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桑树TrnL-trnF基因间隔区序列的特点及分析 被引量:9
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作者 赵卫国 张志芳 +2 位作者 潘一乐 何家禄 史全良 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第2期83-86,共4页
设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基... 设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基的插入和缺失 (主要是插入 /缺失dA)为进化形式 ,其余的发生了少数置换。除这些变异位点以外的核苷酸序列完全相同 ,说明两者有高度同源性 ,与桑科、菊科和蔷薇科的TrnL trnF基因间隔区序列有一定同源性。用Clustalx软件对 2 1份材料的TrnL trnF基因间隔区序列进行聚类分析 。 展开更多
关键词 桑树 trnl-trnf基因间隔序列 聚类分析 特点
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中国桫椤科植物叶绿体trnL内含子和trnL-trnF基因间隔区序列的系统发育分析 被引量:12
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作者 王艇 苏应娟 +3 位作者 郑博 李雪雁 陈国培 曾庆璐 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期137-142,共6页
运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C... 运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C平均含量39.1%。计算了不同种间以及种内不同个体间序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离。序列数据经排列后分别进行最简约法、最大似然法和邻接法分析,结果显示:(1)白桫椤、海南白桫椤和大羽桫椤构成的分支最早和该科内其余植物组成的另一分支分歧,而后者又进一步分为两个亚分支,分别和桫椤亚属、黑桫椤亚属对应,支持夏群的分类处理;(2)大桫椤—狭羽桫椤—毛轴桫椤—篦齿桫椤、大羽桫椤—白桫椤—海南白桫椤以及小羽桫椤—桫椤各自构成独立、自然的末端分支,再参照分支内植物间的遗传距离取值,建议将此3个末端分支依次归并为3种:大桫椤、白桫椤和桫椤;(3)白桫椤属在科内处于基部位置,桫椤属的桫椤亚属和黑桫椤亚属为衍生分支,赞同Tryon关于桫椤科进化和囊群盖起源的假说。 展开更多
关键词 桫椤科 TRNL内含子 trnl-trnf基因间隔 系统发育
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红豆杉科及相关类群叶绿体rbcL基因与trnL-trnF间隔区序列的分支分析 被引量:4
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作者 王艇 苏应娟 +1 位作者 郑博 李雪雁 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期70-74,共5页
运用对PCR产物克隆后测序和对PCR产物直接测序的方法对红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科 16种植物的叶绿体rbcL基因和trnL -trnF基因间隔区序列进行了测定。选用PAUP软件分别对rbcL基因、trnL_trnF间隔区和rbcL基因—trnL_trnF间隔区联合... 运用对PCR产物克隆后测序和对PCR产物直接测序的方法对红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科 16种植物的叶绿体rbcL基因和trnL -trnF基因间隔区序列进行了测定。选用PAUP软件分别对rbcL基因、trnL_trnF间隔区和rbcL基因—trnL_trnF间隔区联合数据矩阵进行分支分析 ,结果显示 :①穗花杉属以置于红豆杉科内为宜 ,将穗花杉属独立成科的意见未得到支持 ;②三尖杉属内篦子三尖杉地位特殊 ,赞同成立篦子三尖杉组 ;③罗汉松科属单系群 ,竹柏类应归属罗汉松科 ,不同意将其从该科中分离出来成立新科竹柏科 ;④不支持红豆杉科独立成目 ,其单生单轴球果可能是由复合双轴球果减化而来。 展开更多
关键词 叶绿体 分支分析 红豆杉科 三尖杉科 罗汉松科 RBCL基因 trnl-trnf间隔 系统发育 序列测定
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trnL内含子及trnL-trnF间隔区序列在木兰科系统发育研究中的应用 被引量:22
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作者 王亚玲 张寿洲 崔铁成 《西北植物学报》 CAS CSCD 2003年第2期247-252,共6页
