微小隐孢子虫假定棒状体蛋白CpPRP1 sushi结构域片段的生物信息学分析

目的预测微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)假定棒状体蛋白1(putative rhoptry protein-1,CpPRP1)中Sushi结构域(CpSushi)蛋白片段的结构、理化性质、翻译后修饰位点及抗原表位等信息。方法利用在线软件Protparam分析CpSushi蛋白片段的等电点、消光系数、分子质量等理化性质;利用Protscale软件分析蛋白片段的亲/疏水性;利用SignalP软件预测其信号肽;利用TargetP软件预测其亚细胞结构;利用KinasePhos、NetPhos以及NetOGlyc、NetNGlyc、NetCGlyc软件分别预测其翻译后激酶磷酸化、磷酸化及O/N/C-GlcNAc糖基化位点;利用SOPMA、COILS、Bcepred软件分别分析其二级结构、卷曲螺旋,以及柔韧性、表面可及性、转动、暴露表面及抗原倾向;TMHMM软件预测其跨膜结构域;ABCpred、Syfpeithi软件分别预测其B、T细胞抗原表位;STRING软件预测与其互作的蛋白。结果CpSushi蛋白片段有237个氨基酸残基,分子质量为26 ku,有两个疏水峰;该蛋白无信号肽、跨膜结构域;α-螺旋、延伸链、β转角、无规则卷曲所占比例分别为28.27%、18.99%、8.86%和43.88%,且能形成规则的卷曲螺旋结构;含有22个O-GlcNAc和2个N-GlcNAc-糖基化修饰位点,但缺乏C-GlcNAc糖基化位点;其氨基酸序列中存在多处丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸磷酸化位点,蛋白的柔韧性(临界值1.9)、极性(临界值1.8)、亲水性(临界值1.9)位点分别有16、18和8个;含有2个Turn(临界值2.4)位点、7个抗原倾向(临界值1.9)位点、14个表面可及性(临界值1.9)位点、12个暴露表面(临界值2.3)位点,以及3个B细胞表位、7个限制性CTL细胞表位、9个限制性Th细胞表位;STRING分析显示,与该蛋白片段互作的隐孢子虫蛋白有10个。结论隐孢子虫CpPRP1 Sushi结构域蛋白片段具有良好的免疫原性,可成为潜在的隐孢子虫病疫苗候选分子。

SUSD2基因真核表达载体构建及其在H322细胞中表达

[目的]构建SUSD2基因真核表达载体,并观察其在真核细胞H322细胞中的表达。[方法]从H322细胞中提取总RNA并逆转录为c DNA,采用PCR技术扩增出含有EcoRⅠ和HindⅢ酶切位点的人SUSD2基因片段,以质粒pc DNA3.1为表达载体,构建重组质粒pc DNA3.1-SUSD2。采用PCR、双酶切鉴定以及测序验证c DNA片段大小和序列正确。将重组载体pc DNA3.1-SUSD2转染H322细胞,Western Blot法检测SUSD2蛋白的表达。[结果]PCR、双酶切鉴定以及测序结果显示pc DNA3.1-SUSD2包含大小、序列正确的SUSD2片段;Western Blot结果显示SUSD2蛋白在转染pc DNA3.1-SUSD2的H322细胞中表达高于转染pc DNA3.1的H322细胞。[结论]成功获得SUSD2基因全长序列,并成功构建SUSD2基因真核表达载体,有效地在非小细胞肺癌细胞株H322中表达,为进一步研究该基因功能及机制奠定了基础。

CSMD1基因多态性与精神分裂症及认知功能的关联研究

目的探讨CSMD1 (CUB and SUSHI multiple domains 1)基因三个多态性位点与精神分裂症及其认知功能的关联。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restrictive fragment length polymorphism,PCR-RFLP)技术对109例精神分裂症患者及109例健康对照者的CSMD1基因多态性进行检测,并选用蒙特利尔认知评估量表对其认知功能进行评定。使用SPSS 19.0软件对病例组和对照组间等位基因和基因型频率进行统计分析。结果 (1)与对照组相比,病例组rs10503253位点的基因型AA、AC、CC[病例组:AA,51(46.79%);AC,43(39.45%);CC,15(13.76%);对照组:AA,22(20.18%);AC,58(53.21%);CC,29(26.61%),χ^(2)=18.203,P<0.001]和等位基因频率[病例组:A,145(66.51%);C,73(33.49%);对照组:A,102(46.79%);C,116(53.21%),χ^(2)=17.269,P<0.001,OR=0.443,95%CI:0.301~0.652]分布均差异有统计学意义;(2)rs10503253位点上等位基因频率差异与病例组的视空间与执行功能障碍有关(χ^(2)=6.470,P=0.011,OR=2.089,95%CI:1.179~3.702)。(3)rs17405197位点上等位基因频率差异与病例组的语言功能障碍有关(χ^(2)=9.468,P=0.002,OR=0.415,95%CI:0.235~0.731)。(4)rs2740931位点上等位基因频率差异与病例组的语言功能障碍有关(χ^(2)=5.094,P=0.024,OR=2.016,95%CI:1.091~3.726)。结论 CSMD1基因多态性可能是精神分裂症患者发病的危险因素,与精神分裂症患者的认知障碍症状相关。