一株基因Ⅲ型禽呼肠孤病毒变异株的分离及其灭活疫苗免疫原性初步评价

为了解禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)变异株在我国的流行情况及其生物学特性和致病特点,试验采集黑龙江省某企业送检的病鸡关节组织进行病毒分离,通过RT-PCR、序列分析及常见禽类外源病毒检测鉴定,进一步通过对体外复制能力、致病性、血清交叉中和能力及灭活疫苗免疫抗体水平检测,分析其致病性、抗原性和免疫原性。结果显示:成功从病鸡关节组织中分离到1株ARV,命名为ARV-HLJ21-1690401,该分离株位于基因Ⅲ型分支,与基因Ⅲ型参考株ISR5233和42563-4-2005遗传距离较近,氨基酸序列相似性为83.4%和81.7%,而与其他基因型分离株遗传距离较远;该分离株在LMH细胞上增殖良好,对鸡胚和SPF鸡均具有明显的致病性,可引起接种鸡胚90%死亡,接种6周龄SPF鸡可引起100%发病;该分离株具有良好的免疫原性,其制备的灭活疫苗免疫SPF鸡可诱导产生较好的抗体水平。综上所述,研究成功分离到一株具有致病性和良好免疫原性的基因Ⅲ型ARV变异株,为了解我国ARV变异株的流行及遗传进化特征提供了重要理论依据。

我国部分省份牛冠状病毒HE基因遗传变异分析

2020-2023年收集我国14个省份78个临床发病牛群的肛拭子、粪便、组织等样品1819份,用实时荧光RT-PCR方法进行牛冠状病毒(BCoV)检测,并选取部分核酸阳性样品进行HE基因全长的扩增、测序与遗传变异分析。78个发病牛群中,BCoV阳性场占56.41%,共获得35条HE基因全长序列,与参考序列相比,核苷酸同源性为97.0%~100.0%,氨基酸同源性为97.0%~99.8%。系统进化分析表明,BCoV毒株HE基因在进化上呈现典型的地域性特点,亚洲毒株和美国毒株进化上较为接近,而欧洲毒株位于另一个分支,所测毒株与中国参考毒株处于亚-美型毒株分支中,位置相对较为集中。所测35个HE序列中,有34个没有发生插入或缺失突变,来自宁夏的BCoV/NX13/CHN/2023毒株其HE基因存在12个核苷酸的插入突变,证实了BCoV HE基因插入变异株在我国的存在。基因重组分析显示,该毒株与BCoV/HeB120/CHN/2021的HE基因可能发生了重组,预测重组值分别为0.797和0.759。说明了我国部分省份临床发病牛群BCoV感染及BCoV HE基因的遗传变异,为明晰我国BCoV流行毒株分子特征提供参考。

一株猪流行性腹泻病毒变异株的分离、鉴定与全基因组序列分析

江苏省某猪场疑似发生猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED),采集病料后,经RT-PCR检测PEDV呈阳性。病毒感染Vero细胞能够引起明显的细胞病变,间接免疫荧光鉴定结果显示病毒感染细胞后能被抗PEDV N蛋白的特异性单克隆抗体识别。通过全基因组序列分析,鉴定该毒株为PEDV G2b亚型变异株,并将其命名为PEDV JS-B株。