通过木兰科29个种的trnL基因内含子的525个碱基序列及21个种的trnL-trnF基因间隔区的370个碱基序列测定和分析,构建的严格一致性材建议:①含笑属为相对一致的单系类群;②玉兰亚属的几个种形成一个单系类群,与木兰亚属的几个种无共衍位点... 通过木兰科29个种的trnL基因内含子的525个碱基序列及21个种的trnL-trnF基因间隔区的370个碱基序列测定和分析,构建的严格一致性材建议:①含笑属为相对一致的单系类群;②玉兰亚属的几个种形成一个单系类群,与木兰亚属的几个种无共衍位点;③木莲属为一个相对保守的类群,种间碱基差异很小。碱基位点差异分析表明:含笑和野含笑的trnL基因序列具2个位点的差异,结合形态学特征考虑,不支持David把两个种合并的处理;杂交鹅掌揪的trnL-trnF序列相对鹅掌楸有3个位点的变异和一个简单重复序列的插入;鹅掌楸的trnL-trnF序列与GenBank(AF040679)中已注册的序列有3个位点的差异。两个严格一致性树的CI值高达0.978和0.913,说明trnL内含子和trnL-trnF间隔区序列的平行演化在木兰科这几个属间发生频率非常低,只适于木兰科高等级的(属以上)的系统研究。 展开更多
关键词 木兰科 系统分类 TRNL内含子 trnl-trnf间隔
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主余震序列作用下层间隔震结构倒塌地震风险分析
5
作者 刘洁亚 黄小宁 +2 位作者 何婷 王宁 杜永峰 《振动与冲击》 EI CSCD 北大核心 2023年第19期194-203,259,共11页
为了定量评估余震对隔震结构造成的损伤,基于地震波的随机性和结构的复杂性,提出一种适用于隔震结构的主余震序列构造方法。利用构造方法挑选的地震波作为激励,采用损伤指数作为结构地震需求参数,谱加速度作为地震动强度参数,对层间隔... 为了定量评估余震对隔震结构造成的损伤,基于地震波的随机性和结构的复杂性,提出一种适用于隔震结构的主余震序列构造方法。利用构造方法挑选的地震波作为激励,采用损伤指数作为结构地震需求参数,谱加速度作为地震动强度参数,对层间隔震结构进行主余震序列作用地震风险分析。研究结果表明,随着余震的作用和地震发生超越概率的降低,结构损伤指数会明显增加,与50年超越概率为2%的单独主震作用相比,在50年超越概率为2%的余震发生后,层间隔震结构从处于轻微破坏状态进入中等破坏状态,余震的作用使目标结构的损伤增大23.26%,隔震层的损伤增大33.33%,结构发生倒塌的风险概率增加75%,说明余震的作用会导致结构损伤加剧,发生倒塌的可能性增加。 展开更多
关键词 主余震序列构造方法 间隔震结构 地震风险分析 风险概率
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基于脉冲序列光场相机的脉冲间隔时间误差校正方法 被引量:1
6
作者 马驯川 高志远 徐江涛 《传感技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期881-892,共12页
针对脉冲序列光场相机中存在的脉冲间隔时间误差问题,提出了一种校正的方法。造成脉冲间隔波动的原因包括时间误差和场景变化,基于此将脉冲间隔序列划分为子序列,各子序列中只存在由时间误差造成的波动。利用每个子序列中波动的比例对... 针对脉冲序列光场相机中存在的脉冲间隔时间误差问题,提出了一种校正的方法。造成脉冲间隔波动的原因包括时间误差和场景变化,基于此将脉冲间隔序列划分为子序列,各子序列中只存在由时间误差造成的波动。利用每个子序列中波动的比例对脉冲间隔时间误差进行校正。在静态场景实验中,光强为400 lux、1700 lux和3500 lux的均匀光图像信噪比分别从14.6225、12.2986和10.5854提高到14.6881、15.7925和15.9416。在动态场景实验中,转速为10 r/min、100 r/min和1000 r/min的转盘图像标准差分别从36.0759、35.1094和34.8353降低到33.8838、32.9750和32.8458。在静态和动态场景中图像缺失的灰度值都得到了补充。实验结果表明,该方法能有效校正脉冲间隔时间误差,提高图像质量。 展开更多
关键词 脉冲序列光场相机 图像去噪 时间误差校正 脉冲间隔 图像重构
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基于CRISPR序列的致泻性大肠埃希菌跨种传播风险机器学习模型构建
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作者 冯新元 赵佳雪 +5 位作者 龙金照 胡景妍 席岩岩 陈帅印 杨海燕 段广才 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期4060-4065,共6页
