沙门菌tcpS基因的血清型分布及其在特定血清型鉴定中的应用

目的建立基于tcpS基因的PCR鉴定方法,同时筛选肠炎沙门菌、鸡白痢/伤寒沙门菌和都柏林沙门菌,为流行病学调查提供方便快速的实验室技术支持,并为PCR鉴定沙门菌方法的发展提供新的基因候选。方法利用生物信息学的方法分析沙门菌tcpS基因的血清型分布特点,选择27种不同血清型沙门菌以及10株非沙门菌菌株,对所建立PCR体系的特异性和灵敏性进行检测,并将该方法应用于江苏省分离的48株猪场分离株、22株鸡场分离株和11株牛场分离株的检测。结果生物信息学分析表明tcpS基因仅存在于肠炎沙门菌、鸡白痢/伤寒沙门菌和都柏林沙门菌中,该PCR方法具有高度特异性和灵敏性,可准确快速地从临床样本中筛选这3种血清型沙门菌,且对实际样本检测符合率达100%。结论基于tcpS的PCR检测方法可准确筛选肠炎沙门菌、鸡白痢/伤寒沙门菌和都柏林沙门菌,能作为传统血清学分型的辅助方法,为沙门菌PCR鉴定方法的发展提供了优良的基因候选。

菊苣TCP基因家族鉴定与分析

TCP转录因子参与调控植物多种生理过程,包括植物叶片发育、花发育、分枝的形成等方面。菊苣(Cichorium intybus L.)是一种优良牧草,但目前还未有关于其TCP基因家族研究的报道。本研究基于菊苣全基因组数据,利用拟南芥(Arabidopsis thaliana)、生菜(Lactuca sativa L.)TCP基因家族的氨基酸序列,对菊苣TCP基因家族成员进行鉴定筛选,最终得到39个菊苣TCP基因家族成员。接着利用生物信息学方法对这些成员进行分析发现,39个成员不均匀分布在9条染色体上;氨基酸数目为113~498,分子量为12425.84~56266.57Da;所有成员分为3个亚家族;均含有保守的basic-helix-loop-helix(bHLH)结构域;顺式作用元件分析发现,菊苣TCP家族成员具有多种激素、非生物胁迫和生长发育响应元件;对CIN类TCP基因在菊苣各组织和高温胁迫下进行表达分析发现,这些成员可能参与菊苣的叶片发育调控且对高温胁迫响应。本研究可以为改良菊苣牧草品质提供理论依据。

茉莉花TCP基因家族全基因组鉴定及其表达分析

为探讨茉莉花TCP基因家族在其生长发育过程中的作用,基于茉莉花的基因组数据,利用生物信息学方法对茉莉花TCP(JsTCP)基因进行了全基因组鉴定及分析,并分析了TCP基因家族在花发育不同时期和花粉-柱头互作中的表达水平。结果显示,茉莉花全基因组中共鉴定出27个TCP基因家族成员,命名为JsTCP1~JsTCP25,其蛋白包含208~539个氨基酸残基,分子量为22.95~56.96 ku,等电点为5.70~9.97,均为不稳定的亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果显示,JsTCPs均位于细胞核内。染色体定位结果显示,JsTCPs不均匀分布在10条染色体上。基因结构分析结果显示,JsTCPs具有1~5个外显子以及0~4个内含子。蛋白保守基序和系统进化分析结果显示,JsTCPs均含保守的TCP结构域,可分为ClassⅠ和ClassⅡ2个亚类。启动子顺式作用元件的分析结果显示,JsTCPs启动子上含有多个植物激素响应、胁迫响应和生长发育相关等元件。表达模式分析结果显示,24个JsTCPs基因在茉莉花花发育不同时期表达,22个基因在花粉-柱头互作中表达。总之,本研究鉴定了27个茉莉花TCP基因家族成员,并发现家族成员在花发育不同时期和授粉后不同时期特异表达。

