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Constructal entransy dissipation rate minimization for X-shaped vascular networks 被引量:11
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作者 FENG HuiJun CHEN LinGen XIE ZhiHui 《Science China(Technological Sciences)》 SCIE EI CAS CSCD 2019年第12期2195-2203,共9页
Combining with entransy theory, constructal designs of the X-shaped vascular networks(XSVNs) are implemented with fixed total tube volumes of the XSVNs. The entransy dissipation rates(EDRs) of the XSVNs are minimized,... Combining with entransy theory, constructal designs of the X-shaped vascular networks(XSVNs) are implemented with fixed total tube volumes of the XSVNs. The entransy dissipation rates(EDRs) of the XSVNs are minimized, and the optimal constructs of the XSVNs are derived. Comparison of the optimal constructs of the XSVNs with two optimization objectives(EDR minimization and entropy generation rate(EGR) minimization) is conducted. It is found that when the dimensionless mass flow rate(DMFR) is small, the optimal diameter ratio of the elemental XSVN derived by EDR minimization is different from that derived by EGR minimization. For the multilevel XSVN, when the DMFR is 100, compared the XSVN with the corresponding H-shaped vascular network(HSVN), the dimensionless EDRs of the elemental, second and fourth order XSVNs are reduced by 26.39%, 15.34% and 9.81%, respectively. Compared with the entransy dissipation number(EDN) of the second order XSVN before angle optimization, the EDN after optimization is reduced by 26.15%, which illustrates that it is significant to conduct angle optimization of the XSVN. Entransy theory is applied into the constructal design of the vasculature with heat transfer and fluid flow in this paper, which provides new directions for the vasculature designs. 展开更多
关键词 constructal theory entransy theory X-shaped vascular networks generalized thermodynamic optimization
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Cellular fluidic-based vascular networks for tissue engineering 被引量:3
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作者 Chaoyu Yang Yunru Yu +2 位作者 Xiaocheng Wang Qiao Wang Luoran Shang 《Engineered Regeneration》 2021年第1期171-174,共4页
Artificial organs are devices implanted into the living body as a substitute for damaged or diseased organs.Current efforts focus on the construction of fully functionalized artificial tissues/organs with vascular net... Artificial organs are devices implanted into the living body as a substitute for damaged or diseased organs.Current efforts focus on the construction of fully functionalized artificial tissues/organs with vascular networks.Although engineering efforts have been made in creating artificial vessels with simple or complex configurations,building vascular networks with hierarchical architectures approximating native counterparts remains challenging.Herein,we give a perspective of cellular fluidics-based construction of vascular networks for tissue engineering,with inspirations drawn from a novel concept of 3D fluidic control platform based on unit-cell constructs.Through architected design of the unit cells,it enables programmed control over gas-liquid-solid interfaces and fluid flow processes in open-cell structures.This cellular-fluidics concept and the associated platform provide lots of inspirations for constructing artificial vascular networks.We believe that cellular fluidics opens a new avenue for fluid control and deterministic delivery,and would find vast opportunities in tissue engineering. 展开更多
关键词 cellular fluidics artificial organ vascular network tissue engineering
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Characterization of cerebrovascular changes in Alzheimer's disease mice by photoacoustic imaging
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作者 Xi Li Zhongyang Zhang +1 位作者 Hua Shi Feifan Zhou 《Journal of Innovative Optical Health Sciences》 SCIE EI CSCD 2024年第6期29-40,共12页
The cerebral vasculature plays a significant role in the development of Alzheimer's disease(AD),however,the specific association between them remains unclear.In this paper,based on the benefits of photoacoustic im... The cerebral vasculature plays a significant role in the development of Alzheimer's disease(AD),however,the specific association between them remains unclear.In this paper,based on the benefits of photoacoustic imaging(PAI),including label-free,high-resolution,in vivo imaging of vessels,we investigated the structural changes of cerebral vascular in wild-type(WT)mice and AD mice at different ages,analyzed the characteristics of the vascular in different brain regions,and correlated vascular characteristics with cognitive behaviors.The results showed that vascular density and vascular branching index in the cortical and frontal regions of both WT and AD mice decreased with age.Meanwhile,vascular lacunarity increased with age,and the changes in vascular structure were more pronounced in AD mice.The trend of vascular dysfunction aligns with the worsening cognitive dysfunction as the disease progresses.Here,we utilized in vivo PAI to analyze the changes in vascular structure during the progression of AD,elucidating the spatial and temporal correlation with cognitive impairment,which will provide more intuitive data for the study of the correlation between cerebrovascular and the development of AD. 展开更多
关键词 Photoacoustic imaging Alzheimer's disease CEREBROvascular vascular network cognitive impairment.
