基于泛素化相关长链非编码RNA构建胶质母细胞瘤患者预后风险评估模型

目的采用生物信息学方法,运用两个数据库筛选胶质母细胞瘤(GBM)患者差异表达的泛素化相关长链非编码RNA(lncRNA)并构建预后风险评估模型。方法从癌症基因组图谱数据库和中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库下载GBM患者测序数据和对应的临床数据。应用Pearson相关分析筛选出两个数据库共有的泛素化相关lncRNA。进一步运用单因素Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算子回归分析筛选与生存显著相关的泛素化相关lncRNA并构建预后模型;对模型预测的有效性进行内部队列和外部队列验证,并对模型高、低风险组进行生存分析、基因功能富集分析、免疫微环境分析以及药物反应预测。结果两个数据库筛选出共有的泛素化相关lncRNA 409个,经过严格筛选,最终分析出9个与GBM预后显著相关的关键泛素化相关lncRNA,并构建预后风险评分模型。所有患者依据预后风险评分被分为高、低风险组。生存曲线显示,在训练队列、测试队列以及外部队列中高风险组总生存期均显著低于低风险组(P<0.05);受试者工作特征曲线显示,该模型对患者1、3、5年的总生存期具有较好的预测价值(P<0.05);风险模型中高风险和低风险组的免疫相关通路以及免疫微环境有明显差异,且高风险组患者对药物治疗的应答水平更低(P<0.05)。结论本文利用公共数据库成功构建GBM泛素化相关lncRNA的预后风险评估模型。随后通过不同队列进行效能验证,结果显示该模型对GBM预后情况均有较好的预测价值,且可能与免疫微环境密切相关。这有助于确定GBM患者的预后生物标志物并对未来治疗GBM提供新的思路。

生物信息学技术分析lncRNA USP30-AS1与卵巢浆液性囊腺癌免疫细胞浸润的相关性

目的 研究卵巢浆液性囊腺癌(OSC)中长链非编码RNA泛素特异性蛋白酶30-反义RNA 1(USP30-AS1)的表达及其与免疫浸润的关系,并确定其在OSC中的预后作用。方法 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库检索了384名OSC患者的USP30-AS1表达和临床信息。Wilcoxon秩和检验用于比较OSC和正常卵巢组织中USP30-AS1的表达。采用逻辑回归分析临床病理特征与USP30-AS1的关系,进行基因集富集分析(GSEA)和单样本基因集富集分析(ssGSEA)以研究富集途径和功能,并量化USP30-AS1的免疫细胞浸润程度。根据长链非编码RNA (lncRNA) USP30-AS1的表达情况,根据表达均值将样本分为高表达组和低表达组。采用对数秩检验、单变量和多变量比例风险回归模型(Cox)用于比较不同USP30-AS1表达组之间的预后差异,lncRNA USP30-AS1的表达对其他基因组的影响也据此分析。结果 USP30-AS1高表达与肿瘤国际妇产科协会(FIGO)分期显著相关。多变量生存分析表明,USP30-AS1表达水平是OSC独立预后标志物。GSEA数据显示USP30-AS1高表达可能激活程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)信号转导、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)通路、 B细胞受体信号通路、细胞凋亡、成纤维细胞生长因子受体(FGFR)信号通路,以及Janus激酶/信号转导子与转录激活子(JAK/STAT)信号通路。USP30-AS1表达与免疫细胞浸润呈负相关,包括B细胞、 CD4^(+)T细胞、树突状细胞、 CD8^(+)T细胞和中性粒细胞。结论 USP30-AS1有可能作为预测OSC预后的分子标志物。

泛素蛋白磷酸化修饰的功能与解析

泛素化是存在于真核生物中一种重要的翻译后修饰过程,参与调控包括蛋白质降解在内的多种生命活动。实现这一调控过程需要将一个由76个氨基酸组成的泛素蛋白共价连接到底物蛋白上。同时,泛素本身也存在多种翻译后修饰,包括泛素化、磷酸化、乙酰化等,进一步丰富了泛素的修饰类型,决定了底物蛋白不同的命运。近年来,伴随着第65位丝氨酸磷酸化泛素蛋白参与调控线粒体自噬这一突破性进展,泛素蛋白其余磷酸化位点的功能研究也获得越来越多的关注。本文根据目前已有的国内外研究和报道,总结了泛素蛋白已知的磷酸化修饰位点,梳理了泛素蛋白第12位和66位苏氨酸、第57位和65位丝氨酸等位点的磷酸化修饰对其生物物理特性带来的改变,并对相应修饰位点所涉及的生物学功能调控进行了综述。