白桦BpTCPs基因家族生物信息学及时空表达分析

【目的】通过研究白桦TCP转录因子的序列特征及其在不同时期组织中的表达规律,为揭示BpTCPs在白桦生长发育中的作用提供证据。【方法】依据白桦45个转录组测序结果,共获得15条TCPs基因。利用生物信息学方法对TCPs基因进行了全面分析,采用实时荧光定量PCR技术分析基因在不同组织中的表达模式。【结果】生物信息学分析发现,15条BpTCPs均含有1个高度保守的b HLH结构域,系统进化分析发现15条白桦TCP分属于TCP蛋白的两大类;qRT-PCR分析结果显示,自5月到9月的生长阶段中,顶芽中BpTCPs的表达水平呈现不同程度升高的变化趋势;茎中BpTCP3在整个生长季上调表达;BpTCP4、BpTCP10及BpTCP7、BpTCP8分别在越冬后的雌花及雄花中上调表达。【结论】明确了BpTCPs基因的功能及揭示其参与调控植物生长的分子机制奠定基础。

滇水金凤花距发育相关基因TCP4的克隆及表达分析

为探究滇水金凤(Impatiens uliginosa)TCP4基因(IuTCP4)对花距发育的调控作用,通过反转录聚合酶链反应技术克隆其cDNA全长,对其序列进行生物信息学分析,并采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction, qRT-PCR)技术探讨IuTCP4基因在花距的不同发育阶段及不同组织部位的时空表达模式。结果表明:滇水金凤IuTCP4基因2个拷贝(IuTCP4.1和IuTCP4.2)的cDNA全长分别为1 194、1 173 bp,各编码397个和390个氨基酸,且均不包含内含子;IuTCP4.1和IuTCP4.2所编码的蛋白均为不稳定的亲水性蛋白,且均不存在信号肽和跨膜结构域,两者与茶(Camellia sinensis)、苦瓜(Momordica charantia)等15个物种TCP4蛋白的同源性达到66.11%。在系统发育树中这2个拷贝聚为一支,推测它们为旁系同源基因。qRT-PCR结果显示:IuTCP4.1在初期、开花期的花距和檐部存在差异性表达,且在初期的檐部表达量最高;IuTCP4.2在3个发育时期的花距和檐部均存在差异性表达,且在初期的花距中表达量最高。综上所述,IuTCP4基因在花距发育过程中具有一定的调控作用,且主要在花距发育初期发挥作用。上述结果为凤仙花花距发育机制、花形改良和新品种培育提供了一定的理论依据。

陆地棉TCP家族基因鉴定及组织表达分析

【目的】鉴定、分析陆地棉TCP家族基因,为进一步研究TCP基因在棉花植株内的生物学功能奠定基础。【方法】基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过Pfam网站获取TCP家族HMM模型文件,使用HMMER网站鉴定陆地棉TCP基因,CottonFGD网站获取陆地棉TCP基因组蛋白序列。利用MapInspect进行染色体定位、MEGA 7.0进行多序列比对聚类分析、MEME网站motif预测、TBtools软件鉴定基因结构以及陆地棉TCP基因组织特异性表达分析。【结果】共鉴定出63个陆地棉TCP基因,其中39个Class I亚族,24个ClassⅡ亚族;ClassⅡ亚族中包括17个CIN亚类,7个CYC/TB1亚类。染色体定位发现该63个TCP基因在陆地棉22条染色体上均有分布,其中A组染色体上分布有33个基因、D组上分布有30个基因。所有TCP蛋白均包含TCP结构域。TCP基因外显子、内含子结构及长度在同一亚家族内具有相似性。TCP家族基因中有12个基因在陆地棉纤维中优势表达,32个基因在花器官中优势表达,16个基因在营养器官:根、茎和叶中优势表达。【结论】获得了与陆地棉生长发育相关的TCP基因。

