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Identification of the lysine and histidine transporter family in Camellia sinensis and the characterizations in nitrogen utilization 被引量:1
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作者 Wei Huang Danni Ma +9 位作者 Fawad Zaman Xulei Hao Li Xia E Zhang Pu Wang Mingle Wang Fei Guo Yu Wang Dejiang Ni Hua Zhao 《Horticultural Plant Journal》 SCIE CAS CSCD 2024年第1期273-287,共15页
In plants,the lysine and histidine transporter(LHT)family represent a class of proteins that mediate the uptake,translocation,and utilization of amino acids.The tea plant(Camellia sinensis)is a perennial evergreen wit... In plants,the lysine and histidine transporter(LHT)family represent a class of proteins that mediate the uptake,translocation,and utilization of amino acids.The tea plant(Camellia sinensis)is a perennial evergreen with a relatively high level of amino acids.However,systematic identification and molecular characterization of the LHT gene family has rarely been reported in tea plants.In this study,22 CsLHTs were identified from the‘Shuchazao’genome and classified into two groups.The modeled three-dimensional structure and the conserved domains presented a high similarity among the LHTs proteins.Moreover,it was predicted that a few genes were conserved through the analysis of the physiochemical characters,structures and cis-elements in promoters.The expression patterns in tea plants revealed that CsLHT7 was mainly expressed in the roots,and CsLHT4 and CsLHT11 exhibited relatively high expression in both the roots and leaves.Moreover,the expression of all three genes could be induced by organic nitrogen.Additionally,heterogeneous expression of CsLHT4,CsLHT7 and CsLHT11 in Arabidopsis thaliana decreased the aerial parts biomass compared with that in WT plants while significantly increased the rosette biomass only for CsLHT11transgenic plants versus WT plants.Overall,our results provide fundamental information about CsLHTs and potential genes in N utilization for further analysis in tea plants. 展开更多
关键词 Camellia sinensis Nitrogen Lysine and histidine transporter(LHT)family
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葡萄碱基-抗坏血酸转运蛋白(NAT)家族基因的鉴定和表达分析
2
作者 兰官却才郎 郭丽丽 +2 位作者 马维峰 毛娟 陈佰鸿 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1724-1736,共13页
基于最新葡萄基因组数据库,在全基因组范围鉴定葡萄碱基-抗坏血酸转运蛋白(nucleobase-ascorbate transporters,NAT)基因家族成员,并对其进行生物信息学和表达模式分析,为后续深入其功能奠定基础。以Xan_ur_permease结构域(PF00860)保... 基于最新葡萄基因组数据库,在全基因组范围鉴定葡萄碱基-抗坏血酸转运蛋白(nucleobase-ascorbate transporters,NAT)基因家族成员,并对其进行生物信息学和表达模式分析,为后续深入其功能奠定基础。以Xan_ur_permease结构域(PF00860)保守序列为种子序列筛选NAT基因,分别利用Prot Prama、Clustalx、MEGA 7.0、PlantCare、GSDS 2.0和MEME进行理化性质、多序列比对、进化特征、顺式作用元件、基因结构和蛋白结构分析,并利用公共数据库基因表达数据和qRT-PCR分别分析其在各组织和响应胁迫信号中的表达模式。结果表明,葡萄基因组存在13个NAT家族成员,分别命名为VvNAT1~VvNAT13,氨基酸数目、分子质量和等电点分别为304~755、33.01~81.49 ku和8.15~9.6。进化分析将来自葡萄、苹果、拟南芥、水稻和菠萝的NAT蛋白分为4个亚组。结构分析表明,VvNAT基因外显子数目为1~14,其对应蛋白序列中均含有[(Q/E/P)NXGXXXXT(R/K/G)]和(QH)两个保守基序。此外,VvNAT基因启动子区域存在响应多种激素和逆境信号的元件。共线性分析表明,葡萄种内存在3个NAT共线性基因对,葡萄和拟南芥种间存在12个NAT共线性基因对。基因表达分析表明,VvNAT1、VvNAT3、VvNAT8、VvNAT11和VvNAT12在葡萄不同组织各发育时期均具有较高的表达量;200 mmol/L NaCl盐胁迫和4℃低温处理后,多个成员差异表达,其中VvNAT8在茎和根中都显著上调表达。综上所述,葡萄多个NAT基因参与了组织发育和对盐和低温逆境胁迫的响应,而VvNAT8可能参与组织发育及植株对低温和盐胁迫的响应,可作为后续功能分析的候选基因。 展开更多
