tRNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)是一种在人体组织中稳定表达的新型非编码RNA。目前已知两种tsRNA亚型:tRNA半分子和tRNA衍生片段。高通量测序技术的发展和应用为肿瘤中tsRNA的失调提供了越来越多的证据。tsRNA...tRNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)是一种在人体组织中稳定表达的新型非编码RNA。目前已知两种tsRNA亚型:tRNA半分子和tRNA衍生片段。高通量测序技术的发展和应用为肿瘤中tsRNA的失调提供了越来越多的证据。tsRNA在肿瘤组织中的异常表达已经被发现与肿瘤的增殖、侵袭和进展有关。这些新发现的tsRNA有很大的潜力作为新的生物标志物和肿瘤治疗的靶点。综述就tsRNA在肿瘤中的最新研究进展进行论述并讨论其潜在临床价值。展开更多
随着测序技术的发展和对tRNA衍生小分子(tRNA-derived small RNA,tsRNAs)的深入研究,越来越多的tsRNAs及其功能在各物种中被鉴定。tsRNAs根据切割位点的不同可分为tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)和tRNA应激诱导RNA(tRNA-deriv...随着测序技术的发展和对tRNA衍生小分子(tRNA-derived small RNA,tsRNAs)的深入研究,越来越多的tsRNAs及其功能在各物种中被鉴定。tsRNAs根据切割位点的不同可分为tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)和tRNA应激诱导RNA(tRNA-derived stress-induced RNA,tiRNA),其中tRF是一类具有调节功能的非编码RNA。为了加深对tRF的研究,近年来一些基于测序数据的tRF鉴定方法和相关数据库不断涌现,前者主要包括Telonis等人的算法和tDRmapper方法,后者主要有tRFdb、tRF2Cancer和MINTbase等。同时这两者为tRF的深入研究提供了更有效的工具。大量的研究表明,tRF主要以类似miRNA的方式对RNA、DNA及蛋白质进行调节,但也存在特异的作用方式。随着对这三者的深入研究,研究人员发现tRF在人类疾病的各种生物过程中也扮演着重要的角色,例如可以作为生物标志物。因此本文主要对tRF的鉴定方法、数据库、对靶分子的调节机制及其与人类疾病的关系作一综述。展开更多
转运RNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNAs, tsRNAs)是一类来源于tRNAs的新型非编码小RNA,广泛存在于动物、植物的组织细胞以及体液中,在胚胎发育、细胞命运决定、机体免疫调控、获得性遗传以及包括癌症在内的多种人类疾病的发生发展...转运RNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNAs, tsRNAs)是一类来源于tRNAs的新型非编码小RNA,广泛存在于动物、植物的组织细胞以及体液中,在胚胎发育、细胞命运决定、机体免疫调控、获得性遗传以及包括癌症在内的多种人类疾病的发生发展中发挥着不可或缺的作用。然而,由于tsRNAs含有从其tRNAs前体继承而来的多种RNA修饰,这些RNA修饰一方面增加了tsRNAs信息编码的深度,丰富了tsRNAs在细胞内功能和作用机制的多样性,另一方面也增加了其功能研究的复杂性。近年来, tsRNAs的作用机制成为该领域的研究焦点和关键点。该文系统性地综述了tsRNAs的最新研究进展,包括其生成途径、检测方法、作用机制以及生物学功能的多样性,并探讨了tsRNAs作为生物标志物在临床疾病诊断中的应用前景。展开更多
胃癌是一种极其常见的消化道肿瘤,具有早期诊断困难、预后差等特点,探索胃癌的发生发展机制及找到相关治疗靶点对胃癌诊断和治疗十分重要。tRNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是一类由转运RNA(transfer RNA,tRNA)或前体tRNA...胃癌是一种极其常见的消化道肿瘤,具有早期诊断困难、预后差等特点,探索胃癌的发生发展机制及找到相关治疗靶点对胃癌诊断和治疗十分重要。tRNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是一类由转运RNA(transfer RNA,tRNA)或前体tRNA经核酸酶剪切而成的非编码RNA分子,具有广泛表达、组织特异性等特征及较高比例的修饰碱基。越来越多的研究证实,tsRNA在胃癌的发生发展过程中扮演着重要角色。本文概述了tsRNA的生物发生、分类和调控方式,列出了9个在胃癌中表达上调和5个表达下调的tsRNA在胃癌诊断中的敏感性和特异性,并对tsRNA在胃癌发病过程中的调控方式及参与的信号通路进行归纳,以期为胃癌的临床诊断和靶向治疗提供新思路。展开更多
目的研究血浆tRF-19-DRXSE5I2在4~6岁阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)患儿中的差异表达及其潜在的诊断筛查价值。方法研究纳入2020年11月~2021年12月在宁波市妇女儿童医院确诊的45例OSAHS患儿及同期同年龄段33名健康对照儿童,记...目的研究血浆tRF-19-DRXSE5I2在4~6岁阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)患儿中的差异表达及其潜在的诊断筛查价值。方法研究纳入2020年11月~2021年12月在宁波市妇女儿童医院确诊的45例OSAHS患儿及同期同年龄段33名健康对照儿童,记录两组儿童临床资料。前期两组各留取5份血浆样本进行高通量测序,初步筛选出差异表达的转运RNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs),随后对所有样本进行实时荧光定量逆转录-聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证,分析其诊断筛查价值及与临床病理资料的关系。结果基于高通量测序结果,选择tRF-19-DRXSE5I2作为研究对象。qRT-PCR验证发现血浆tRF-19-DRXSE5I2在OSAHS患儿中表达明显下调(P<0.0001),与高通量测序结果一致。受试者工作特征(ROC)曲线显示tRF-19-DRXSE5I2诊断OSAHS的ROC曲线下面积(area under curve,AUC)为0.8694,灵敏度为82.22%,特异度为81.82%(P<0.0001)。相关性分析显示差异表达的tRF-19-DRXSE5I2与免疫球蛋白E(IgE)具有相关性。结论血浆tRF-19-DRXSE5I2在OSAHS患儿中低表达,且和IgE相关,可能成为儿童OSAHS潜在的诊断标志物。展开更多
