根据cpDNA trnL-F非编码区序列变异分析黑桫椤海南和广东种群的遗传结构与系统地理

以黑桫椤分布在海南和广东 9个种群为材料 ,通过 PCR产物直接测序和克隆后再测序的方法测定了叶绿体 DNA(cp DNA) trn L- F非编码区序列。序列长度介于 10 17bp至 10 2 1bp;碱基组成 A+T含量较高 ,百分比值为 6 0 .4 3%～ 6 2 .2 6 %。根据序列的核苷酸变异共鉴定出 15个单倍型。黑桫椤具高水平单倍型多样性 (h=0 .880 )和较高水平核苷酸多样性 (Dij=0 .0 0 342 ) ,其悠长的进化历史可能增加了遗传变异在谱系内的积累。单倍型最小生成网图和邻接树、种群间分化度 (FST=0 .12 6 4 5 )和基因流 (N m=3.4 9)、AMOVA分析 (地区间遗传变异占 11.91% ,p>0 .0 5 )以及 DNA歧义度结果一致显示 ,黑桫椤分布在海南和广东的种群彼此间不存在遗传分化。黑桫椤单倍型的系统发育地理式样具“星状”特征 ,提示种群在历史上曾经发生过扩张 。

基于DNA非编码区序列探讨罗布麻的分类问题(英文)

通过测定中国产罗布红麻、大叶白麻和白麻的ITSt、rnL内含子和trnL-F非编码区序列,并与其它相关植物的相应序列比较,探讨“罗布麻”的系统分类。结果显示:罗布红麻、大叶白麻和白麻3种植物的ITS序列完全一致,而与罗布麻属加拿大麻的ITS序列相差较大;在trnL内含子和trnL-F非编码区,大叶白麻和白麻的完全一致,与罗布红麻之间仅有3个位点的变异,而加拿大麻与美国茶叶花在这3个位点却和白麻属的完全一致等。以上结果显示在ITSt、rnL内含子和trnL-F非编码区,白麻属和罗布麻属之间没有本质区别,罗布红麻与大叶白麻和白麻之间的亲缘关系可能较罗布红麻与罗布麻属内其它物种间的亲缘关系更近。遗传距离与系统树的分析结果进一步支持以上推论。建议撤销白麻属,将大叶白麻和白麻合并到罗布麻属。

高粱非编码区SSR引物设计以及e-PCR的验证

本研究通过在NCBI公共数据库的高粱全基因序列中进行简单重复序列SSR搜索,结果显示共有87950个SSR位点,共有1134种重复,其中二元碱基和三元碱基重复所占比例最大,分别占43.36%,32.38%。根据SSR搜索结果设计了高粱SSR引物,通过两次e-PCR验证和筛选引物,随机合成了50对引物。以先锋和乐食两个高丹草品种为材料进行引物的筛选和评价。结果表明,50对引物中有46对引物出带,但只有8对引物具有多态性。这说明在高粱非编码区设计的引物多态性并不高于EST-SSR引物,但对高粱的SSR引物的开发可以起到补充和促进作用。

真核生物DNA非编码区的组分分析

在全基因组水平上 ,用直方图、混沌表示灰度图、距离差异度和信息熵差异度四种方法 ,研究了拟南芥、线虫、果蝇的DNA内含子、基因间隔区DNA、外显子三种区域的核苷酸短序列组分及组分复杂度 .结果表明 :a 不同基因组之间 ,不管基因数目多少 ,用 4种方法得到的外显子部分其组分复杂度都比较接近 ,而非编码区部分的组分复杂度却很大 .这一点定量地说明了物种之间的复杂程度 ,主要不体现在编码区部分 ,而体现在非编码区部分 .b 同一基因组中 ,内含子的核苷酸短序列组分复杂度都是相似的 ,外显子和intergenicDNA部分的组分复杂度也是相似的 .c 内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构等方面有很大的不同 ,但它们在核苷酸短序列组分上的差异却很小 ,说明内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构上的不同并不通过核苷酸短序列组分来进行限制 .

兔病毒性出血症病毒基因组3′端非编码区的分子克隆及生物信息学分析

采用3′RACE方法对兔病毒性出血症病毒(RHDV)JX／CHA／97株基因组3′端全序列进行了扩增、克隆和测序,并利用ONAstar和DNAman软件分析了RHDV JX／CHA／97株与各参比毒株3′NCR的序列同源性,用RNA structure软件对3′NCR的二级结构进行了预测和分析。结果表明,所扩增的目的基因片段长1500 bp,包括部分VP60基因序列、ORF2基因、3′端非编码区(3′Non Coding Region,3′NCR)和poly(A)尾巴,其中 3′NCR位于ORF2终止密码子TAG之后,长59 bp,poly(A)至少含有27个A;3′NCR序列具有较高的同源性 (93．5％-100％);3′NCR二级结构可以形成2个潜在的茎-环结构(SL1和SL2),其中SL2具有一定的保守性,其形状和形成位置与poly(A)尾巴的长度关系不大,但是SL1的结构和形成位置与poly(A)尾巴的存在与否密切相关,提示poly(A)尾巴与3′NCR高级结构的稳定性以及基因组复制有一定关系。