关键词 葡萄 碱基–抗坏血酸转运蛋白 家族基因 生物信息学 非生物胁迫
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木薯镁离子转运蛋白家族基因的鉴定及生物信息学分析 被引量:1
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作者 谭博文 张懿 +2 位作者 张鹏 王振宇 马秋香 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期20-32,共13页
【目的】镁离子转运蛋白(magnesium transporters,MGT)是重要的镁离子运输体,通过分析木薯MeMGT家族基因的基本信息及所编码蛋白质的物理化学特性,为进一步研究其功能提供指导。【方法】通过同源序列比对,从木薯基因组数据库中筛选出13... 【目的】镁离子转运蛋白(magnesium transporters,MGT)是重要的镁离子运输体,通过分析木薯MeMGT家族基因的基本信息及所编码蛋白质的物理化学特性,为进一步研究其功能提供指导。【方法】通过同源序列比对,从木薯基因组数据库中筛选出13个MeMGTs基因,分别将其命名为MeMGT2;1-MeMGT10;2。运用生物信息学方法对这些基因进行染色体定位分析、保守序列功能预测和系统发育树分析,并对所编码的蛋白质理化性质和结构功能进行预测。【结果】染色体定位分析显示13个MeMGTs基因分布在8条染色体上,基因的外显子数量在4-13个之间。组织表达模式分析表明MeMGTs基因在不同发育阶段表达水平不同,其中MeMGT4;2主要在须根和储藏根中表达,推测该基因可能主要在根的发育过程中发挥作用;MeMGT7主要在木薯叶片、中脉及茎中表达,推测其可能主要在镁离子的长距离运输过程中发挥作用。顺式作用元件预测结果显示MeMGTs基因的启动子序列中含有大量光响应和激素响应元件,暗示其受多种因子调控。分析木薯与部分模式植物MGT基因家族的系统发育树,发现这些蛋白被分为5类。蛋白序列特征分析显示MeMGTs蛋白均为亲水性蛋白,具有2个跨膜结构和保守的镁转运蛋白三肽基序Gly-Met-Asn(GMN),且不含信号肽。蛋白磷酸化分析表明MeMGTs基因家族具有丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点,该基因家族的蛋白可能通过这些位点发挥作用。【结论】MeMGTs基因表达受光、激素、干旱和低温响应等多种元件调控,可能在木薯的生长发育和逆境胁迫中发挥用。 展开更多
关键词 木薯 镁离子转运蛋白 MeMGTs基因家族 基因鉴定 生物信息学
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黄瓜HAK基因家族的鉴定与生物信息学分析
4
作者 卢朝辉 樊怀福 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期38-47,共10页
为了深入研究黄瓜K+转运蛋白基因家族KUP/HAK/KT的相关功能,本研究通过全基因组分析技术等生物信息学手段鉴定CsHAK家族成员,分析其进化关系、基因结构,蛋白质三级结构、顺式作用元件及共线性关系。结果发现,黄瓜基因组共有15个CsHAK基... 为了深入研究黄瓜K+转运蛋白基因家族KUP/HAK/KT的相关功能,本研究通过全基因组分析技术等生物信息学手段鉴定CsHAK家族成员,分析其进化关系、基因结构,蛋白质三级结构、顺式作用元件及共线性关系。结果发现,黄瓜基因组共有15个CsHAK基因,不均匀分布在黄瓜染色体chr1、chr3、chr4、chr5、chr7上,亚细胞定位预测发现CsHAK基因位于细胞质膜;CsHAK基因家族可分为3个亚家族,大部分家族成员包含12个保守基序和K_trans保守功能结构域,基因启动子区所含元件与激素调节、光响应、胁迫密切相关;CsHAK家族成员之间发生2个串联重复事件,Ks/Ka值均小于1,表明其进化受纯化选择作用。研究结果为进一步深入挖掘CsHAKs在黄瓜生长发育及逆境胁迫响应中的功能及作用机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 黄瓜 高亲和K转运蛋白 基因家族 全基因组鉴定
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SLCO1B1和ApoE基因多态性与冠心病关系的研究
5
作者 高生云 王磊 《中国循证心血管医学杂志》 2024年第1期60-64,共5页
目的探讨溶质载体有机阴离子转运蛋白家族1B1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(ApoE)基因多态性与冠状动脉粥样硬化性心脏病(冠心病)的关系。方法选取2020年1月至2022年6月于甘肃省武威肿瘤医院心血管内科收治的80例冠心病患者作为观察组,同一时间... 目的探讨溶质载体有机阴离子转运蛋白家族1B1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(ApoE)基因多态性与冠状动脉粥样硬化性心脏病(冠心病)的关系。方法选取2020年1月至2022年6月于甘肃省武威肿瘤医院心血管内科收治的80例冠心病患者作为观察组,同一时间选取本院体检的80例健康者作为对照组,抽取外周血检测SLCO1B1和ApoE基因多态性,全自动生化分析仪检测血脂指标,Logistic分析冠心病的危险因素。