Gastric cancer(GC)is one of the most common gastrointestinal tumors.As a newly discovered type of non-coding RNAs,transfer RNA(tRNA)-derived small RNAs(tsRNAs)play a dual biological role in cancer.Our previous studies...Gastric cancer(GC)is one of the most common gastrointestinal tumors.As a newly discovered type of non-coding RNAs,transfer RNA(tRNA)-derived small RNAs(tsRNAs)play a dual biological role in cancer.Our previous studies have demonstrated the potential of tRF-23-Q99P9P9NDD as a diagnostic and prognostic biomarker for GC.In this work,we confirmed for the first time that tRF-23-Q99P9P9NDD can promote the proliferation,migration,and invasion of GC cells in vitro.The dual luciferase reporter gene assay confirmed that tRF-23-Q99P9P9NDD could bind to the 3'untranslated region(UTR)site of acyl-coenzyme A dehydrogenase short/branched chain(ACADSB).In addition,ACADSB could rescue the effect of tRF-23-Q99P9P9NDD on GC cells.Next,we used Gene Ontology(GO),the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG),and Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)to find that downregulated ACADSB in GC may promote lipid accumulation by inhibiting fatty acid catabolism and ferroptosis.Finally,we verified the correlation between ACADSB and 12 ferroptosis genes at the transcriptional level,as well as the changes in reactive oxygen species(ROS)levels by flow cytometry.In summary,this study proposes that tRF-23-Q99P9P9NDD may affect GC lipid metabolism and ferroptosis by targeting ACADSB,thereby promoting GC progression.It provides a theoretical basis for the diagnostic and prognostic monitoring value of GC and opens upnew possibilities for treatment.展开更多
Rather than random degradation products, the 18 to 40 nucleotides(nt) transfer RNA-derived small RNAs(tsRNAs) are RNA species generated specifically from pre-RNAs or mature tRNAs in archaea, bacteria and eukaryotes. R...Rather than random degradation products, the 18 to 40 nucleotides(nt) transfer RNA-derived small RNAs(tsRNAs) are RNA species generated specifically from pre-RNAs or mature tRNAs in archaea, bacteria and eukaryotes. Recent studies from animal systems have shown that tsRNAs are important non-coding RNAs that regulate gene expression at the transcriptional and/or post-transcriptional levels. They are involved in various biological processes, such as cell proliferation, tumor genesis, stress response and intergenerational epigenetic inheritance. In this review, we will summarize the discovery, biogenesis, and function of tsRNAs in higher plants. In addition, analysis on tsRNAs from lower plants is shown.展开更多
文摘tRNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)是一种在人体组织中稳定表达的新型非编码RNA。目前已知两种tsRNA亚型:tRNA半分子和tRNA衍生片段。高通量测序技术的发展和应用为肿瘤中tsRNA的失调提供了越来越多的证据。tsRNA在肿瘤组织中的异常表达已经被发现与肿瘤的增殖、侵袭和进展有关。这些新发现的tsRNA有很大的潜力作为新的生物标志物和肿瘤治疗的靶点。综述就tsRNA在肿瘤中的最新研究进展进行论述并讨论其潜在临床价值。
文摘转运RNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNAs, tsRNAs)是一类来源于tRNAs的新型非编码小RNA,广泛存在于动物、植物的组织细胞以及体液中,在胚胎发育、细胞命运决定、机体免疫调控、获得性遗传以及包括癌症在内的多种人类疾病的发生发展中发挥着不可或缺的作用。然而,由于tsRNAs含有从其tRNAs前体继承而来的多种RNA修饰,这些RNA修饰一方面增加了tsRNAs信息编码的深度,丰富了tsRNAs在细胞内功能和作用机制的多样性,另一方面也增加了其功能研究的复杂性。近年来, tsRNAs的作用机制成为该领域的研究焦点和关键点。该文系统性地综述了tsRNAs的最新研究进展,包括其生成途径、检测方法、作用机制以及生物学功能的多样性,并探讨了tsRNAs作为生物标志物在临床疾病诊断中的应用前景。
文摘胃癌是一种极其常见的消化道肿瘤,具有早期诊断困难、预后差等特点,探索胃癌的发生发展机制及找到相关治疗靶点对胃癌诊断和治疗十分重要。tRNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)是一类由转运RNA(transfer RNA,tRNA)或前体tRNA经核酸酶剪切而成的非编码RNA分子,具有广泛表达、组织特异性等特征及较高比例的修饰碱基。越来越多的研究证实,tsRNA在胃癌的发生发展过程中扮演着重要角色。本文概述了tsRNA的生物发生、分类和调控方式,列出了9个在胃癌中表达上调和5个表达下调的tsRNA在胃癌诊断中的敏感性和特异性,并对tsRNA在胃癌发病过程中的调控方式及参与的信号通路进行归纳,以期为胃癌的临床诊断和靶向治疗提供新思路。
