基于matK+rbcL+trnH-psbA联合分析法对罂粟属的植物鉴定

目的 利用DNA条形码技术探索罂粟的鉴定方法,寻找可靠的DNA条形码序列对罂粟属植物进行种内和种间的鉴别。方法 采用5种不同种类的虞美人和花菱草作为罂粟鉴别的种内植物、种间植物。利用叶绿体基因组matK、rbcL、trnH-psbA和核糖体基因组ITS2、ITS4、ITS5引物对提取的DNA进行扩增,并双向测序拼接,利用MEGA.X.对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,同时使用该软件构建NJ系统发育树。结果 将测序结果录入Genbank中进行比对分析,结果显示单一DNA条形码序列无法有效区分虞美人与罂粟。通过Genbank下载数据使用matK+rbcL+trnH-psbA组合条形码构建系统发育树成功,对罂粟和虞美人样本测序结果进行验证。经验证,matK+rbcL+trnH-psbA组合条形码构建NJ发育树成功,能有效区分虞美人和罂粟。结论 matK+rbcL+trnH-psbA作为组合DNA条形码使用,可以有效鉴别罂粟属内植物。

用叶绿体trnH-psbA序列分析石杉科植物系统发育和植物条形码的初探

目的：研究石杉科17种植物的系统发育关系和石杉科植物条形码。方法：使用叶绿体trnH-psbA基因序列构建了石杉科的系统发育树。结果：表明石杉科植物高度聚类为两个分支,自展支持率达91%。结论：支持Hol-ub和秦仁昌将石杉科分为石杉属和马尾杉属的分类学观点。17种石杉科植物种具有良好的单系性,trnH-psbA基因能在种水平很好区分石杉科植物,可以作为本科分类鉴定条形码。

基于ITS2、trnH-psbA条形码的不同产地连翘及其伪品DNA分子鉴定

目的:研究探讨基于ITS2、trnH-psbA条形码的不同产地连翘及其伪品DNA分子鉴定新技术。方法:采用植物DNA条形码候选序列中的ITS2、trnH-psbA作为目标条形码,探讨了其对不同产地连翘、正品连翘与其易混伪品金钟花的鉴别。结果:从聚类树形图可见,连翘与金钟花能够明显地分为两支,不同产地的连翘也表现出了一定的区域相似性。结论:基于ITS2序列、trnH-psbA序列可以作为连翘药材真伪鉴别的一种有效的分子鉴定手段。其中trnH-psbA序列构建的NJ树、UP树不仅能实现连翘真伪鉴别,而且可以用于不同产地连翘区域性的鉴别。

2种枇杷属植物的trnH-psbA条形码序列变异及其近缘属系统发育初步研究

选用枇杷野生近缘种‘栎叶枇杷’和栽培种‘早钟6号’、‘香妃’．对其叶绿体基因组trnH—psbA基因间隔区进行PCR克隆与测序．利用生物信息学方法分析其序列特征．并构建苹果亚科内19个属的系统发育树。结果表明：trnH-psbA序列长323～392bp（GenBank登录号：KF022254、KF022255、KF022256），G＋C含量30．10％，33．13％，共有1个核苷酸替换（SUbstitution）和2个插入／缺失（indel）；基于trnH—psbADNA条形码序列的分子系统进化分析结果表明．苹果亚科内形成2个大的分支，枇杷属与石斑木属的亲缘关系最近（平均遗传距离为0．055）。此结果表明叶绿体基因trnH-psbA序列可有效地进行枇杷属内物种鉴别及属间分类，是枇杷属植物DNA条形码研究的标准基因之一。

基于trnH-PsbA序列的部分苔藓植物亲缘关系分析

以毛地钱（Dumortiera hirsuta）为外类群,利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对13种苔藓植物的trnH-PsbA基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果表明,13种苔藓植物的trnH-PsbA序列长度为174-186 bp,排序后总长度为191 bp,其中变异位点51个,信息位点30个。遗传距离在0.006-0.200,平均遗传距离为0.103。利用非加权组平均数UPGMA（Unweight pair group method with arithmetic mean）法建立的系统树显示,13种苔藓植物分为3组。在科间水平上,序列分析结果与形态学结果一致,trnH-PsbA序列对于苔藓植物的系统发育研究有一定的参考价值。

