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基于大规模RNA-seq数据绘制猪RNA编辑图谱的研究
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作者 龙佳佳 刘玮玮 +3 位作者 范新浩 黎旺长 杨小淦 唐中林 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期288-295,共8页
【目的】A-to-I RNA编辑是一种由ADAR酶家族介导的共转录/转录后修饰,系统绘制猪的RNA编辑图谱,为猪的分子育种提供候选靶标。【方法】收集16种猪组织的3461个RNA-seq数据,采用生物信息学方法检测猪RNA编辑位点。【结果】共检测到130989... 【目的】A-to-I RNA编辑是一种由ADAR酶家族介导的共转录/转录后修饰,系统绘制猪的RNA编辑图谱,为猪的分子育种提供候选靶标。【方法】收集16种猪组织的3461个RNA-seq数据,采用生物信息学方法检测猪RNA编辑位点。【结果】共检测到130989个RNA编辑位点,其中,A-to-I RNA编辑位点有124208个。A-to-I RNA编辑位点特征分析表明,98.2%的位点位于重复区域,且主要位于猪特异性的SINE反转录转座子区域的PRE-1/Pre0_SS元件内。只有12.3%的A-to-I RNA编辑位点具有编码意功能。最后,本研究分析了7种组织(脂肪、大脑、大肠、小肠、骨骼肌、肝和肺)的特异性A-to-I RNA编辑位点,脂肪组织特异性位点宿主基因的功能富集分析表明,这些基因在与细胞脂质代谢过程、脂质代谢过程、硫酯代谢过程等相关的信号通路中富集。在这些通路中,与脂肪沉积相关的基因有PDK1、ACSL1和PDE3B等。【结论】绘制了猪的RNA编辑位点图谱,为猪的分子育种提供了候选靶点。 展开更多
关键词 A-to-I rna编辑 脂肪沉积 组织 组织特异性rna编辑位点
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甘薯及2个近缘野生种ndhA,ndhB,ycf3,atpA和rps8基因RNA编辑位点的鉴定与分析 被引量:2
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作者 刘佳 宋艳捷 +3 位作者 孙健英 徐涛 朱明库 李宗芸 《江苏师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第2期15-20,共6页
在陆生高等植物叶绿体中,RNA编辑普遍存在.为探究甘薯属植物叶绿体RNA编辑的起源与进化及基因的转录调控,以甘薯属六倍体栽培种徐薯18以及近缘野生种三浅裂野牵牛(I.trifida)和五爪金龙(I.cairica)为材料,采用生物信息学等方法,对5个蛋... 在陆生高等植物叶绿体中,RNA编辑普遍存在.为探究甘薯属植物叶绿体RNA编辑的起源与进化及基因的转录调控,以甘薯属六倍体栽培种徐薯18以及近缘野生种三浅裂野牵牛(I.trifida)和五爪金龙(I.cairica)为材料,采用生物信息学等方法,对5个蛋白编码基因RNA编辑位点进行分析鉴定.结果共预测到分布于3个物种中5个蛋白编码基因的94个编辑位点,均为C到U的碱基替换.通过验证,共27个真实存在的RNA编辑,编辑包括碱基的缺失、插入与替换,氨基酸转变类型增加.通过比较知,甘薯与2个野生种之间RNA编辑位点的保守性较低.另外,仅徐薯18中ndhB基因编辑后编码的蛋白质跨膜结构域增加,但大部分RNA编辑对蛋白质二级结构影响不大. 展开更多
关键词 rna编辑 甘薯 野生种 位点鉴定 蛋白质二级结构
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类乌齐牦牛全基因组RNA编辑位点预测及剖析 被引量:1
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作者 王嘉博 舒涛 +6 位作者 柴志欣 王吉坤 王会 武志娟 唐友 钟金城 姬秋梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期88-97,共10页
为揭示牦牛不同组织间受RNA编辑导致转录产物发生的差异变化,进而为牦牛的组织分化、系统遗传调控等研究提供候选基因。本研究以3头4.5岁类乌齐母牦牛的大脑、小脑、臀部脂肪以及肌肉组织作为试验材料,通过Illumina 4000测序平台对各组... 为揭示牦牛不同组织间受RNA编辑导致转录产物发生的差异变化,进而为牦牛的组织分化、系统遗传调控等研究提供候选基因。本研究以3头4.5岁类乌齐母牦牛的大脑、小脑、臀部脂肪以及肌肉组织作为试验材料,通过Illumina 4000测序平台对各组织表达产物进行扫描,利用SPRINT和JACUSA筛选差异的RNA编辑位点,分析RNA编辑位点的分类、注释以及变异风险评估等。结果发现了总计24 784个RNA编辑位点,其中在4个组织中均发现存在编辑事件的有4 015个位点;4个组织中的RNA编辑位点主要以A-G和T-C编辑类型为主;发现其中一个高风险编辑位点位于SON基因中,使该基因的翻译提前终止,这将导致该组织一些特定位点的RNA与DNA结合出现问题。本研究预测并分析了类乌齐牦牛大、小脑和臀部肌肉、脂肪组织中RNA编辑差异位点的类型和分布,为进一步研究牦牛组织分化和生长发育中重要的调控基因提供了新的参考。 展开更多