文摘目的研究血浆tRF-19-DRXSE5I2在4~6岁阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)患儿中的差异表达及其潜在的诊断筛查价值。方法研究纳入2020年11月~2021年12月在宁波市妇女儿童医院确诊的45例OSAHS患儿及同期同年龄段33名健康对照儿童,记录两组儿童临床资料。前期两组各留取5份血浆样本进行高通量测序,初步筛选出差异表达的转运RNA衍生小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNAs),随后对所有样本进行实时荧光定量逆转录-聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证,分析其诊断筛查价值及与临床病理资料的关系。结果基于高通量测序结果,选择tRF-19-DRXSE5I2作为研究对象。qRT-PCR验证发现血浆tRF-19-DRXSE5I2在OSAHS患儿中表达明显下调(P<0.0001),与高通量测序结果一致。受试者工作特征(ROC)曲线显示tRF-19-DRXSE5I2诊断OSAHS的ROC曲线下面积(area under curve,AUC)为0.8694,灵敏度为82.22%,特异度为81.82%(P<0.0001)。相关性分析显示差异表达的tRF-19-DRXSE5I2与免疫球蛋白E(IgE)具有相关性。结论血浆tRF-19-DRXSE5I2在OSAHS患儿中低表达,且和IgE相关,可能成为儿童OSAHS潜在的诊断标志物。
基金was supported by the National Natural Science Foundation of China(Nos.82272411 and 82072363)the Jiangsu Provincial Medical Key Discipline(Laboratory)(No.ZDXK202240)the Science and Technology Project of Jiangsu Province(No.BE2023741),China。
文摘Gastric cancer(GC)is one of the most common gastrointestinal tumors.As a newly discovered type of non-coding RNAs,transfer RNA(tRNA)-derived small RNAs(tsRNAs)play a dual biological role in cancer.Our previous studies have demonstrated the potential of tRF-23-Q99P9P9NDD as a diagnostic and prognostic biomarker for GC.In this work,we confirmed for the first time that tRF-23-Q99P9P9NDD can promote the proliferation,migration,and invasion of GC cells in vitro.The dual luciferase reporter gene assay confirmed that tRF-23-Q99P9P9NDD could bind to the 3'untranslated region(UTR)site of acyl-coenzyme A dehydrogenase short/branched chain(ACADSB).In addition,ACADSB could rescue the effect of tRF-23-Q99P9P9NDD on GC cells.Next,we used Gene Ontology(GO),the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG),and Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)to find that downregulated ACADSB in GC may promote lipid accumulation by inhibiting fatty acid catabolism and ferroptosis.Finally,we verified the correlation between ACADSB and 12 ferroptosis genes at the transcriptional level,as well as the changes in reactive oxygen species(ROS)levels by flow cytometry.In summary,this study proposes that tRF-23-Q99P9P9NDD may affect GC lipid metabolism and ferroptosis by targeting ACADSB,thereby promoting GC progression.It provides a theoretical basis for the diagnostic and prognostic monitoring value of GC and opens upnew possibilities for treatment.
基金supported by the General Program of National Natural Science Foundation of China (31471165 to Zhicheng Dong)
文摘Rather than random degradation products, the 18 to 40 nucleotides(nt) transfer RNA-derived small RNAs(tsRNAs) are RNA species generated specifically from pre-RNAs or mature tRNAs in archaea, bacteria and eukaryotes. Recent studies from animal systems have shown that tsRNAs are important non-coding RNAs that regulate gene expression at the transcriptional and/or post-transcriptional levels. They are involved in various biological processes, such as cell proliferation, tumor genesis, stress response and intergenerational epigenetic inheritance. In this review, we will summarize the discovery, biogenesis, and function of tsRNAs in higher plants. In addition, analysis on tsRNAs from lower plants is shown.
