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SCoT分子标记在植物研究中的应用进展 被引量:56
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作者 龙治坚 范理璋 +2 位作者 徐刚 胡尚连 韩国辉 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期336-343,共8页
SCo T是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCo T标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样... SCo T是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCo T标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样性与亲缘关系分析、种质鉴定与指纹图谱构建、基因差异表达与分子遗传连锁图谱构建等方面总结了SCo T标记的应用进展。同时,对其存在的问题进行了讨论,并展望了该标记的发展应用前景。 展开更多
关键词 scot 种质鉴定 遗传多样性 图谱构建 基因差异表达
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目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术在花生属中的应用 被引量:76
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作者 熊发前 蒋菁 +5 位作者 钟瑞春 韩柱强 贺梁琼 李忠 庄伟建 唐荣华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期2055-2061,共7页
花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生... 花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生属4个区组的16份种质资源和8份花生栽培种资源采用与功能基因相关的SCoT分子标记技术研究了花生属种间和栽培种内遗传多样性和亲缘关系。23条SCoT引物在花生属试材基因组中的扩增位点共194个,其中多态性位点130个,多态性达67.01%,通过聚类分析研究了它们之间的亲缘关系;在栽培种内筛选出19条多态性引物,在8份试材基因组中扩增位点198个,其中多态性位点67个,多态性为33.84%,表明SCoT分子标记技术能在花生栽培种内检测出一定程度的DNA多态性。 展开更多
关键词 花生 目标起始密码子多态性 分子标记 遗传多样性
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多倍体枇杷SCoT分析体系的建立与优化 被引量:33
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作者 韩国辉 汪卫星 +5 位作者 向素琼 边禹 郭启高 何桥 李晓林 梁国鲁 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期433-437,共5页
以软条白沙枇杷三倍体株系为试材,采用L25(56)正交设计方法,对影响枇杷SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化筛选,并对最适退火温度进行了探讨。建立了适于不同倍性枇杷分析的SCoT-PCR扩增体系,... 以软条白沙枇杷三倍体株系为试材,采用L25(56)正交设计方法,对影响枇杷SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化筛选,并对最适退火温度进行了探讨。建立了适于不同倍性枇杷分析的SCoT-PCR扩增体系,即20μL的优化体系中含有:Mg2+1.5 mmol·L-1,dNTPs 0.35 mmol·L-1,引物0.5μmol·L-1,Taq酶0.5 U,模板DNA 50 ng。引物最适退火温度为51.8℃。应用优化的反应体系,对32个SCoT引物和3个枇杷品种(泸州六号:2x,3x,4x,5x;龙泉1号:2x,3x,4x;早红3号:2x,3x,4x)的10个不同倍性株系进行扩增,获得了条带清晰,稳定可靠的电泳结果。 展开更多
关键词 枇杷 多倍体 目标起始密码子多态性 正交优化
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利用SCoT标记分析花生栽培种×A.chacoensis组合异源多倍化的早期基因组变化 被引量:11
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作者 贺梁琼 熊发前 +6 位作者 钟瑞春 韩柱强 李忠 唐秀梅 蒋菁 唐荣华 何新华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1555-1563,共9页
