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含内参的登革和寨卡病毒三重RT-qPCR检测方法的建立与评估
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作者 曹孟涛 胡潇予 +4 位作者 杨微 李春缘 徐晓立 任瑞文 蒋红霞 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期537-543,共7页
目的 本研究旨在建立一种登革病毒以及寨卡病毒并含人类基因为内参的三重RT-qPCR检测方法,可以同时检测出内参、登革病毒以及寨卡病毒。方法 针对登革病毒4种血清型的保守区域和寨卡病毒的NS1基因以及人类各个组织中稳定表达的β-actin... 目的 本研究旨在建立一种登革病毒以及寨卡病毒并含人类基因为内参的三重RT-qPCR检测方法,可以同时检测出内参、登革病毒以及寨卡病毒。方法 针对登革病毒4种血清型的保守区域和寨卡病毒的NS1基因以及人类各个组织中稳定表达的β-actin基因,设计3组特异性引物和探针。构建4种血清型的登革病毒、寨卡病毒以及β-actin标准质粒作为阳性质控品,采用L_(9)(3^(4))正交实验方法确定最佳反应条件,对其特异性、灵敏性及覆盖面进行验证与临床评估,并与检测登革病毒的商品化试剂盒进行了一致性评估。结果 本实验建立的三重RT-qPCR检测方法与12种相近虫媒病毒无非特异性交叉反应;对登革病毒与寨卡病毒的检测灵敏度分别为2.99和2.18 copies/μL组内和组间重复性变异系数均在1.5%以内;与商品化试剂盒相比较,该检测方法对13株登革流行病毒均可获阳性结果;经过Bland-Altman一致性分析,商品化试剂盒和该方法对临床阳性样本检测结果一致性达到92.59%。结论 本研究建立了一种特异性强、灵敏度高的含内参的登革病毒和寨卡病毒三重RT-qPCR检测方法,可作为登革病毒与寨卡病毒感染者的早期快速鉴别诊断的有效工具,也可用于病毒暴发地区的快速筛查。 展开更多
关键词 三重rt-qpcr 登革病毒 寨卡病毒 内参
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PEDV、PoRVA和PDCoV TaqMan三重RT-qPCR检测方法的建立与初步应用
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作者 胡泽奇 李润成 +5 位作者 谭祖明 谢秀艳 王江平 秦乐娟 李荣 葛猛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2267-2272,共6页
旨在建立一种可快速同时检测猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)、猪A群轮状病毒(porcine rotavirus type A, PoRVA)和猪丁型冠状病毒(porcine deltacoronavirus, PDCoV)三重荧光定量PCR方法。针对PEDV-N、PoRVA-... 旨在建立一种可快速同时检测猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)、猪A群轮状病毒(porcine rotavirus type A, PoRVA)和猪丁型冠状病毒(porcine deltacoronavirus, PDCoV)三重荧光定量PCR方法。针对PEDV-N、PoRVA-VP6和PDCoV-M基因设计了引物和探针,条件优化后进行性能评估,并与商品化试剂盒检测对比。结果显示:本研究建立的三重RT-qPCR方法具有良好特异性,对PRRSV、PCV_2和PRV等阳性核酸不发生扩增;具有较高的敏感性,PEDV、PoRVA和PDCoV的最低检测限均达1 copies·μL^(-1);重复性良好,组内和组间变异系数均小于1%;样本适应性广,检测不同样本类型时,变异系数均小于1%。与商品化试剂盒对比,本研究建立的方法PEDV和PoRVA的检测符合率为92.5%和97.5%,并对PDCoV的检测范围更广,对其变异毒株仍有较好的检测效果。本研究建立的检测方法具有特异性好、敏感性高、稳定性强和样本适应性广等优势,为临床腹泻样本提供了一种好的检测方法。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 猪A群轮状病毒 猪丁型冠状病毒 三重rt-qpcr
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用RT-qPCR方法评价4个不同猪品种骨骼肌候选内参基因
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作者 陈薪全 潘宇恒 +6 位作者 敬云鸿 牛丽莉 甘麦邻 赵叶 陈蕾 沈林園 朱砺 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2023年第6期1107-1115,共9页
【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋... 【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白(TBP)、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HPRT)、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A(PPIA)、β-2微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白(YWHAZ)、β-肌动蛋白(ACTB)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)8个候选内参基因,选取国外引进的长白、约克与杜洛克公猪,进行三元杂交生产的商品猪(DLY),长白、约克猪进行二元杂交的商品猪(LY),成华猪和藏猪共4个品种进行基因表达正常化评价。采用geNorm、NormFinder和BestKeeper3种常用算法评估候选内参基因的稳定性。将3种常用算法的结果进行综合排名。【结果】8个候选内参基因在不同猪种中表现出较高的表达稳定性,但表达循环阈值不同。【结论】运用3种不同的评估算法可以筛选出相似的候选内参基因,该结果可为猪骨骼肌基因表达RT-qPCR分析内参基因的选择提供参考。 展开更多