结果对照组与观察组SLCO1B1基因型15/15、1a/15、1a/1a、1a/1b、1a/5、1b/15及1b/1b、等位基因15、1a、1b及5比较,差异无统计学意义(P>0.05)。观察组ApoE等位基因ε2及ε3的占比显著高于对照组(P<0.05)。与对照组相比,观察组患者SLCO1B1基因在1b/15型上总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)及载脂蛋白B(ApoB)水平升高,1a/15型TG水平升高,1a/1b型上高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)及载脂蛋白A1(ApoA1)降低,1b/1b型上TG升高,HDL-C及ApoA1降低(P<0.05)。与对照组相比,观察组ApoE基因在E2/E3型HDL-C降低,E3/E3型TG升高,HDL-C及ApoA1水平降低,E3/E4型HDL-C及ApoA1水平降低(P<0.05)。以冠心病为因变量,以上述结果中P<0.05的因素(高血压、糖尿病、TG、LDL-C、ApoA1、ApoB、ε3及ε4)作为自变量,运用Logistic回归分析结果发现,高血压、糖尿病、TG、LDL-C、ApoA1、ApoB及ApoE基因ε4型是诱发冠心病的危险因素(P<0.05)。结论SLCO1B1和ApoE基因多态性与血脂水平异常相关,ApoE基因ε4型可提高冠心病的发生。 展开更多
关键词 冠心病 载脂蛋白E 溶质载体有机阴离子转运蛋白家族1B1
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粉掌盆花模拟贮运保鲜效果研究
6
作者 李燕荷 黄晓彦 王晓晨 《现代农业科技》 2024年第7期145-148,共4页
以粉掌盆花为试材,进行水杨酸(SA)、硫代硫酸银(STS)和1-甲基环丙烯(1-MCP)3种处理,通过测定粉掌盆花叶片的相对电导率、叶绿素荧光参数、丙二醛(MDA)含量、相对含水量等生理指标,研究模拟贮运黑暗条件下3种处理对粉掌盆花的保鲜效果。... 以粉掌盆花为试材,进行水杨酸(SA)、硫代硫酸银(STS)和1-甲基环丙烯(1-MCP)3种处理,通过测定粉掌盆花叶片的相对电导率、叶绿素荧光参数、丙二醛(MDA)含量、相对含水量等生理指标,研究模拟贮运黑暗条件下3种处理对粉掌盆花的保鲜效果。结果表明,随着处理天数的增加,经SA、STS、1-MCP处理的粉掌叶片相对电导率均有所增加,叶绿素荧光参数F_(o)、F_(m)和F_(v)/F_(m)总体上均呈下降的趋势,MDA含量则不断增加,相对含水量减少。与对照相比,SA、STS和1-MCP均有利于延长粉掌盆花的寿命,其中1-MCP处理对粉掌盆花的保鲜效果最好。 展开更多
关键词 粉掌盆花 贮运 保鲜 生理指标
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Phosphatidylserine improves axonal transport by inhibition of HDAC and has potential in treatment of neurodegenerative diseases 被引量:2
7
作者 Shiran Naftelberg Gil Ast Eran Perlson 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2017年第4期534-537,共4页
Familial dysautonomia (FD) is a rare children neurodegenerative disease caused due to a point mutation in the IKBKAP gene that results in decreased IKK complex-associated protein (IKAP) protein production. The dis... Familial dysautonomia (FD) is a rare children neurodegenerative disease caused due to a point mutation in the IKBKAP gene that results in decreased IKK complex-associated protein (IKAP) protein production. The disease affects mostly the dorsal root ganglion (DRG) and the sympathetic ganglion. Recently, we found that the molecular mechanisms underlying neurodegeneration in FD patients are defects in axonal transport of nerve growth factors and microtubule stability in the DRG. Neurons are highly polarized cells with very long axons. In order to survive and maintain proper function, neurons depend on transport of proteins and other cellular components from the neuronal body along the axons. We further demonstrated that IKAP is necessary for axon maintenance and showed that phosphatidylserine acts as an HDAC6 inhib- itor to rescue neuronal function in FD cells. In this review, we will highlight our latest research findings. 展开更多
关键词 axonaI transport NEURODEGENERATION MICROTUBULE familial dysautonomia PHOSPHATIDYLSERINE HDAC6
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谷子HAK/KUP/KT钾转运蛋白家族全基因组鉴定及其对低钾和高盐胁迫的响应 被引量:3
