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Time serial transcriptome reveals Cyp2c29 as a key gene in hepatocellular carcinoma development 被引量:2
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作者 Qi Wang Qin Tang +8 位作者 Lijun Zhao Qiong Zhang Yuxin Wu Hui Hu Lanlan Liu Xiang Liu Yanhong Zhu Anyuan Guo Xiangliang Yang 《Cancer Biology & Medicine》 SCIE CAS CSCD 2020年第2期401-417,共17页
Objective:Hepatocellular carcinoma(HCC)is a severely lethal cancer that usually originates from chronic liver injury and inflammation.Although progress on diagnosis and treatment is obvious,the cause of HCC remains un... Objective:Hepatocellular carcinoma(HCC)is a severely lethal cancer that usually originates from chronic liver injury and inflammation.Although progress on diagnosis and treatment is obvious,the cause of HCC remains unclear.In this study,we sought to determine key genes in HCC development.Methods:To identify key regulators during HCC progression,we performed transcriptome sequencing to obtain time series gene expression data from a mouse model with diethylnitrosamine-induced liver tumors and further verified gene expression and function in vitro and in vivo.Results:Among the differentially expressed genes,Cyp2c29 was continuously downregulated during HCC progression.Overexpression of Cyp2c29 suppressed N F-kB activation and proinflammatory cytokine production by increasing the production o f 14,15-epoxyeicosatrienoic acid in vitro.Furthermore,overexpression of Cyp2c29 in vivo protected against liver inflammation in mouse models of liver injury induced by both acetaminophen and CC14.Two human homologs of mouse Cyp2c29,CYP2C8 and CYP2C9,were found to be downregulated in human HCC progression,and their expression was positively correlated with overall survival in patients with HCC(significance:P=0.046 and 0.0097,respectively).Conclusions:Collectively,through systematic analysis and verification,we determined that C yp2c29 is a novel gene involved in liver injury and inflammation,which may be a potential biomarker for HCC prevention and prognosis determination. 展开更多
关键词 Cyp2c29 hepatocellular carcinoma NF-KB PROLIFERATION time series gene expression
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THE DETECTION OF MDR1 GENE EXPRESSION USING FLUOROGENIC PROBE QUANTITATIVE RT-PCR METHOD
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作者 高劲松 马刚 +3 位作者 仝明 陈佩毅 王传华 何蕴韶 《Chinese Journal of Cancer Research》 SCIE CAS CSCD 2001年第2期96-100,共5页
Objective: To establish a fluoregenic probe quantitative RT-PCR (FQ-RT-PCR) method for detection of the expression of MDR1 gene in tumor cells and to investigate the expression of MDR1 gene in patients with lung cance... Objective: To establish a fluoregenic probe quantitative RT-PCR (FQ-RT-PCR) method for detection of the expression of MDR1 gene in tumor cells and to investigate the expression of MDR1 gene in patients with lung cancer. Methods: The fluorogenic quantitative RT-PCR method for detection of the expression of MDR1 gene was established. K562/ADM and K562 cell lines or 45 tumor tissues from patients with lung cancer were examined on PE Applied Biosystems 7700 Sequence Detection machine. Results: the average levels of MDR1 gene expression in K562/ADM cells and