关键词 rt-qpcr 候选内参基因 基因表达稳定性 骨骼肌
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基于转录组测序和RT-qPCR技术的烟草糖酯合成基因挖掘
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作者 黄申 闫茗熠 +5 位作者 陈梦月 尚紫博 杨晨 张金林 褚智国 毛多斌 《轻工学报》 CAS 北大核心 2023年第6期78-84,117,共8页
为挖掘调控烟草糖酯合成的功能基因,采用转录组测序对烟草腺毛细胞和叶细胞的差异表达基因及其功能进行分析,并利用RT-qPCR对分析结果进行验证。结果表明:共获得11962个腺毛细胞和叶细胞的差异表达基因,其中5145个上调表达基因,6817个... 为挖掘调控烟草糖酯合成的功能基因,采用转录组测序对烟草腺毛细胞和叶细胞的差异表达基因及其功能进行分析,并利用RT-qPCR对分析结果进行验证。结果表明:共获得11962个腺毛细胞和叶细胞的差异表达基因,其中5145个上调表达基因,6817个下调表达基因;上调表达基因主要包括生物学进程(2265个)、分子功能(1169个)、细胞成分(363个)3大类,可将基因序列定位到122条代谢通路中,其中与糖酯合成相关的糖酵解/糖异生、淀粉和蔗糖代谢、苯丙烷类生物合成被高度富集,腺毛细胞中酰基糖通路显著上调,有12个基因在功能上与酰基转移酶有关;在腺毛细胞中,分析得到的12个基因中有11个基因的表达量都高于叶细胞,其中gene63826、gene16194和gene37511表达分别上调195.79倍、166.23倍和132.65倍。上述11个基因可能参与调控腺毛细胞合成糖酯,为下一步验证基因功能提供依据。 展开更多
关键词 烟草糖酯 腺毛细胞 转录组 差异表达基因 rt-qpcr
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齿兰环斑病毒RT-qPCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 徐匆 黄皓 +3 位作者 黄晓彦 陈彦 李昀哲 郑芝波 《贵州农业科学》 CAS 2023年第4期86-92,共7页
【目的】针对齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)建立快速、有效检测方法,对于保障兰花规模化生产有重要意义。【方法】以齿兰环斑病毒为材料,根据NCBI上已登录的齿兰环斑病毒外壳蛋白(coat protein,cp)基因序列分析其序... 【目的】针对齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)建立快速、有效检测方法,对于保障兰花规模化生产有重要意义。【方法】以齿兰环斑病毒为材料,根据NCBI上已登录的齿兰环斑病毒外壳蛋白(coat protein,cp)基因序列分析其序列保守区,使用Primer Premier 5.0设计反转录荧光定量PCR引物及TaqMan荧光探针,建立检测齿兰环斑病毒的一步法RT-qPCR。构建齿兰环斑病毒cp基因克隆质粒,并以该质粒作为标准品进行荧光定量PCR标准曲线测定;以齿兰环斑病毒、建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的病毒RNA为模板进行一步法RT-qPCR特异性检测;以10倍倍比稀释的cp基因质粒为模板进行灵敏性检测;用该法对大田18个兰花样品进行齿兰环斑病毒感染情况监测。【结果】齿兰环斑病毒一步法RT-qPCR检测法仅检出齿兰环斑病毒阳性模板,其余模板检测结果为阴性,说明检测方法具有特异性;该方法能够检测到的齿兰环斑病毒cp基因最低拷贝数为130;大田兰花样品感染齿兰环斑病毒的检出率为100%。【结论】一步法RT-qPCR是一种特异性强、灵敏度高,且适合监测实际生产过程中兰花感染齿兰环斑病毒情况的检测方法。 展开更多
关键词 兰花 齿兰环斑病毒(ORSV) 反转录-荧光定量PCR(rt-qpcr) 外壳蛋白(cp)基因
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RT-qPCR normalization of reference genes in different lifehistory stages of Gracilaria vermiculophylla(Rhodophyta)
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作者 Yingyue ZHANG Jinxin YANG +2 位作者 Ze YANG Cong QI Di XU 《Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2023年第5期1910-1917,共8页