【目的】研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制。【方法】采用SCoT标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种A.chacoensis的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0—S3)基因组变化时间、类型和频率进行... 【目的】研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制。【方法】采用SCoT标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种A.chacoensis的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0—S3)基因组变化时间、类型和频率进行分析。【结果】18条SCoT引物共扩增出126个位点,其中多态性位点117个,多态性比率达92.86%,在供试材料中检测出了丰富的DNA多态性;与扩增出的109条亲本条带比较,F1—S3分别丢失亲本条带28、30、10、11和10条,其中,来自父本特异性条带为16、12、7、9和9条,各自新增条带9、3、10、14和8条,说明SCoT产物早在Fl即开始发生变化,变化类型包括亲本条带的丢失、跳跃式继承和新条带的产生,在丢失的亲本条带中以父本条带为主。【结论】ATG翻译起始位点及其侧翼区域在花生种间杂交异源多倍化早期迅速发生广泛而剧烈的变化,其生物学功能可能与多倍体的进化和稳定有关;SCoT标记作为一种简单、有效和实用的新型功能型分子标记技术,可以为花生属及其它物种多倍体进化中基因组遗传变化研究提供技术支持。 展开更多
关键词 scot 花生 功能型标记 种间杂交 异源多倍化
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贵州桃种质资源遗传多样性的SCoT分析 被引量:13
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作者 陈红 杨鑫 安华明 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1559-1564,共6页
应用SCoT分子标记技术对71份贵州桃种质进行遗传多样性分析,以期从分子水平上揭示其遗传多样性及资源间的遗传关系,为科学保存与利用贵州桃种质资源提供依据。结果表明:(1)16条引物共检测出192个位点,其中多态性位点数156个,多态性... 应用SCoT分子标记技术对71份贵州桃种质进行遗传多样性分析,以期从分子水平上揭示其遗传多样性及资源间的遗传关系,为科学保存与利用贵州桃种质资源提供依据。结果表明:(1)16条引物共检测出192个位点,其中多态性位点数156个,多态性比例为81.25%,平均每条引物扩增位点为12个;供试材料Nei’s遗传多样性指数(H)为0.265 0±0.186 1,Shannon’s信息指数(I)为0.400 3±0.254 3,遗传相似系数变幅为0.400 0-0.852 5。(2)UPGMA聚类分析显示,在相似系数0.65处可将71份桃资源分成6类,其中2份白花桃资源、2份血桃资源、2份青桃资源分别为同名异物。研究认为贵州桃种质具有较丰富的遗传多样性,采用该分子标记技术区分了同名异物的桃资源。 展开更多
关键词 遗传多样性 亲缘关系 目标起始密码子多态性(scot)
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基于SCoT标记的陕西茶树种质资源遗传多样性分析 被引量:6
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作者 王令 李佼 +4 位作者 席彦军 吴军舰 郭明星 李秀峰 张羽 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期244-252,共9页
为了明确陕西省本地群体种茶树种质资源的遗传多样性,为茶树育种提供依据。采用正交设计和单因素分析方法,对茶树SCoT-PCR体系进行优化。结果表明:20μL最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L,Taq酶0.75U,引物0.7μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DN... 为了明确陕西省本地群体种茶树种质资源的遗传多样性,为茶树育种提供依据。采用正交设计和单因素分析方法,对茶树SCoT-PCR体系进行优化。结果表明:20μL最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L,Taq酶0.75U,引物0.7μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DNA 30ng。利用该体系对22份陕南茶树地方品种材料进行分析,扩增条带多且清晰,22条引物共检测出241个等位位点,其中多态性位点228个,多态性比率为94.6%,位点的PIC值为0.57~0.92。供试材料之间的遗传相似系数为0.58~0.89,平均值达到0.72。基于SCoT标记的聚类与茶树叶片形态有很大的相关性。研究表明茶树SCoT体系结果稳定,重复性好,为后续研究茶树资源遗传多样性提供技术支撑。 展开更多
关键词 茶树 scot标记 遗传多样性
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荔枝SCoT-PCR反应体系的建立及其在遗传分析中的应用 被引量:11
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作者 夏玲 秦永华 +1 位作者 刘成明 胡桂兵 《中国农学通报》 CSCD 2014年第13期147-156,共10页