基于主要农艺性状和trnH-psbA序列的辣椒聚类分析

旨在研究辣椒种质的遗传多样性和筛选核心种质资源。对98份辣椒种质的株高、株幅和主茎高等主要农艺性状和叶绿体的trnH-psbA序列进行了调查和分析。98份辣椒种质的农艺性状有较大区别,特别是单果重、果长、叶片叶绿素、株高等性状表现为显著或极显著的差异;同时,基于trnH-psbA序列可以将所有种质分成三大类,分别含种质29、31和38个;综合农艺性状和trnH-psbA序列筛选出31份核心种质。辣椒种质存在较高的遗传多样性,通过筛选的核心种质代表了98份种质的遗传多样性,可以应用于育种。

基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析

【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量(Vs)分别为1、1和5个,单倍型数目(H)分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)最高的序列分别为trnT-trnL(π=0.00052)和trnH-psbA(Hd=0.535)。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异(P>0.05),符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。

基于trnH-psbA和matK序列的不同种油茶种苗DNA条形码分析

为有效鉴别出不同种油茶种苗,收集101份不同种油茶种苗作为试材,其中18份越南油茶、79份普通油茶、1份博白大果油茶、3份红花油茶,利用叶绿体基因组trnH-psbA和matK序列进行扩增并测序分析,随后对序列进行拼接及特征分析,并计算样本种间及种内遗传距离,构建系统发育树。结果表明:101份供试材料的trnH-psbA序列全长381 bp,有10个变异位点,可通过变异位点鉴别出越南油茶、红花油茶及部分普通油茶,系统发育树将越南油茶聚为一支,自展支持率为64%;matK序列全长797 bp,有5个变异位点,可通过变异位点鉴别出越南油茶、红花油茶及部分普通油茶,系统发育树将红花油茶聚为一支,越南油茶聚为一支,自展支持率分别为65%和64%。因此,trnH-psbA序列可对越南油茶进行有效鉴别,而matK序列可对越南油茶和红花油茶进行有效鉴别。该研究结果对避免油茶种苗混杂、规范海南油茶种苗市场有一定的指导意义。

trnH-psbA序列作为DNA条形码在苍耳属杂草鉴定中的应用

以 trnH－psbA序列作为 DNA 条形码，对从国外截获的9种苍耳属杂草及1种国内苍耳进行物种鉴定研究。采用 DNeasy Plant Mini Kit 试剂盒进行总 DNA 的提取，应用通用引物对其 trnH－psbA 基因进行PCR扩增，测序得到10种苍耳属杂草的 trnH－psbA序列，并利用 MEGA 7．0软件进行比对分析构建系统进化树。结果显示：苍耳属杂草 trnH－psbA基因序列共有543个位点，其中有53个变异位点，31个变异信息位点，22个单突变位点，30个碱基缺失；种间遗传距离为0～0．093，种内无遗传差异；进化树显示10个苍耳物种均处于独立分支，能够利用该条形码对苍耳属杂草进行区分鉴定。

芋种质叶绿体基因trnH-psbA序列特征及遗传多样性分析

为探讨浙江省不同地源芋种质的分化与遗传多样性,对30份来自不同县市的地方芋种的trnH-psbA序列进行克隆、拼接,并对序列进行多态性分析和不同地源遗传距离计算以及聚类分析。结果表明:30份芋种质trnH-psbA序列的长度为730~739 bp,保守位点有717个,多态性位点13个,均为自裔位点,插入/缺失位点有3个;共有3种类型序列,可分为2种单倍型,单倍型多样性为0.45706,不同地源遗传距离变化小,为0~0.0181,平均遗传距离为0.0052;聚类分析可将所有芋资源分为2个类群,不同的芋资源存在一定的地理隔离,且与芋的类型相关。本研究对不同地源芋质进行trnH-psbA序列分析,进一步明确了地方小种存在丰富的遗传多样性,为芋种质分子标记开发与保护利用提供理论依据。

天门冬属部分物种trnH-psbA序列比较研究

采用叶绿体trnH—psbA序列对天门冬属9个物种进行种间关系分析。结果发现，9个物种的trnH—psbA序列的长度和GC含量变异较小，序列全长在625～638bp之间；GC含量约为36％；基于trnH—psbA序列的系统发育树中，天门冬和石刁柏优先聚类，非洲天门冬和狐尾天门冬优先聚类后再与武竹聚类，新疆天门冬和文竹优先聚类，短梗天门冬在系统树的最外层。结果认为，trnH—psbA序列可以有效地鉴别天门属冬物种，但某些物种的划分地位值得商榷，认为trnH—psbA序列分析属内物种的系统发育结果有一定的局限性。