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作者 代书桃 朱灿灿 +5 位作者 马小倩 秦娜 宋迎辉 魏昕 王春义 李君霞 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期2105-2121,共17页
KT/HAK/KUP(HAK)家族是植物中最丰富的钾转运体家族,对植物的生长和环境适应具有重要作用。谷子是抗逆耐瘠研究的模式植物,然而,谷子中HAK家族缺乏系统研究。本研究基于基因组序列信息,鉴定出29个谷子HAK基因(SiHAKs),并对该家族成员的... KT/HAK/KUP(HAK)家族是植物中最丰富的钾转运体家族,对植物的生长和环境适应具有重要作用。谷子是抗逆耐瘠研究的模式植物,然而,谷子中HAK家族缺乏系统研究。本研究基于基因组序列信息,鉴定出29个谷子HAK基因(SiHAKs),并对该家族成员的基本特征、蛋白结构、染色体定位、基因复制、表达模式和逆境响应等方面进行了系统分析。结果显示,(1)SiHAKs分为5个进化簇(Cluster I~Cluster V),成员数量分别为11、9、3、3和3。基因结构和蛋白保守基序分析表明,谷子HAK家族具有较高的保守性,不同Cluster的保守性依次为:ClusterIII=Cluster V>Cluster II>Cluster I>Cluster IV。(2)串联复制是SiHAKs扩增的主要原因,15个SiHAKs位于串联重复中。(3)171个转录因子可能结合到不同SiHAKs的启动子上,这些转录因子包含ERF、NAC、MYB和WRKY等家族中的大量成员,可能授予了SiHAKs对非生物胁迫多样的响应机制。(4)基因表达聚类将SiHAKs分成3组:GroupI、Group II和Group III,多数SiHAKs在张谷和豫谷1号2个品种中的表达模式具有一致性;不同Cluster表达水平总体表现为:Cluster III>Cluster V>Cluster II>Cluster I>Cluster IV。(5)根系中表达水平较高的11个SiHAKs用来检测对低钾和高盐胁迫的响应。在低钾胁迫后,8个SiHAKs的表达水平显著升高,1个SiHAK显著降低,2个SiHAKs变化不明显;而高盐胁迫后,3个SiHAKs的表达水平显著升高,2个SiHAKs显著降低,其余6个SiHAKs变化不明显。SiHAK15受到低钾和高盐胁迫的响应最为强烈,其表达量分别为对照的151倍和22倍。(6)基因表达谱的差异反映出不同Cluster间SiHAKs的功能差异。ClusterI主要在根系中表达,可能参与谷子根系K+的吸收;ClusterII不具有组织表达特异性,推测其参与K+的吸收、转运和生长发育等多个生物过程;Cluster III受到低钾和高盐2种胁迫的诱导,显示出维持谷子K+/Na+平衡和抵御盐胁迫的潜在作用;ClusterIV在被检测的多个组织中几乎不表达;ClusterV不同成员对低钾和高盐胁迫的响应存在差异,可能发生了功能分化。研究结果不仅为深入解析谷子HAK家族的功能奠定了基础,而且为植物中钾高效利用和耐盐机制的研究提供了重要线索。 展开更多
关键词 谷子 钾转运蛋白 KT/HAK/KUP家族 盐胁迫 表达分析
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代谢相关脂肪性肝病患者SLCO1B1和APOE基因多态性与脂代谢紊乱关系研究 被引量:2
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作者 熊印祥 宦丽君 刘巧 《实用肝脏病杂志》 CAS 2023年第2期206-209,共4页
目的 分析代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)患者有机阴离子转运蛋白1B1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(APOE)基因多态性与脂代谢紊乱的关系。方法 2018年8月~2021年8月我院诊治的MAFLD患者121例和同期健康体检者150例,常规检测血清总胆固醇(TC)、甘油三... 目的 分析代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)患者有机阴离子转运蛋白1B1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(APOE)基因多态性与脂代谢紊乱的关系。方法 2018年8月~2021年8月我院诊治的MAFLD患者121例和同期健康体检者150例,常规检测血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平,采用PCR-荧光探针法检测外周血SLCO1B1和APOE基因型。结果 MAFLD组血清TC、TG和LDL-C水平分别为(5.8±2.3)mmol/L、(2.9±1.4)mmol/L和(3.3±1.5)mmol/L,均显著高于健康人【分别为(4.8±1.2)mmol/L、(1.5±1.3)mmol/L和(2.6±1.1)mmol/L,P<0.05】;MAFLD组SLCO1B1基因*1a/*1a和*1a/*1b基因型频率分别为8.3%和35.5%,显著高于健康人的2.7%和23.3%(P<0.05),而*1b/*1b基因型频率为32.2%,显著低于健康人的46.0%(P<0.05);MAFLD组APOE基因ε3/3基因型频率和E3基因表型频率分别为69.4%和71.9%,显著高于健康人的56.7%和58.7%(P<0.05),而ε3/4基因型频率和E4基因表型频率分别为17.4%和18.2%,均显著低于健康人的29.3%和30.7%(P<0.05);26例SLCO1B1基因B型患者血清TC、TG和LDL-C水平分别为(6.4±1.2)mmol/L、(3.5±2.2)mmol/L和(3.8±0.8)mmol/L,均显著高于92例A型患者【分别为(5.5±1.3)mmol/L、(2.6±3.3)mmol/L和(3.0±1.2)mmol/L,P<0.05】或3例C型患者【分别为(4.6±0.3)mmol/L、(2.6±0.9)mmol/L和(2.5±0.2)mmol/L,P<0.05】;87例APOE基因E3型血清TG和LDL-C水平分别为(3.2±1.6)mmol/L和(3.4±1.1)mmol/L,显著高于12例E2型【分别为(2.7±1.8)mmol/L和(2.8±0.8)mmol/L,P<0.05】或22例E4型【分别为(2.3±0.7)mmol/L和(3.0±1.2)mmol/L,P<0.05】。结论 MAFLD患者SLCO1B1和APOE基因多态性与脂代谢紊乱密切相关,值得深入研究。 展开更多