K562 cells were (6.86±0.65)× 107 copies/μg RNA and (8.49±0.67)×105 copies/μg RNA, respectively. The former was 80.8 times greater than the latter. Each sample was measured 10 times and the coefficient variation (CV) was 9.5% and 7.9%, respectively. Various levels of MDR1 gene expression were detected in 12 of 45 patients with lung cancer. Conclusion: Quantitative detection of MDR1 gene expression in tumor cells was achieved by using FQ-RT-PCR. FQ-RT-PCR is an accurate, and sensitive method and easy to perform. Using this method, low levels of MDR1 gene expression could be detected in 24% of the patients with lung cancer. 展开更多
关键词 Fluorogenic quantitative RT-PCR/MDR1 expression/Real time DETECTION
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芹菜热激转录因子基因AgHSFB2的克隆及不同温度处理下的表达响应 被引量:8
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作者 李岩 徐志胜 +3 位作者 谭国飞 贾晓玲 王枫 熊爱生 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期360-368,共9页
[目的]热激转录因子HSF(heat shock transcription factor)在植物遭遇高温胁迫时起关键的调节作用,研究芹菜热激转录因子基因及相关蛋白的结构、功能对探究芹菜耐热机制、培育耐热新品种有重要作用。[方法]以‘六合黄心芹’‘津南实芹... [目的]热激转录因子HSF(heat shock transcription factor)在植物遭遇高温胁迫时起关键的调节作用,研究芹菜热激转录因子基因及相关蛋白的结构、功能对探究芹菜耐热机制、培育耐热新品种有重要作用。[方法]以‘六合黄心芹’‘津南实芹’和美国西芹‘文图拉’为试验材料,分离并克隆出Ag HSFB2基因,分析相关序列并采用实时定量荧光PCR技术检测该基因在不同温度(4、38和42℃)下的表达响应情况。[结果]研究发现该基因含有1个918 bp的开放阅读框,编码305个氨基酸。推测其蛋白质相对分子质量为34 048,理论等电点p I值为5.09。芹菜Ag HSFB2与拟南芥中HSF蛋白进行比对构建进化树,发现Ag HSFB2与拟南芥HSFB2a和HSFB2b进化距离最近,该基因属于HSFB2亚族。芹菜Ag HSFB2与茄科的番茄、马铃薯相应蛋白的亲缘关系较近。Ag HSFB2蛋白的高级结构主要由3个α螺旋和4个β折叠组成。Ag HSFB2基因主要在芹菜的叶中表达,具有组织、品种特异性,同时对4、38和42℃等多种温度信号有明显响应。该基因对温度胁迫的响应时间和强度有品种的差异:4和38℃处理下‘文图拉’均在2 h有明显上调表达;42℃处理下‘津南实芹’和‘文图拉’均在1 h有明显上调表达。[结论]高温胁迫下Ag HSFB2基因可诱导下游热激蛋白大量表达,帮助植物抵御高温胁迫所带来的伤害。 展开更多
关键词 芹菜 AgHSFB2基因 克隆 实时荧光定量PCR 温度处理 表达响应
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器官移植病人外周血淋巴细胞表面蛋白分子表达与移植器官功能和活组织病理学改变时相比较 被引量:1
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作者 许秀芳 张颖 +9 位作者 辛毅 黄益民 顾云 李娜 孟旭 伍冀湘 周玉杰 张兆光 许学敏 李京悻 《安徽医药》 CAS 2013年第7期1130-1135,共6页
目的系统比较移植后外周血淋巴细胞表面蛋白分子表达时相与病理改变时相间的差别,探讨外周血淋巴细胞免疫活性变化与移植器官排斥反应时间进程间的关系。方法分别通过对临床4例肾移植、4例心脏移植和1例单肺移植病人的观察,利用病理学... 目的系统比较移植后外周血淋巴细胞表面蛋白分子表达时相与病理改变时相间的差别,探讨外周血淋巴细胞免疫活性变化与移植器官排斥反应时间进程间的关系。方法分别通过对临床4例肾移植、4例心脏移植和1例单肺移植病人的观察,利用病理学、流式细胞术等技术,系统比较了移植器官功能改变时相、移植器官的病理改变时相、外周血淋巴细胞表面蛋白分子表达时相的时间进程的差别和先后顺序。结果 (1)9例器官移植病人中有4例在发生急性排斥反应,免疫抑制剂不能完全阻断脏器移植排斥反应的发生;(2)肾移植术后早期,对外周血淋巴细胞表面蛋白分子CD3、CD4、CD8和TCR表达水平的监测可以帮助发现和判断急性排斥反应的时间进程,并可较准确地监测抗排冲击的疗效,减少免疫药物冲击疗程的盲目性;(3)心脏移植排斥反应病人淋巴细胞HLA-DR分子于移植后24~72 h期间出现高于没有排斥反应病人的表达高峰,比活组织检查诊断排斥反应时间提前5~7 d;(4)9例病人24 h内平均淋巴细胞表面蛋白分子CD3、CD4、CD8、HLA-DR、ICAM-I、MHC-Ⅱ、TCR等负调表达,淋巴细胞活性被一过性抑制;(5)9例病人24~48 h期间,平均淋巴细胞表面蛋白分子CD3、CD4、HLA-DR、ICAM-I、MHC-Ⅱ、TCR等正调表达。结论外周血淋巴细胞表面蛋白分子的测定对临床急性排斥反应的早期发现和时间进程的监测、抗排斥反应药物治疗效果的判断与监测具有一定的指导意义。 展开更多
关键词 脏器移植 外周血淋巴细胞 表面蛋白分子表达时相
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异色瓢虫多巴脱羧酶基因序列及低温诱导表达分析 被引量:4
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作者 汪慧娟 施佐堃 +4 位作者 徐风娇 沈祺达 徐燕霞 王世贵 唐斌 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2016年第2期271-279,共9页