全基因组水平白花草木樨TCP基因家族的鉴定及在干旱胁迫下表达模式分析

草木樨是我国北方地区重要的饲料与绿肥豆科作物,在我国草牧业发展和生态经济建设中具有重要作用。干旱胁迫是影响草木樨分布和产量的重要因素,筛选和鉴定调控草木樨响应干旱胁迫的基因对解析草木樨抗旱生物学研究具有重要意义。TCP(teosinte branches1/cycloidea/pro-liferating cell factory)是一类植物特有的转录因子,在调控植物响应干旱胁迫过程中具有重要作用,但目前该基因家族在草木樨中的分布以及响应干旱胁迫的生物学功能未见报道。本研究以白花草木樨为对象,利用生物信息学方法在全基因组水平对TCP基因家族进行系统鉴定,并对其基因结构、系统进化、染色体定位以及干旱胁迫下表达模式进行了分析。结果表明,白花草木樨含有18个MaTCP基因,不均匀地分布在6条染色体上。系统进化表明,18个MaTCP基因可以分为TCP-P和TCP-C两大亚家族,其中TCP-P仅包含PCF分支,而TCP-C包含CYC/TB1与CIN两个分支。这些基因都含有高度保守的bHLH结构域,同亚家族中的成员具有相似的保守基序与基因结构,但在bHLH结构域中TCP-P亚家族相较于TCP-C亚家族少4个氨基酸。通过分析白花草木樨响应干旱胁迫的转录组数据,共鉴定出2个可能与干旱胁迫有关的MaTCP基因(MaTCP2和MaTCP15)。qRT-PCR结果进一步表明,PEG模拟干旱胁迫处理后,在白花草木樨根部,MaTCP2基因表达量显著上升;在叶片部分,两基因的表达量在第3 h时均出现峰值,进一步确定了两基因在白花草木樨中具有响应干旱胁迫的表达模式。该研究可为后期深入解析草木樨响应干旱胁迫理论以及通过基因工程技术创制高抗旱草木樨新种质奠定基础。

日本结缕草ZjTCP20基因生物信息学及表达模式分析

TCP是高等植物所特有的一类转录因子,参与调控植物的生长发育、衰老及逆境应答等多个生物学过程。本研究从日本结缕草(Zoysia japonica)中克隆出ZjTCP20基因,并对该基因进行生物信息学分析、自激活检测、表达模式分析等来探究该基因特性。ZjTCP20基因完整编码区为624 bp,编码208个氨基酸。ZjTCP20蛋白无信号肽,具有疏水性,系统发育进化树结果显示其与玉米(Zea mays)ZmTCP20亲缘关系最近。亚细胞定位显示该蛋白定位于叶绿体、细胞质和细胞核上。ZjTCP20基因表达模式结果显示,该基因在幼嫩叶片中大量表达,随植物发育表达量逐渐减少,但茉莉酸甲酯(MeJA)等3个激素对基因的表达量没有显著影响。酵母自激活试验显示ZjTCP20具备自激活活性。本研究为进一步研究ZjTCP20基因提供了科学依据。

烟草TCP基因家族的鉴定及表达分析

TCP基因是植物特有的转录因子,对植物的生长发育起到重要的作用。鉴定烟草TCP基因家族,为烟草TCP基因功能研究及遗传改良提供理论依据。基于烟草全基因组数据,通过BLAST对烟草TCP基因家族进行鉴定,利用生物信息学的方法分析了该家族成员的理化性质、基因结构、蛋白质结构域、染色体分布、系统进化及启动子分析,并利用RT-qPCR验证了TCP基因家族在烤烟不同品种各个组织的表达情况。烟草中共鉴定了20个TCP基因,将其分为两大类Class Ⅰ与Class Ⅱ;已知的TCP基因位于不同的染色体上且分布不均匀,所有TCP基因均具有保守的结构域;TCP基因家族启动子区域显著富集生长发育和激素响应的顺式元件,部分TCP基因还具有低温胁迫的作用元件;20个NtTCPs基因在K326和Ti706不同组织和不同时期叶片内存在不同程度的表达,NtTCPs基因在烟草K326和Ti706中的表达具有组织特异性。其中Class Ⅰ亚族基因在6个组织和苗期叶片内表达水平较高,而Class Ⅱ亚族基因在幼苗叶片、上部叶和中部叶表达水平较高。研究结果揭示了烟草TCP基因家族成员在烟草生长发育过程中起到重要作用,为探究烟草TCP基因家族的生物学功能提供了基础。