非小细胞肺癌组织的TINCR水平及临床意义

目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)组织的TINCR水平及临床意义。方法收集本院2016年3月至2019年3月手术切除的89对NSCLC组织和癌旁组织,采用实时定量PCR(qPCR)检测上述组织的TINCR水平并采用受试者工作特征(ROC)曲线评估组织TINCR水平诊断NSCLC的效能,分层分析组织TINCR水平与NSCLC临床病理特征关系,结合随访数据进行生存分析并在Kaplan-Meier Plotter数据库中验证其预后意义。结果NSCLC组织的TINCR水平为3.714±1.369,低于癌旁组织的1.513±0.619(P<0.05);ROC曲线结果显示组织TINCR水平诊断NSCLC的曲线下面积为0.903(95%CI:0.856~0.951),且TINCR水平取2.401时约登指数最高(0.708),敏感度和特异度分别为79.78%和91.01%。组织TINCR水平与TNM分期、肿瘤大小、分化程度、淋巴结转移和总生存期(OS)有关(P<0.05),而与性别、年龄、吸烟史和病理类型无关(P>0.05)。44例低表达者的中位OS未达,优于高表达者的42.0(95%CI:31.569~52.431)个月,进一步多因素分析发现组织TINCR水平是OS的危险因素(HR=2.345,95%CI:1.658~4.805,P=0.019)。Kaplan-Meier Plotter数据库中验证发现,组织TINCR水平与首次进展后生存期(FP)、疾病进展后生存期(PPS)和OS有关,其中低水平患者的中位FP、OS和PPS分别为34.9、96.2和24.5个月,优于高水平患者18.1、67.0和10.8个月(P<0.05)。结论NSCLC组织中异常升高的TINCR水平参与NSCLC的发展,且TINCR高表达的NSCLC患者预后较差,该指标具有作为NSCLC筛查和预后预测标志物的潜力。

lncRNA SUMO1P3诱导肝癌HepG2细胞对索拉菲尼耐药的分子机制

目的:探讨长链非编码RNA小泛素样修饰蛋白1假基因3(lncRNA SUMO1P3)促进肝细胞癌(HCC)HepG2细胞对索拉菲尼(SR)耐药的分子机制。方法:体外培养HCC细胞HepG2,采用持续接触浓度递增诱导法建立SR耐药细胞HepG2/SR,以HepG2细胞作为对照,qPCR法检测HepG2/SR细胞中SUMO1P3的表达。利用脂质体转染技术,在HepG2/SR细胞中分别转染si-SUMO1P3和si-NC;在HepG2细胞中分别转染pc-SUMO1P3和pc-DNA,后经5μmol/L的SR处理24 h,qPCR法检测转染细胞中SUMO1P3表达水平,CCK-8法、Transwell实验和FCM分别检测转染细胞的增殖、迁移和侵袭能力和凋亡水平,WB法检测细胞中cyclin D1、Bcl2、BAX、MMP-2和MMP-9的表达。结果:成功构建SR耐药细胞HepG2/SR,HepG2/SR细胞中SUMO1P3表达水平显著高于HepG2细胞(P<0.01)。在HepG2/SR细胞敲减SUMO1P3后,与si-NC组比较,si-SUMO1P3组细胞中SUMO1P3的表达与细胞增殖、迁移、侵袭能力及cyclin D1、Bcl2、MMP-2和MMP-9表达均显著降低,细胞凋亡率和BAX的表达均显著升高(P<0.05或P<0.01)。HepG2细胞过表达SUMO1P3后,与pc-DNA组比较,pc-SUMO1P3组细胞的增殖、迁移、侵袭能力及cyclin D1、Bcl2、MMP-2和MMP-9蛋白表达均显著升高,细胞凋亡率和BAX的表达均降低(P<0.05或P<0.01);与pc-DNA+SR组比较,pc-SUMO1P3+SR组HepG2细胞的增殖、迁移、侵袭能力及cyclin D1、Bcl2、MMP-2和MMP-9蛋白表达均显著升高,细胞凋亡率和BAX的表达均显著降低(P<0.05或P<0.01)。结论:lncRNA SUMO1P3可通过调控HCC细胞的周期、凋亡等多种信号通路分子诱导细胞对SR的耐药,从而影响HepG2细胞的增殖、迁移和侵袭,并抑制细胞凋亡与诱导细胞对SR的耐药。