关键词 代谢相关脂肪性肝病 单核苷酸多态性 溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B1 载脂蛋白E 脂代谢
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基于遗传算法的家庭活动-出行决策研究
10
作者 何保红 段玉琳 郭淼 《重庆交通大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期124-130,138,共8页
为探究家庭日常活动-出行决策行为,基于时间地理学方法,突出家庭联合活动与个体出行链间互动决策的过程化表达,基于最优化理论,将家庭联合活动视为在一定时空条件约束下,成员通过彼此间协作配合做出效用最大化的活动安排和出行选择的结... 为探究家庭日常活动-出行决策行为,基于时间地理学方法,突出家庭联合活动与个体出行链间互动决策的过程化表达,基于最优化理论,将家庭联合活动视为在一定时空条件约束下,成员通过彼此间协作配合做出效用最大化的活动安排和出行选择的结果,建立了家庭联合活动-出行决策模型;从昆明市2016年居民出行数据库中选取核心家庭出行数据作为模型验证数据,采用遗传算法对模型进行求解,通过设置不同场景再现家庭活动-出行决策过程,对模型计算结果与家庭成员实际出行链进行比较。结果表明:基础场景中有75.84%的家庭出行链与实际出行链相符,扩展场景符合率为83.64%,验证了所建模型的合理性和适用性;对于受时空制约较强的活动,当某一家庭成员无法完成该活动时,家庭会通过成员之间的依赖性进行传递,由其他成员以替代活动的形式进行协助,以实现家庭成员时空制约的平衡。 展开更多
关键词 交通运输工程 活动-出行决策 家庭联合活动 遗传算法
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萝卜HAK/KUP/KT基因家族鉴定与表达特性分析
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作者 程瑞 汪国莲 +5 位作者 孙玉东 王林闯 罗德旭 王玮 仲秀娟 赵建锋 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期777-787,共11页
钾元素是植物生长发育过程中必需的主要矿质营养元素之一,对作物的产量和品质有决定性影响,细胞内K+含量水平在很大程度上受K+转运蛋白控制。通过生物信息学方法从全基因组水平鉴定出萝卜K^(+)转运蛋白HAK/KUP/KT基因家族成员,并对其基... 钾元素是植物生长发育过程中必需的主要矿质营养元素之一,对作物的产量和品质有决定性影响,细胞内K+含量水平在很大程度上受K+转运蛋白控制。通过生物信息学方法从全基因组水平鉴定出萝卜K^(+)转运蛋白HAK/KUP/KT基因家族成员,并对其基因结构、蛋白质特性、保守基序、染色体定位、启动子顺式作用元件、系统进化及表达特性等进行分析。结果表明,鉴定出的17个萝卜HAK/KUP/KT基因不均等地分布在萝卜6条染色体及Scaffold00840上,根据与拟南芥的同源关系将其命名为RsHAK1~RsHAK17;RsHAKs基因结构、保守基序、蛋白质理化特性等均具有高度保守性,启动子区域存在大量与环境因素、植物激素、逆境胁迫应答等有关的顺式作用元件;系统进化分析结果显示,17个RsHAKs基因聚为4个亚家族,全基因组复制事件是RsHAKs基因扩张的主要驱动力。转录组和qRT-PCR表达分析结果表明,除RsHAK5仅在萝卜根部表达外,其他RsHAKs在萝卜各器官及发育过程中均有特异性表达,且在高钾渗透胁迫下在叶片中相对表达量显著上调,RsHAK3、RsHAK9、RsHAK11和RsHAK12在根部呈现明显的缺钾诱导表达模式。研究结果为进一步全面解析HAK/KUP/KT基因在萝卜中的生物学功能以及提高萝卜栽培品质提供了一定理论依据。 展开更多
关键词 萝卜 钾转运蛋白 基因家族 K^(+) 表达分析
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小麦PHO基因家族全基因组鉴定及表达分析
12
作者 郝小聪 王伟伟 +8 位作者 汪德州 房兆峰 柳珊 朱文根 逄子剑 张胜全 赵昌平 张风廷 唐益苗 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期26-35,共10页
PHO基因家族主要参与磷酸盐的转运,在植物生长发育中起重要作用。为研究小麦PHO基因家族成员的潜在功能,本研究从小麦全基因组中鉴定PHO基因家族成员,并利用生物信息学手段对其基因结构特征、蛋白结构域、系统进化、顺式作用元件及表达... PHO基因家族主要参与磷酸盐的转运,在植物生长发育中起重要作用。为研究小麦PHO基因家族成员的潜在功能,本研究从小麦全基因组中鉴定PHO基因家族成员,并利用生物信息学手段对其基因结构特征、蛋白结构域、系统进化、顺式作用元件及表达特性进行分析。结果在小麦全基因组中共鉴定到12个PHO基因家族成员,所有成员均含有SPX和EXS结构域。系统进化、保守结构域和基因结构分析发现,小麦PHO蛋白与拟南芥PHO1-H1蛋白以及水稻PHO1蛋白亲缘关系较近;除TaPHO7、TaPHO10、TaPHO11和TaPHO12蛋白缺少部分基序外,其余小麦PHO蛋白均具有完整基序,且同一亚组内的成员具有相似的蛋白保守结构域和基因结构,说明PHO亚家族成员间高度保守。顺式作用元件分析发现,小麦PHO基因启动子区域含有与磷调控相关的激素诱导、光响应、低温响应等元件。基于RNA_seq数据的组织特异性分析发现,大部分PHO基因在根中的表达量较高。qRT-PCR分析发现,低磷胁迫处理下磷高效小麦品种小偃54地下部分(根) TaPHO7和 TaPHO8基因的表达量显著高于对照。 展开更多
关键词 小麦 PHO基因家族 进化系统分析 表达分析 磷转运蛋白
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土壤盐碱胁迫程度对番茄光合特性的影响
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作者 崔洪鑫 关思慧 +3 位作者 柴亚倩 许静 刘慧英 刁明 《北方园艺》 CAS 北大核心 2023年第17期15-24,共10页