建立适于荔枝的SCoT反应体系,并利用SCoT体系对‘紫娘喜’、‘无核荔’及其杂交后代进行真假杂种鉴定和遗传多样性分析。采用正交设计方法对影响荔枝SCoT-PCR反应的rTaq酶、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物等因素进行体系优化... 建立适于荔枝的SCoT反应体系,并利用SCoT体系对‘紫娘喜’、‘无核荔’及其杂交后代进行真假杂种鉴定和遗传多样性分析。采用正交设计方法对影响荔枝SCoT-PCR反应的rTaq酶、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物等因素进行体系优化。优化的荔枝SCoT反应体系为:20μL反应体系中含有模板DNA 30 ng,rTaq酶1 U,引物0.75μmol/L,Mg2+3 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L。最适退火温度为50.6℃。利用该体系对‘紫娘喜’、‘无核荔’及其杂交后代进行遗传分析,结果显示,32条引物共扩增出280个位点,多态性位点有131个,占总位点数46.78%。4条引物就可以将60株杂交后代鉴定出来。UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将30株杂交后代区分开,遗传相似系数在0.406-0.867,在相似系数0.68时,30株杂交后代可聚为3类。优化建立的荔枝SCoT体系结果稳定,重复性好,为荔枝遗传育种提供了新的技术支持。 展开更多
关键词 荔枝 分子标记 目标起始密码子多态性(scot) 遗传分析
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甜菜SCoT核心引物的筛选 被引量:4
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作者 兴旺 乔晓晓 +1 位作者 马龙彪 吴则东 《中国农学通报》 2018年第9期53-56,共4页
为了筛选出适合甜菜品种遗传多样性分析的SCoT引物,以来自8个不同国家甜菜品种为研究对象,对80条SCoT引物进行扩增,采用SCoT-PCR最优反应体系:2.0μL的10×PCR buffer(含Mg^(2+))、10 ng的DNA、0.5 U的TaqDNA聚合酶、10μmol/L的引... 为了筛选出适合甜菜品种遗传多样性分析的SCoT引物,以来自8个不同国家甜菜品种为研究对象,对80条SCoT引物进行扩增,采用SCoT-PCR最优反应体系:2.0μL的10×PCR buffer(含Mg^(2+))、10 ng的DNA、0.5 U的TaqDNA聚合酶、10μmol/L的引物2μL以及0.1μL的dNTPs(2.5 mmol/L each)。结果从80条SCoT引物中筛选出20条多态性高的引物,这20条引物最多扩增出16条多态性条带,最少扩增出2条多态性条带,扩增总条带155条,其中多态性条带为134条,多态性条带的百分比为86.5%。通过对核心引物的有效性验证,表明筛选出的20个核心引物非常适合用于甜菜指纹图谱的构建。 展开更多
关键词 甜菜 目标起始密码子多态性(scot) 多态性检测 品种鉴定 指纹图谱构建
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温郁金SCoT-PCR反应体系的正交优化 被引量:1
9
作者 陈喆 冯尚国 +3 位作者 王振 何仁锋 姜梦莹 王慧中 《北方园艺》 CAS 北大核心 2015年第12期84-90,共7页
以温郁金为试材,运用L25(56)正交设计在5个水平上对影响温郁金SCoT-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶和引物5个因素进行优化试验,对PCR结果进行极差分析。建立并优化温郁金的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)体系,... 以温郁金为试材,运用L25(56)正交设计在5个水平上对影响温郁金SCoT-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶和引物5个因素进行优化试验,对PCR结果进行极差分析。建立并优化温郁金的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)体系,以期为温郁金的遗传多样性分析及分子鉴定等研究提供技术支持。结果表明:建立了温郁金SCoT-PCR的最佳反应体系(20μL):引物0.8μmol/L,dNTPs 0.4mmol/L,Mg2+1.5mmol/L,Taq酶0.5U,模板DNA 40ng,且确定各因素对温郁金SCoT-PCR反应效果的影响大小依次为:dNTPs>Taq酶>引物>Mg2+>模板DNA,其中dNTPs对体系影响最大。优化的温郁金SCoT-PCR反应体系在多个温郁金品种遗传多样性研究中得到了验证,结果表现出良好的稳定性、重复性和多态性丰富等特点,可用于今后温郁金品种遗传多样性分析、系统发育分析、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究。 展开更多
关键词 温郁金 scot-PCR 体系优化 正交设计
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甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选 被引量:3
10
作者 徐刚红 姜子德 +2 位作者 沈万宽 罗明珠 饶得花 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期33-39,共7页
以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优... 以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。 展开更多
关键词 甘蔗黑穗病菌 scot标记 体系优化 UPGMA聚类分析