SUMO1P3在胰腺癌组织中的表达及其沉默对胰腺癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响

目的观察长链非编码RNA(LncRNA)小泛素样修饰蛋白1假基因3(SUMO1P3)在胰腺癌组织中的表达情况,以及沉默其表达对胰腺癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响。方法采用qRT-PCR法检测42例胰腺癌组织及对应癌旁组织中的SUMO1P3,分析其与胰腺癌患者临床病理特征及生存预后的关系。将胰腺癌细胞PANC-1随机分为沉默组和对照组,分别转染SUMO1P3-siRNA和阴性对照,分别采用CCK-8法、细胞划痕实验、Transwell实验观察细胞的增殖活性(OD450值)、迁移(划痕愈合率)和侵袭能力(穿膜细胞数),用Western blotting法检测上皮间质转化(EMT)相关蛋白(上皮细胞标志蛋白E-cadherin,间质细胞标志蛋白N-cadherin、β-catenin)。结果胰腺癌组织中SUMO1P3相对表达量高于癌旁组织(P<0.05),其相对表达量与肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期有关(P均<0.05),SUMO1P3高表达者总体生存期低于低表达者(P<0.05)。与对照组比较,沉默组细胞OD450值、划痕愈合率降低且穿膜细胞数减少(P均<0.05),细胞中E-cadherin表达增加而N-cadherin、β-catenin表达减少(P均<0.05)。结论 SUMO1P3在胰腺癌组织中高表达,且与胰腺癌患者病情进展及预后有关;沉默SUMO1P3表达可抑制胰腺癌细胞增殖、迁移及侵袭能力,可能与其抑制EMT过程有关。

慢病毒介导长链非编码RNA BACE2-IT1过表达抑制胃癌细胞的增殖和侵袭

目的观察长链非编码RNA(long-chain non-coding RNA,lncRNA)BACE2-IT1在胃癌组织和细胞株中的表达,分析慢病毒介导BACE2-IT1过表达对胃癌细胞增殖和侵袭影响的作用机制。方法实时定量聚合酶链反应(qPCR)检测26例胃癌组织和5种胃癌细胞株中BACE2-IT1的表达。以BACE2-IT1表达最低的胃癌细胞株感染载有BACE2-IT1的慢病毒(实验组)和空载慢病毒(对照组)。通过CCK-8实验和Transwell侵袭实验分析慢病毒介导BACE2-IT1过表达对胃癌细胞株增殖能力和侵袭能力的影响。qPCR和蛋白质印迹法(Western blot法)检测过表达BACE2-IT1后HECT家族E3泛素连接酶1(HACE1)的表达水平及Wnt/β-catenin信号通路的活化程度。结果与癌旁组织比较,BACE2-IT1在胃癌组织中呈低表达(P<0.01)。与永生化胃黏膜上皮细胞比较,BACE2-IT1在5种胃癌细胞株中呈低表达(P<0.05),在BGC-823细胞中的表达量最低(P<0.01)。与对照组比较,实验组过表达BACE2-IT1在体外可抑制BGC-823细胞的增殖能力(P<0.05)。对照组和实验组侵袭细胞数分别为87.82±9.57和36.65±5.78,BACE2-IT1在体外可抑制BGC-823细胞的侵袭能力(P<0.01)。与对照组比较,BACE2-IT1过表达导致BGC-823细胞中HACE1在mRNA和蛋白水平的表达上调(P<0.01)。Wnt/β-catenin信号通路的活化被抑制。结论BACE2-IT1在胃癌组织和细胞株中均呈低表达,BACE2-IT1过表达能抑制胃癌BGC-823细胞的增殖能力和侵袭能力,其分子机制可能是促进HACE1蛋白的表达,抑制Wnt/β-catenin信号通路的活化。