雷蒙德氏棉和亚洲棉TCP基因家族的生物信息学分析

TCP基因家族是植物中特有的一类转录因子家族,涉及了植物的多种生长途径以及各种生理生化反应的信号传导。为了更好地了解TCP基因家族在雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组中的数量和分布情况等,通过生物信息学方法,在雷蒙德氏棉(D5)和亚洲棉(A2)全基因组中分别鉴定出37个TCP基因家族成员,并对TCP家族成员进行基因结构、染色体定位、保守域、进化关系等分析。结果表明,雷蒙德氏棉和亚洲棉全基因组分别编码37个TCP转录因子成员。雷蒙德氏棉30个成员基因分布在10条染色体上,亚洲棉37个成员基因分布在13条染色体上;内含子/外显子结构分析表明,TCP基因结构较为简单,大部分不含内含子;功能结构域分析,发现所有TCP转录因子具有高度保守的TCP结构域;根据结构域差异和系统发育分析的结果,将TCP基因家族分成2个亚族,进一步划分为PCF、CIN、CYC/TB1三个亚类。以上结果为进一步研究棉花TCP基因家族各成员的功能奠定一定的理论基础。

TCP11基因在宫颈癌中表达的意义

目的探讨TCP11基因在宫颈癌组织和细胞中的表达水平以及与HPV感染、患者临床特征和预后之间的关系。方法运用UALCAN数据库及GEPIA数据库分析TCP11基因在宫颈癌中的表达及其与宫颈癌患者年龄和肿瘤分级的关系;运用The Human Protein Atlas(HPA)数据库、UALCAN数据库及Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)数据库分析TCP11基因的表达与宫颈癌患者生存率的关系;运用UALCAN数据库分析在宫颈癌中TCP11基因启动子甲基化状态。运用组织芯片分析TCP11基因在正常宫颈及宫颈癌组织中表达水平。利用第二代杂交捕获技术(HC-2)检测所收集样本HPV感染情况。体外培养HaCaT细胞(一种永生化的上皮细胞)及宫颈癌SiHa、HeLa、C33A细胞,利用Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌细胞中TCP11蛋白和mRNA表达水平。结果运用HPA、UALCAN、GEPIA数据库分析发现TCP11基因在宫颈癌组织中高表达,且与宫颈癌患者生存率显著相关(P<0.05);TCP11基因表达与宫颈癌患者的年龄及肿瘤分级无显著相关性(P>0.05)。组织芯片结果统计发现TCP11基因在宫颈癌组织中高表达(P<0.05)。与HaCaT细胞相比,TCP11蛋白和mRNA在宫颈癌SiHa、HeLa、C33A细胞系中均显著升高(P<0.05)。HC-2结果显示TCP11基因的表达可能不受HPV感染的影响(P>0.05)。结论 TCP11基因在宫颈癌组织及细胞中高表达,其表达水平与患者预后相关且可能不受HPV感染的影响。

菠萝TCP基因家族的鉴定及成花诱导阶段的表达谱分析

【目的】筛选并分析菠萝TCP(Teosinte branched 1/Cycloidea/Proliferating)基因家族,为菠萝TCP基因在乙烯利诱花过程中的功能研究提供参考。【方法】以‘台农16号’菠萝为材料,通过生物信息学软件系统地分析该基因家族的蛋白质理化性质、染色体定位、基因共线性、系统进化、基因结构、启动子顺式作用元件及RNA-Seq数据,并通过qRTPCR分析该基因家族在成花诱导阶段的表达情况。【结果】共鉴定出9个菠萝TCP基因,均含有TCP结构域,系统进化将其划分为PCF、CIN和CYC/TB1三个亚家族。菠萝TCP基因家族的扩增与全基因组倍增事件无关,不存在片段复制和串联复制事件。启动子顺式作用元件分析发现,AcTCP2、AcTCP5~AcTCP9均含有乙烯响应元件。表达谱分析表明,AcTCP对乙烯利均有不同程度的响应,在花芽分化时期,AcTCP1、AcTCP3、AcTCP7和AcTCP8在茎尖中的表达水平均有显著上调,分别约为0时期的8.15、18.0、14.6和7.91倍。【结论】鉴定并分析了AcTCP基因家族成员信息,发现AcTCP1、AcTCP3、AcTCP7和AcTCP8在花芽分化时期高度表达,AcTCP3在乙烯利处理1 h后显著上调,表明其可能与乙烯利诱导菠萝成花过程密切相关。