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Multi-target mechanism of triphala in cardio-cerebral vascular diseases based on network pharmacology 被引量:11
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作者 LIU Tian-long WANG Wen-jun +1 位作者 WEN Ai-dong DING Yi 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS 北大核心 2019年第9期740-741,共2页
OBJECTIVE Numerous references made clear that triphala is revered as a multiuse therapeutic and perhaps even panacea historically.Nevertheless,the protective mechanism of triphala on cardio-cerebral vascular diseases(... OBJECTIVE Numerous references made clear that triphala is revered as a multiuse therapeutic and perhaps even panacea historically.Nevertheless,the protective mechanism of triphala on cardio-cerebral vascular diseases(CCVDs)remains not comprehensive understanding.Hence,a network pharmacology-based method was suggested in this study to address this problem.METHODS This study was based on network pharmacology and bioinformatics analysis.Information on compounds in herbal medicines of triphala formula was acquired from public databases.Oral bioavailability as well as drug-likeness were screened by using absorption,distribution,metabolism,and excretion(ADME)criteria.Then,components of triphala,candidate targets of each component and known therapeutic targets of CCVDs were collected.Compound-target gene and compounds-CCVDs target networks were created through network pharmacology data sources.In addition,key targets and pathway enrichment were analyzed by STRING database and DAVID database.Moreover,we verified three of the key targets(PTGS2,MMP9 and IL-6)predicted by using Western blotting analysis.RESULTS Network analysis determined 132 compounds in three herbal medicines that were subjected to ADME screening,and 23 compounds as well as 65 genes formed the principal pathways linked to CCVDs.And 10 compounds,which actually linked to more than three genes,are determined as crucial chemicals.Core genes in this network were IL-6,TNF,VEGFA,PTGS2,CXCL8,TP53,CCL2,IL-10,MMP9 and SERPINE1.And pathways in cancer,TNF signaling path⁃way,neuroactive ligand-receptor interaction,etc.related to CCVDs were identified.In vitro experiments,the results indi⁃cated that compared with the control group(no treatment),PTGS2,MMP9 and IL-6 were up-regulated by treatment of 10μg·L^-1 TNF-α,while pretreatment with 20-80 mg·L^-1 triphala could significantly inhibit the expression of PTGS2,MMP9 and IL-6.With increasing Triphala concentration,the expression of PTGS2,MMP9 and IL-6 decreased.CON⁃CLUSION Complex components and pharmacological mechanism of triphala,and obtained some potential therapeutic targets of CCVDs,which could provide theoretical basis for the research and development of new drugs for treating CCVDs. 展开更多