The quantitative realtime polymerase chain reaction(RT-qPCR)is a powerful and sensitive method to measure expression of targeted gene but it highly relies on the use of suitable reference genes for data normalization.... The quantitative realtime polymerase chain reaction(RT-qPCR)is a powerful and sensitive method to measure expression of targeted gene but it highly relies on the use of suitable reference genes for data normalization.We evaluated the expressions of 8 housekeeping genes:18S ribosomal rDNA(18S rDNA),28S ribosomal r DNA(28S rDNA),rubisco large subunit(rbc-L),β-actin(ACT),glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase(GAPDH),elongation factor 1(EF1),β-tubulin(Tub B),and P-phycoerythrin B(PEB),to select the suitable reference genes for different life-history stages(tetrasporophyte,carposporophyte,and male/female gametophyte)of Gracilaria vermiculophylla by absolute quantitative method.Softwares geNorm and BestKeeper were used to verify the results acquired from copy number analysis.Results show that the expression of identified reference genes varied in comparing groups composed of different type of life stages.It is suggested that 18S rDNA and TubB could be used for highly complex samples composed of mixed ploidy and phases.18S rDNA and 28S rDNA were also preferred for using among the matured isomorphic samples.But for samples with different maturities,TubB and ACT were recommended for tetrasporophytes and gametophytes respectively. 展开更多
关键词 reference gene Gracilaria vermiculophylla life-history stage quantitative real-time polymerase chain reaction(rt-qpcr) red algae
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探讨血清circNRIP1对宫颈癌的辅助诊断价值
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作者 葛琴 曹晓莉 贾美群 《四川医学》 CAS 2024年第8期880-885,共6页
目的探讨宫颈癌(CC)患者血清circRNA核受体相互作用蛋白1(circNRIP1)的表达水平和临床价值。方法收集2020年7月至2022年6月我院确诊的88例原发性CC患者、50例术后患者、40例复发转移CC患者、80例CIN患者、100例健康者的血清标本。采用... 目的探讨宫颈癌(CC)患者血清circRNA核受体相互作用蛋白1(circNRIP1)的表达水平和临床价值。方法收集2020年7月至2022年6月我院确诊的88例原发性CC患者、50例术后患者、40例复发转移CC患者、80例CIN患者、100例健康者的血清标本。采用实时荧光定量PCR的方法检测血清circNRIP1的表达水平,采用Mann-Whitney检验比较不同组间血清circNRIP1表达水平的差异,采用χ^(2)检验分析其与临床病理特征和CC传统辅助诊断指标的相关性,用ROC曲线及AUC评估circNRIP1、CEA、CA125以及SCCA的诊断效能。Kaplan-Meier生存曲线分析circNRIP1表达水平与CC患者预后的关系。结果原发性CC患者血清circNRIP1的相对表达量显著高于CIN患者和健康对照(P均<0.001),CIN患者高于健康对照者(P<0.001)。CC术后患者血清circNRIP1相对表达量明显低于术前患者(P<0.0001),复发和转移的CC患者血清circNRIP1相对表达量明显高于原发性CC患者和术后CC患者(P=0.0392;P<0.0001)。CC患者血清circNRIP1相对表达量与CEA、SCCA之间有相关性(r^(2)=0.145,P=0.0003;r^(2)=0.163,P=0.0001),且与患者的FIGO分期、淋巴结转移差异有统计学意义(P均<0.05)。CC患者和健康对照者比较,当circNRIP1、CEA、CA125以及SCCA四个指标联合检测时,敏感度高达98.9%,AUC为0.971。随访期间,CC患者血清circNRIP1的相对表达量术后呈明显下降趋势。Kaplan-Meier生存曲线显示血清circNRIP1高表达CC患者的总体生存率明显低于血清circNRIP1低表达患者(P=0.0466)。结论circNRIP1相对表达量可成为CC患者早期辅助诊断的标志物及疾病的恶性程度和进展的辅助观察指标,并对患者的预后判断有一定意义。 展开更多