肉鸡源传染性法氏囊病新型重排毒株的分离鉴定及遗传进化分析

[目的]明确云南某肉鸡场疑似传染性法氏囊病病毒(IBDV)感染病例的病原类型及分子特征,以了解IBDV新型重排毒株在肉鸡中的流行情况、分子进化趋势,为制定有效的传染性法氏囊病(IBD)防控和疫苗选用策略提供参考依据。[方法]对疑似IBDV感染的病鸡法氏囊进行研磨处理后,采用巢式RT-PCR进行检测,后将IBDV阳性的法氏囊组织悬液接种于9日龄SPF鸡胚并进行病毒分离,对病毒的vVP2和VP1-b基因扩增并进行遗传变异分析。[结果]成功分离出一株新型IBDV重排毒株(命名为YN-YX221110),接种9日龄SPF鸡胚后,胚体整体呈现弥漫性出血,头、颈以及背部皮肤有出血点。基于vVP2基因序列,分离株YN-YX221110与新型变异株(nvIBDV)参考株的核苷酸相似性最高,为93.2%~97.9%,分离株YN-YX221110的vVP2基因222A特征性氨基酸位点与UK661、HK46等超强毒株(vvIBDV)参考株相同,249K、256V、279N、284A、294L、299S等位点与新型变异株(nvIBDV)参考株中的SHG19相同;在基于vVP2基因的遗传进化树中,分离株YN-YX221110与GX-QZ191002、SHG19等nvIBDV参考株聚为一支,属于A2d分支。基于VP1-b基因序列,分离株YN-YX221110与参考株中的经典毒株(cIBDV)类似株核苷酸相似性最高,为97.8%~98.4%,分离株YN-YX221110的vVP2基因特征性氨基酸位点240D、242D、287T、390L和393E与致弱毒株(attIBDV)参考株中的B87、Gt相同;在基于VP1-b基因序列的系统发育进化树中,分离株YN-YX221110与参考株Gt、B87和CEF94等cIBDV类似株中的attIBDV聚为一支,属于B1a分支。分离株YN-YX221110基因型为A2dB1a。[结论]成功分离得到肉鸡源IBDV分离株YN-YX221110,其A片段来源于nvIBDV,B片段来源于cIBDV类似株中的attIBDV,为新型IBDV重排毒株。

一株麻鸡传染性法氏囊病毒新型变异株的分离鉴定

近几年,鸡传染性法氏囊病毒新型变异株在我国广泛流行,主要发生于肉鸡,其致病力弱、隐蔽性强但能造成法氏囊严重萎缩。本研究从山东济宁地区临床出现法氏囊萎缩的发病麻鸡中采集法氏囊病料,接种SPF鸡胚进行病毒分离,通过RT-PCR方法进行病毒鉴定,将分离毒株回归SPF鸡进行致病性试验,同时对其主要抗原基因VP2进行进化分析。结果发现,该毒株能致死鸡胚;对其VP2基因进行测序比对和进化树分析发现,其与近几年的新型变异株基因序列的进化关系较近,同源性为96.1%~99.2%;人工感染SPF鸡第7 d法氏囊即出现较为明显的萎缩,第14 d萎缩更为明显,囊体比显著小于对照组(P<0.01)。本研究分离到的麻鸡源传染性法氏囊病毒JN22株属于新型变异株,能导致SPF鸡法氏囊显著萎缩。

经长春海关关区输入的境外新型冠状病毒基因组特征分析

为了解经长春海关关区输入的新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)感染者人口学特征和新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组变异情况。收集2023年4月至12月经长春海关关区输入的27例新型冠状肺炎感染者个案信息。采用RT-PCR方法对咽拭子样本进行核酸检测,CT值中ORF1ab基因和N基因Ct值均在25至30之间,占55.56%。应用第三代纳米孔基因测序仪测序及新型冠状病毒全基因组分析软件V1.0分析,测序覆盖度为98.02%~99.59%。与武汉参考株(NC_045512.2)相比SARS-CoV-2基因组序列核苷酸突变位点数在62~132个之间。Pangolin分型显示均为Omicron变异株,EG.5.1及其亚分支占比最多,占25.93%。通过分析经长春海关关区入境的人员新冠病毒核酸及基因序列,监测境外SARS-CoV-2输入情况,可实时掌握病毒株变异趋势。

猪伪狂犬病病毒新流行变异毒株的研究进展

近30年内,猪伪狂犬活疫苗的应用对中国猪伪狂犬病的防控贡献巨大。2011年以来,中国许多免疫猪场相继暴发猪伪狂犬疫情,给养猪业造成了巨大的损失。研究显示最新流行的PRV毒株为变异株,部分商品化活疫苗不能对其提供完全的保护。本文详细介绍了2011年以来中国猪伪狂犬病的发病情况及其分子流行病学调查结果,分析了猪伪狂犬新变异株的分子生物学特性及其变异株来源,同时论述了针对PRV突变株新型疫苗的研究进展,最后对深入开展中国猪伪狂犬病控制与净化研究进行了展望。

猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株与猪瘟病毒等混合感染的调查与分析

从华南地区PRRSV变异株(NSP2 1 594-1 680 bp缺失)核酸阳性的23个规模场、42个个体养殖场和15个散养户,随机采集发病、同群猪血清197份、组织样品115份,调查猪群个体感染PRRSV变异株情况,并对PRRSV变异株核酸阳性样品进行CSFV、PRV、PCV2、SIV检测,调查PRRSV变异株混合感染情况。结果表明:312份样品中224份PRRSV变异株核酸阳性,阳性率71.79%;PRRSV变异株核酸阳性样品中CSFV、PRV、PCV2核酸阳性样品分别为12份、2份、35份,阳性率分别为5.35%、0.89%、15.6%;80个场(群)均未检测到SIV核酸的存在。25个场(群)存在病毒混合感染,其中PRRSV变异株/CSFV、PRRSV变异株/PRV、PRRSV变异株/PCV2二重感染和PRRSV变异株/CSFV/PCV2、PRRSV变异株/PRV/PCV2三重感染猪场(群)百分率分别为5%、1.25%、21.25%和2.5%、1.25%。PRRSV变异株(NSP2 1 594-1 680变异)是造成猪场(群)重大损失的直接原因,并可与CSFV、PRV、PCV2等病毒出现混合感染,与PCV2混合感染比率较高。

传染性法氏囊病病毒变异株主要免疫原基因cDNA的克隆及鉴定

采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ），从１株传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）本地分离株ＧＺ９０２中扩增到编码ＩＢＤＶ主要免疫蛋白ＶＰ２的ｃＤＮＡ片断，大小约为１３５０ｂｐ。将该ｃＤＮＡ片断插入ｐＢｓＫ质粒中，用重组质粒转化大肠杆菌ＸＬ１－Ｂｌｕｅ，成功获得重组质粒转化菌。对重组质粒ＤＮＡ进行酶切鉴定，证明插入的ＤＮＡ片断与ＰＣＲ扩增的ＤＮＡ片段大小相符。对ＧＺ９０２高可变区进行了序列分析。其核苷酸序列与３株ＩＢ－ＤＶ变异株Ａ、ＧＬＳ、Ｅ的同源性分别达到９８．９％，９６．２％和９５．５％。而与其他Ⅰ型毒株的同源性较低。比较从ＤＮＡ序列推导出的氨基酸序列，发现ＧＺ９０２高可变区的两个亲水区均发生了一个氨基酸的变化，而在２４９和２５４位上的氨基酸分别为Ｋ和Ｓ，与以上３个变异株相同，但与所有标准Ⅰ型毒株不同。这两个氨基酸可以作为ＩＢＤＶ变异株的标志。

我国猪流行性腹泻病毒流行现状及分子遗传演化特征

猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的,以腹泻为主要症状的急性肠道传染病,是长期以来危害我国养猪业健康发展的常见疾病之一。PEDV通过基因插入、缺失和重组等方式不断发生演化和变异,高致病力毒株、变异毒株不断出现,各类毒株之间的抗原性存在明显差异,导致临床上猪腹泻情况更加复杂。自2010年10月以来,由PEDV变异株引起的PED在我国大规模暴发流行,用经典毒株制备疫苗的免疫效果并不理想,因而造成重大经济损失。本文综述了PEDV在我国的流行现状及分子遗传演化特征,旨在为PED疫苗和诊断试剂研发提供参考。

传染性法氏囊病病毒变异株的致病性

传染性法氏囊病病毒变异ＧＣ９０２株可引起１０日龄ＳＰＦ鸡胚肝脏坏死和脾脏明显肿大及较高的死亡率。接种２周龄ＳＰＦ雏鸡，同时设标准Ｉ型强毒ＣＪ８０１株和标准变异株强毒１０８４Ａ株接种对照，该毒株接种后第３天才出现法氏囊粘膜浆膜出血、个别黄化、质硬等病变，且于第４天法氏囊明显萎缩变小，至接种后２０天法氏囊仍严重萎缩；接种后第２天引起脾脏显著肿大，于第１２天时大小恢复正常。试验结果表明，该ＧＣ９０２株对ＳＰＦ雏鸡的致病性与标准变异株基本一致，仅有一定的差异，但明显不同于标准Ｉ型强毒株的致病性。

2008年江苏地区基因Ⅶd亚型新城疫病毒遗传变异分析

为了研究基因Ⅶd亚型新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的分子流行病学及遗传变异规律,作者对2008年分离自江苏地区16株具有一定代表性NDV分离株的F和HN基因片段进行了扩增。根据F基因和HN基因序列绘制的2个遗传进化树基本一致,表明分离株中不存在囊膜糖蛋白基因发生重组的NDV;同时,HN蛋白线性表位发生E347K突变的变异株的分离率在我国呈上升趋势。基因Ⅶd亚型变异株的出现应引起相关领域从业者们的高度重视。

