非综合征耳聋患者线粒体DNA 12S rRNA及tRNA^(Ser(UCN))基因序列分析

目的 :探讨线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)12S rRNA基因及tRNASer(UCN)基因突变与非综合征耳聋的相关性,以及常见致聋突变携带频率。方法:收集非综合征耳聋患者135例和听力正常对照人群126例的外周血样本,常规方法提取基因组DNA,PCR扩增mtDNA 12S rRNA基因及tRNASer(UCN)基因,扩增产物经直接测序进行耳聋相关突变的鉴定。结果:135例非综合征耳聋患者中共检测到11种mtDNA 12S rRNA碱基变异,其中4种已知致病突变的携带率分别为:A827G,4.4%;T961C,1.5%;T1095C,0.7%;A1555G,1.5%。两组人群均未检测到12S rRNA C1494T突变以及tRNASer(UCN)基因任何形式的致聋突变。结论:mtDNA 12S rRNA是南京地区汉族非综合征耳聋人群的突变热点基因,其常见致聋突变总携带率约为8.1%。

药物性耳聋患者线粒体tRNA^Ser（UCN）的突变分析

目的：了解线粒体tRNA^Ser（UCN）基因突变和药物性耳聋之间的相关性，为耳聋的预防和早期诊断提供理论依据。方法使用PCR-RFLP技术对药物性耳聋患者进行tRNASer（UCN）基因的扩增，PCR产物经测序后比对剑桥序列，筛选可能的突变位点，并讨论突变和药物性耳聋之间的关系。结果对150例非综合征性耳聋患者中，共有45例药物性耳聋患者。检测到2个变异位点，1例C7492T突变，2例G7444A突变。这些变异位于进化上高度保守的区域，可能是药物性耳聋相关的突变位点。结论对耳聋患者进行线粒体tRNA^Ser（UCN）的突变筛查，有助于更好的理解耳聋的发病机制，并为预测个体的耳毒性的发生风险，提供氨基糖苷类抗生素治疗安全性提供了有价值的信息，以降低耳聋的发生。

11个携带线粒体tRNA^(Ser(UCN)) G7444A突变的中国汉族非综合征型耳聋家系分析评估

目的:通过对11个携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变的中国汉族非综合征型耳聋家系进行临床和分子遗传学特征等分析评估,探讨线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变在母系遗传非综合征型耳聋发生发展中的作用。方法:PCR扩增2 650例中国汉族非综合征型耳聋样本的线粒体12S rRNA、线粒体tRNASer(UCN)基因以及GJB2基因。对11个携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变的中国汉族非综合征型耳聋家系进行听力学检测、耳聋相关热点基因突变检测以及家系资料等综合分析。结果:在2 650例中国汉族非综合征型耳聋患者中,14例携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变,突变率为0.53%。在这11个携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变的家系中,同时携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变和线粒体12S rRNA A1555G、12S rRNA C1494T或GJB2c.235delC的家系分别为3、1和2个。临床资料分析表明,这11个中国汉族非综合征型耳聋家系母系成员在听力损失严重程度、发病年龄以及耳聋外显率方面存在较大差异。同时携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变和线粒体12S rRNA A1555G、C1494T或GJB2 c.235delC突变家系的耳聋平均外显率分别为29.4%、42.9%和19.0%。前两者的外显率明显高于只携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变家系的耳聋平均外显率(为14.0%)。结论:线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变可能与线粒体12S rRNA A1555G和C1494T原发突变存在协同作用,共同影响非综合征型耳聋的表型。

人tRNA^(ser)基因真核表达质粒的构建及对FRL-19肝癌细胞的高效转染

目的:构建人tRNAser(CGA)基因与真核表达载体pSV2neo的重组体,探讨细胞高效转染新方法,研究tRNA种类及丰度对转录后翻译水平的影响;为探索基因治疗新思路打下基础。方法:EcoRI酶切pGEM-TeasytRNAser(CGA)质粒释放目的基因tRNAser(CGA)片断,与pSV2neo载体构成重组体,双酶消化鉴定重组载体插入方向。扩增纯化构建的pSV2neotRNAser(CGA)质粒,经脂质体和Plus试剂混合包装,转染FRL-19肝癌细胞株。用Hirt方法提取胞浆DNA,做Southernblot。结果:用Nsil和BamHI双酶切鉴定获得正确方向的重组质粒pSV2neotRNAser(CGA),DNA测序显示其序列正确。Southernblot结果显示:在400bp处可见一条特异DNA条带,说明pSV2neotRNAser(CGA)已转入FRL-19细胞。结论:成功构建人pSV2neotRNAser(CGA)真核表达质粒。Plus试剂可明显提高脂质体转染FRL-19细胞的效率。