关键词 宫颈癌 circNRIP1 rt-qpcr
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基于网络药理学和大鼠体内验证的藏药红景天改善脑微循环障碍作用机制研究
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作者 马四清 时宇静 +5 位作者 李园白 杨阳 李萌 杜昱 李逸豪 刘方舟 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1781-1791,共11页
目的基于文献研究、网络药理学、分子对接与实验验证的方法,探究藏药红景天改善脑微循环障碍的核心靶点、关键成分和作用机制。方法通过文献和数据库收集红景天化学成分,利用反向药效团匹配预测红景天的潜在靶点;获取脑微循环障碍靶点,... 目的基于文献研究、网络药理学、分子对接与实验验证的方法,探究藏药红景天改善脑微循环障碍的核心靶点、关键成分和作用机制。方法通过文献和数据库收集红景天化学成分,利用反向药效团匹配预测红景天的潜在靶点;获取脑微循环障碍靶点,并与红景天靶点映射,构建交集靶点蛋白互作网络,获取核心靶点;构建“中药-成分-核心靶点-疾病”调控网络并获取关键成分;进行GO和KEGG富集分析,构建“核心靶点-信号通路-生物过程”网络;进行分子对接验证;采用RT-qPCR和Western blot进行动物实验验证,进一步证实网络药理学分析结果。结果从红景天中筛选出76个活性成分和285个靶点,获取脑微循环障碍靶点1074个,交集靶点97个,核心靶点6个,关键成分6个。分子对接结果表明,有3个关键成分与核心靶点的结合性大于核心靶点蛋白与其原始配体结合性。RT-qPCR结果显示红景天能下调核心靶点CASP3、AKT1 mRNA水平,Western blot检测结果显示藏药红景天能降低CASP3、AKT1蛋白表达(P<0.05)。结论藏药红景天可通过多成分、多靶点、多通路协同改善脑微循环障碍,该研究为临床应用藏药红景天治疗脑微循环障碍提供实验依据。 展开更多
关键词 脑微循环障碍 藏药 红景天 网络药理学 反向药效团匹配 分子对接 rt-qpcr Western blot 作用机制
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不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒的动态监测
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作者 徐凤霞 孙万里 +3 位作者 张亚文 常爽 王一新 赵鹏 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第4期11-17,共7页
为明确鸡群经不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒(REV)的排毒动态,本试验通过设立无特定病原体(SPF)鸡胚6胚龄卵黄囊感染组、1日龄SPF鸡腹腔感染组以及对上述两组SPF鸡分别加入感染鸡的卵黄囊感染同居组和腹腔感染同居组,建立SPF鸡感... 为明确鸡群经不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒(REV)的排毒动态,本试验通过设立无特定病原体(SPF)鸡胚6胚龄卵黄囊感染组、1日龄SPF鸡腹腔感染组以及对上述两组SPF鸡分别加入感染鸡的卵黄囊感染同居组和腹腔感染同居组,建立SPF鸡感染REV模型,同时设置空白对照组,在不同日龄记录各组鸡的体重和死亡情况,并综合运用反转录PCR(RT-PCR)、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和间接免疫荧光试验(IFA)3种检测方法对各感染组进行REV的动态监测。结果显示:(1)与空白对照组相比,腹腔感染组和卵黄囊感染组SPF鸡体重增长在感染后第21~70天均受到显著抑制(P<0.05),卵黄囊感染组SPF鸡的死亡率在感染后第49和63天显著升高(P<0.05),腹腔感染组SPF鸡的死亡率在感染后第42天显著升高(P<0.05),卵黄囊感染组SPF鸡血浆中REV病毒载量在感染后第21天显著高于腹腔感染组(P<0.05);(2)卵黄囊感染组SPF鸡自出壳即可检测到病毒血症阳性,并在感染后第21天时达到排毒高峰,腹腔感染组SPF鸡在感染后第14天时达到排毒高峰;(3)卵黄囊感染同居组的10只SPF鸡在感染后第7天时即检测到2只鸡呈病毒血症阳性,腹腔感染同居组SPF鸡在感染后第21天时检测到1只鸡呈阳性;(4)3种检测方法中,RT-qPCR和IFA检出REV效果更好。本试验通过分析不同途径感染REV后鸡群血浆中的带毒状态,为REV感染的科学防控和净化提供参考数据。 展开更多
关键词 禽网状内皮组织增殖病病毒(REV) 排毒规律 反转录PCR(RT-PCR) 实时荧光定量PCR(rt-qpcr) 间接免疫荧光试验(IFA)
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基于TRIPLEX模型的湖南省杉木林生产力模拟及预测 被引量:7
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作者 王灿 项文化 +2 位作者 赵梅芳 邓湘雯 彭长辉 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期104-109,共6页
