中国桫椤科植物叶绿体trnL内含子和trnL-trnF基因间隔区序列的系统发育分析

运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C平均含量39.1%。计算了不同种间以及种内不同个体间序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离。序列数据经排列后分别进行最简约法、最大似然法和邻接法分析,结果显示:(1)白桫椤、海南白桫椤和大羽桫椤构成的分支最早和该科内其余植物组成的另一分支分歧,而后者又进一步分为两个亚分支,分别和桫椤亚属、黑桫椤亚属对应,支持夏群的分类处理;(2)大桫椤—狭羽桫椤—毛轴桫椤—篦齿桫椤、大羽桫椤—白桫椤—海南白桫椤以及小羽桫椤—桫椤各自构成独立、自然的末端分支,再参照分支内植物间的遗传距离取值,建议将此3个末端分支依次归并为3种:大桫椤、白桫椤和桫椤;(3)白桫椤属在科内处于基部位置,桫椤属的桫椤亚属和黑桫椤亚属为衍生分支,赞同Tryon关于桫椤科进化和囊群盖起源的假说。

trnL内含子及trnL-trnF间隔区序列在木兰科系统发育研究中的应用

通过木兰科29个种的trnL基因内含子的525个碱基序列及21个种的trnL-trnF基因间隔区的370个碱基序列测定和分析,构建的严格一致性材建议:①含笑属为相对一致的单系类群;②玉兰亚属的几个种形成一个单系类群,与木兰亚属的几个种无共衍位点;③木莲属为一个相对保守的类群,种间碱基差异很小。碱基位点差异分析表明:含笑和野含笑的trnL基因序列具2个位点的差异,结合形态学特征考虑,不支持David把两个种合并的处理;杂交鹅掌揪的trnL-trnF序列相对鹅掌楸有3个位点的变异和一个简单重复序列的插入;鹅掌楸的trnL-trnF序列与GenBank(AF040679)中已注册的序列有3个位点的差异。两个严格一致性树的CI值高达0.978和0.913,说明trnL内含子和trnL-trnF间隔区序列的平行演化在木兰科这几个属间发生频率非常低,只适于木兰科高等级的(属以上)的系统研究。

基于种皮形态和叶绿体trnL-F对菘蓝属(十字花科)的系统学位置研究

利用种皮微形态观察与叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定分析相结合,对十字花科菘蓝属植物及其相关属种的系统学关系进行了探讨。研究结果表明原属独行菜族的菘蓝属植物,其种皮特征与原属鸟头荠族的舟果荠属植物相似,同属一类型,而与独行菜族的模式属独行菜属植物、大蒜芥族的模式属大蒜芥属植物以及鸟头荠族的模式属鸟头荠属植物种皮微形态差异显著;在基于叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列所构建的系统发育树中,菘蓝属植物与舟果荠属植物距离最近,而与独行菜属、大蒜芥属、鸟头荠属植物具有一定的间隔,结合形态特征,本研究认为,菘蓝属与舟果荠属植物具有较近的亲缘关系,而不是同族的独行菜属植物。

基于DNA非编码区序列探讨罗布麻的分类问题(英文)

通过测定中国产罗布红麻、大叶白麻和白麻的ITSt、rnL内含子和trnL-F非编码区序列,并与其它相关植物的相应序列比较,探讨“罗布麻”的系统分类。结果显示:罗布红麻、大叶白麻和白麻3种植物的ITS序列完全一致,而与罗布麻属加拿大麻的ITS序列相差较大;在trnL内含子和trnL-F非编码区,大叶白麻和白麻的完全一致,与罗布红麻之间仅有3个位点的变异,而加拿大麻与美国茶叶花在这3个位点却和白麻属的完全一致等。以上结果显示在ITSt、rnL内含子和trnL-F非编码区,白麻属和罗布麻属之间没有本质区别,罗布红麻与大叶白麻和白麻之间的亲缘关系可能较罗布红麻与罗布麻属内其它物种间的亲缘关系更近。遗传距离与系统树的分析结果进一步支持以上推论。建议撤销白麻属,将大叶白麻和白麻合并到罗布麻属。

基于trnL-trnF序列分析的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

目的:建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术。方法:对何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF(trnL基因和trnF基因间隔区)序列进行比较分析。结果:何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF差异率为2.1%～22%,何首乌种内各居群间trnL-trnF差异率为0%～1.5%。基于何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF序列的差异,找出一个位于trnL5'-trnL3'间区的何首乌特征性Xba I酶切位点(T↓CTAGA),用Xba I酶对不同采集地的何首乌样品trnL-trnF序列扩增产物酶切后均得到含约804～819 bp和256 bp两个片段的PCR-RFLP图谱,而其混淆品trnL-trnF序列扩增产物因不能被Xba I酶切,图谱呈单一条带。结论:利用建立的PCR-RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品植物。

中国独行菜族(十字花科)部分属种的分子系统学研究

利用叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定,对中国独行菜族部分属及相关属植物进行了分子系统学研究,结果表明:独行菜族是多系类群,在分子树中,所研究的中国独行菜族部分属植物被分别聚在了3个不同的并列系中,其中,荠属(Capsella)和亚麻荠属(Camelina)与南芥族的3个属聚在系Ⅰ,认为应将二者分别从独行菜族和大蒜芥族中移出,划入南芥族中;菥蓂属(Thlaspi)和菘蓝属(Isatis)与大蒜芥族的3个属聚成系Ⅱ,支持将二者移出独行菜族,划入大蒜芥族的观点;独行菜属(Lepidium)、臭荠属(Coronopus)和群心菜属(Cardaria)三者关系密切,组成系Ⅲ,其中臭荠嵌入独行菜属中,支持将臭荠属合并到独行菜属的处理意见.