中国石蒜属种间关系的trnH-psbA序列分析

利用叶绿体基因trnH-psbA序列对石蒜属16种（含1变种）的种间关系进行了分析。结果表明：所测物种的序列全长在546~641bp,GC含量为35.86%~36.41%,其核苷酸变异位点14个,信息位点5个,这些位点可以区分石蒜属物种;供试材料聚为3类,除中国石蒜、忽地笑和玫瑰石蒜的系统位置有所不同外,与经典分类基本一致。叶绿体基因trnH-psbA序列可以有效地鉴别石蒜属物种及分类,是一种有效分子标记。

蒙古扁桃nrDNA ITS和cpDNA trnH-psbA序列分子进化特点研究

通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA（cpDNA）的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明：蒙古扁桃cpDNAtrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变异率达到17.05%,共检测到11种单倍型;nrDNAITS序列总长度为662bp,共得到6处变异位点,变异率达为0.91%,共检测到9种单倍型。经比较发现,蒙古扁桃nrDNAITS序列较cpDNAtrnH-psbA序列保守,变异速率较慢。cpDNAtrnH-psbA及nrDNAITS序列单倍型系统发育关系的各支系的支持率均较高。

基于trnH-psbA和matK序列的油茶种子DNA条形码鉴定

本研究利用叶绿体基因组trnH-psbA和matK序列对不同物种的34份油茶种子进行DNA条形码鉴定,以分析这两个序列在鉴别越南油茶(Camellia vietnamensis)和普通油茶(Camellia oleifera)的效率。结果表明:34份供试材料的trnH-psbA序列全长395 bp、11个变异位点,系统发育树将普通油茶聚为一支,支持率为72%;matK序列全长837 bp、2个变异位点,系统发育树将越南油茶与高州油茶聚为一支,支持率为64%。可见,trnH-psbA序列和mat K序列结合,可对普通油茶和越南油茶与其他供试油茶物种进行有效鉴别。

甘草种子的基源鉴定及质量评价研究

目的:鉴别甘草种子的真伪及其基源,评价分子条形码对甘草种子的鉴定可行性,并对甘草种子进行质量评价,确定野生甘草种子和栽培甘草种子的质量差异。方法:利用ITS和psbA-trnH条形码,对13批甘草种子进行真伪和基源鉴定,并通过测定甘草种子的长度、宽度、厚度、千粒重、净度及发芽率,评价5批野生甘草种子和5批栽培甘草种子的质量。结果:利用ITS和叶绿体条形码psbA-trnH相结合的方法可以对甘草种子的真伪及基源进行鉴定,在13批甘草种子中有2批为光果甘草,11批为乌拉尔甘草;野生甘草种子的长度、宽度、厚度、千粒重、发芽率、净度及含水量高于栽培甘草种子,差异均有统计学意义(P<0.05或P<0.01)。结论:利用ITS和psbA-trnH条形码可准确鉴别甘草种子的基源,且野生甘草种子在播种品质方面均优于栽培甘草种子。

诃子基原物种及其混伪品的形态鉴别与分子鉴定

目的:建立能够准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品的分子鉴定方法。方法:对诃子、绒毛诃子及其混伪品的新鲜果实进行烘干,观察其干燥前后的形态;提取样品DNA,采用DNA条形码内转录间隔区2(ITS2)序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增并测序,采用DANMAN 7、MAGE 6软件对测序结果进行序列比对,计算Kimura 2-paramete遗传距离,并构建邻接法系统发育树。结果:形态观察发现,诃子、绒毛诃子果实干燥前后与混伪品有较大的差异,可以通过形态差异进行鉴别;DNA条形码序列表明,诃子和绒毛诃子ITS2序列基本一致,仅发现4个单核苷酸多态性位点,但不能由此对两者进行区分;诃子和绒毛诃子的psbA-trnH序列存在2处明显差异,可对两者进行准确区分;绒毛诃子中存在2种类型的单倍型,其明显差异在于是否在psbA-trnH序列上存在1段16 bp的串联重复序列;混伪品与诃子、绒毛诃子之间具有较大的psbA-trnH序列差异,可直接在美国国家生物技术信息中心比对进行区分;对市场上流通的诃子炮制品进行鉴定发现,其多为2种单倍型绒毛诃子,且存在毛诃子混伪的情况。结论:利用psbA-trnH序列可准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品,发现绒毛诃子中存在2种类型的单倍型。

