目的应用生物信息学的方法探讨肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)和肿瘤蛋白D52样2(tumor protein D52-like 2,TPD52L2)在胃癌中异常表达的临床病理特征,并分析相关基因共表达的意义。方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome AHa...目的应用生物信息学的方法探讨肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)和肿瘤蛋白D52样2(tumor protein D52-like 2,TPD52L2)在胃癌中异常表达的临床病理特征,并分析相关基因共表达的意义。方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome AHas,TCGA)获取数据,利用R语言软件包比较TPD52和TPD52L2在胃癌组织和癌旁组织中的差异表达与临床病理特征的相关性,并探索与免疫细胞浸润水平的情况,Kaplan-Meier生存分析和Cox回归评估TPD52和TPD52L2的表达与患者预后的关系。利用Human Protein Atlas数据库分析TPD52和TPD52L2在胃癌组织中的免疫组化染色情况。借助cBioPortal数据库分析TPD52和TPD52L2的共表达基因,并使用SangerBox平台进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。通过STRING数据库对共表达基因建立蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape 3.9筛选核心共表达基因,并进一步验证核心共表达基因的生存期和相关性。结果胃癌组织中TPD52和TPD52L2的表达水平均明显高于癌旁组织,并与病理分期、组织学分级、幽门螺旋杆菌感染和Barretts食管密切相关。TPD52的表达与Th2和NK细胞等细胞的浸润丰度相关,TPD52L2的表达与Th2和肥大细胞等细胞的浸润丰度相关。与TPD52L2高表达组相比,低表达组有更长的总生存期(OS)、首次进展生存期(FP)和再次进展生存期(PPS)。单因素Cox分析结果表明,TPD52和TPD52L2的表达与TNM分期、病理分期及胃癌患者的预后不良相关,多因素Cox分析结果表明,M分期是影响胃癌患者OS的独立危险因素。KEGG富集分析发现TPD52的共表达基因参与了代谢通路和癌症的转录失调等信号通路,TPD52L2的共表达基因参与了癌症通路和剪接体等信号通路。PPI网络中核心基因生存分析结果表明,高表达组的PLCG1、PRKACA、MAPK11、NGFR和HSP90AB1预后较差,相关性分析发现MAPK11、CYCS和NGFR是与TPD52关系最紧密的基因,RUVBL1、NOP56、HSP90AB1和CCT6A是与TPD52L2关系最紧密的基因,可作为探讨TPD52和TPD52L2参与胃癌恶性生物学行为的候选基因。结论TPD52和TPD52L2在胃癌组织中高表达,且在胃癌的发生发展中发挥着重要作用,有望成为胃癌早期诊断和预后的生物标志物和治疗靶点。展开更多
目的探讨胰腺癌中肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)的表达与其临床病理特征及预后的关系。方法回顾性分析2015年6月至2020年6月于河北省沧州市中心医院接受根治性手术治疗并病理确诊的129例胰腺导管腺癌患者临床病例资料,应用免疫...目的探讨胰腺癌中肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)的表达与其临床病理特征及预后的关系。方法回顾性分析2015年6月至2020年6月于河北省沧州市中心医院接受根治性手术治疗并病理确诊的129例胰腺导管腺癌患者临床病例资料,应用免疫组织化学技术检测癌组织及癌旁组织中TPD52表达水平,采用χ^(2)检验或Fisher确切概率法分析两者表达差异及与患者临床病理特征的关系;采用Kaplan-Meier法和Log-rank检验进行生存时间分析;采用Cox比例风险回归模型分析患者预后影响因素。结果TPD52在胰腺癌组织中表达水平高于癌旁组织(χ^(2)=22.389,P<0.001),其表达与患者的TNM分期(χ^(2)=4.178,P=0.041)、神经侵犯(χ^(2)=8.499,P=0.004)及组织分化程度(χ^(2)=12.262,P=0.002)明显相关。TPD52高表达患者术后mDFS及mOS分别为8.3、16.6个月,TPD52低表达患者则分别为18.7、24.6个月。TPD52表达与胰腺癌患者术后DFS(Log-rank χ^(2)=11.460,P=0.001)及OS(Log-rank χ^(2)=11.450,P=0.001)相关,TPD52表达水平高则DFS及OS均缩短。TPD52高表达(P<0.05)是影响胰腺癌术后DFS及OS的独立因素。结论 TPD52有助于胰腺癌患者预后评估,TPD52高表达者预后较差。展开更多
