新疆乌鲁木齐HIV-1流行毒株膜蛋白基因C2-V3区序列测定和亚型分析

应用ＰＣＲ方法对７份１９９６年３－５月采集于新疆乌鲁木齐ＨＩＶ－１阳性静脉吸毒者的外周血单核细胞（ＰＢＭＣｓ）样品进行扩增，获得了ＨＩＶ－１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段，并对其Ｃ２－Ｖ３区及邻区３５０－４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。研究结果表明，７份样品都为Ｃ亚型的ＨＩＶ－１毒株序列，其组内的基因离散率为１．０％；与Ａ－Ｅ参考亚型及部分Ｃ亚型代表株序列相比较，这７个毒株与代表印度Ｃ亚型毒株及云南德宏州Ｃ亚型毒株的序列十分相似，其组间的基因离散率均为３．５％，与非洲Ｃ亚型毒株ｎｏｆ的基因离散率为１４．０％。根据以上数据及其它资料提示，ＨＩＶ－１在新疆乌鲁木齐的流行时间不长，且其毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型ＨＩＶ－１毒株密切相关。

湖羊Lrh-1基因cDNA序列及组织表达谱分析

本研究以湖羊肝脏为材料对肝受体类似物-1(Liver receptor homolog-1,Lrh-1;NR5A2)基因序列进行RT-PCR和RACE测定,并用DNAman、Tmpred、Signal P 3.0、Expasy等生物信息学分析软件和在线工具,对Lrh-1cDNA序列及其蛋白的理化特性、跨膜结构、信号肽和二级结构进行生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR方法检测湖羊Lrh-1基因的组织表达谱。结果表明,湖羊Lrh-1基因cDNA序列全长1 488bp,与牛的核酸序列相似度最高,为98%,编码区共编码495个氨基酸,氨基酸序列与牛、人、马、猴、犬、小鼠、褐鼠的氨基酸同源性分别为98%、97%、96%、97%、97%、86%和86%;Lrh-1mRNA在湖羊脑、消化及生殖系统组织中均有表达且具有组织特异性,其中在下丘脑组织中的表达量相对最高。

马鹿β-防御素-1cDNA全长克隆、序列信息及表达分析

为了研究马鹿β-防御素-1(Red deerβ-defensin-1,redBD-1)基因的结构与功能,揭示该基因的组织表达规律。本研究利用PCR结合RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从马鹿舌黏膜中克隆redBD-1基因的cDNA全长序列并对其进行了生物信息学分析,同时采用Real-time quantitative PCR(RT-qPCR)技术检测该基因在各组织的表达情况。结果表明,redBD-1基因的cDNA全长序列为455bp,开放阅读框(ORF)为192bp,编码64个氨基酸。生物信息学分析表明,redBD-1蛋白的理论分子量为6.94ku,有10个带正电荷的氨基酸残基,无带负电荷的氨基酸残基,理论等电点为10.85。预测redBD-1蛋白有一个分泌信号肽结构,无跨膜区,主要在细胞外发挥生理功能;6个保守的半胱氨酸残基分别以Cys1-Cys5、Cys2-Cys4和Cys3-Cys6连接形成3个分子内二硫键;成熟蛋白的三级结构是由β-折叠、延伸和无规则卷曲构成。redBD-1基因编码的氨基酸序列同源性最高的是梅花鹿β-防御素(siBD-1)为98.4%,其次是水牛肠β-防御素(BEBD)为92.2%,与人β-防御素-2(HBD-2)同源性最低仅为35.9%。RT-qPCR结果得出,redBD-1在被检器官中均有表达,在消化系统、呼吸系统以及生殖系统的大部分器官表达量较高,肝、肾和脾等实质性器官表达量相对较低。本试验为今后深入研究防御素基因功能以及马鹿黏膜免疫系统提供理论依据。

小鼠Lrh-1基因CDS区序列克隆及分析

肝受体类似物-1(liver receptor homolog-1,Lrh-1;NR5A2)是核受体的Ftz-F1亚家族成员,在胚胎发育、分化、胆固醇代谢、胆汁酸的动态平衡以及类固醇激素生成等都具有重要的作用。通过对健康的经产小鼠不同个体间Lrh-1基因CDS(Coding Sequence)特征域区测序及比对分析,结果发现,在LBD(Ligand binding domain)配体结合域区存在较大序列差异,有2种类型,1种与NM_001159769相似,而另1种则与NG_012313.1相似,两者序列差异较大,当翻译为多肽链后发现,第2种类型的序列中提前出现终止子,氨基酸数量相对减少83个,但这种缺失未导致该基因功能的丧失,表明该区段与Lrh-1蛋白质功能的不紧密性。