蛋鸡J亚群禽白血病病毒3′非编码区序列特征分析

蛋用型鸡虽在试验条件下可以感染ALV-J,但自然感染时很少引起发病。然而,近年来在中国蛋鸡群中ALV-J发病严重,本研究对2008年以来ALV-J蛋鸡分离株的3′非编码区(3′UTR)进行了系统的分析。结果表明,89.5%(17/19)的ALV-J蛋鸡分离株的3′UTR出现了205bp的缺失,94.7%(16/17)ALV-J蛋鸡分离株保留了完整的E元件。84.2%(16/19)的ALV-J蛋鸡分离株的U3区序列与肉鸡分离株的相似性低于92.5%,所有转录调控元件高度保守。ALV-J蛋鸡分离株的E元件和U3区均出现了多个碱基的突变。这些结果表明,ALV-J蛋鸡分离株的E元件和U3区正在迅速的演化,明显不同于肉鸡分离株的序列特征。这些发现有助于更好地了解ALV-J引起蛋鸡群发病的致病机理。

依赖于5′端非编码区高级结构的真核生物mRNA翻译调控

翻译水平的调控是真核基因表达调控的重要环节.近年来的研究表明,许多真核基因的翻译依赖于RNA5′端非编码区的结构元件.一些小结构元件,如铁离子反应元件,具有1个茎环结构,由铁离子介导控制转铁蛋白的翻译.核糖开关通过结合特定代谢分子在2种结构状态下切换,调控可变剪接和翻译起始.另1个高度结构化的mRNA元件是内部核糖体进入位点,通过富集核糖体和起始因子促进基因的表达.本文综述了依赖于小结构元件、内部核糖体进入位点和核糖开关的真核基因翻译起始调控相应的研究成果和研究方法.对于研究的前景以及可能存在的挑战也作出阐述.

烟草花叶病毒蚕豆株系外壳蛋白基因及3'端非编码区的克隆与序列分析

根据烟草花叶病毒（Ｔｏｂａｃｏｍｏｓａｉｃｖｉｒｕｓ，ＴＭＶ）Ｕ１株系（ＴＭＶ－Ｕ１）序列，人工合成引物，用ＲＴ法合成ｃＤＮＡ后，通过ＰＣＲ技术扩增并克隆了烟草花叶病毒蚕豆株系（ＴＭＶ－Ｂ）的外壳蛋白（ＣＰ）基因和３＇端非编码区。ＤＮＡ序列测定结果表明，外壳蛋白基因全长４８０个碱基，编码１５８个氨基酸，３＇端非编码区全长２０４个碱基，与ＴＭＶ－Ｕ１株系的同源率为１００％。将ＣＰ基因及３＇端非编码区插入ｐＧＥＭＥＸ－１的Ｔ７基因１０中，转入Ｅ．ｃｏｌｉ后诱导表达，聚丙烯酰胺凝胶电泳分析呈现一特异的蛋白带，Ｗｅｓｔｅｒｎ免疫检测证明，该特异带与ＴＭＶ抗血清呈阳性反应。

BamHI酶切位点变异区域性分布在HCV1b型5'非编码区的研究

目的研究丙型肝炎病毒(HCV)1b型5'非编码区BamHⅠ酶切位点变异的区域性分布。方法对来自中国4个不同地区的64例HCV1b基因型血清样品进行5'-NCR扩增后,分别用MboⅠ、BamHⅠ限制性内切酶酶切分析,比较不同地区变异株分布的差异。结果测序证实中国HCV1b基因型在117位有BamHⅠ酶切位点。64例血清样品中,BamHⅠ单切点变异株,华南7例(28%),东北1例(10%),华北1例(11.1%),西南0例;MboⅠ及BamHⅠ切点均无的变异株,西南8例(40%),华南2例(4%),东北1例(10%),华北0例。结论证实HCV1b型BamHⅠ变异具有区域性分布特点,华南地区和西南地区变异较多,华北和东北变异较少。而这一变异是否与干扰素治疗耐药有关,尚有待于进一步研究。

4株SARS冠状病毒中国分离株3′非编码区的序列测定及分析

分别对 4株SARS冠状病毒中国株基因组 3′非编码区序列进行测定和分析 ,然后应用Blast、DNAstarGeneQuest等软件对中国株的这段序列与其它SARS和非SARS冠状病毒的序列进行比较 .结果显示 ,所测 4株SARS冠状病毒中国分离株的 3′非编码区长度均为 339nt,与其它已测序SARS冠状病毒的相应序列完全一致 .SARS冠状病毒的非编码区含有冠状病毒保守的“伪结”结构 .在距末端 138nt处还存在 1个长约 32nt的Ⅱ型茎 环结构的序列 ,该序列在其它已知人冠状病毒中并不存在 ,而与禽传染性支气管炎病毒和星状病毒中的对应序列高度同源 .