Xu et al used the HOMA2 model to estimate theβ-cell function and insulin resistance levels in an individual from simultaneously measured fasting plasma glucose and fasting plasma insulin levels.This method is based o...Xu et al used the HOMA2 model to estimate theβ-cell function and insulin resistance levels in an individual from simultaneously measured fasting plasma glucose and fasting plasma insulin levels.This method is based on the assumption that the glucose-insulin axis is central for the metabolic activities,which led to type 2 diabetes.However,significant downregulation of both the NKX2-1 gene and the TPD52L3 gene force an increase in the release of free fatty acids(FFAs)into the blood circulation,which leads to a marked reduction in membrane flexibility.These data favor a FFA-glucose-insulin axis.The authors are invited to extend their study with the introduction of the saturation index(number of carbon-carbon double bonds per 100 fatty-acyl chains),as observed in erythrocytes.展开更多
文摘目的应用生物信息学的方法探讨肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)和肿瘤蛋白D52样2(tumor protein D52-like 2,TPD52L2)在胃癌中异常表达的临床病理特征,并分析相关基因共表达的意义。方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome AHas,TCGA)获取数据,利用R语言软件包比较TPD52和TPD52L2在胃癌组织和癌旁组织中的差异表达与临床病理特征的相关性,并探索与免疫细胞浸润水平的情况,Kaplan-Meier生存分析和Cox回归评估TPD52和TPD52L2的表达与患者预后的关系。利用Human Protein Atlas数据库分析TPD52和TPD52L2在胃癌组织中的免疫组化染色情况。借助cBioPortal数据库分析TPD52和TPD52L2的共表达基因,并使用SangerBox平台进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。通过STRING数据库对共表达基因建立蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape 3.9筛选核心共表达基因,并进一步验证核心共表达基因的生存期和相关性。结果胃癌组织中TPD52和TPD52L2的表达水平均明显高于癌旁组织,并与病理分期、组织学分级、幽门螺旋杆菌感染和Barretts食管密切相关。TPD52的表达与Th2和NK细胞等细胞的浸润丰度相关,TPD52L2的表达与Th2和肥大细胞等细胞的浸润丰度相关。与TPD52L2高表达组相比,低表达组有更长的总生存期(OS)、首次进展生存期(FP)和再次进展生存期(PPS)。单因素Cox分析结果表明,TPD52和TPD52L2的表达与TNM分期、病理分期及胃癌患者的预后不良相关,多因素Cox分析结果表明,M分期是影响胃癌患者OS的独立危险因素。KEGG富集分析发现TPD52的共表达基因参与了代谢通路和癌症的转录失调等信号通路,TPD52L2的共表达基因参与了癌症通路和剪接体等信号通路。PPI网络中核心基因生存分析结果表明,高表达组的PLCG1、PRKACA、MAPK11、NGFR和HSP90AB1预后较差,相关性分析发现MAPK11、CYCS和NGFR是与TPD52关系最紧密的基因,RUVBL1、NOP56、HSP90AB1和CCT6A是与TPD52L2关系最紧密的基因,可作为探讨TPD52和TPD52L2参与胃癌恶性生物学行为的候选基因。结论TPD52和TPD52L2在胃癌组织中高表达,且在胃癌的发生发展中发挥着重要作用,有望成为胃癌早期诊断和预后的生物标志物和治疗靶点。
文摘Xu et al used the HOMA2 model to estimate theβ-cell function and insulin resistance levels in an individual from simultaneously measured fasting plasma glucose and fasting plasma insulin levels.This method is based on the assumption that the glucose-insulin axis is central for the metabolic activities,which led to type 2 diabetes.However,significant downregulation of both the NKX2-1 gene and the TPD52L3 gene force an increase in the release of free fatty acids(FFAs)into the blood circulation,which leads to a marked reduction in membrane flexibility.These data favor a FFA-glucose-insulin axis.The authors are invited to extend their study with the introduction of the saturation index(number of carbon-carbon double bonds per 100 fatty-acyl chains),as observed in erythrocytes.