安徽IBV地方株AH1-99株S1基因克隆及序列分析

用RT-PCR技术扩增出IBV AH1-99的S1基因cDNA,将其克隆到pMD18-T载体中进行序列测定和分析.结果表明,该分离株S1基因全长共1 611个核苷酸,编码537个氨基酸;与GenBank中登陆的IBV S1基因核苷酸的同源性为76.5%～92.2%,氨基酸同源性为69.3%～89.8%;在IBV S1基因核苷酸进化关系树中,该分离株同H52、M41和Beaudette等亲缘关系较近,在151位有一个EcoR I 酶切位点,有16个潜在的糖基化位点,前18个氨基酸残基为S蛋白的信号肽.

牦牛α_1-珠蛋白基因的克隆和序列分析

根据α-珠蛋白基因起始密码子上游及终止密码子下游的保守序列设计引物,以牦牛基因组DNA为模板克隆并测定了α-珠蛋白基因序列。结果表明,所测的氨基酸序列与牦牛α1-珠蛋白链的氨基酸序列完全相同,即为牦牛α1-珠蛋白基因,长706 bp,编码141个氨基酸。通过与其他物种的同源性比较,发现牦牛α1-珠蛋白基因的核苷酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.71%和98.58%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有96.03%、95.57%、68.55%和51.13%;氨基酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.29%和96.45%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有92.90%、91.49%、87.23%和87.23%,说明牛亚科α-珠蛋白基因在进化上高度保守。同时发现第254位的碱基A为牦牛α1-珠蛋白基因所特有。牦牛的两个α-珠蛋白基因长度相等,都为706 bp,且间距为2.47 kb,距离比山羊的远。

萘降解质粒pND6-1中萘趋化基因nahY的克隆和核苷酸序列分析

假单胞菌 (Pseudomonas)ND6菌株的萘降解基因位于 10 2kb的质粒 pND6 1上 .以pUC18质粒为载体 ,制备了含有 1.5～ 3 .0kbpND6 1DNA随机片段的基因文库 .通过DNA测序和DNA序列的同源性分析 ,从基因文库中筛选出含有萘趋化基因nahY的克隆 .nahY基因的大小为 16 17bp ,编码的萘趋化蛋白由 5 38个氨基酸组成 ,与假单胞菌G7菌株的nahY基因相比 ,核苷酸序列的同源性是 96 .7% ,编码的氨基酸序列的同源性是 95 % .图 4参

藏羚羊血红素氧合酶-1基因编码区的克隆及序列分析

目的:克隆藏羚羊血红素氧合酶-1基因编码区,并进行序列分析。方法:从藏羚羊肝组织中提取总RNA,利用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术扩增出血红素氧合酶-1(HO-1)基因编码区cDNA片段,与载体连接构建重组质粒,经转化、扩增培养、鉴定后测序,测序结果利用生物信息学的方法进行分析。结果:藏羚羊HO-1基因编码区长度为897,编码298个氨基酸(GenBank登录号为:JQ809687);序列分析表明,藏羚羊HO-1基因的编码区序列与脊椎动物山羊和牛的相似性分别达到98%和96%,氨基酸序列相似性分别达到92%和97%,与其它脊椎动物HO-1基因的核苷酸及氨基酸序列相似性达到86%和87%以上,显示出高度保守性。构建的基于氨基酸序列的分子系统进化树聚类结果表明,藏羚羊与山羊的进化距离最近。结论:本研究成功地克隆出藏羚羊HO-1基因编码区序列,为从低氧细胞保护角度探讨青藏高原土著物种适应高原的分子生物学机制研究提供实验依据。

HIV-1基因限制性显示片段的克隆与序列分析

目的 克隆并分析经限制性显示－聚合酶链反应（ＲＤ－ＰＣＲ）扩增的ＨＩＶ－１基因片段。方法 将所有ＨＩＶ－１基因片段 分成１０组并进行ＲＤ－ＰＣＲ扩增，纯化各组ＰＣＲ产物后将之克隆至Ｔ载体上并快速鉴定。从阳性克隆中提取质粒，扩 增靶片段并测序。结果 序列分析表明，所扩增的片段均属于ＨＩＶ基因。结论 改良了一种多片段的克隆及鉴定方法并 用于限制性显示扩增片段的克隆。