关键词 类乌齐牦牛 rna编辑位点 SPRINT JACUSA
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The editing sites in transcripts of functional genes of rice mitochondria 被引量:3
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作者 Yl Ping WANG Li +1 位作者 SUN Qingping ZHU Yingguo 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2002年第11期906-909,共4页
RNA editing exists extensively in the higher plant mitochondria, and is a required step for forming functional proteins. There may be some relationship between RNA editing and cytoplasmic male sterility (CMS), a kind ... RNA editing exists extensively in the higher plant mitochondria, and is a required step for forming functional proteins. There may be some relationship between RNA editing and cytoplasmic male sterility (CMS), a kind of phenomenon that is attributed to mitochondrial genome mutations. The research materials used are the gametophytic male sterility line (A), maintainer line (B) and F1 hybrid (F1) of HL-type CMS rice. cDNAs and DNAs of atp6 and coxII have been obtained from A, B and F1 by PCR and RT-PCR. Comparing sequences of cDNAs and DNAs, 18 and 15 editing sites were found respectively in the transcripts of atp6 and coxll. A, B and F1 shared the same editing sites. RNA editing improves hydrophobicity and conservation of the predicted protein as compared with other organisms. 展开更多
关键词 MITOCHONDRIA rna editing editing sites CYTOPLASMIC male sterility.
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红莲型细胞质雄性不育水稻线粒体atp6基因转录本的编辑位点研究 被引量:27
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作者 易平 汪莉 +1 位作者 孙清萍 朱英国 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第5期729-733,共5页
以红莲 (HL)型水稻细胞质雄性不育系A、保持系B及杂种一代F1为材料 ,首次比较研究了红莲型水稻线粒体atp6基因转录本的编辑位点及各位点的编辑频率 .结果表明atp6基因的转录本有 18个编辑位点 ,其中有 15个发生在密码子的第一和第二位点... 以红莲 (HL)型水稻细胞质雄性不育系A、保持系B及杂种一代F1为材料 ,首次比较研究了红莲型水稻线粒体atp6基因转录本的编辑位点及各位点的编辑频率 .结果表明atp6基因的转录本有 18个编辑位点 ,其中有 15个发生在密码子的第一和第二位点上 ,这些位点的编辑最终会导致氨基酸种类的变化 .18个编辑位点在A、B和F1中没有差异 ,但各位点的编辑频率在引入了核恢复基因的条件下发生了较大的变化 ,完全编辑的比例增加 .这些结果首次证明HL型细胞质雄性不育与线粒体atp6转录本的编辑有一定相关性 。 展开更多
关键词 红莲型细胞质雄性不育 水稻 线粒体 atp6基因转录本 编辑位点
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水稻线粒体coxⅡ基因转录本的编辑位点研究 被引量:1
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作者 易平 孙清萍 +1 位作者 万翠香 朱英国 《实验生物学报》 CSCD 北大核心 2002年第2期123-126,共4页