以C2和C5 2个不同抗性番茄种质为试材,采用盆栽土培的方式,设置3个不同胁迫程度盐碱土处理,以非盐碱胁迫土壤为对照,研究了不同盐碱胁迫程度对2个番茄品种光合气体交换参数,以及对叶片快速叶绿素荧光动力学曲线及参数的影响,以期为进一... 以C2和C5 2个不同抗性番茄种质为试材,采用盆栽土培的方式,设置3个不同胁迫程度盐碱土处理,以非盐碱胁迫土壤为对照,研究了不同盐碱胁迫程度对2个番茄品种光合气体交换参数,以及对叶片快速叶绿素荧光动力学曲线及参数的影响,以期为进一步全面解析番茄耐盐碱机制和抗盐碱育种提供参考依据。结果表明:盐碱胁迫通过对番茄叶绿素合成的抑制,对光合气体交换参数产生影响,从而降低净光合速率;盐碱胁迫降低了2个番茄品种最大光化学效率、实际光化学效率、光合电子传递速率、光化学淬灭系数;同时盐碱胁迫改变了2个品种番茄OJIP曲线形状。综上可知,盐碱胁迫会导致C2和C5品种PSⅡ反应中心活性、电子传递效率和光化学效率降低,OEC和PSⅡ受体侧受到损伤,叶绿素含量下降,从而使净光合速率降低。在盐碱胁迫条件下,C2品种较C5品种具有较高的PSⅡ反应中心活性和电子传递速率,提高净光合速率,以及通过耗散过量光能,减少盐碱胁迫带来损害,因此生长受抑制程度显著低于C5品种。 展开更多
关键词 盐碱胁迫 叶绿素荧光诱导动力学 盆栽试验 PSⅡ 电子传递
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CRISPR/Cas9-mediated knockout of SLC15A4 gene involved in the immune response in bovine rumen epithelial cells
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作者 JIANG Mao-cheng HU Zi-xuan +4 位作者 WANG Ke-xin YANG Tian-yu LIN Miao ZHAN Kang ZHAO Guo-qi 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2023年第10期3148-3158,共11页
The objective of this study was to determine the role of SLC15A4 in the muramyl dipeptide(MDP)-mediated inflammatory response of bovine rumen epithelial cells(BRECs).First,changes in the m RNA expression of proinflamm... The objective of this study was to determine the role of SLC15A4 in the muramyl dipeptide(MDP)-mediated inflammatory response of bovine rumen epithelial cells(BRECs).First,changes in the m RNA expression of proinflammatory factor genes in BRECs following 10μg m L^(–1)MDP treatments were examined.RT-q PCR results showed that the expression of pro-inflammatory factor(IL-1β,IL-6,and TNF-α)m RNAs were significantly increased under MDP stimulation(P<0.001).Moreover,SLC15A4-Knockout(SLC15A4-KO)cells were obtained through lentivirus packaging,transfection,screening,and cell monoclonal culture.In order to gain further insight into the potential function of SLC15A4,we utilized transcriptome data,which revealed a change in the genes between WT-BRECs and SLC15A4-KO.Five down-regulated pro-inflammatory genes and 13 down-regulated chemokine genes related to the inflammatory response were identified.Meanwhile,the down-regulated genes were mostly enriched in the nuclear factorκB(NF-κB)and mitogen-activated protein kinase(MAPK)signaling pathways.The results of RT-q PCR also verified these detected changes.To further determine the mechanism of how WT and SLC15A4-KO BRECs are involved in inflammatory responses,we investigated the inflammatory responses of cells exposed to MDP.WT-BRECs and SLC15A4-KO were treated with a culture medium containing 10μg m L^(–1)MDP,in comparison to a control without MDP.Our results show that SLC15A4-KO BRECs had reduced the expression of genes(IL-6,TNF-α,CXCL2,CXCL3,CXCL9,and CCL2)and proteins(p-p65 and p-p44/42)from the MDP-mediated inflammatory response compared to WT-BRECs(P<0.05).In this experiment,CRISPR-Cas9 was used to KO the di/tripeptide transporter SLC15A4,and its role was confirmed via the MDP-induced inflammatory response in BRECs.This work will provide a theoretical basis for studying the pro-inflammatory mechanism of MDP and its application in the prevention and treatment of subacute rumen acidosis in dairy cows. 展开更多