TCP1在肝细胞癌中的表达及预后价值

探讨T复合体1(TCP1)在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及临床意义。选取癌症基因组图谱(TCGA)数据库来源的HCC组织作为在线数据库研究对象,选取2018年5月—2019年5月新疆医科大学第一附属医院收治的53例HCC患者为临床研究对象,利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库分析TCP1基因在HCC中的表达水平并用免疫组织化学方法进行鉴定,并分析TCP1的表达与HCC临床病理特征的关系及与患者预后的相关性。使用肿瘤免疫评估资源(TIMER)2.0数据库对不同表达的TCP1与免疫细胞浸润的相关性进行分析。TCGA数据库来源HCC肿瘤组织中TCP1的表达显著高于正常组织,临床来源的HCC组织中TCP1的免疫组织化学表达得分显著高于正常肝组织(6.32±1.24比0.54±0.18,t=21.533,P<0.001)。免疫浸润分析结果显示TCP1与Th和Th2浸润正相关(r=0.390和0.384,P<0.001)。GO/KEGG分析表明与TCP1共表达的基因在RNA定位、蛋白质定位等基因功能上发生富集,并且主要参与了细胞周期通路。预后生存分析结果显示,TCGA数据库来源和临床来源的HCC患者,TCP1低表达组的总生存率均明显高于TCP1高表达组(P<0.001)。TCP1在HCC组织中表达上调,可以作为HCC有价值的预后标志物。

高粱TCP基因家族全基因组鉴定及表达分析

为了研究高粱TCP(Teosinte branched 1/cycloidea/proliferating cell factors)基因家族在生长发育和逆境胁迫中的作用,利用生物信息学方法对高粱TCP基因家族成员进行鉴定,并对其进行染色体定位、保守结构域、进化树和表达模式分析。结果表明,共鉴定出27个高粱TCP基因,其在9条染色体上呈不均匀分布,并在3、6、9号等染色体上存在明显的基因簇。进化树分析显示,高粱TCP蛋白可被分为ClassⅠ和ClassⅡ2大类,而ClassⅡ类又可分为CYC/TB1和CIN 2个亚类,ClassⅠ包含10个TCP蛋白,CYC/TB1包含3个TCP蛋白,CIN包含14个TCP蛋白。27个高粱TCP蛋白均有非典型的bHLH(Basic-helix-loop-helix)保守区,其中2个有R结构域。表达模式分析表明,大部分高粱TCP基因在种子、胚、雌蕊、早期花序中表达;PEG处理下,高粱根中大部分TCP基因表达量升高,ABA处理嫩枝中个别基因表达量升高,推测上调表达的高粱TCP基因可能在干旱胁迫响应过程中起重要作用。

西瓜全基因组ClTCP转录因子的鉴定与表达分析

目的与意义:TCP蛋白是植物特有的一类转录因子,对植物的生长发育及形态建成起着重要的调控作用,比如:种子萌发、植株分枝、叶和花的发育等过程.西瓜是世界性的重要经济作物,栽培面积广阔,经济效益显著.但是关于西瓜TCP基因家族的研究至今还没有报道.本研究利用生物信息学分析,功能预测与验证等方法,揭示西瓜TCP家族的结构与表达特征,为西瓜TCP家族的功能分析奠定基础.

鼠Tcp11l1基因的结构与表达分析

为了分析鼠Tcp11l1基因的结构和表达,从小鼠睾丸组织总cDNA中扩增鼠Tcp11l1基因的开读框架(Open reading frame,ORF),定向克隆到真核表达载体pEGFP-N1,构建融合表达质粒pTcp11l1-EGFP,转染HEK293细胞,荧光显微镜下观察Tcp11l1基因的亚细胞定位;设计跨小鼠Tcp11l1基因两个外显子的引物,RT-PCR分析此基因在小鼠各组织中的表达情况.并利用生物信息学的方法对鼠Tcp11l1基因的结构进行初步预测.转染pTcp11l1-EGFP后在胞质中能明显看到绿色荧光信号,而在胞核和胞膜中无绿色荧光信号,表明鼠Tcp11l1蛋白定位于细胞质;RT-PCR分析结果表明,鼠Tcp11l1基因在小鼠各组织中广泛表达.生物信息学结果表明,鼠Tcp11l1和鼠Tcp11的蛋白具有相同的TCP11结构域,不能确定是否存在跨膜序列.鼠Tcp11l1基因和鼠Tcp11基因具有相似的亚细胞定位和TCP11结构域,表明这两个基因可能具有相似的受体功能.但是与Tcp11特异表达于睾丸组织的延长精细胞和精子不同,Tcp11l1为广泛表达,说明Tcp11l1可能在多种组织细胞中发挥作用.