关键词 TRIPHALA cardio-cerebral vascular diseases network pharmacology compound-target gene network
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基于脉络学说探讨顽固性血精的辨治
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作者 韦一 洪志明 +5 位作者 邱俊峰 邝浩 王胜杰 陈文铄 张廉勤 陈春秀 《中国性科学》 2025年第1期95-99,共5页
顽固性血精具有病因复杂、反复发作、迁延难愈的临床表现,深圳市中医院男科团队致力于岭南男科特色“以通为用”学术思想体系的构建与应用,基于脉络学说认为其属于“脉络-血管系统病”范畴,提出“络脉不通,精室失用”为顽固性血精的核... 顽固性血精具有病因复杂、反复发作、迁延难愈的临床表现,深圳市中医院男科团队致力于岭南男科特色“以通为用”学术思想体系的构建与应用,基于脉络学说认为其属于“脉络-血管系统病”范畴,提出“络脉不通,精室失用”为顽固性血精的核心病机,临证时当遵循“络以通为用”的治疗原则,注重恢复脉络、精室通利畅达的生理特性,根据疾病发展过程中络损血溢、络脉瘀阻、络虚失荣的不同病理状态,分别施以止血固络药、辛润通络药、化瘀通络药、藤类药、虫类药及荣养脉络药,以期能为临床治疗顽固性血精提供新的治疗思路与方法。 展开更多
关键词 顽固性血精 络病理论 “脉络-血管系统” 以通为用
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基于网络药理学和实验验证探讨益肺宣肺降浊方治疗血管性痴呆的机制研究 被引量:1
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作者 朱健敏 陈炜 +1 位作者 蒋凌飞 吴林 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第4期1080-1091,共12页
目的通过网络药理学以及动物实验探讨益肺宣肺降浊方治疗血管性痴呆(VaD)模型大鼠的分子机制。方法通过TCMSP数据库平台筛选益肺宣肺降浊方的有效成分以及相关靶点,因麦冬无法在TCMSP数据库找到,利用查阅文献以及BATMAN-TCM生物信息学... 目的通过网络药理学以及动物实验探讨益肺宣肺降浊方治疗血管性痴呆(VaD)模型大鼠的分子机制。方法通过TCMSP数据库平台筛选益肺宣肺降浊方的有效成分以及相关靶点,因麦冬无法在TCMSP数据库找到,利用查阅文献以及BATMAN-TCM生物信息学分析工具检索麦冬的成分。通过疾病数据库(GeneCards)获取VaD相关靶标并预测益肺宣肺降浊方治疗VaD的潜在靶点。通过STRING和Cytoscape 3.7.2软件绘制“复方活性成分-交集靶点”网络结构,同时建立PPI网络模型并找到关键靶点。对益肺宣肺降浊方治疗VaD的靶标进行GO富集分析与KEGG通路富集分析。29只老鼠随机分为假手术组、模型组、中药组以及西药组。运用2-VO法(双侧颈总动脉永久性结扎法)造模,水迷宫检验大鼠学习记忆行为;HE染色观察各组动物海马CA1区病理变化,荧光检测各组大鼠大脑VEGF的含量,ELISA检测各组大鼠脑组织IL-6和TNF-α含量;采用Western blot检测Nrf2、HO-1、P-Akt/Akt以及NF-κB的蛋白表达水平。结果共获得益肺宣肺降浊方靶点380个,与VaD二者基因交集靶点为183个;交集核心靶点基因PPI网络构建包含92个节点和2610条边。GO结果提示与VaD治疗相关的生物学进程包括对脂多糖、氧化应激,细胞迁移的反应等,KEGG富集分析提示关键的通路涵盖NF-κB、Akt、VEGF、NOD样受体信号等通路。治疗后,与模型组大鼠对比,中药组穿越平台次数明显增多,海马CA1区组织结构及细胞形态完整及少有细胞变性,Nrf2、Akt及HO-1表达水平显著增高,NF-κB表达水平明显下降(P<0.05),炎症指标IL-6、TNF-α明显下调(P<0.01),免疫单荧光显示中药组血管内皮因子含量增加,同时抗氧化因子SOD活性提高,氧化损伤因子MDA含量下降(P<0.05)。结论网络药理学分析提示益肺宣肺降浊方可通过调控多条信号通路以及生物过程治疗VaD,益肺宣肺降浊方提高Nrf2、P-Akt/Akt及HO-1、VEGF蛋白表达水平,改善VaD大鼠海马CA1区神经细胞变性,且可能是通过激活AKT/Nrf2/HO-1改善VaD海马区病变,抑制氧化损伤以及下调NF-κB通路,减少神经炎症,进而改善VaD模型大鼠认知功能。 展开更多
关键词 血管性痴呆 网络药理学 益肺宣肺降浊方 AKT/Nrf2/HO-1信号通路
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A novel strategy for engineering vascularized grafts in vitro
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作者 Jin-Chun Liu, Department of Research Center, Plastic Surgery Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, No.33 BaDaChu Roud, ShiJingShan District, Beijing 100144, China 《World Journal of Stem Cells》 SCIE CAS 2010年第4期93-96,共4页