【目的】基于CRISPR序列信息应用机器学习模型预测致泻性大肠埃希菌感染人的潜在风险,并以此识别具有人兽共患风险的高危菌株。【方法】从Enterobase数据库批量获取806株中国分离的致泻性大肠埃希菌基因组序列信息,提取CRISPR位点的间... 【目的】基于CRISPR序列信息应用机器学习模型预测致泻性大肠埃希菌感染人的潜在风险,并以此识别具有人兽共患风险的高危菌株。【方法】从Enterobase数据库批量获取806株中国分离的致泻性大肠埃希菌基因组序列信息,提取CRISPR位点的间隔序列构造特征,建立机器学习模型并使用交叉验证评价机器学习模型的预测效果。使用最佳模型输出致泻性大肠埃希菌的感染风险,并比较不同动物来源分离株对人的潜在感染风险。【结果】从806株菌株中共获取1093个间隔序列簇,人源分离株独有间隔序列簇为196个,动物源分离株独有间隔序列簇为291个,其中606个二者共享,线性判别分析发现人源和动物源菌株的间隔序列簇分布存在明显差异。以间隔序列簇作为特征,成功构建随机森林模型、逻辑斯谛回归模型、支持向量机模型和梯度提升树模型4种机器学习模型,其宿主预测准确率均超过0.82,受试者工作特征曲线下面积(area under receiver operating characteristic curve,AUC)值均接近0.9。最终确定随机森林模型的分类效果最佳,优化后模型预测准确率为0.844,AUC值为0.915。根据最佳模型输出的致泻性大肠埃希菌的感染风险,猪源分离株感染人的风险最高,羊源分离株感染人的风险较低,极少数禽源分离株可能具备感染人的潜力。【结论】基于间隔序列构建的机器学习模型对具有人兽共患风险的致泻性大肠埃希菌具备一定的识别能力,该模型为传染性疾病防控提供了新思路。 展开更多
关键词 间隔序列 机器学习 致泻性大肠埃希菌 跨种传播风险预测
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内隐序列学习远迁移的促进与限制因素
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作者 戴惠 疏德明 刘电芝 《心理学探新》 北大核心 2024年第3期201-208,共8页
内隐序列学习的近迁移已得到证实,但内隐序列学习的远迁移能否发生及影响因素尚不明确。采用内隐序列学习经典范式,通过一阶规则、刺激呈现方式以及按键反应的同时改变设置远迁移条件,同时关注测量指标敏感性和反应刺激间隔(RSI)等影响... 内隐序列学习的近迁移已得到证实,但内隐序列学习的远迁移能否发生及影响因素尚不明确。采用内隐序列学习经典范式,通过一阶规则、刺激呈现方式以及按键反应的同时改变设置远迁移条件,同时关注测量指标敏感性和反应刺激间隔(RSI)等影响因素,以考察内隐序列学习远迁移的促进与限制因素。研究发现:(1)只有在750 ms和1000 ms较长的RSI时,才能产生更好的内隐学习和远迁移效果。(2)远迁移的产生得益于有效的内隐学习,但有效的内隐学习并不一定能产生远迁移;新异组段对内隐学习的远迁移有促进作用,但存在一定的条件限制。(3)对早期研究提出的内隐学习内在机制的强限定性提出挑战,为证实内隐学习具有超限定性提供了可能。 展开更多
关键词 内隐序列学习 远迁移 反应刺激间隔(RSI) 边缘意识
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灰枣和酸枣叶绿体trnL-trnF基因序列分析 被引量:4
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作者 赵志浩 王杰 +2 位作者 李振山 管少华 李继东 《河南科学》 2013年第11期1883-1886,共4页
以灰枣和酸枣叶片为材料,用改良的CTAB法提取总DNA,用通用引物对枣叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF间隔区进行PCR扩增,得到了trnL基因内含子和trnL-trnF间隔序列片段,并对trnL-trnF间隔序列片段回收测序,测序结果符合植物叶绿体基因trn... 以灰枣和酸枣叶片为材料,用改良的CTAB法提取总DNA,用通用引物对枣叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF间隔区进行PCR扩增,得到了trnL基因内含子和trnL-trnF间隔序列片段,并对trnL-trnF间隔序列片段回收测序,测序结果符合植物叶绿体基因trnL-trnF间隔序列特征,用DNAMAN软件进行同源性分析,结果表明灰枣和酸枣trnL-trnF基因序列同源性为94.78%.枣和酸枣的分类学地位是一个长期争议的问题,初步开展了灰枣和酸枣叶绿体基因序列分析的研究,为研究枣和酸枣分子系统进化提供参考. 展开更多
关键词 灰枣 酸枣 叶绿体基因 序列分析 trnl-trnf间隔序列
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跳频序列设计:研究现状与未来发展
10
作者 宋东坡 王世练 《电讯技术》 北大核心 2024年第9期1516-1524,共9页
跳频序列设计是跳频通信系统的关键组成部分之一,其研究包括理论界的推导和构造方法的探索。宽间隔跳频序列能够很好地抵抗窄带干扰,低/无碰撞区跳频序列能够实现高效的多址组网。介绍了宽间隔跳频序列和低/无碰撞区跳频序列的定义和性... 跳频序列设计是跳频通信系统的关键组成部分之一,其研究包括理论界的推导和构造方法的探索。宽间隔跳频序列能够很好地抵抗窄带干扰,低/无碰撞区跳频序列能够实现高效的多址组网。介绍了宽间隔跳频序列和低/无碰撞区跳频序列的定义和性质,综述了其理论界和构造方法的研究进展,最后指出,具备宽间隔和低/无碰撞区特性的跳频序列是未来研究的重点方向。 展开更多
关键词 跳频序列设计 理论界 构造方法 间隔跳频序列 低/无碰撞区跳频序列
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基于自注意力机制的面向重复消费场景的序列化推荐算法
11
作者 商明君 王亮 《物联网技术》 2024年第6期123-126,130,共5页