结肠黑变病相关基因金属泛激蛋白-1cDNA和氨基酸序列分析

目的对结肠黑变病相关基因金属泛激蛋白-1(MPS-1)cDNA序列和氨基酸序列进行综合分析,为其结构和功能的研究奠定理论基础。方法从Pubmed数据库中获得目标cDNA序列,利用基因和蛋白质分析处理软件DNAMAN、NCBI ORF finder、BLAST、Conserved Domains、GOR、SWISS-MODEL等软件对该目标的基因序列和氨基酸序列进行综合分析。结果 MPS-1蛋白cDNA序列长为361 bp,编码84个氨基酸残基,基因序列比对显示该蛋白与核糖体蛋白S27(RPS27)mRNA的编码序列同源度最高,两者核苷酸的相似度为361/361(100%),氨基酸序列比对显示该蛋白与RPS27的氨基酸序列同源度最高,两者氨基酸的相似度为84/84(100%),目标序列中存在1段Ribosomal_S27e家族保守结构域,二级结构和三级结构预测显示目标蛋白中主要存在α-螺旋、β-折叠和无规卷曲的结构。结论 MPS-1蛋白与RPS27同源度高,与肿瘤的发生密切相关。

鸡β-防御素Gal-1 cDNA的克隆及序列分析

利用细胞总RNA提取试剂盒,从1月龄SPF鸡白细胞中分离提取总RNA,经过反转录PCR(RT-PCR)扩增出鸡β-防御素(Gal-1)cDNA片段。PCR产物经凝胶回收纯化后与pMD18-T载体连接,转化感受态JM109细胞,在含X-gal、IPTG的LB平板上筛选阳性克隆,经菌落PCR与质粒限制性酶切鉴定后,对目的片段进行测序。结果表明RT-PCR扩增出的cDNA片段ORF大小为198bp,用Blast程序进行检索比较表明该序列与Genbank中发表的鸡Gal-1 cDNA编码区序列同源性高达99.5%。该cDNA序列编码65个氨基酸,包括信号肽、前片段和成熟肽,成熟肽由40个氨基酸残基组成。

Balb/C小鼠金属硫蛋白-1 cDNA的克隆及序列分析

以 RNA一步提取法 ,采用 RT-PCR技术成功地将 Balb/ C小鼠金属硫蛋白 -1 c DNA基因片段克隆于质粒 p UC-1 9上 ,并对克隆片段 c

绵羊TTF-1基因分子克隆及序列分析

以经产小尾寒羊母羊基因组DNA为模板,利用特异性引物对P1和P2对绵羊甲状腺转录因子-1(TTF-1)基因进行扩增,克隆入pGEM-T载体,转化后挑取阳性克隆进行酶切与测序鉴定,并对获得的TTF-1基因序列及推导的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明,扩增的绵羊TTF-1基因序列长度为1459bp,包括部分外显子1、外显子2序列以及内含子,共编码174个氨基酸。该基因与GeneBank报道牛、狗、猪、人、和小鼠的基因序列同源性分别为98.7%、98.3%、97.5%、96.6%和96.6%,内含子与猪、人、鼠的内含子同源性为83.7%、74.9%和59.5%。

日本脑炎病毒(JEV)内蒙古分离株M73-1E基因的5′端克隆及部分序列分析

根据国外报道的 JEV( Japanese encephalitis virus)基因组全序列 ,针对 JEV E基因 5′端设计合成一对特异引物 ,以日本脑炎病毒内蒙古分离株 M73-1 RNA为模板 ,经 RT-PCR扩增 ,获得 366bp的 JEV E基因 c DNA片段 .将此片段重组于质粒 p UC1 9中 ,并转化大肠杆菌DH5α.经 PCR扩增 ,酶切及序列分析 ,结果表明 JEV M73-1 5′端 1 2 6个核苷酸序列与 JEV日本 Nakayama株和 Ja OAr S982株的同源性分别为 96.8%和 96.8% ,氨基酸序列同源性均为 99.2 % .通过对病毒基因组结构分析从分子水平上进一步证实了 1 973年在呼和浩特市流行的脑炎是由 JEV引起的流乙脑炎 .E基因编码 JEV的囊膜糖蛋白 ,是其重要表面抗原 .JEV M73-1 E基因 5′端克隆和部分序列分析对 JEV的分子生物学研究。