人TCP11L2和鼠Tcp1112基因的定位及表达的初步研究

目的观察人TCP11L2和鼠Tcp1112基因在细胞中的表达及定位和Tcp1112基因的表达谱研究。方法用RT-PCR法从正常人和鼠睾丸组织中分别扩增得到人TCP11L2基因和鼠Tcp1112基因的开放读码框全长cDNA并定向克隆到真核表达载体pEGFP-N1质粒中,构建了pEGFP-TCP11L2和pEGFP-Tcp1112融合基因表达载体,然后以脂质体介导转入MDCK细胞中,荧光显微镜下观察融合基因的表达情况;RT-PCR检测鼠Tcp1112基因在组织中的表达情况。结果在转染重组真核表达载体pEGFP-TCP11L2、pEGFP-Tcp1112的MDCK细胞中,荧光主要集中在细胞核外区域,而在转染空白载体pEGFP-N1的细胞中,荧光布满整个细胞;RT-PCR检测鼠Tcp1112为多组织表达。结论人TCP11L2和鼠Tcp1112蛋白能在MDCK细胞中高效表达,表达的蛋白定位在细胞核外区域,鼠Tcp1112的多组织表达提示该基因与鼠Tcp11基因功能的不同。

TCP11 Survivin基因结合肿瘤标志物在Ⅰ~Ⅱ期宫颈癌新辅助化疗短期疗效中的预测价值

目的 探究TCP11、Survivin基因结合肿瘤标志物在Ⅰ~Ⅱ期宫颈癌新辅助化疗短期疗效中的预测价值,提高早期预测准确率。方法 选取2020年1月—2021年1月温州市中医院收治的接受新辅助化疗治疗的Ⅰ~Ⅱ期宫颈癌患者105例作为宫颈癌组,宫颈良性疾病患者60例作为宫颈良性病变组、行健康体检的女性60例作为健康组。测定3组鳞状细胞癌抗原(SCCAg)、糖类抗原125(CA125)及糖类抗原153(CA153)等肿瘤标志物、TCP11及Survivin基因表达情况,分析3组上述指标表达的差异。宫颈癌患者均接受卡铂联合紫杉醇新辅助化疗方案治疗,依据患者短期疗效将宫颈癌患者分为有效组(69例)和无效组(36例),对比分析TCP11、Survivin基因及肿瘤标志物在两组间的表达差异,评价各指标对患者短期疗效的预测价值。结果 宫颈癌组TCP11、Survivin基因表达量、肿瘤标志物SCCAg、CA125、CA153表达水平均显著高于宫颈良性病变组和健康组[(3.72±0.58)vs.(1.34±0.21)vs.(0.12±0.03)、(2.96±0.53)vs.(1.20±0.10)vs.(0.23±0.05)、(2.18±0.67) ng/ml vs.(1.00±0.20) ng/ml vs.(0.28±0.06) ng/ml、(27.85±4.72) U/ml vs.(19.06±2.31) U/ml vs.(10.12±1.11) U/ml、(20.96±2.97) U/ml vs.(14.52±1.28) U/ml vs.(9.23±1.02) U/ml],差异均有统计学意义(F=71.968、59.620、32.831、42.920及44.368,均P<0.05)。TCP11、Survivin基因在宫颈癌组中的阳性率显著高于宫颈良性病变组(76.19%vs.21.67%,80.00%vs.26.67%),差异有统计学意义(χ^(2)=46.151、45.489,均P<0.05)。宫颈癌患者新辅助化疗后TCP11、Survivin基因表达量、肿瘤标志物SCCAg、CA125、CA153表达水平均显著低于化疗前[(2.10±0.24)vs.(3.72±0.58)、(1.87±0.42)vs.(2.96±0.53)、(1.67±0.36) ng/ml vs.(2.18±0.67)ng/ml、(23.51±2.14) U/ml vs.(27.85±4.72)U/ml、(16.78±2.11) U/ml vs.(20.96±2.97)U/ml],差异均有统计学意义(t=26.450、16.520、6.871、8.581及11.760,均P<0.05)。有效组患者TCP11、Survivin基因表达量、肿瘤标志物SCCAg、CA125、CA153表达水平均显著低于无效组[(1.89±0.23)vs.(4.35±0.57)、(1.05±0.21)vs.(3.24±0.48)、(1.12±0.37)ng/ml vs.(3.33±0.53)ng/ml、(20.01±3.44)U/ml vs.(30.92±4.51) U/ml、(14.52±1.86)U/ml vs.(22.31±2.14) U/ml],差异均有统计学意义(t=31.390、32.500、24.940、13.830及19.330,均P<0.05)。宫颈间质浸润深度、淋巴结转移、合并脉管转移、化疗前TCP11、Survivin基因表达量、肿瘤标志物SCCAg、CA125及CA153表达水平均为影响宫颈癌患者新辅助化疗短期疗效的独立危险因素(均P<0.05)。ROC曲线显示,在各指标预测中以TCP11基因预测价值最高(AUC=0.887,95%CI:0.773~0.915,P<0.05);相比于各指标单项预测,各项联合对Ⅰ~Ⅱ期宫颈癌新辅助化疗短期疗效中的预测价值最高(AUC=0.909,95%CI:0.709~0.913,P<0.05)。结论 TCP11、Survivin基因及肿瘤标志物在Ⅰ~Ⅱ期宫颈癌中均升高,且新辅助化疗后表达降低,与患者新辅助化疗短期疗效密切相关,可作为早期预测患者短期疗效的特异性指标。