为提升序列化推荐模型在重复消费场景中的性能,增强推荐算法对于时间的敏感程度,减轻信息过载带来的负面影响,文中提出了基于自注意力机制的面向重复消费场景的序列化推荐算法SLSASRec。文中着重对重复消费场景中的时间间隔进行研究,对... 为提升序列化推荐模型在重复消费场景中的性能,增强推荐算法对于时间的敏感程度,减轻信息过载带来的负面影响,文中提出了基于自注意力机制的面向重复消费场景的序列化推荐算法SLSASRec。文中着重对重复消费场景中的时间间隔进行研究,对于用户的历史消费时间采用自注意力机制建模,在霍克斯过程中设计特定的时间核函数用以捕获用户的长期与短期偏好,同时在基础强度获取部分使用基线模型SASRec获得个性化建模。通过实验分析,在公共数据集Grocery and Gourmet Food的HR和NDCG指标上较对比的基线算法SASRec分别提升5.19%和5.02%,证明了算法可以有效预测用户的重复消费行为。 展开更多
关键词 霍克斯过程 重复消费 时间间隔 序列化推荐 自注意力机制 时间核函数
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免预设间隔约束的对比序列模式高效挖掘 被引量:15
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作者 王慧锋 段磊 +3 位作者 左劼 王文韬 李钟麒 唐常杰 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2016年第10期1979-1991,共13页
对比序列模式在识别不同类别序列样本集合的特征上有着重要的作用.已有对比序列模式挖掘算法需要用户预设间隔约束.在不具备充分先验知识情况下,用户不易准确地预设恰当的间隔约束,进而导致不能发现有用的模式.对此,文中设计了带紧凑间... 对比序列模式在识别不同类别序列样本集合的特征上有着重要的作用.已有对比序列模式挖掘算法需要用户预设间隔约束.在不具备充分先验知识情况下,用户不易准确地预设恰当的间隔约束,进而导致不能发现有用的模式.对此,文中设计了带紧凑间隔约束的最小对比序列模式挖掘算法,实现免预设间隔约束,并对候选模式自动计算最适合的间隔约束.此外,设计了3种剪枝策略来提高算法的执行效率.通过蛋白质序列、DNA序列、行为序列数据集验证了提出的算法的有效性和高效率. 展开更多
关键词 对比序列模式 间隔约束 序列数据挖掘
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应用5S rDNA间隔序列分析鉴定体细胞杂种 被引量:18
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作者 周爱芬 徐春晖 +2 位作者 向凤宁 夏光敏 陈惠民 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期529-532,共4页
Three intergeneric somatic hybrids (wheat(+) Haynaldia villosa, wheat(+) Bromus inermis, wheat(+) Agropyron elongatum) and one interfamily somatic hybrid between Vitis vinifera and Bupleurum scorzonerifollium were ana... Three intergeneric somatic hybrids (wheat(+) Haynaldia villosa, wheat(+) Bromus inermis, wheat(+) Agropyron elongatum) and one interfamily somatic hybrid between Vitis vinifera and Bupleurum scorzonerifollium were analyzed by PCR with two kinds of primers.The results showed that in the electrophoresis pattern of the PCR products the somatic hybrids had the characteristic bands of two parents and (or) new bands.This research reveals that PCR analysis with 5S rDNA spacer sequence primers can be used for the identification of somatic hybrids at the molecular level and it is a good method because of its simplicity and good reproducibility. 展开更多
关键词 体细胞杂种 5SrDNA 间隔序列 PCR
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基因间隔序列(ITS)在细菌分类鉴定和种群分析中的应用 被引量:51
14
作者 郑雪松 杨虹 +1 位作者 李道棠 韩文卿 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 2003年第6期678-684,共7页
