uPA-uPAR拼接结合变化与肝硬化患者恶变趋势的相关性研究

目的 探讨引起尿激酶型纤溶酶原激活物及其可溶型受体比值（uPA/suPAR）及uPA-uPAR拼接结合的变化与肝硬化恶变趋势的相关性.方法 选择2008年8月～2010年4月肝硬化初诊患者133例,经3年随访后分为病情稳定组和恶变组,应用酶联免疫法（ELISA）检测其血浆中uPA和suPAR水平,采用免疫组化法检测初诊患者、恶变组的uPA及其受体（uPAR）在组织中的表达.结果 肝硬化恶变组uPA/suPAR值较稳定组患者有显著升高,差异有统计学意义（t=5.626,P=0.00〈0.05）;肝硬化初诊患者与稳定组比较差异无统计学显著性意义（t=1.19,P=0.24〉0.05）.uPA和uPAR在恶变组患者组织中的阳性表达率比初诊患者明显增高,比较差异均有统计学意义（χ2=5.443～6.091,P值均〈0.05）.结论 uPA/suPAR比值的变化可能存在uPA-uPAR拼接变异体结合的改变,其与肝硬化患者恶变趋势密切相关.

基于序列拼接的基因组长插入变异集成检测方法研究

针对目前基于测序的结构变异检测方法检测效果较差的问题,提出了基于序列拼接的长插入变异(ISALins)检测方法。首先融合3种不同检测工具初始的检测结果,然后在初始的预测可疑断点附近分析和提取最可能包含插入信息的高质量软切片段,并比对失败的片段;将这些候选片段利用基于De Bruijn图的方法进行拼接后完成长插入变异的检测。仿真数据和真实数据的实验结果表明:与直接融合多个单一工具检测结果相比,本文方法可以在确保检测敏感度的前提下大幅提高长插入变异的检测精度。

牛DEFB103基因的一个新的非编码外显子和单倍型变异的鉴定

DEFB103基因是β-防御素基因家族的一员。本试验采用多套引物对DEFB103转录体进行扩增、鉴定。RT-PCR检测结果发现,cDNA的起点位于起始密码子前514~678bp,3′UTR为终止密码子后约53bp。5′UTR中存在7个SNPs,由4个不同的单倍型基因组DNA组成。对这些单倍型数据分析发现,目前在大多数牛中至少含有2个带有ATG起始密码子的DEFB103cDNA的完整拷贝,但大多数为不完整拷贝。试验在牛中检测到1个非编码外显子1a、1个261bp的内含子1a,随后在绵羊和山羊中也预测到。序列分析结果表明,DEFB103基因5′UTR区存在2种类型的缺失（4和8bp）。以上结果表明,这些拷贝可能不是后生成的。

骨桥蛋白和CD44v6在子宫内膜癌中的表达及其意义

目的探讨骨桥蛋白(OPN)和CD44拼接变异体6(CD44v6)在子宫内膜癌中的表达及其与子宫内膜癌临床分期、病理类型和组织学分级的关系。方法采用免疫组化法检测48例子宫内膜癌标本中OPN和CD44v6的阳性表达情况,分析其与子宫内膜癌的临床分期、病理类型和组织学分级的关系。结果不同临床分期的子宫内膜癌患者,其OPN和CD44v6阳性率间差异均无统计学意义(P>0.05);不同病理类型的子宫内膜癌患者,其OPN和CD44v6阳性率间差异均有统计学意义(P<0.05);不同组织学分级的子宫内膜癌患者,其OPN阳性率间差异有统计学意义(P<0.05),CD44v6阳性率间差异无统计学意义(P>0.05)。OPN与CD44v6的表达无相关性。结论OPN和CD44v6的表达可能与子宫内膜癌的病理类型和组织学分级有关。

全基因组拼接阵列在口岸新冠病毒检验检疫中的应用

目的构建一套基于拼接阵列的新冠病毒全基因组芯片测序体系,应用于口岸检出的新冠病毒全基因组测序及分型。方法以半导体兼容的硅基高密度原位合成基因芯片为基础,建立新冠病毒全基因组序列测序芯片检测体系,包括基因组扩增和荧光标记,通过逆转录、多重PCR、片段化、芯片杂交、芯片染色及芯片扫描,根据生物分析软件对扫描结果进行数据判读,利用自主开发的新冠病毒拼接阵列数据库管理软件对测序数据进行管理和分析。结果利用新冠病毒全基因组序列测序芯片检测体系,收到样本后最快8 h即可获得新冠病毒全基因组序列,模拟试验显示检测覆盖度达到100%,一致性分别为99.84%和99.94%。应用此体系和自主开发的新冠病毒数据库管理软件,对口岸125份荧光定量PCR检测阳性的新冠病毒核酸样本进行芯片测序和分析管理,检出Alpha、Beta、Delta和Omicron变异株,变异株分类准确。结论该体系综合了荧光PCR操作便捷、特异性强、成本低廉以及二代测序可获取病毒基因序列和变异信息的优势,实现对新冠病毒的全基因组测序、鉴别变异株种类和跟踪病毒变异,具有低成本、短时间、高精度、高通量测定序列的特点,对口岸快速开展新冠病毒全基因组测序和做好精准检疫具有重要意义。