杉木Cunnighamia lanceolata是我国优良速生用材树种,其面积达921万hm2,占全国人工用材林面积的30.4%。用机理性模型在区域尺度上研究杉木林生产量可为估算杉木林固碳潜力、预测其对气候变化的响应和提高经营管理水平提供科学依据。利... 杉木Cunnighamia lanceolata是我国优良速生用材树种,其面积达921万hm2,占全国人工用材林面积的30.4%。用机理性模型在区域尺度上研究杉木林生产量可为估算杉木林固碳潜力、预测其对气候变化的响应和提高经营管理水平提供科学依据。利用气象、水文、土壤及植物等方面数据,对TRIPLEX 1.6模型进行参数化,用森林资源调查样地数据对模型进行验证,模拟湖南省杉木林1991~2040年生物量与生产力动态变化、空间分布格局。结果表明:模拟值与实测值之间拟合度高(p=0.995),TRIPLEX1.6模型可应用于模拟亚热带杉木林生长和生产量的动态变化。2010~2018年湖南省杉木林生产力(NPP)为迅速增长期,此后NPP缓慢下降,2008年所有样地杉木林平均年龄为23 a,单位面积平均NPP达到最大值(8.09 t.hm-2a-1),2010~2060年间平均值为6.96 t.hm-2a-1。 展开更多
关键词 杉木林 生物量动态 triplex模型 空间分异 气候变化
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桃蛀果蛾雌雄虫不同发育时期嗅觉基因的表达水平差异
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作者 张倩 门丽娜 +6 位作者 李一然 刘巧 Angie DENG 胡晓雯 张宇宏 张志伟 张伟 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期151-162,共12页
桃蛀果蛾是严重隐蔽危害的蛀果害虫,亟待开发环境友好型防治方法,昆虫行为调控技术被认为是新型绿色的害虫防控手段,明晰嗅觉识别机制是开发行为调控剂的基础。基于桃蛀果蛾触角转录组得到242个嗅觉基因,基于序列比对和近缘物种相似基... 桃蛀果蛾是严重隐蔽危害的蛀果害虫,亟待开发环境友好型防治方法,昆虫行为调控技术被认为是新型绿色的害虫防控手段,明晰嗅觉识别机制是开发行为调控剂的基础。基于桃蛀果蛾触角转录组得到242个嗅觉基因,基于序列比对和近缘物种相似基因的功能背景,选取了13个嗅觉基因,采用RT-qPCR进一步分析其潜在识别功能。结果表明,13个嗅觉基因中有6个基因在雌雄虫不同发育时期的表达水平存在显著差异(P<0.05),推测这6个基因与成虫期嗅觉识别行为相关;根据雌雄成虫初羽化、成熟未交尾和交尾后基因表达水平的差异推测,OBP11可能在识别性信息素和交配行为中发挥重要作用,OR45可能与雌虫识别寄主植物和产卵过程相关,IR5可能与交配和产卵行为相关。以上研究结果为解析桃蛀果蛾嗅觉识别机制奠定了基础,同时也为开发新型昆虫行为调控剂、构建环境友好的害虫治理策略提供了思路。 展开更多
关键词 桃蛀果蛾 转录组 嗅觉基因 触角 rt-qpcr
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TaqMan探针双重实时荧光定量PCR法同步检测兰花中的建兰花叶病毒和齿兰环斑病毒
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作者 孙爱青 王丽花 +3 位作者 张艺萍 杨秀梅 许凤 苏艳 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期219-227,239,共10页
为建立一种同步定量检测建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,CymMV)和齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)的高效检测方法,本研究根据CymMV和ORSV CP基因高度保守区分别设计引物和探针并筛选,获得156 bp和148 bp的靶标... 为建立一种同步定量检测建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,CymMV)和齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)的高效检测方法,本研究根据CymMV和ORSV CP基因高度保守区分别设计引物和探针并筛选,获得156 bp和148 bp的靶标序列及对应的最优特异性引物探针组合,建立了基于TaqMan探针的双重实时荧光定量PCR方法。该方法最低检出限为1拷贝或6.2×10^(-3)fg,最低稳定检出限为10拷贝或6.2×10^(-2)fg,是RT-PCR的10~100倍;构建的标准曲线线性关系良好,扩增效率分别为97.7%和100.2%,相关系数R2分别为1.000和0.999;对其他5种常见病毒均无扩增曲线,检测特异性强;批组内与批组间重复性试验Ct值变异系数≤0.60%,重复性和稳定性好。利用该方法和基因芯片法分别对4个种属的66个兰花样品进行方法验证,该方法相较于基因芯片法检出率提高了53.85%(CymMV)和162.5%(ORSV)。综上所述,本方法可同时高通量检测CymMV和ORSV 2种病毒靶基因,结果可靠,应用前景广阔,可为开展病毒精准鉴定、科学防控以及从源头遏制病毒传播提供技术支撑。 展开更多
关键词 建兰花叶病毒 齿兰环斑病毒 TAQMAN探针 rt-qpcr 兰花
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不同温度胁迫下瓜实蝇RT-qPCR内参基因筛选 被引量:7
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作者 王凤英 杨朗 +3 位作者 黎柳锋 廖世纯 廖仁昭 姜建军 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期1097-1105,共9页