Use of 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) variability,as a relatively new method,is becoming an important supplement to the molecular methods based on 16S rRNA for which has a fairly constant size and is not ... Use of 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) variability,as a relatively new method,is becoming an important supplement to the molecular methods based on 16S rRNA for which has a fairly constant size and is not divergent enough to give good separation in close relationships. This paper summarizes the structures and characteristics of ITS regions that are extremely variable in copy number,length and sequence per genome. The ITS region can be amplified easily taking advantage of conserved nucleotide stretches at the 5’ of the 16S and 3’ of the 23S gene,and the amplicon can contain different amounts of the 16S rDNA by choosing primers at different conserved areas within this gene. These primers are listed and discussed for perfecting the methodology of ITS. Furthermore,some recent progresses on the taxonomy,identification and community analysis of bacteria by means of ITS in epidemiology,ecology and artificial environment are reviewed,as well,the virtues and limitations of that method are discussed. Fig 2,Tab 1,Ref 展开更多
关键词 基因间隔序列 16SrRNA 细菌分类鉴定 种群分析
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金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析 被引量:20
15
作者 吴琦 曾子贤 +2 位作者 邵继荣 陈惠 唐宇 《草业学报》 CSCD 2007年第5期127-132,共6页
以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金... 以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明,其同源率为80.2%~93.1%,变异位点主要在ITS1,表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。 展开更多
关键词 金荞麦 内转录间隔区(ITS)序列 PCR 序列分析
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太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文) 被引量:21
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作者 孔晓瑜 张留所 +2 位作者 喻子牛 刘亚军 王清印 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期304-308,共5页
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段... 以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了 展开更多
关键词 太平洋牡蛎 核糖体 DNA转录 间隔 线粒体 基因片段 序列测定
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栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用(英文) 被引量:18
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作者 喻子牛 孔晓瑜 +2 位作者 庄志猛 刘亚军 宋林生 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期6-9,共4页