多巴脱羧酶(dopa decarboxylase,DDC)是把多巴降解成多巴胺的重要酶类,在昆虫行为和发育中具有重要作用。本研究在转录组获得异色瓢虫Harmonia axyridis DDC基因序列的基础上,从ORF两端设计特异性引物进行扩增并测序验证,获得了DDC基因... 多巴脱羧酶(dopa decarboxylase,DDC)是把多巴降解成多巴胺的重要酶类,在昆虫行为和发育中具有重要作用。本研究在转录组获得异色瓢虫Harmonia axyridis DDC基因序列的基础上,从ORF两端设计特异性引物进行扩增并测序验证,获得了DDC基因的c DNA的ORF全长序列,其包含1431 bp,编码476个氨基酸,软件分析预测显示该基因编码蛋白的分子量为53.88 k Da,理论等电点为5.80。本实验分为升温、降温、低温储存以及不同发育阶段(包括预蛹,1-3 d蛹,1-3 d 4龄幼虫以及羽化1-3 d成虫)4个处理组,采用荧光定量PCR技术研究异色瓢虫不同处理组DDC基因的表达水平。结果表明:DDC基因在蛹期第1天的表达量最高,在升温诱导条件下表达无差异,降温诱导下表达量上升;黄色雌成虫低温储存条件下基因表达量先显著上升后显著下降,黑色雌成虫表达量无差异,表明DDC基因可以在低温胁迫下高表达促使异色瓢虫适应环境变化。 展开更多
关键词 多巴脱羧酶 异色瓢虫 实时荧光定量PCR 低温诱导 表达分析
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浅议高晓松电影《那时花开》的表现主义特点
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作者 陈淑华 《湖北广播电视大学学报》 2007年第12期91-91,共1页
《那时花开》是高晓松电影处女作,它的表现主义特点是由导演对电影的独特理解决定的。本文通过对影片的分析,阐述了这部电影的表现主义特点。
关键词 《那时花开》 表现主义 高晓松 电影
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Effect of a Bone Graft Substitute β Tricalcium Phosphate on Osteoblastic Genes mRNA Exprssion
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作者 邱彤 《Journal of Wuhan University of Technology(Materials Science)》 SCIE EI CAS 2012年第5期911-915,共5页
To investigate the molecular aspects of osteoblastic interactions with β tricalcium phosphate (β-TCP) particles, human osteoblast-like MG-63 cells were cultured with β-TCP particles at a density of 6 mg/mL cultur... To investigate the molecular aspects of osteoblastic interactions with β tricalcium phosphate (β-TCP) particles, human osteoblast-like MG-63 cells were cultured with β-TCP particles at a density of 6 mg/mL culture medium for 48 h. Then, the mRNA expression of selected genes were quantified by real-time polymerase chain reaction (PCR), including the attachment-related genes (α integrin and actin), the proliferation-related gene (c-jun), and the osteoblastic markers genes (type I collagen, osteonectin, alkaline phosphatase, RUNX2 and osteoclain). The results showed that β-TCP particles (the average size 809 nm) significantly promote the attachment and the proliferation of MG-63 cells, and slightly enhance the osteoblastic differentiation based on the analyses of the related genes expression. This study provided scientific evidences to better reveal the underlines of functions of β-TCP in bone repair. 展开更多
关键词 β-TCP osteoblastic genes mRNA expression particle size real time PCR
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大鼠心力衰竭细胞microRNA表达谱及生物信息学分析 被引量:4
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作者 朱海娟 何淑芳 +2 位作者 金世云 胡军 张野 《中华急诊医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期439-443,共5页
目的:观察大鼠心力衰竭细胞中microRNA ( miRNA)表达变化,利用生物信息学分析技术探索差异miRNA靶基因的功能。方法18只成年雄性SD大鼠,体质量200-220g,随机数字表法随机分为两组:正常对照组( CON组)和心力衰竭组( HF组)。 H... 目的:观察大鼠心力衰竭细胞中microRNA ( miRNA)表达变化,利用生物信息学分析技术探索差异miRNA靶基因的功能。方法18只成年雄性SD大鼠,体质量200-220g,随机数字表法随机分为两组:正常对照组( CON组)和心力衰竭组( HF组)。 HF组制备阿霉素致心力衰竭模型, CON组注射等量生理盐水。提取大鼠心脏, Largendorff逆行灌注法分离心室肌细胞,提取总RNA行miRNA表达谱检测,筛选两组差异表达的miRNA,荧光定量RT-PCR 技术验证结果, Targetscan、 miRanda软件预测差异表达miRNA的靶基因,并对靶基因行生物信息学分析。结果芯片检测结果显示,与CON组相比, HF组共有37个miRNA表达发生显著改变,其中22个miRNA上调,15个miRNA下调(均P<0.01, FDR<0.05)。荧光定量RT-PCR检测miR-133b-5p (t =14.56, P<0.1)、 miR-6216(t=9.32, P<0.1)、 let-7e-5p ( t=13.92, P<0.1)表达水平,变化趋势与芯片结果一致。生物信息学分析显示,差异表达miRNA调控的靶基因显著富集于31个基因组(均P<0.01, FDR<0.05)和12条信号通路(均P<0.05, FDR<0.05),其中泛素蛋白酶体系统、 MAPK信号通路、 Toll样受体信号通路富集程度较高。结论阿霉素诱导的心力衰竭模型大鼠心肌细胞中miRNA表达谱发生显著改变,这些差异表达miRNA可能通过调控靶基因功能参与心力衰竭的病理生理过程。 展开更多
关键词 心力衰竭 心肌细胞 MICRORNA表达谱 生物信息学分析 荧光定量RT—PCR 靶基因 基因组 KEGG通路
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