百脉根LjCYC1基因克隆及其蛋白核定位(英文)

通过筛选百脉根(Lotus japonicus)基因组文库,克隆了UjCYC1(Lotus japonicus Cycloidea-like1)基因。LjCYC1是金鱼草(Antirrhium)CYC(Cycloidea)基因的同源基因,CYC属于TCP[TB1(teosinte branched 1),CYC,PCFs(PCF1 and PCF2)]基因家族,编码转录调控子控制金鱼草花的对称性。基因组序列分析表明,LjCYC1的开放阅读框(ORF)由两个外显子和一个内含子组成,其cDNA编码的LjCYC1蛋白包含了370个氨基酸。蛋白序列分析显示,LjCYC1包含一个TCP结构域和一个R结构域,属于TCP结构域蛋白家族的CYC/TB1亚家族;LjCYC1氨基酸序列与CYC相比,一致性和相似性分别为39.0％和42.6％。不同长度的LjCYC1-cDNA与报告基因GUS融合后,通过粒子轰击(particle bombardment)方法在洋葱表皮细胞瞬时表达融合蛋白,观察到包含了TCP结构域的融合蛋白能够进行细胞核定位,提示LjCYC1可能作为转录因子行使功能;TCP结构域自身不能完成核定位过程,还需要结构域两侧旁邻氨基酸序列的协助。

茄子TCP转录因子的鉴定及胁迫处理下的表达分析

【目的】鉴定茄子TCP基因并对茄子TCP转录因子家族成员分析。确定其在胁迫、激素处理下的表达情况,为深入研究茄子TCP基因的功能奠定基础。【方法】从茄子基因组鉴定SmTCP基因家族成员,利用生物信息学方法对茄子TCP转录因子家族成员的理化性质、分布情况进行分析。以高温(42℃)、低温(4℃)、盐胁迫(200μmol/L NaCl溶液)、重金属(100μmol/L CdCl_(2)溶液)、青枯菌、水杨酸及脱落酸处理茄子幼苗,利用qRT-PCR技术分析茄子TCP基因在7种处理及不同器官的表达情况。【结果】共鉴定到32个茄子TCP成员,并进行生物信息学分析。qRT-PCR分析结果显示,茄子SmTCP基因受生物及环境胁迫响应上调,激素处理中,ABA处理后茄子TCP整体出现上调,SA处理后茄子SmTCP整体出现下调,茄子TCP在叶跟果中的的含量较高。【结论】茄子TCP基因受胁迫响应表达,SmTCP成员响应胁迫表达情况及各器官中的表达量不同,ClassⅠ类TCP大多成员在热胁迫下存在明显上调响应。推测茄子TCP基因可能参与抵御逆境胁迫。