人工林土壤物质循环中起非常重要作用。

清胰汤和姜黄素调整肠道微生态对重症急性胰腺炎的治疗机制

目的探讨清胰汤和姜黄素调整肠道微生态治疗重症急性胰腺炎(SAP)的机制。方法 40只SPF级健康Wistar大鼠,按照随机数字法分为4组,对照组、模型组、清胰汤组、姜黄素组,每组10只。通过注射牛磺胆酸钠(Na-Fc),诱发大鼠形成SAP模型,建模前清胰汤组、姜黄素组分别用相应中药汤剂灌胃1周。采用苏木素-伊红(HE)染色法观察结肠和胰腺组织病理变化,收集大鼠盲肠段粪便,16S rDNA测序技术分析4组大鼠肠道微生物菌群的变化。结果病理结果显示,模型组肠组织表现为肠壁水肿,肠黏膜上皮缺损、脱落等,上皮下间质空隙变宽,大量的中性粒细胞(PMN)等炎性细胞浸润等;胰腺组织表现为胰腺腺泡水肿、坏死,叶间隔增宽,大量的PMN等炎性细胞浸润等,而中药清胰汤和姜黄素组可减轻模型组中的胰腺损伤和肠黏膜受损程度(P<0.05)。肠道菌群微生态结果显示清胰汤或(和)姜黄素组可有效降低SAP大鼠厚壁菌门(包括梭菌纲、芽孢杆菌纲)、毛螺菌属数量菌群含量,升高拟杆菌门(包括拟杆菌纲、拟杆菌属)和乳酸杆菌属含量。结论中药清胰汤和姜黄素可增加SAP大鼠的肠道菌群的多样性和丰富性,调控微生物生态平衡,增加益生菌群的含量,降低有害菌群的定植能力,从而达到对肠道的保护作用。