特定条件下稳定表达内参基因的筛选是利用实时荧光定量PCR研究基因表达的关键基础。本研究以不同温度胁迫后后的瓜实蝇Bactrocera cucurbitae 2龄幼虫、雌虫和雄虫为试验材料,对其9个候选内参基因表达进行了RT-qPCR分析,并利用ge Norm、... 特定条件下稳定表达内参基因的筛选是利用实时荧光定量PCR研究基因表达的关键基础。本研究以不同温度胁迫后后的瓜实蝇Bactrocera cucurbitae 2龄幼虫、雌虫和雄虫为试验材料,对其9个候选内参基因表达进行了RT-qPCR分析,并利用ge Norm、Norm Finder、Best Keeper和Ref Finder 4款软件分析各候选内参基因在3种虫态中的表达稳定性。结果表明,18S rRNA基因Ct值(≤5)较小,不适合作为内参基因使用,其它8个内参基因在瓜实蝇2龄幼虫中的稳定性排序为Rp L32> RPS13> TBP>β-tubulin> TUBE> Actin2> G6PDH> Actin3。雌虫表达稳定性由高到低为:RPS13> Rp L32>β-tubulin> TBP> TUBE> Actin2> Actin3> G6PDH。雄虫表达稳定性为Rp L32> RPS13>β-tubulin> TBP> TUBE> Actin2> G6PDH> Actin3。ge Norm软件分析各个虫态内参基因最佳组合均为2个。RPS13和Rp L32组合可作为瓜实蝇不同虫态下温度胁迫后的内参基因。 展开更多
关键词 瓜实蝇 内参基因 温度胁迫 rt-qpcr
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芦笋皂苷合成相关糖基转移酶基因克隆及原核表达分析
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作者 钟匀 林春 +3 位作者 刘正杰 董陈文华 毛自朝 李兴玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期255-263,共9页
【目的】克隆芦笋(Asparagus officinalis)甾醇糖基转移酶基因AoSGT1,分析其潜在催化活性,为解析芦笋皂苷合成途径及代谢调控机制提供科学依据。【方法】基于芦笋转录组数据设计特异性引物,扩增AoSGT1基因的完整开放阅读框(open reading... 【目的】克隆芦笋(Asparagus officinalis)甾醇糖基转移酶基因AoSGT1,分析其潜在催化活性,为解析芦笋皂苷合成途径及代谢调控机制提供科学依据。【方法】基于芦笋转录组数据设计特异性引物,扩增AoSGT1基因的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),经测序验证获得目标基因序列并进行生物信息学分析;实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RTqPCR)测定各组织基因表达量;构建pGEX-4T-3-AoSGT1原核表达载体,并转入大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(De3),随后诱导实现重组蛋白表达。【结果】AoSGT1长1800 bp,编码599个氨基酸,其相对分子质量为66.72 kD,属于亲水性蛋白,无跨膜域和信号肽。系统发育结果表明,AoSGT1与盾叶薯蓣(Dioscorea zingiberensis)Dz3GT_(2)有较高同源性,同属UGT80B1亚家族。多序列比对揭示了该蛋白序列包含甾醇糖基转移酶保守结构域PSBD Box和PSPG Box,预示其具有对甾体化合物3β-OH位点潜在糖基化活性。RT-qPCR结果显示,AoSGT1在芦笋根中高表达,而在茎和花中低表达。此外,SDS-PAGE结果表明,目标蛋白在大肠杆菌中以可溶性形式高效表达,其大小与预测值相符。【结论】成功克隆AoSGT1基因,并确认其在芦笋中呈现组织特异性表达,推测其可能参与芦笋甾体皂苷生物合成。同时,成功在大肠杆菌中实现了目标蛋白的异源表达。 展开更多
关键词 芦笋 甾体皂苷 甾醇糖基转移酶 基因克隆 生物信息学分析 rt-qpcr 原核表达 转录组
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RT-qPCR法定量检测乳腺癌FFPE样本ER、PR、HER2、Ki-67表达的初步分析 被引量:13
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作者 韦晓霞 姜瑞瑞 +2 位作者 雷婷 叶丰 步宏 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期968-971,共4页
目的初步探索实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)法与免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)法检测乳腺癌福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed and paraffin embedded,FFPE)样本ER、PR、HER... 目的初步探索实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)法与免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)法检测乳腺癌福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed and paraffin embedded,FFPE)样本ER、PR、HER2、Ki-67的一致性及评估RT-qPCR法的应用前景。方法纳入术前穿刺诊断为乳腺浸润性导管癌、临床病理资料完整、肿瘤成分大于20%的FFPE样本73例。RT-qPCR采用人乳腺癌分子分型定量检测试剂盒(MammaTyper)检测。结果 RT-qPCR法与IHC法一致率ER、PR、HER2、Ki-67分别为90. 41%、87. 67%、84. 93%、94. 52%;一致性分析Kappa值分别为0. 777 5、0. 752 2、0. 701 2、0. 800 8。结论 RT-qPCR法与IHC法检测ER、PR、HER2、Ki-67具有较高的一致性;但在检测ER、PR和HER2时应注意导管原位癌和残存乳腺组织的可能影响,并进一步扩大检测样本量,不断优化RT-qPCR的截断值。与ER、PR和HER2相比,RT-qPCR法检测Ki-67可能具有更好的应用前景。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 分子分型 rt-qpcr 免疫组织化学