酵母编码区及非编码区的统计分析

以酵母全基因组中第一类的 2 50 5个编码序列和相对应的非编码序列为统计样本 ,给出了酵母编码起始区和编码终止区以及非编码区碱基的分布特征 .我们发现 ,真核生物的 Yeast和原核生物的 E.coli同样 ,四种碱基在编码区呈 3周期分布 ,非编码区没有 3周期特性 .在起始密码子前 -3位点上碱基 A、C、T明显偏置 ,与 Marilyn Kozak的结果相比较看出 ,这一位点与进化无关 .+4位点碱基 T、G的使用和脊椎生物不同 。

HCV LNAzyme对病毒5'非编码区基因调控的特异性抑制作用

目的探讨针对丙肝病毒5'非编码区内源性核糖体进入位点的锁核酸核酶(LNAzyme)对病毒基因复制与表达的特异性抑制作用。方法设计合成能切割HCV-5'-NCR-IRES位点的DNAzyme、硫代DNAzyme和LNAzyme。实验设对照组和实验组。对照组包括空白对照组、脂质体对照组和无关LNAzyme对照组。实验组包括DNAzyme、硫代DNAzyme组和LNAzyme组。以阳离子脂质体介导转染hep G2.9706细胞,用荧光定量PCR和化学发光技术分别监测24、48和96 h细胞培养上清液中HCV RNA含量及荧光素酶基因表达;四甲基偶氮唑蓝(MTT)法监测细胞活性。结果加入核酶后,LNAzyme对HCV RNA复制和荧光素酶基因表达的抑制作用最强(P<0.05),平均抑制率分别为48.02%和53.05%,且随用药时间延长,抑制率呈增高趋势,96 h后,平均抑制率分别为81.21%和84.25%。LNAzyme对细胞活性无影响。结论 LNAzyme能特异性抑制丙型肝炎病毒5'非编码区的基因调控,且优于硫代修饰的DNAzyme。

蓝舌病毒HbC_3株S7基因5′非编码区序列分析

根据已发表的蓝舌病毒(bluetonguevirus,BTV)10型标准株S7基因设计合成一对与其5′ NCR(non codingregion)序列同源的引物,经反转录 聚合酶链反应(RT PCR)扩增出HbC3株和10型标准株长度分别为277bp和290bp的S7基因5′非编码区cDNA片段,以建立起dsRNA体外扩增系统.将扩增的BTV HbC3毒株的S7基因5′非编码区片段通过粘端连接克隆到pUCm T载体中,用PCR技术和限制性内切酶分析鉴定,表明获得重组质粒pUCm T BTV HbC3 S7.通过核苷酸序列分析方法分别将2个毒株的S7基因5′非编码区与呼肠孤病毒 3(reovirus 3)型比对,发现BTV HbC3株与呼肠孤病毒 3L2基因5′非编码区基因具有完全的同源性.将BTV HbC3毒株接种在不同细胞系如猴肾传代细胞(Vero)、人肝癌细胞(Hep 3B)和小鼠成纤维细胞(L929)等细胞株上,比较BTV HbC3在不同种系细胞上的增殖特征,并且用双向免疫扩散试验证实BTV HbC3和BTV 10型之间的血清学关系.结合本实验室的研究结果提示BTV HbC3株可能是蓝舌病毒的一个新的基因型.

黄瓜绿斑驳花叶病毒辽宁分离物外壳蛋白基因与3′非编码区的序列分析

The coat protein gene and its 3′ noncoding region of a watermelon isolate of Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV-LN) in Liaoning, China was determined and compared with other isolates. The gene encoding the coat protein of CGMMV-LN comprises of 486 nucleotides and encodes a putative protein of 161 amino acids. Sequence comparisons showed that the coat protein of this isolate was identical to that of seven CGMMV isolates infecting cucurbits in Europe and Asia. The 3′ noncoding region of CGMMV-LN consists of 176 nucleotides, which is same as that of CGMMV-KOM, CGMMV-KW and CGMMV–SH.