人共刺激分子B7-1/CD80胞外编码区cDNA的克隆及序列分析

用RT PCR法从人外周血单核细胞克隆了编码共刺激分子B7 1 /CD80胞外区的cDNA ,并用Sanger链终止法进行测序 .结果表明 ,所获cDNA片段的序列与GenBank中已报道的人B7 1 /CD80cDNA序列的对应部分仅有两个碱基存在差异( 6 58位A→T ,773位A→G) ,这为探讨B7 1

人血小板反应素-1活性片段的克隆与序列分析

目的 为研究抗肿瘤基因工程药物的表达奠定基础。方法 根据 Genbank中人血小板反应素 - 1(TSP- 1) m RNA序列 ,设计和合成了两对特异引物 ,利用逆转录聚合酶反应扩增出人 TSP- 1中的两个活性片段 ,大小分别为 72 8bp和 2 5 7bp,分别命名为 TSP- 1- 和 TSP- 1- 。将此片段纯化后插入 PMDT载体。结果 限制酶切分析表明 :这两个片段已插入载体中 ,其大小与预期值相符。序列分析显示 :TSP- 1- 长 72 8bp,编码的多肽长2 12个氨基酸残基 ,推测其相对分子质量为 2 3.6× 10 3;TSP- 1- 长 2 5 7bp,编码的多肽长 86个氨基酸残基 ,推测其相对分子质量为 9.5× 10 3。结论 同源性分析表明 :TSP- 1- 和 TSP- 1- 与 Genbank中的 TSP-

B型产气荚膜梭菌C58-1株ε毒素基因序列分析与可溶性表达

利用PCR技术从B型产气荚膜梭菌扩增出ε毒素基因,然后用限制性核酸内切酶BamHⅠ和SalⅠ对其进行酶切,回收984bp的ε毒素基因片段,将其定向克隆在载体PET-32a中,获得重组质粒pETε984。将pETε984转化至受体菌BL21(DE3)中。重组菌株经IPTG诱导后,其表达产物经SDS-PACE分析。结果表明,重组目的蛋白在大肠埃希菌成功表达,融合蛋白大小为51ku,存在于细菌培养上清中,可溶性蛋白占菌体总蛋白相对含量的67.8%。序列分析表明C58-1株ε毒素蛋白序列与目前公布的所有B型和D型产气荚膜梭菌同源性均在99.7%以上,但ε毒素蛋白序列第321位出现了S→Y突变。研究结果为ε毒素蛋白的亚单位疫苗研究奠定了基础。

成骨蛋白-1成熟蛋白编码区cDNA克隆与序列分析

目的：克隆成骨蛋白－１（ＯＰ－１）成熟蛋白编码区基因。方法：用一步酸酚法从中国健康人胎盘组织中提取总ＲＮＡ，用Ｏｌｉｇｏ（ｄｔ）作引物逆转录合成胎盘ｃＤＮＡ文库，然后利用ＰＣＲ的方法，从ｃＤＮＡ文库中扩增出编码人ＯＰ－１成熟区的基因片段，将所得基因片段插入ｐＧＥＭ－３ｚｆ（＋）载体，转化大肠杆菌后挑选阳性克隆，提取双链ＤＮＡ模板，用ＡＢＩＤＮＡ自动测序仪进行序列测定分析。结果：克隆和测序结果与国外文献报道一致。结论：在国内第一次克隆到ＯＰ－１的成熟蛋白编码区基因。

鹅Caspase-1基因的克隆与序列分析

为系统了解鹅炎症系统,用Trizol法提取马岗鹅脾脏总RNA,采用兼并引物RT-PCR方法克隆了马岗鹅Caspase-1基因并进行了系统的生物信息学分析。测序结果显示,go-Caspase-1基因完整ORF区长813 bp,编码270个氨基酸(Gen Bank序列号为MG463109)。同源性分析显示,go-Caspase-1基因序列与鸭、鸡等禽类的同源性较高,与其他物种的差异较大。蛋白质功能结构域分析显示,不同物种间Caspase-1蛋白的Caspase结构域高度相似。蛋白三维结构预测比较显示,go-Caspase-1蛋白空间结构与鸡和人的Caspase-1主体结构相似。