关键词 SLC15A4 CRISPR/Cas9 immune response proton-coupled oligopeptide transporter(pot)families MDP
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鸡蛋果SUT基因家族的鉴定及表达分析
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作者 李韵 刘昱君 +3 位作者 潘若云 魏秀清 曾黎辉 方庭 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期33-44,共12页
采用生物信息学方法,从鸡蛋果(Passiflora edulis Sims)全基因组中鉴定SUT基因家族成员,并对其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、三级结构和系统发育以及基因结构、共线性和表达模式进行了分析。结果显示:鸡蛋果全基因组中鉴定出的5个Pe... 采用生物信息学方法,从鸡蛋果(Passiflora edulis Sims)全基因组中鉴定SUT基因家族成员,并对其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、三级结构和系统发育以及基因结构、共线性和表达模式进行了分析。结果显示:鸡蛋果全基因组中鉴定出的5个PeSUT基因定位在4条染色体上,绝大多数SUT基因家族成员含有8或9个外显子,其编码蛋白的氨基酸残基数介于328~1014之间,均定位于质膜。鸡蛋果5个SUT家族成员分为3个亚族。鸡蛋果SUT基因家族中PeSUT 1和PeSUT 5基因以及PeSUT 2和PeSUT 3基因存在共线关系。鸡蛋果3个SUT基因与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕4个SUC基因间存在共线关系。鸡蛋果SUT基因家族启动子中存在大量与激素和逆境胁迫响应相关的顺式作用元件。转录组数据分析结果表明:PeSUT 1和PeSUT 2基因在鸡蛋果品种‘台农1号’(‘Tainong No.1’)和‘黄金果’(‘Huangjinguo’)叶片和果皮中表达量较低或不表达;PeSUT 3基因在‘台农1号’叶片中的表达量低于‘黄金果’叶片,但在‘台农1号’果皮中的表达量却高于‘黄金果’果皮;PeSUT 4基因在‘台农1号’叶片和果皮中的表达量分别高于‘黄金果’叶片和果皮;PeSUT 5基因在‘台农1号’和‘黄金果’叶片中的表达量基本相同,在‘台农1号’果皮中的表达量低于‘黄金果’果皮。实时荧光定量PCR分析结果表明:PeSUT 3基因在低温(4℃)胁迫处理下的相对表达量较正常温度(25℃)处理极显著(P≤0.01)上调。综合分析结果表明:PeSUT 3基因可能参与鸡蛋果叶片对低温胁迫的响应。 展开更多
关键词 鸡蛋果 蔗糖转运蛋白(SUTs) 基因家族 表达 低温胁迫
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红曲霉ABC转运蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析
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作者 韩尧 李燕萍 《南昌大学学报(理科版)》 CAS 北大核心 2023年第2期148-156,共9页
ABC细胞膜转运蛋白是一个能够转运多种底物的蛋白家族,在宿主细胞转运物质的输入和泵出中发挥重要作用。红曲霉(Monascus purpureus went)作为唯一被批准生产食用色素的微生物,但该菌种ABC转运蛋白家族的研究较少。为了揭示红曲霉ABC转... ABC细胞膜转运蛋白是一个能够转运多种底物的蛋白家族,在宿主细胞转运物质的输入和泵出中发挥重要作用。红曲霉(Monascus purpureus went)作为唯一被批准生产食用色素的微生物,但该菌种ABC转运蛋白家族的研究较少。为了揭示红曲霉ABC转运蛋白基因家族的基本信息,利用生物信息学方法对该基因家族进行了分析。共鉴定出了33条红曲霉ABC转运蛋白序列(MsABCs),序列分析表明,大多数MsABCs基因(61.5%)含有1~5个内含子。系统发育分析表明,MsABCs基因分属于7类亚家族。33个MsABCs基因随机分布在22条Scaffolds序列上。顺式元件分析推测,所有的MsABCs启动子序列含有多个胁迫响应顺式元件。这些结果为阐明MsABCs家族的进化关系和进一步研究MsABCs基因的功能特性提供了有价值的信息。 展开更多
关键词 基因家族 红曲霉 ABC转运蛋白 生信分析
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植物病原真菌囊泡转运相关Rab家族蛋白研究进展 被引量:1
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作者 谭祥宇 陈莹 +2 位作者 李雨欣 尉婧 李二峰 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第5期744-751,共8页
对植物病原真菌Rab家族蛋白的结构特征、蛋白循环通路、上下游信号调控因子及生物学功能等进行了综述,深入探讨了其对植物病原真菌致病机制的影响,分析了植物病原真菌Rab家族蛋白研究深度及研究方向上的不足,以期为解析植物病原真菌Rab... 对植物病原真菌Rab家族蛋白的结构特征、蛋白循环通路、上下游信号调控因子及生物学功能等进行了综述,深入探讨了其对植物病原真菌致病机制的影响,分析了植物病原真菌Rab家族蛋白研究深度及研究方向上的不足,以期为解析植物病原真菌Rab家族蛋白调控致病的分子机制以及植物真菌病害的防治提供指导策略。 展开更多