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着丝粒蛋白A在膀胱癌组织中的表达及临床意义
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作者 翟雨晴 汪煜琳 +2 位作者 曹文静 张宗亮 原江水 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第13期2424-2427,共4页
目的:检测着丝粒蛋白A(centromeric protein A,CENP-A)在膀胱癌组织中的mRNA和蛋白表达水平,分析其临床意义及与患者临床病理特征的相关性。方法:RT-qPCR技术检测30例膀胱癌患者外周血单个核细胞中CENP-A mRNA的表达水平;免疫组化方法检... 目的:检测着丝粒蛋白A(centromeric protein A,CENP-A)在膀胱癌组织中的mRNA和蛋白表达水平,分析其临床意义及与患者临床病理特征的相关性。方法:RT-qPCR技术检测30例膀胱癌患者外周血单个核细胞中CENP-A mRNA的表达水平;免疫组化方法检测45例膀胱癌组织中CENP-A蛋白的表达水平及其与临床病理特征的关系;ROC曲线分析CENP-A蛋白表达情况对于膀胱癌的诊断价值。结果:与对照组相比,膀胱癌组织中CENP-A的mRNA及蛋白表达显著上调,CENP-A的表达量与年龄、性别等无相关性,与肿瘤分期及肿瘤恶性程度呈正相关。对其进行ROC曲线分析,发现CENP-A对膀胱癌诊断的敏感度和特异度较高,具有较好的临床价值。结论:CENP-A在膀胱癌组织中表达上调且与膀胱癌患者的分期情况相关,可能成为膀胱癌精准分子诊断的潜在靶基因,在其诊断治疗中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 着丝粒蛋白A 膀胱癌 rt-qpcr 免疫组化
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基于TRIPLEX模型的浙江省主要森林类型生物量模拟及敏感性分析 被引量:1
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作者 张骏 葛滢 +5 位作者 高智慧 吴初平 黄玉洁 焦洁洁 江波 常杰 《浙江林业科技》 北大核心 2015年第6期1-8,共8页
TRIPLEX模型是一种新兴混合模型,提供了一种整合目前模型并能有效解决所面临问题的观念和方法。本文以浙江省21个县4种主要林型(常绿阔叶林、针阔混交林、马尾松林和杉木林)、林龄5~50 a的147个样地森林生长和产量调查实测作为模型模... TRIPLEX模型是一种新兴混合模型,提供了一种整合目前模型并能有效解决所面临问题的观念和方法。本文以浙江省21个县4种主要林型(常绿阔叶林、针阔混交林、马尾松林和杉木林)、林龄5~50 a的147个样地森林生长和产量调查实测作为模型模拟和检验的数据,用TRIPLEX模型模拟和检验了样地的林分密度、树高、胸径、凋落物库、地上和总生物量,结果表明:4种主要林型的林地生长和产量模拟值和野外实测值的相关系数极高(p〈0.001),两者之间的偏差也较小;各个林型的地上及总生物量的模拟值和实测值相关性均极高(p〈0.001),决定系数r2均以马尾松林的最高(分别为0.95和0.94),以杉木林的最低;除杉木林外,常绿阔叶林、针阔混交林和马尾松林的地上及总生物量对于温度增长均是负相关,4种主要林型的地上及总生物量对于相对湿度增长均是正相关,对于降水量变化不相关。TRIPLEX模型最小化了输入参数,对于参数要求低,但未降低预测能力,而且能够在浙江省复杂气候和土壤条件下预测地上和总生物量。 展开更多
关键词 triplex 生物量 生产力 模型检验 马尾松林 杉木林 阔叶林
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大蒲莲猪不同发育阶段组织RT-qPCR分析中适宜内参基因筛选 被引量:2
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作者 王彦平 朱荣生 +2 位作者 王怀中 王诚 呼红梅 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第A01期45-53,共9页
利用适宜数量且表达稳定的内参基因对目的基因的表达量进行标准化是获得准确、可靠RT-qPCR数据的重要条件。以不同日龄大蒲莲猪8种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠组织、肌肉、血液)为试验材料,使用ge Norm、Norm Find软件对8个... 利用适宜数量且表达稳定的内参基因对目的基因的表达量进行标准化是获得准确、可靠RT-qPCR数据的重要条件。以不同日龄大蒲莲猪8种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠组织、肌肉、血液)为试验材料,使用ge Norm、Norm Find软件对8个常用候选内参基因(ACTB、B2M、GAPDH、RPL4、SDHA、TBP、YWHAZ、PPIA)的表达稳定性进行分析,筛选适宜内参基因及其组合。ge Norm、Norm Find软件联合分析结果表明,不同日龄大蒲莲猪心脏中表达最稳定的内参基因为TBP、PPIA和YWHAZ,肝脏、肾脏、肠组织和肌肉中最稳定的内参基因均为TBP和PPIA,脾脏中表达最稳定内参基因为TBP和RPL4,肺脏中表达最稳定内参基因为TBP、RPL4、PPIA和ACTB,血液中表达最稳定内参基因为ACTB、YWHAZ和GAPDH。由于大蒲莲猪8种体组织中最适宜内参基因组合和数量不同,因此内参基因筛选是进行RT-qPCR数据分析的必要条件。结果可为研究大蒲莲猪目的基因表达时适宜内参基因的选择提供帮助。 展开更多