RNA编辑是指由RNA水平的核苷酸改变所引起的密码子发生变化的一种预定修饰,它的发现是近年来对分子生物学中心法则的重要补充。本文以红莲型(HL)水稻细胞质雄性不育系粤泰A,保持系粤泰B和杂种F_1(不育系A与恢复系71068的杂交一代)为材料... RNA编辑是指由RNA水平的核苷酸改变所引起的密码子发生变化的一种预定修饰,它的发现是近年来对分子生物学中心法则的重要补充。本文以红莲型(HL)水稻细胞质雄性不育系粤泰A,保持系粤泰B和杂种F_1(不育系A与恢复系71068的杂交一代)为材料,首次研究了线粒体基因coxⅡ转录本的编辑位点。coxⅡ基因的转录本有15个编辑位点,其中有14个发生在密码子的第一和第二位点。这14个位点的编辑可改变氨基酸的种类,并导致所编码蛋白的疏水性以及所编码蛋白在氨基酸序列上的保守性增加。 展开更多
关键词 水稻 线粒体coxⅡ 基因转录本 编辑位点
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昆虫钠离子通道的研究进展 被引量:3
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作者 吴少英 段文波 +3 位作者 李芬 杨磊 王颢 王力奎 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期862-874,共13页
昆虫只有一个或两个电压门控钠离子通道α亚基基因,但两种转录后修饰(选择性剪切和RNA编辑)实现了昆虫钠离子通道的功能多样性。昆虫β辅助亚基TipE和TEH1-4在钠离子通道表达和调控中也起着重要作用。电压门控钠离子通道在动作电位的产... 昆虫只有一个或两个电压门控钠离子通道α亚基基因,但两种转录后修饰(选择性剪切和RNA编辑)实现了昆虫钠离子通道的功能多样性。昆虫β辅助亚基TipE和TEH1-4在钠离子通道表达和调控中也起着重要作用。电压门控钠离子通道在动作电位的产生和传递中至关重要,是多种天然和人工合成神经毒素及杀虫剂的作用靶标,包括广泛使用的拟除虫菊酯类、茚虫威和氰氟虫腙等杀虫剂。其中,拟除虫菊酯类杀虫剂通过调控昆虫钠离子通道的失活和去激活,延长跨膜钠离子流的时间,引起神经兴奋性传导障碍;茚虫威和氰氟虫腙阻断昆虫中枢和外周神经系统神经元的动作电位传导,这些神经毒剂都能干扰昆虫钠离子通道的正常功能。昆虫钠离子通道一般存在两个拟除虫菊酯类杀虫剂结合位点,但不同物种钠离子通道与拟除虫菊酯的结合位点存在一定差异。据此,本文就昆虫钠离子通道及其与杀虫剂的相互作用加以综述,有望推动昆虫神经受体研究,且对鉴定昆虫抗药性相关突变位点和研发高效的杀虫剂均具有重要参考价值。 展开更多
关键词 昆虫钠离子通道 神经毒剂 选择性可变剪切 rna编辑 杀虫剂结合位点
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在未编辑的谷氨酸受体2Q/R部位促使RNA2的次黄嘌呤腺苷脱氨酶丢失引起运动神经元的缓慢死亡 被引量:5
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作者 潘卫东 Shin Kwak +4 位作者 Akuto Hideyama 李俊燕 周里钢 王骏 蔡定芳 《中国临床神经科学》 2013年第1期1-11,共11页
目的研究小鼠未编辑的谷氨酸受体2(GluR2)Q/R部位缺失RNA2的次黄嘌呤腺苷脱氨酶(ADAR2)是否引起缓慢的运动神经元死亡。方法利用Cre/loxP重组系统制作一个条件性基因敲除ADAR2小鼠品系(AR2),利用基因组PCR和反转录PCR技术,将AR2小鼠的... 目的研究小鼠未编辑的谷氨酸受体2(GluR2)Q/R部位缺失RNA2的次黄嘌呤腺苷脱氨酶(ADAR2)是否引起缓慢的运动神经元死亡。方法利用Cre/loxP重组系统制作一个条件性基因敲除ADAR2小鼠品系(AR2),利用基因组PCR和反转录PCR技术,将AR2小鼠的运动神经元ADAR2基因条件性定位,观察及检测AR2小鼠、携带内源性GluR2等位基因的未编辑GluR2 Q/R小鼠(AR2res)和对照组小鼠的GluR2 Q/R部位编辑率、行为特征、电生理以及组织形态。结果 AR2小鼠GluR2 Q/R部位编辑率降低,脊髓与脑运动神经核细胞显示因ADAR2缺乏引起的运动神经元死亡,并且出现运动神经功能衰退症状,而GluR2 Q/R部位的编辑率在动眼神经核无明显减少。当失去ADAR2活性的AR2小鼠携带内源性的GluR2等位基因时,细胞和表型的变化可以被阻止。结论 ADAR2失活可以引起运动神经元α-氨基-3-羟基-5甲基-4异恶唑-丙酸受体介导的死亡,而在未编辑的GluR2 Q/R部位缺乏ADAR2可以引起运动神经元缓慢死亡。 展开更多
关键词 rna2 次黄嘌呤腺苷脱氨酶 rna编辑 Q R部位 肌萎缩侧索硬化症 神经元 谷氨酸受体
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基于网络公开测序数据的K326烟草线粒体基因组RNA编辑位点的鉴定与分析
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作者 王淮 杨健康 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1-8,57,共9页