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利用SCoT对甜菜种质资源的鉴定及遗传多样性分析 被引量:2
11
作者 朱尚明 吴则东 +1 位作者 兴旺 邳植 《中国农学通报》 2020年第18期119-123,共5页
为了研究SCoT分子标记技术对甜菜种质资源鉴定的可行性。利用80条SCoT引物对48份甜菜种质资源进行鉴别,同时对种质资源进行了遗传多样性分析和亲缘关系的鉴定。结果表明,80条SCoT引物中有6条能够扩增出清晰、且多态性高的条带,分别为SC... 为了研究SCoT分子标记技术对甜菜种质资源鉴定的可行性。利用80条SCoT引物对48份甜菜种质资源进行鉴别,同时对种质资源进行了遗传多样性分析和亲缘关系的鉴定。结果表明,80条SCoT引物中有6条能够扩增出清晰、且多态性高的条带,分别为SCoT1、SCoT12、SCoT13、SCoT14、SCoT17和SCoT23,其中引物SCoT1、SCoT12、SCoT14和SCoT23单独使用均可鉴别全部的48份种质资源,引物SCoT13和SCoT17共同使用可以鉴别48个种质资源;聚类分析结果表明,在遗传距离0.15处,95.8%的种质资源均聚为一类,从分子角度上表明甜菜种质资源遗传距离较小。本研究为利用SCoT分子标记技术鉴别甜菜种质资源、对种质资源进行亲缘关系鉴定、杂交组合亲本选配以及分子标记辅助育种等提供相关科学依据。 展开更多
关键词 甜菜 目标起始密码子多态性 种质资源 指纹图谱
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白芨SCoT分子标记技术体系的建立及其在快繁苗遗传稳定分析中的应用 被引量:8
12
作者 张瑜 韦廷舟 +3 位作者 邹大方 王莹 张淑敬 龙治坚 《北方园艺》 CAS 北大核心 2018年第4期152-159,共8页
以4个不同继代的白芨快繁苗为试材,采用L_(16)(4~5)正交实验设计,建立了白芨SCoT-PCR的反应体系,并利用该体系分析不同继代的白芨快繁苗遗传稳定性。结果表明:白芨的SCoT-PCR最佳反应体系(20μL)中包含2.500 mmol·L^(-1) Mg^(2+),0... 以4个不同继代的白芨快繁苗为试材,采用L_(16)(4~5)正交实验设计,建立了白芨SCoT-PCR的反应体系,并利用该体系分析不同继代的白芨快繁苗遗传稳定性。结果表明:白芨的SCoT-PCR最佳反应体系(20μL)中包含2.500 mmol·L^(-1) Mg^(2+),0.25mmol·L^(-1) dNTPs,1.50 U Taq DNA聚合酶,1.000μmol·L^(-1)引物,10ng模板DNA。遗传稳定性分析发现,SCoT引物均能在4个不同继代的白芨快繁苗中扩增出清晰、丰富而稳定的条带,但每个引物的条带均无多态性。说明白芨快繁苗并未发生变异,其遗传稳定性较好。 展开更多
关键词 白芨 scot标记 反应体系 快繁苗 遗传稳定性
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Rapid gene expression change in a novel synthesized allopolyploid population of cultivated peanut×Arachis doigoi cross by cDNA-SCoT and HFO-TAG technique 被引量:3
13
作者 HE Liang-qiong TANG Rong-hua +7 位作者 JIANG Jing XIONG Fa-qian HUANG Zhi-peng WU Hai-ning GAO Zhong-kui ZHONG Rui-chun HE Xin-hua HAN Zhu-qiang 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2017年第5期1093-1102,共10页
AIIopolyploidy has played an important role in plant evolution and heterosis. Recent studies indicate that the process of wide hybridization and (or) polyploidization may induce rapid and extensive genetic and epige... AIIopolyploidy has played an important role in plant evolution and heterosis. Recent studies indicate that the process of wide hybridization and (or) polyploidization may induce rapid and extensive genetic and epigenetic changes in some plant species. To better understand the allopolyploidy evolutionism and the genetic mechanism of Arachis interspecific hybridization, this study was conducted to monitor the gene expression variation by cDNA start codon targeted polymorphism (cDNA-SCoT) and cDNA high-frequency oligonucleotide-targeting active gene (cDNA-HFO-TAG) techniques, from the hybrids (F1) and newly