关键词 植物 病原真菌 Rab家族蛋白 囊泡转运 调控因子
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盆栽观赏植物长途储运后观赏品质的影响因素及应对策略
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作者 白霄霞 蒋淑磊 +4 位作者 孙延智 刘娜 李志斌 刘雅 郑书海 《河北林业科技》 2023年第4期54-57,共4页
储运技术在很大程度上决定了盆栽植物从产地到消费地后的观赏品质和商品价值。影响盆栽观赏植物储运的因素有:包装、温湿度、光照、车厢微环境气体、振动和冲击等。各影响因素之间相互影响、相互制约。围绕主要影响因素针对性地提出应... 储运技术在很大程度上决定了盆栽植物从产地到消费地后的观赏品质和商品价值。影响盆栽观赏植物储运的因素有:包装、温湿度、光照、车厢微环境气体、振动和冲击等。各影响因素之间相互影响、相互制约。围绕主要影响因素针对性地提出应对策略,改进包装材料、引入新型保鲜技术和信息技术、改善硬件设备、提升专业化水平,从而降低运输损耗率,提高植株经过长期储运后的观赏品质,保证商品价值。 展开更多
关键词 盆栽植物 观赏品质 长途储运
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两种盆栽耐寒木本观赏植物长途储运条件初探
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作者 白霄霞 蒋淑磊 +5 位作者 刘睿思 孙延智 王玉婷 郑红娟 刘雅 郑书海 《绿色科技》 2023年第23期1-5,共5页
以盆栽耐寒木本观赏植物高山杜鹃“太行福星”(Rhododendron’Taihang Fuxing’)和茵芋(Skimmia reevesiana Fort.)为试验材料,在实验室模拟了长途运输过程中密闭的集装箱环境条件,探索适宜盆栽耐寒木本观赏植物的储运条件,以及长时间... 以盆栽耐寒木本观赏植物高山杜鹃“太行福星”(Rhododendron’Taihang Fuxing’)和茵芋(Skimmia reevesiana Fort.)为试验材料,在实验室模拟了长途运输过程中密闭的集装箱环境条件,探索适宜盆栽耐寒木本观赏植物的储运条件,以及长时间储运过程中温度和光照等影响盆栽观赏植物品质的重要因素。结果表明:其中高山杜鹃适宜运输温度为-2℃,而茵芋为1℃;使用PAR为50~60μmol/(m~2·s)的红光LED灯每天进行5 h的补光可有效降低2种植物的叶片黄化及落叶率;高山杜鹃更耐长途储运,密闭储运50 d对商品品质影响较小,茵芋建议储运时间控制在30 d左右,在密闭40 d后落叶率和黄化率急剧上升。 展开更多
关键词 盆栽观赏植物 耐寒 长途储运 高山杜鹃 茵芋
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SLC1A5协同TM4SF1通过mTOR信号通路调控食管鳞癌细胞迁移 被引量:2
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作者 胡效林 郝鑫 +2 位作者 李文倩 赵恬恬 侯思聪 《实用临床医药杂志》 2023年第14期33-39,45,共8页
目的探讨氨基酸转运载体溶质载体家族1成员5(SLC1A5)在食管鳞癌(ESCC)中的表达及其与临床病理特征的相关性,以及SLC1A5对ESCC细胞迁移的影响及潜在分子机制。方法采用TNM plot在线数据库分析SLC1A5基因在ESCC组织和正常组织中的表达情... 目的探讨氨基酸转运载体溶质载体家族1成员5(SLC1A5)在食管鳞癌(ESCC)中的表达及其与临床病理特征的相关性,以及SLC1A5对ESCC细胞迁移的影响及潜在分子机制。方法采用TNM plot在线数据库分析SLC1A5基因在ESCC组织和正常组织中的表达情况。通过实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测ESCC组织和癌旁组织中SLC1A5 mRNA表达情况;采用免疫组化(IHC)法检测SLC1A5蛋白表达情况,并分析其与患者临床病理资料的相关性。分别构建SLC1A5过表达(SLC1A5-OE组)、四跨膜蛋白超家族成员1过表达(TM4SF1-OE组)、SLC1A5和TM4SF1共同过表达的Eca109细胞。采用细胞增殖试验、Transwell实验检测Eca109细胞的增殖、迁移和侵袭能力。通过免疫共沉淀(IP)实验证实SLC1A5和TM4SF1的相互作用;采用蛋白质免疫印迹(WB)法检测哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路相关蛋白的表达水平。结果TNM plot数据库分析显示,ESCC组织中SLC1A5基因表达水平高于正常组织,差异有统计学意义(P<0.05)。ESCC组织中SLC1A5 mRNA表达高于成对的癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.01)。IHC结果显示,SLC1A5蛋白在癌组织中高表达,并且与临床分期(P=0.036)、淋巴结转移(P=0.029)显著相关。细胞增殖实验结果显示,SLC1A5-OE组和对照细胞(Con组)增殖能力比较,差异无统计学意义(P>0.05)。Transwell实验结果显示,与Con组比较,SLC1A5-OE组细胞迁移及侵袭能力增强,差异有统计学意义(P<0.01)。IP结果表明,SLC1A5与TM4SF1存在相互作用。WB结果显示,相对于SLC1A5-OE组或TM4SF1-OE组,p-mTOR、p-S6蛋白表达水平在SLC1A5和TM4SF1共同过表达的细胞中最高。Transwell实验证实,共同过表达SLC1A5和TM4SF1的ESCC细胞迁移能力最强。结论ESCC中SLC1A5呈高表达,且与患者临床分期、淋巴结转移显著相关,SLC1A5可能通过与TM4SF1相互作用,激活mTOR信号通路,进而促进ESCC细胞迁移。 展开更多
关键词 氨基酸转运载体溶质载体家族1成员5 四跨膜蛋白超家族成员1 食管鳞癌 转移 哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路
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