生信分析结直肠癌差异表达免疫基因及其临床意义

[目的]生物信息学分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)差异表达免疫基因(differentially expressed immune genes,DEIGs)及其临床意义,探究CRC的潜在治疗靶点。[方法]利用R软件筛选TCGA数据库中448例CRC患者和39例正常样本的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。从ImmPort数据库中获取免疫基因集,与DEGs取交集,获得DEIGs。对DEIGs进行GO和KEGG通路分析,探索其功能。将DEIGs与临床因素逐步纳入单因素Cox回归、Lasso回归、多因素Cox回归,探索DEIGs对CRC预后的影响。最后,分析DEIGs与免疫浸润的关系。[结果]共筛选到487个DEIGs,GO/KEGG分析显示,80个GO术语,74个KEGG术语被显著富集(P<0.05)。MC1R、UCN高表达,肿瘤分期晚、血管侵犯为CRC预后较差的独立危险因素(P<0.05)。MC1R、UCN高表达与CRC患者较差的总生存相关(P=0.00053、P=0.0012)。MC1R、UCN高低表达组中,T细胞、B细胞、NK细胞等浸润显著不同,差异有统计学意义(P<0.05)。[结论]生信分析发现2个DEIGs(MC1R、UCN)在CRC中高表达,与CRC预后较差及免疫细胞浸润显著相关,为后续研究奠定了基础。

线粒体tRNA^Ser（UCN）突变及其致聋机制的研究

线粒体tRNA^Ser（UCN）基因突变与感音神经耳聋密切相关。tRNA^Ser（UCN）基因上游部分的突变将影响tRNA^Ser（UCN）结构以及转录后的加工，例如位于tRNA^Ser（UCN）前体3’端的线粒体7444G〉A等突变，以及位于tRNA^Ser（UCN）二级结构茎以及环上的线粒体7472insC和7511T〉C等突变可改变tRNA^Ser（UCN）的稳定性，进而影响线粒体内多肽的合成，降低ATP的产量，最终导致耳聋。本文主要讨论与耳聋相关的线粒体tRNA^Ser（UCN）基因突变及其致聋的机理。

携带线粒体CO1/tRNA^(Ser(UCN))7444G>A突变和12S rRNA 1555A>G突变的非综合征性耳聋家系的线粒体功能研究

该研究通过构建携带突变的血小板融合细胞系,探讨12S r RNA 1555A>G和CO1/t RNA^(Ser(UCN))7444G>A突变对线粒体功能的影响。首先,采集携带12S r RNA 1555A>G和CO1/t RNA^(Ser(UCN))7444G>A双突变、单突变及正常对照组患者外周血,构建血小板融合细胞系。其次,对构建成功的血小板融合细胞系进行一系列功能研究,包括细胞内活性氧类(ROS)生成量、线粒体膜电位水平、蛋白质水平和t RNA稳态水平的分析。通过对各组血小板融合细胞系的线粒体功能的研究,结果与对照组相比发现,细胞内ROS生成量显示,仅携带m.1555A>G单突变组细胞ROS上升66.54%,仅携带m.7444G>A单突变组细胞ROS上升83.09%,而同时携带m.1555A>G和m.7444G>A双突变组细胞ROS上升131.08%;线粒体膜电位水平显示,m.1555A>G单突变组的ΔΨm水平下降32.86%,m.7444G>A单突变组的ΔΨ水平下降0.66%,m.1555A>G和m.7444G>A双突变组的ΔΨm水平下降29.86%;Western blot结果显示,各突变样本的CO1、CO2均有不同程度的下降,仅携带m.1555A>G单突变组中ND4、ND5和ND6差异不明显,而仅携带m.7444G>A单突变组和m.1555A>G和m.7444G>A双突变组中ND4、ND5和ND6均有不同程度的下降;Northern blot结果显示,m.7444G>A对t RNA^(Ser(UCN))稳态水平的改变并不是很明显。提示CO1/t RNA^(Ser(UCN))7444G>A突变可能只是12S r RNA 1555A>G突变的病理效应的修饰因子,但在耳聋的发生过程中,还是12S r RNA 1555A>G突变起主导作用。