关键词 大蒲莲猪 rt-qpcr 内参基因 GENORM NormFind
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猪卵泡发育过程中颗粒细胞内参基因表达稳定性分析
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作者 霍泱安 李小雪 +2 位作者 孙郴 李齐发 杜星 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期710-720,共11页
[目的]本研究旨在分析猪卵泡发育不同阶段颗粒细胞中内参基因的表达稳定性,筛选有效内参基因用于鉴定猪卵泡发育关键调控基因及其表达模式。[方法]基于形态学观察与类固醇激素检测分离猪腔前、有腔、成熟和闭锁卵泡,并收集相应颗粒细胞... [目的]本研究旨在分析猪卵泡发育不同阶段颗粒细胞中内参基因的表达稳定性,筛选有效内参基因用于鉴定猪卵泡发育关键调控基因及其表达模式。[方法]基于形态学观察与类固醇激素检测分离猪腔前、有腔、成熟和闭锁卵泡,并收集相应颗粒细胞;利用RT-qPCR检测甘油醛3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β-肌动蛋白(ACTB)、ATP合酶F1(ATP5F1)、β2-微球蛋白(B2M)、真核翻译伸长因子1α(EEF1A1)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1(HPRT1)、核糖体蛋白S3(RPS3)、微管蛋白α-1b(TUBA1B)和泛素C(UBC)等9个候选内参基因在猪卵泡不同发育阶段颗粒细胞中的表达水平;综合ΔCt、geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder等算法分析候选内参基因在猪卵泡发育过程中的表达稳定性。[结果]候选内参基因在猪卵巢颗粒细胞中的表达水平存在较大差异,其中EEF1A1和TUBA1B的表达水平较高,而HPRT1和UBC的表达水平较低;不同算法得到的稳定性存在差异,用ΔCt、NormFinder和BestKeeper分析发现RPS3和ATP5F1的稳定性较高,用geNorm分析发现GAPDH和HPRT1的稳定性较高,最终利用RefFinder进行综合权重分析得出候选内参基因的稳定性从高到低依次为RPS3、ATP5F1、HPRT1、EEF1A1、GAPDH、ACTB、TUBA1B、B2M、UBC。进一步以不同表达稳定性内参基因为参照对母猪繁殖力候选基因FSHR和NORFA在卵泡发育过程中的表达模式进行检测,结果表明内参基因稳定性对准确鉴定目的基因表达水平和变化模式至关重要。[结论]RPS3和ATP5F1在猪卵泡发育过程中具有较高的表达稳定性,可作为有效内参基因用于后续猪卵泡发育相关研究,为鉴定猪卵泡发育关键调控基因及其表达模式等相关内参基因研究提供理论依据。 展开更多
关键词 卵泡发育 卵巢颗粒细胞 rt-qpcr 内参基因 表达稳定性分析
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Triplexers Based on SOI Flattop AWGs 被引量:1
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作者 安俊明 吴远大 +4 位作者 李健 王红杰 李建光 李俊一 胡雄伟 《Journal of Semiconductors》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1504-1506,共3页
Triplexers are designed based on SOl flattop arrayed waveguide gratings (AWGs). Three wavelengths (1310, 1490,and 1550nm) operate at three diffraction orders of AWGs. Simulation shows that the 3dB bandwidth,crosst... Triplexers are designed based on SOl flattop arrayed waveguide gratings (AWGs). Three wavelengths (1310, 1490,and 1550nm) operate at three diffraction orders of AWGs. Simulation shows that the 3dB bandwidth,crosstalk, and loss are 6nm,less than -40dB, and 5dB, respectively. The output optical fields of the device fabricated in our laboratory are clear and show a good triplexing function. 展开更多
关键词 integrated optics arrayed waveguide grating triplexER
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