synthesized allopolyploid generations (S0-$3) between tetraploid cultivated peanut Zhongkaihua 4 with diploid wild one Arachis doigoi. Rapid and considerable gene expression variations began as early as in the FI hybrid or immediately after chromosome doubling. Three types of gene expression changes were observed, including complete silence (gene from progenitors was not expressed in all progenies), incomplete silence (gene expressed only in some progenies) and new genes activation. Those silent genes mainly involved in RNA transcription, metabolism, disease resistance, signal transduction and unknown functions. The activated genes with known function were almost retroelements by cDNA-SCoT technique and all metabolisms by cDNA-HFO-TAG. These findings indicated that interspecific hybridization and ploidy change affected gene expression via genetic and epigenetic alterations immediately upon allopolyploid formation, and some obtained transcripts derived fragments (TDFs) probably could be used in the research of molecular mechanism of Arachis allopolyploidization which contribute to thwe genetic diploidization of newly formed allopolyploids. Our research is valuable for understanding of peanut evolution and improving the utilization of putative and beneficial genes from the wild peanut. 展开更多
关键词 PEANUt ALLOPOLYPLOIDY gene expression start codon-targeted polymorphism high-frequency oligonucleotide-targeting active gene
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Conservation Strategy for African Medicinal Species: In Vitro Biotechnological Approach 被引量:1
14
作者 Priyanka Jha Swati Chahal +3 位作者 Devendra Kumar Pandey Joginder Singh Ram Prasad Vijay Kumar 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2020年第4期779-794,共16页
The use of medicinal plants for different therapeutic values is well documented in African continent.African diverse biodiversity hotspots provide a wide range of endemic species,which ensures a potential medicinal va... The use of medicinal plants for different therapeutic values is well documented in African continent.African diverse biodiversity hotspots provide a wide range of endemic species,which ensures a potential medicinal value.The feasible conservation approach and sustainable harvesting for the medicinal species remains a huge challenge.However,conservation approach through different biotechnological tools such as micropropagation,somatic embryogenesis,synthetic seed production,hairy root culture,molecular markers based study and cryopreservation of endemic