Tissue engineering is an interdisciplinary field promising new therapeutic means for replacing lost or severely damaged tissues or organs. However, the fabrication of complex engineered tissues has been hampered due t... Tissue engineering is an interdisciplinary field promising new therapeutic means for replacing lost or severely damaged tissues or organs. However, the fabrication of complex engineered tissues has been hampered due to the lack of vascularization to provide sufficient blood supply after implantation. In this article, we propose using rapid prototyping technology to prefabricate a scaffold with an inside hollowed vascular system including an arterial end, a venous end and capillary networks between them. The scaffold will be ''printed'' layer by layer. When printing every layer, a ''low-melting point'' material will be used to form a blood vessel network and a tissue-specific material will be used outside it. Hereafter the ‘low-melting point’ material will be evacuated by vaporization to ensure a hollowed vessel network. Then the inside hollowed capillary network can be endothelialized by using autologous endothelial cells in a cycling bioreactor while the outside material can be embedded with tissue-special cells. In the end, the new vascularized autologous grafts could be transferred to the defect site by using microsurgical techniques to connect the grafts with the host artery and vein. The strategy would facilitate construction of complex tissue engineering if the hypothesis proved to be practical. 展开更多
关键词 TISSUE ENGINEERING vascularIZATION Stem cell Biomaterial CAPILLARY network
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基于营卫理论探讨桂枝-赤芍配伍重塑肿瘤血管微环境的网络药理学机制
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作者 黄菁 汪宗清 +2 位作者 李思泽 陈婷 沈红梅 《中国医院用药评价与分析》 2024年第3期265-270,共6页
目的:采用网络药理学方法预测桂枝-赤芍配伍影响肿瘤血管生成的潜在靶点和通路,从分子网络药理学水平探索该配伍重塑肿瘤血管微环境的网络药理学机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索桂枝、赤芍的化学成分和潜在靶... 目的:采用网络药理学方法预测桂枝-赤芍配伍影响肿瘤血管生成的潜在靶点和通路,从分子网络药理学水平探索该配伍重塑肿瘤血管微环境的网络药理学机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索桂枝、赤芍的化学成分和潜在靶点,选择口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18作为化学成分筛选条件;在GeneCards数据库中检索血管生成的靶点;利用Cytoscape 3.6.0软件绘制桂枝-赤芍配伍-化合物-靶点-血管生成网络;使用STRING 11.0在线软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘核心靶点;采用David Bioinformatics Resources数据库对该复方活性成分潜在的靶点网络中的蛋白进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:桂枝-赤芍配伍的33种有效成分作用于血管生成过程的77个靶点,PPI网络的核心靶点包括蛋白激酶B(Akt)1、JUN、白细胞介素6、基质金属蛋白酶、血管内皮生长因子A、一氧化氮合酶2和缺氧诱导因子-1α等多个蛋白。GO功能富集分析提示,该配伍的关键蛋白主要参与了DNA结合转录激活剂活性、血红素结合、抗氧化活性、核受体活性和转录因子活性等生物过程。KEGG通路富集分析显示,该配伍参与了缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、肿瘤蛋白53信号通路、细胞凋亡信号通路、表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路和磷脂酰肌醇3激酶-Akt信号通路等,提示桂枝-赤芍配伍与肿瘤血管生成的关系最为密切。结论:桂枝-赤芍配伍中的黄芩素、谷甾醇和鞣花酸等成分可能通过HIF-1信号通路、VEGF信号通路影响肿瘤血管生成,干预肿瘤的生物学行为。 展开更多
关键词 营卫 桂枝 赤芍 配伍 肿瘤血管微环境 网络药理学