以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T... 以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 ITS-1 ITS-2 基因序列 核糖体DNA 转录间隔
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志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析 被引量:4
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作者 王鹏飞 王颖芳 +5 位作者 段广才 王琳琳 郭向娇 薛泽润 郗园林 杨海燕 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期261-268,I0003,共9页
目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运... 目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性。结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能。重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性。结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同。某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成。 展开更多
关键词 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 重复序列 间隔序列 同源性
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坛紫菜rbcS及rbcL-rbcS基因间隔区的序列分析 被引量:9
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作者 孙雪 杨锐 +1 位作者 刘必谦 裴鲁青 《水产科学》 CAS 北大核心 2006年第1期23-26,共4页
Rubisco是光合作用和光呼吸的关键酶,目前已成为高等植物中研究最深入的酶之一,而在低等藻类中关于该酶的相关研究却很少。以来自浙江和福建的6个坛紫菜(Porphyra haitanensis)无性系为研究对象,以江苏条斑紫菜(P.yezoensis)为参照,克... Rubisco是光合作用和光呼吸的关键酶,目前已成为高等植物中研究最深入的酶之一,而在低等藻类中关于该酶的相关研究却很少。以来自浙江和福建的6个坛紫菜(Porphyra haitanensis)无性系为研究对象,以江苏条斑紫菜(P.yezoensis)为参照,克隆了其Rubisco小亚基(rbcS)及大小亚基基因间隔区共516 bp的序列。序列分析结果表明,其中4个坛紫菜系(Hza、Hzf、Hpt、Hzz)的基因序列完全相同(以其作为标准),坛紫菜Hzb和Hzc与其均只有1个碱基差异,而条斑紫菜Yn55与其差别碱基为46个。将本实验的7条紫菜序列与GenBank数据库收录的17条紫菜Rubisco序列一起做系统分析,结果表明坛紫菜和条斑紫菜都分别归到了各自的类群中。以上结果说明,紫菜rbcS和rbcL-rbcS基因间隔区序列的同源性较高,可用于种以上水平的系统分析。 展开更多
关键词 坛紫菜 rbeS rbcL-rbcS基因间隔 序列分析
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6个小叶锦鸡儿种群叶绿体DNA trnL-trnF序列变异及其遗传结构分析 被引量:3
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作者 孙果丽 高洪文 +2 位作者 王学敏 冯光燕 王赞 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期6-10,25,共6页
以内蒙古6个小叶锦鸡儿种群共123个个体为材料,对小叶锦鸡儿叶绿体基因间隔区trnL-trnF序列进行了测序与分析。结果显示:6个种群123个个体共检测到2处变异位点,一处为1个碱基(GT)替换,一处为5个碱基(GAATG)缺失/插入,共得到3种单倍型;... 以内蒙古6个小叶锦鸡儿种群共123个个体为材料,对小叶锦鸡儿叶绿体基因间隔区trnL-trnF序列进行了测序与分析。结果显示:6个种群123个个体共检测到2处变异位点,一处为1个碱基(GT)替换,一处为5个碱基(GAATG)缺失/插入,共得到3种单倍型;6个种群总的遗传多样性(Hd)为0.626,核苷酸多样性指数(π)为0.00091,同时海拔越高、纬度越低,小叶锦鸡儿种群的Hd和π值越大;种群遗传分化指数为0.4148,表明种群内遗传变异占58.52%,种群间遗传变异占41.48%;基于N-J法构建的小叶锦鸡儿单倍型系统进化树显示,所有单倍型形成了两大单源群;基于最大简约标准的单倍型网络图表明,单倍型H1为古老单倍型,单倍型H2和单倍型H3是较为年轻的单倍型,结合地理分布图初步推测了两个阶梯的进化路线。 展开更多
关键词 小叶锦鸡儿 叶绿体 DNA trnl-trnf序列 变异 遗传结构
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