猪流行性腹泻病毒变异毒株、经典毒株及弱毒疫苗株多重RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株、经典毒株及弱毒疫苗株快速鉴别检测方法,根据Gen Bank中公布的PEDV变异毒株、经典毒株及弱毒疫苗株的S基因和ORF3基因,设计合成2对特异性扩增引物,用以扩增PEDV S基因和ORF3基因,通过目的片段的数量和片段大小来判断PEDV的毒株类型;通过对退火温度等反应条件的优化,建立了检测不同PEDV毒株类型的多重RT-PCR鉴别检测方法。结果显示,所建立的多重RT-PCR鉴别检测方法能特异性区分PEDV变异毒株、经典毒株和弱毒疫苗株;PEDV变异毒株扩增出2条目的条带,分别为234 bp的ORF3基因片段和826 bp的S基因片段;PEDV经典毒株扩增出1条目的条带,片段大小为234 bp的ORF3基因片段;而弱毒疫苗株扩增出1条目的条带,片段大小为185 bp的ORF3基因片段;与猪传染性胃肠炎病毒、A群猪轮状病毒、猪嵴病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪乙型脑炎病毒、猪细环病毒及猪细小病毒均无交叉反应;敏感性试验显示,该方法能检测到的最低核酸浓度为2.3×10-4ng/μl;且该方法具有良好的重复性。利用该方法对采集自广西部分地区的91份临床腹泻样品进行检测,样品中PEDV阳性样品有64份,其中变异毒株占89.06%(57/64),经典毒株占4.69%(3/64),弱毒疫苗株占6.25%(4/64)。结果表明,该多重RT-PCR鉴别检测方法特异性强、灵敏度高、操作简单,为猪流行性腹泻的流行病学及病原的鉴别诊断研究提供了可供借鉴的技术手段。

猪流行性腹泻病毒变异株(CH/YNKM-8/2013)的分离鉴定和全基因组序列分析

为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序列(GenBank登录号为KF761675.1)。该毒株S基因N端比CV777毒株S基因的N端长9bp,包括15bp的插入和6bp的缺失,表明CH/YNKM-8/2013为变异毒株。同源性分析显示,该毒株的基因组序列与我国广东2011年分离毒株LC的同源关系最近,相似性为99.6%,与韩国毒株KNU-1305和美国毒株USA/Minnesota84/2013的序列相似性均为99.0%,而与CV777疫苗毒株的相似性较低,为96.7%。序列进化树分析表明该毒株和我国新近毒株、韩国及美国的变异毒株进化关系较近,而与我国之前流行的PEDV毒株以及疫苗毒株CV777处于不同分支。

猪源伪狂犬病病毒变异株AH02LA株细菌人工染色体的构建与鉴定

为构建猪源伪狂犬病病毒(PRV)变异株AH02LA的细菌人工染色体(BAC),本研究将转移载体pHA2-pUC19-H1-H2的DNA与PRV AH02LA株基因组DNA共转染鸡胚成纤维细胞(CEF)进行同源重组,利用转移载体中的GFP为筛选标记,获得携带GFP基因的gE/gI基因缺失突变株PRV-AH02LA(gE-/gI-)-pHA2。提取纯化的该重组病毒DNA转化E.coli DH10B,对获得的阳性克隆命名为BAC^(PRV-G)。提取BAC^(PRV-G)的DNA,将含gE、gI和其上下游同源片段的DNA与BAC^(PRV-G)的DNA共转染CEF,获得gE、gZ基因恢复的病毒命名为PRVAH02LA^(Rec)。比较亲本株PRV AH02LA、基因缺失株和恢复株的生长动力学,结果表明,恢复株的生长特性与亲本株无显著差异。本研究成功构建了PRV变异株AH02LA的BAC,并证实其为全基因组的感染性克隆,为PRV变异株的致病机理研究和新型疫苗研制提供了重要的平台。

猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲株与NSP2变异株二重PCR诊断方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株VR2332保守序列与近年PRRSV自然变异株序列分析研究,设计合成了2对特异引物,分别扩增出225、427bp两条特异型基因片段,通过优化RT-PCR条件,建立了可同时检测PRRSV标准株和NSP2变异株的二重PCR诊断方法。应用该方法分别对广西不同地区的16份病、死猪的血液、肺等组织进行检测,结果15份PRRSV阳性,其中1份为标准株,14份为变异株。试验结果表明,PRRSV标准株与变异株二重PCR诊断方法具有高度特异性、敏感性和实用性,可用于临床诊断,为目前流行的猪高热病病原研究及广西PRRS的防制提供了一定科学依据。