为探索RNA编辑位点在烟草线粒体中的分布和功能,通过分析烟草根、花、叶的基因组及转录组测序数据,鉴定了烟草线粒体中从胞嘧啶(C)转换为尿嘧啶(U)的RNA编辑位点。结果显示,在烟草线粒体上共发现了4212个RNA编辑位点,其中30.2%的RNA编... 为探索RNA编辑位点在烟草线粒体中的分布和功能,通过分析烟草根、花、叶的基因组及转录组测序数据,鉴定了烟草线粒体中从胞嘧啶(C)转换为尿嘧啶(U)的RNA编辑位点。结果显示,在烟草线粒体上共发现了4212个RNA编辑位点,其中30.2%的RNA编辑位点位于蛋白编码基因(rps3、mat-R和ccmFN为RNA编辑位点最多的3个蛋白编码基因),62个RNA编辑位点属于产生的无义突变或使终止密码子丢失的位点。对根、花、叶的RNA编辑位点进行比较,叶的位点最多,为2923个。对这3种器官的特异无义突变RNA编辑位点进行分析,发现其所在的基因参与了氧化呼吸链的电子传递、蛋白合成等过程。同时553个RNA编辑位点位于开放阅读框基因上,说明这些开放阅读框基因可能也参与了线粒体某些功能的完成。 展开更多
关键词 烟草 线粒体 rna编辑位点 转录组
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CRISPR/Cas技术及其作用机理 被引量:3
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作者 毛金燕 翟惠 +1 位作者 王洁 侯静 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第7期2310-2319,共10页
CRISPR/Cas(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated)系统是一种原核生物的免疫系统,能够抵御外来病毒、质粒等遗传元件的入侵,为自身提供了获得性免疫保护机制。该系统具有操作简单、高效等优点... CRISPR/Cas(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated)系统是一种原核生物的免疫系统,能够抵御外来病毒、质粒等遗传元件的入侵,为自身提供了获得性免疫保护机制。该系统具有操作简单、高效等优点,通过改造使其成为了锌指核酸酶(ZFNs)技术和转录激活因子样效应物核酸酶(TALENs)技术之后的第三代定点编辑技术。目前,Cas9、Cas12、Cas13、Cas14等Cas蛋白相继出现,这些CRISPR/Cas系统在RNA的指导下,可对靶向的双链DNA、单链RNA和单链DNA进行编辑,在基因敲除或替换、转录调控、表观遗传调控、荧光成像及分子检测等领域具有广阔的应用前景。本研究将对CRISPR/Cas系统的来源、结构及其作用机理进行介绍,以期为CRISPR/Cas系统的应用研究提供一些有益参考。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas 定点编辑 双链DNA 单链rna 单链DNA
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CRISPR/Cas9技术及其在药物研发中的应用 被引量:4
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作者 寇天赐 胡又佳 《药物生物技术》 CAS 2015年第6期530-534,共5页
CRISPR/Cas是新近在细菌及古细菌中发现的一种可以降解外源核酸的获得性免疫调节系统,它由成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)和蛋白质Cas组成,其中Ⅱ型CRISPR/Cas9系统... CRISPR/Cas是新近在细菌及古细菌中发现的一种可以降解外源核酸的获得性免疫调节系统,它由成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)和蛋白质Cas组成,其中Ⅱ型CRISPR/Cas9系统成分最简单,包括:cr RNA(CRISPR RNA)、tracr RNA(trans-activating cr RNA)、Cas9(CRISPR-associated protein),tracr RNA通过RNaseⅢ功能促进cr RNA的成熟,由cr RNA通过碱基配对识别并向导Cas9结合靶标DNA,最后Cas9蛋白通过自身内切核酸酶的活性剪切DNA,达到定点编辑DNA的作用。该技术已被广泛应用于多项科研领域,仿效CRISPR/Cas9作用机理,人工构建融合了tracr RNA和cr RNA序列的一种特殊小向导RNA(small guide RNA,sg RNA)与Cas9的复合体,即能实现定点编辑基因的效果,且操作简捷、高效。文章综述了CRISPR/Cas9技术在药物研发中的应用,如细胞株改造、基因修复、动物模型构建、药物靶点筛选、遗传疾病治疗等。 展开更多
关键词 成簇规律间隔的短回文重复序列 人工核酸内切酶 rna指导的核酸内切酶 小向导rna 基因编辑 定点突变
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