GLS3′-非编码区-荧光素酶报告质粒的构建及其活性鉴定

目的构建颗粒溶素基因3’-非编码区(3’-untranslated region,3’-UTR)-荧光素酶报告质粒,检测颗粒溶素和微小RNA(miRNA)调控位点的关联性。方法将人工合成的GLS基因3’-UTR区序列,克隆至荧光素酶报告质粒pGL3-control;通过Targetscan5.1等软件预测可能与GLS基因3’-UTR作用的miRNA;将荧光素酶报告质粒和miRNA真核表达质粒共转染293T细胞,为防止脱靶效应,同时转染anti-mir-inhibitor和anti-mir-control,用双荧光素酶检测试剂盒测定荧光素酶活性。结果用Targetscan5.1软件、PicTar软件和miRBase数据库预测交叉结果显示,miRNA(mir)-218、mir-514、mir-185、mir-611均与GLS基因3’-UTR存在互补结合位点;构建的miRNA真核表达质粒和荧光素酶报告质粒经酶切及测序鉴定正确;2种质粒共转染293T细胞后,miRNA-218可使荧光素酶报告质粒表达的荧光素酶活性降低75%左右(P<0.01);转染anti-mir-inhibitor后,荧光素酶的表达恢复到正常水平。结论成功构建了GLS基因3’-UTR荧光素酶报告质粒,通过检测荧光素酶活性,筛选出和GLS表达相关的miRNA片段即miRNA-218,为探讨miRNA调控GLS表达机制打下实验基础。

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株3'端非编码区序列分析

本研究应用RT-PCR方法扩增出分离自广西的26株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)以及参考株M41和疫苗株H120、Ma5和4/91的3'端非编码区(3'UTR)的cDNA,并对其进行了克隆、序列测定、比较及其系统进化分析。序列分析结果表明,与Beaudette株的3'UTR序列相比较,26株分离的IBV中有1株和3株的分离株3'UTR序列分别插入了23个和2个碱基,另外有12株、6株、1株、2株和1株的分离株3'UTR序列分别缺失了1个、2个、22个、29个和84个碱基,不同毒株之间碱基数量最大相差达107个碱基。系统进化分析结果表明,26株分离株可分为4群,其中21株属于第Ⅰ群,与经典疫苗株H120的核苷酸同源性均较低(54.4%～75.5%);3株与4/91同属于第Ⅱ群;1株与H120同属于第Ⅲ群;另外1株单独属于Ⅴ群。综上所述,广西流行IBV的绝大部分毒株在3'UTR序列上与目前常用的疫苗株相比都发生了很大的变异,而且存在多种形式的碱基缺失和插入现象。由此,我们认为流行株的变异可能是疫苗不能提供有效保护的主要原因。

我国登革3型病毒广西株基因组非编码区结构特征的研究

应用cDNA末端快速扩增法 (RACE) ,获得我国登革 3型病毒株基因组的包括 5′和 3′端非编码区的扩增片段 ,经琼脂糖凝胶电泳观察其长度分别为 710bp和 470bp。序列分析表明 ,与登革 3型病毒菲律宾株 (H87株 )核苷酸序列同源性 >99%。进化树分析提示 ,该株病毒属于登革 3型病毒Ⅰ亚型。基因组的 5′和 3′端可能含有较强的二级结构域。

单股正链RNA病毒基因组非编码区结构与功能研究进展

单股正链RNA病毒基因组末端的非编码区(non-coding region,NCR)不仅参与RNA-RNA间相互作用,还可以通过与反式作用因子(trans-acting factor)结合,发挥对病毒基因组的复制、转录和组装等过程的调控作用。本文对近年来一些关于单股正链RNA病毒基因组非编码区的结构与功能研究进展情况进行综述。

意大利蜜蜂染色体DNA非编码区抗白垩病相关的SNP的筛选与验证

【目的】筛选验证意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica染色体DNA非编码区与抗白垩病相关的SNP。【方法】本研究将蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子接种于人工饲养的意大利蜜蜂3日龄幼虫,根据是否存在白垩病症状进而筛选出抗病个体和易感个体。基于前期重测序结果中意大利蜜蜂第2和11号染色体DNA非编区与抗白垩病相关的SNP信息,利用PCR测序的方法筛选并验证意大利蜜蜂幼虫第2和11号染色体DNA非编码区与幼虫抗白垩病相关的55个SNP。【结果】发现位于意大利蜜蜂第11号染色体LOC100578413基因5′端的非编码区的SNP(T14570310C)在抗病个体中T等位基因频率高于C等位基因频率,且抗病个体中的T等位基因频率显著高于易感幼虫中的T等位基因频率,表明该SNP位点与抗白垩病相关。该分子标记对抗性个体和易感个体的判断结果与前期筛选的编码区SNP(C2587245T)分子标记的结果一致。【结论】筛选并验证意大利蜜蜂第11号染色体DNA非编码区的SNP(T14570310C)与抗白垩病相关。该位点为抗白垩病分子辅助选育提供新的分子标记,在意大利蜜蜂白垩病早期检测和培育白垩病抗性的蜂种方面具有重要意义。