拟南芥属与盐芥属的亲缘关系:叶表皮和分子证据

观察了拟南芥属、盐芥属以及相关属的叶表皮微形态特征,并测定了叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列,对这两个属的亲缘关系进行了比较研究。研究结果初步表明:盐芥属与拟南芥属之间的亲缘关系较远,前者应置于大蒜芥族,与该族中的山嵛菜属关系最近;后者则应放在南芥族而不是大蒜芥族。

罗布麻及其易混品的DNA分子鉴定

为从分子水平更准确地鉴别罗布麻及其易混品,本研究利用PCR产物直接测序法对罗布麻、大叶白麻和Apoacynum cannabinum的核基因组(rDNA)ITS区与叶绿体基因组(cpDNA)trnL内含子及trnL-F间隔区序列进行测序与比较。结果显示,罗布麻和大叶白麻ITS序列完全一致,与A.cannabinum在ITS1区有13个位点、在ITS2区有10个位点不同;在trnL内含子区及trnL-F间隔区,罗布麻和大叶白麻共有3个位点不同,罗布麻和A.cannabinum间共有23个位点、大叶白麻和A.cannabinum间共有20个位点不同。研究表明,依据rDNAITS区序列可鉴别A.cannabinum和国产“罗布麻”(罗布麻与大叶白麻);利用cpDNAtrnL内含子及trnL-F间隔区序列可鉴别罗布麻及其相似种。

拟南芥属的系统位置:种皮及分子证据

拟南芥属(Arabidopsis(L.)Heynhold)拥有现代分子生物学研究的模式植物拟南芥(A.thaliana(L.)Heynhold),但其属的系统位置及与近缘属关系争议较大。根据对拟南芥属及其相关属种的种皮微形态观察,结合测定分析各属种叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列,结果表明,拟南芥属的近缘属种包括荠属(Capsella Medic.)、亚麻荠属(Camelina(L.)Crantz)、须弥芥属(Crucihimalaya Al-Shehbaz et al.)、无苞芥属(Olimarabidopsis Al-Shehbaz et al.)、旗杆芥属(Turritis L.)、南芥属(Arabis L.)和糖芥属(Erysimum Kitagawa)。

辣根属和豆瓣菜属(十字花科)系统位置的分子证据

对十字花科葶苈族的辣根属、南芥族的豆瓣菜属及相关属种植物的叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列进行了测定分析。结果表明,辣根属植物与南芥族的山芥属、蔊菜属、豆瓣菜属、碎米荠属在系统发育树中聚成一支,与葶苈族的模式属葶苈属植物相隔较远,结合形态特征,本研究认为辣根属应从葶苈族移出,其系统位置应靠近山芥属、蔊菜属、豆瓣菜属、碎米荠属植物;此外,系统发育树中,豆瓣菜属植物并入碎米荠属中,表明二者具有更近的亲缘关系,本研究结果不支持《中国植物志》第33卷对辣根属和豆瓣菜属的系统位置的处理。

口腔念珠菌基因多态性检测

目的检测正常人群口腔念珠菌基因型,以了解口腔念珠菌基因多态性。方法采集162例正常人群口腔样本,用念珠菌显色培养基(CHROM agar)进行菌种分离培养鉴定,用玉米Tween80培养基进行真菌孢子形态学检查鉴定,随机抽取45个菌株样本进行内含子转录间隔区(internal transcribed spacer region,ITS)序列检测,并比对同源性,建立进化树,观察菌株进化分支情况。结果分离培养出念珠菌菌株57株(57/162,35.2%),其中白色念珠菌(Candida albicans)36株(36/57,63.1%)。进行ITS序列检测的45个菌株申请GenBank序列注册号为FJ697166-GQ280292。结论正常人群口腔念珠菌基因具有多态性。

正常人与胃病患者的口腔白色念珠菌基因型的比较

目的观察并比较正常人群与胃病患者口腔携带白色念珠菌菌株ITS基因型的差异情况。方法对162例普通人群和104例有不适症状就诊的胃病患者进行口腔念珠菌的采样、培养并鉴定,对分离培养出的白色念珠菌菌株进行内含子转录间隔区(ITS)测序,并建立进化树比对分析序列同源性,分析两组人群口腔携带的白色念珠菌菌株ITS基因型及其进化分支情况。结果正常人群口腔标本检测出白色念珠菌36株(36/162,22.2%),胃病患者口腔分离培养出白色念珠菌38株(38/104,36.5%),经ITS序列检测,正常人群18个菌株和胃病患者17个菌株申请Gen Bank序列注册号,两组人群携带菌株建立的进化树呈各自集中趋势。结论胃病患者口腔念珠菌携带率高于正常人口腔念珠菌携带率。正常人与胃病患者口腔中分离到ITS基因型进化关系不同的念珠菌菌株,且基因型具有多态性。