猪伪狂犬病毒YZ株的分离鉴定及遗传进化分析

为了解猪伪狂犬病毒(PRV)流行变异株的病原学特性及分子遗传变异特点,从江苏扬州市某发病猪场采集病料,经无菌处理后接种BHK-21细胞并连续传代,分离获得1株病毒。通过细胞病变观察、PCR鉴定、电镜观察和动物感染试验,证明该毒株为伪狂犬病毒,将其命名为YZ株。利用PCR扩增、测序,获得YZ株的gB与gE基因序列,基因同源性分析与遗传进化分析表明:YZ株gB与gE基因与我国猪伪狂犬变异毒株同源性均在99.2%以上,且位于同一进化分支,提示该毒株与流行于我国的猪伪狂犬变异毒株亲缘关系较近。进一步研究YZ株的致病性,将该毒株P5代细胞培养液人工感染60日龄PRV阴性健康猪。结果表明:试验猪在感染病毒后出现发热、呕吐、腹泻、咳嗽、呼吸困难和神经症状,发病率达100%。感染猪剖检病变为脑组织水肿出血、肝脏组织表面出现灰白色坏死灶。综上, PRV-YZ株遗传进化分析与致病性研究表明该毒株为猪伪狂犬变异毒株。这一研究可为江苏省PRV的流行病学、遗传进化分析以及免疫防控提供参考。

猪流行性腹泻病毒变异株的分离鉴定及其S基因序列分析

为分析山东省2016年上半年猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株变异情况,用Vero细胞从仔猪临床腹泻样品中进行病毒分离,通过细胞病变(CPE)观察、聚合酶链式反应(PCR)方法、免疫荧光(IFA)试验、电镜观察、动物回归试验和测序分析,分离鉴定1株PEDV毒株(SDMY1401株).将该毒株进行S基因序列分析和遗传进化分析,结果表明该毒株为PEDV流行变异株.该毒株S基因核苷酸序列与山东省分离株CH-SDZC-2015和河南省分离株CHHNAY-2015同源性最高为99.4%,与疫苗毒株CV777同源性为94%.遗传进化分析表明该毒株与经典毒株DR13、疫苗毒株CV777及以前国内分离毒株在不同分支.

新型猪伪狂犬病流行情况及净化措施

2011年11月份我国发生新型猪伪狂犬病疫情,导致中大猪、母猪出现典型的伪狂犬症状而死亡。目前,各地分离到的猪伪狂犬病毒（PRV）流行毒株基因组同源性非常接近。通过PCR检测新分离的伪狂犬病毒,测序后发现毒株出现基因变异,与Bartha株比较,其毒力相关基因RR基因第31-36位出现6个连续碱基的缺失,免疫原g B基因的第224~232位发生9个碱基GCCCCGGCC的缺失。毒力基因的变化导致PRV毒株的毒力明显增强。针对我国新型猪伪狂犬病的流行情况、发生原因以及该病对我国养猪业造成的危害进行了分析讨论,对新型伪狂犬病的毒株变异现象、临床新表现、病理新变化以及诊断方法作了阐述,并提出了新型伪狂犬病的防制和净化措施。

PRRSV广东变异株分离及NSP2部分序列分析

2006年以来,高致病性猪繁殖与呼吸综合征在我国造成了巨大的经济损失。位于NSP2基因上的30个氨基酸的缺失已成为区分我国2006年以来的PRRSV高致病性毒株和2005年以前的经典流行毒株的特异性标记。本试验在广东省分离到一个新型的PRRSV毒株BL2,其NSP2基因540位-563位（相对于VR2332 ORF1a）发生24个氨基酸序列的缺失,该缺失位于高致病性株的缺失区域内,但缺失长度小于高致病性株。国内外文献未曾报道过类似的突变。以NSP2部分序列构建系统进化树表明,与该毒株同源性最高的是我国2005年分离的经典毒株SHB（91.5%）,同时该毒株与我国2006年后流行的高致病性毒株也有较高的同源性（89.9%-91.3%）。动物回归试验表明,该毒株显示高致病性。