African medicinal species is much crucial.In this review,an attempt has been made to provide different in vitro biotechnological approaches for the conservation of African medicinal species.The present review will be helpful in further technology development and deciding the priorities at decision-making levels for in vitro conservation and sustainable use of African medicinal species. 展开更多
关键词 Biotechnological approach conservation medicinal plant African traditional medicine(AtM) start codon targeted polymorphism(scot) somatic embryogenesis
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金线莲资源遗传多样性分析及耐热性评价 被引量:1
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作者 李和平 张树河 +2 位作者 林江波 邹晖 戴艺民 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期2498-2505,共8页
金线莲(Anoectochilus roburghii)是具有极高经济价值的珍稀濒危兰科药用植物,高温是制约其广泛生产栽培的首要限制因子,选育耐热品种是抵御高温热害最经济有效的措施之一。本研究利用目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术对24份金... 金线莲(Anoectochilus roburghii)是具有极高经济价值的珍稀濒危兰科药用植物,高温是制约其广泛生产栽培的首要限制因子,选育耐热品种是抵御高温热害最经济有效的措施之一。本研究利用目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术对24份金线莲种质资源进行遗传多样性分析,并利用多元统计分析的方法对其中20份样本进行耐热性评价。遗传多样性分析结果显示:在遗传系数0.602水平上,可以把金线莲种质分成I和II两大类,I类分成A和B两个亚群,台湾金线莲(TJ)与其他资源遗传距离较远,单独归为II类;A亚群中除了W来源于云南,其他均为福建西北部收集的资源;B亚群主要来自闽南地区和广西。通过对20份金线莲资源5个生理参数测定,发现热处理后叶绿素含量和SOD活性明显下降,相对电导率明显升高,而丙二醛和可溶性蛋白含量热处理后各资源表现不一。利用多元统计分析方法进行耐热性初步评价,结果显示,TL、L1、A20、GZ1等4份资源较为耐热,TJ、HX、L、M、A21等5份资源不耐热。 展开更多
关键词 金线莲 scot 遗传多样性 耐热性
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柑橘SCoT分子标记技术体系的建立及其在遗传分析中的应用 被引量:66
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作者 韩国辉 向素琼 +3 位作者 汪卫星 贾志刚 洪棋斌 梁国鲁 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1243-1250,共8页
采用正交设计方法,对影响柑橘SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化,建立了适于柑橘的SCoT标记分析体系。20μL反应体系中含有:Mg2+1.5 mmol.L-1,dNTPs 0.35 mmol.L-1,引物0.625μmol.L-1,Taq... 采用正交设计方法,对影响柑橘SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化,建立了适于柑橘的SCoT标记分析体系。20μL反应体系中含有:Mg2+1.5 mmol.L-1,dNTPs 0.35 mmol.L-1,引物0.625μmol.L-1,TaqDNA聚合酶0.25 U,模板DNA 10 ng。最适退火温度为49℃。利用该体系对Wan2橘橙×Li2甜橙的杂交后代及沙田柚四倍体进行分析,扩增条带清晰,扩增产物在150~2 100 bp之间。7个引物在Wan2橘橙、Li2甜橙及其18株杂交后代中共扩增出74条带,多态性条带48条,多态性比率为64.9%,在相似系数0.85处,18株杂交后代可聚为5类,表明其具有较丰富的遗传多样性;11个引物在4株沙田柚四倍体及其二倍体亲本中共扩增出84条带,其中多态性条带46条,多态性比率为54.8%,聚类分析显示5株沙田柚遗传相似系数在0.785~0.880,在相似性系数0.825处可分为3类,3株同源四倍体分别聚在不同的位置,四倍体材料均发生了不同程度的遗传变异。研究结果表明建立的柑橘SCoT体系结果稳定,重复性好,可为柑橘遗传育种提供新的技术支持。 展开更多
关键词 柑橘 目标起始密码子多态性(scot) 遗传分析 多倍体
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杜鹃花SCoT-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:7