基于psbA-trnH序列的辽宁省黄精药材DNA条形码研究

目的:基于psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对辽宁省12个地区及省外2个地区黄精药材样本进行鉴别分析,为辽宁省黄精药材的鉴别和遗传多样性分析提供参考。方法:利用DNA试剂盒提取法,从38个黄精样本的药用部位中提取DNA,对psbA-trnH部分进行聚合酶链式反应(PCR)扩增及双向测序,并从GenBank下载药用植物黄精的不同来源和外群序列,运用SeqMan软件对测序结果进行拼接,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,并采用邻接法(NJ)建立系统发育树进行分析。结果:根据NJ系统发育树结果可知,不同来源的所有黄精样品聚为一大支,外群猪牙花聚为一支,区别较明显;辽宁省、湖北省及贵州省黄精与美国国家生物技术信息中心(NCBI)所下载的黄精聚为一支,并且结合变异位点与遗传距离可知,辽宁省、湖北省及贵州省的黄精物种为黄精Polygonatum sibiricum Red.,种间差异较小,辽宁省所收集的黄精有4个样品出现了变异位点,其余样本碱基序列均相同。结论:使用psbA-trnH序列DNA条形码技术能够对黄精药材不同的基原植物进行区分鉴别且成功率较高,可用于对黄精属物种进行种内和种间鉴别,为保障辽宁省黄精药材来源的准确鉴定提供参考。

矩镰荚苜蓿与近缘种花苜蓿的DNA条形码筛选

为了筛选适于鉴定易混淆种矩镰荚苜蓿(Medicago archiducis-nicolai)和花苜蓿(M.ruthenica)的DNA条形码,本研究采集了两近缘种的113个样本,对6个候选条形码序列(通用序列rbcL,psbA-trnH,trnL-trnF,trnK-matK,ITS 2和新序列GA3ox1)进行PCR扩增、测序和序列比对,经过barcoding gap分析、wilcoxn检验以及构建NJ系统发育树评价各序列的鉴定能力。结果显示:6条候选序列的扩增和测序成功率在85%以上;rbcL序列在两近缘种间不存在变异位点,其余5条候选序列各有不同的种内变异和种间变异;5条候选序列的种间最小遗传距离均大于种内最大遗传距离,GA3ox1,ITS2和psbA-trnH序列在种内种间存在明显的“Barcoding Gap”区域;在候选序列构建的NJ系统进化树中,利用GA3ox1和psbA-trnH,矩镰荚苜蓿和花苜蓿均能各自形成单系,但trnL-trnF,t rnK-matK和ITS2不能将两个近缘种区分开。通过分析,我们推荐使用核编码基因GA3ox1作为鉴定矩镰荚苜蓿和花苜蓿的首选序列,叶绿体基因psbA-trnH作为辅助条形码。

西藏地区紫堇属植物DNA条形码鉴定

目的:以ITS2序列和psbA-trnH序列作为DNA条形码,对西藏地区紫堇属植物进行分子鉴定。方法:通过比较两条序列的扩增成功率和测序成功率,分析序列特征,计算种内和种间的遗传距离,构建Neighbor-joining进化树,评价两条序列的鉴定效率。结果:两条序列的扩增成功率和测序成功率均为100%。psbA-trnH序列的最大种内遗传距离均小于最小种间遗传距离,符合DNA条形码对遗传距离的要求。系统进化树分析中,psbA-trnH序列能够有效地区分不同来源的紫堇属植物,而ITS2序列聚类效果较差。结论:psbA-trnH序列具有较高的鉴定效率,可作为西藏地区紫堇属植物物种鉴定的DNA条形码。该研究为西藏地区紫堇属植物的基因组学的深入研究夯实了基础,也为西藏紫堇属藏药的质量监控提供了新的方法。

巴戟天分子鉴定方法研究进展

本文对巴戟天及其伪品进行psbA-trnH、rDNA-ITS序列分析及鉴定。在巴戟天遗传多样性分析中运用SRAP与CDDP标记,ITS2条形码的南药巴戟天真伪鉴别研究和ITS2与psbA-trnH序列于巴戟天及其3种近缘植物的研究。综述巴戟天的鉴定技术方面的研究进展,为鉴定巴戟天的真伪、优劣和保证临床用药提供参考。