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作者 郑福超 耿兴敏 +3 位作者 谷康 闫娜 罗凤霞 肖丽燕 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期3588-3596,共9页
本试验以马银花(R.ovatum)DNA为模板,采用L16(45)正交试验对目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)体系中5因素(Taq聚合酶用量,Mg^(2+)浓度,模板DNA用量,dNTPs浓度,引物浓度)进行了优化,建立了杜鹃花植物SCoT-PCR反应体系。结... 本试验以马银花(R.ovatum)DNA为模板,采用L16(45)正交试验对目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)体系中5因素(Taq聚合酶用量,Mg^(2+)浓度,模板DNA用量,dNTPs浓度,引物浓度)进行了优化,建立了杜鹃花植物SCoT-PCR反应体系。结果表明,在20μL的反应体系中,模板DNA 1.00 ng/μL,Mg^(2+)为3.00 mmol/L,dNTPs为0.25 mmol/L,引物为0.50μmol/L,Taq DNA聚合酶为2.00 U。比较了各因素对反应体系的影响,发现引物物浓度的差异对体系影响显著,各因素影响的先后顺序为引物>Taq DNA聚合酶>dNTPs>Mg^(2+)>模板DNA。并运用了杜鹃属的4个不同种对最优体系进行了稳定性验证,选择了10个通用性的引物进行筛选,发现10个引物均能扩增出条带,其中有6个引物能够得到清晰可辨、多态性丰富的条带。该体系的建立将为杜鹃花遗传多样性、差异基因的表达分析,分子辅助育种、遗传图谱构建等研究提供技术支持。 展开更多
关键词 杜鹃花 scot PCR 单因子 正交试验
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珍稀濒危植物距瓣尾囊草(Urophysa rockii Ulbr)SCoT-PCR分析体系的建立与优化 被引量:3
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作者 张波 陆世家 +5 位作者 石力 邹大方 王德怀 徐双燕 龙治坚 韩国辉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期2453-2459,共7页
为研究距瓣尾囊草种质资源遗传背景和系统进化提供理论依据和技术支持,本研究利用L16(45)正交设计,研究Mg^(2+)等5个因素对PCR扩增结果的影响。研究结果表明,在距瓣尾囊草SCo T-PCR的最优反应体系(20μL)中,Mg^(2+)、d NTPs、Taq DNA聚... 为研究距瓣尾囊草种质资源遗传背景和系统进化提供理论依据和技术支持,本研究利用L16(45)正交设计,研究Mg^(2+)等5个因素对PCR扩增结果的影响。研究结果表明,在距瓣尾囊草SCo T-PCR的最优反应体系(20μL)中,Mg^(2+)、d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物以及模板DNA等5个因素的最优浓度分别是2.188 mmol/L、0.113 mmol/L、1.0 U、0.625μmol/L和30 ng。在此基础之上,从18条引物中初步筛选出12条扩增结果稳定、条带清晰的SCo T引物。建立了距瓣尾囊草SCo T-PCR反应体系,经过18条引物和13份种质资源的验证,证明体系稳定性好、可靠性高,能满足距瓣尾囊草分子水平上的研究。 展开更多
关键词 距瓣尾囊草 scot标记 正交设计 遗传背景
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铁皮石斛SCoT-PCR反应体系的建立及其初步应用 被引量:4
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作者 邵征绩 张璐 +5 位作者 郑升 陈小军 刘华华 邝曦 龙治坚 韩国辉 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第5期1606-1613,共8页
为建立铁皮石斛的SCoT-PCR反应体系,本研究以8个不同增殖代的铁皮石斛组培苗为试验材料,采用正交试验设计,对影响PCR反应体系的2×Taq Master Mix混合液、引物、模板DNA的浓度进行优化,建立了铁皮石斛SCoT-PCR的最佳反应体系,筛选引... 为建立铁皮石斛的SCoT-PCR反应体系,本研究以8个不同增殖代的铁皮石斛组培苗为试验材料,采用正交试验设计,对影响PCR反应体系的2×Taq Master Mix混合液、引物、模板DNA的浓度进行优化,建立了铁皮石斛SCoT-PCR的最佳反应体系,筛选引物,并对1~8代的组培苗进行遗传稳定性鉴定。结果表明:铁皮石斛的SCoT-PCR最佳反应体系(20μL)包含2×Taq Master Mix 10μL、引物0.50μmol/L、模板DNA 40 ng;从60条引物中筛选出19条扩增结果稳定、条带清晰的SCoT引物;所有引物在8个增殖代的16份供试材料中均能扩增出清晰、丰富而稳定的条带,但是所得条带的数量和大小一致,均没有多态性,即16份材料没有发生遗传变异。反应体系的建立可为铁皮石斛种质资源鉴定和遗传多样性研究提供参考,也为其他药用植物组培苗遗传稳定研究提供理论和方法借鉴。 展开更多
关键词 铁皮石斛(Dendrobium candidum Kimura et Migo) scot标记 组培苗 遗传稳定性
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