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基于消斑通脉方抗动脉粥样硬化作用机制的网络药理学分析和体外实验验证
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作者 曹珊 张艺嘉 +3 位作者 白杨 陈芳 谢莎 韩倩倩 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期925-938,共14页
目的:利用网络药理学分析方法初步预测消斑通脉方抗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用通路和靶点,联合体外细胞实验对其可能机制进行验证。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、Swiss Target Prediction和Uniprot等... 目的:利用网络药理学分析方法初步预测消斑通脉方抗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用通路和靶点,联合体外细胞实验对其可能机制进行验证。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、Swiss Target Prediction和Uniprot等数据库,收集消斑通脉方中活性化合物及对应靶点信息,构建“成分-靶点-疾病”网络,通过蛋白-蛋白互作(PPI)网络预测可能的作用靶点和通路,对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。体外培养人主动脉血管平滑肌细胞(HA-VSMCs)并鉴定,采用氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)诱导HA-VSMCs异常增殖并进行鉴定。MTT法检测不同浓度消斑通脉方作用后各组HA-VSMCs增殖活性,确定消斑通脉方安全性。HA-VSMCs分为空白组、模型组(诱导HA-VSMCs异常增殖)、瑞舒伐他汀组(诱导HA-VSMCs异常增殖后采用4μmol·L^(−1)瑞舒伐他汀干预)及低、中和高剂量消斑通脉方组(诱导HA-VSMCs异常增殖后分别采用0.025、0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方干预)。酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测各组HA-VSMCs培养上清中人单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)、白细胞介素6(IL-6)和白细胞介素8(IL-8)水平,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测各组HA-VSMCs中核因子κB(NF-κB)p65 mRNA和成纤维细胞生长因子2(FGF2)mRNA表达水平,Western blotting法检测各组HA-VSMCs中NF-κB p65和FGF2蛋白表达水平。结果:消斑通脉方中含有103种活性成分,可通过作用于189个靶基因发挥抗AS作用,潜在作用靶点包括IL-6、IL-8、血管内皮生长因子A(VEGFA)、核因子κB1(NF-κB1)和RELA(NF-κB p65)等。GO功能分析和KEGG信号通路富集分析,消斑通脉方通过调节脂质、缺氧诱导因子1(HIF-1)、表皮生长因子(EGF)、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)和NF-κB等信号通路发挥抗AS作用。细胞形态表现和免疫荧光染色结果证明细胞为HA-VSMCs。油红O染色,可观察到大量红色脂滴,表明造模成功。MTT法检测,在一定剂量范围内消斑通脉方对HA-VSMCs增殖率无明显影响,安全性良好。ELISA法检测,与模型组比较,瑞舒伐他汀组和不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs培养上清中MCP-1和IL-6水平降低(P<0.05或P<0.01),0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMC培养上清中IL-8降低(P<0.01);与瑞舒伐他汀组比较,不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs培养上清中MCP-1降低(P<0.01),0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs培养上清中IL-8降低(P<0.01)。与模型组比较,瑞舒伐他汀组和不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65 mRNA表达水平降低(P<0.01),瑞舒伐他汀组及0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中FGF2 mRNA表达水平降低(P<0.01);与瑞舒伐他汀组比较,0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65和FGF2 mRNA表达水平降低(P<0.05或P<0.01)。与模型组比较,瑞舒伐他汀组和不同剂量消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65和FGF2蛋白表达水平降低(P<0.01);与瑞舒伐他汀组比较,0.050和0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中NF-κB p65蛋白表达水平降低(P<0.01),0.100 mg·L^(−1)消斑通脉方组HA-VSMCs中FGF2蛋白表达水平降低(P<0.01)。结论:消斑通脉方具有抗炎、抑制HA-VSMCs增殖和抗AS作用,其作用机制可能与NF-κB/FGF2通路失活有关。 展开更多
关键词 消斑通脉方 动脉粥样硬化 血管平滑肌细胞 网络药理学 细胞增殖
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静息态功能磁共振成像在血管性认知障碍患者默认网络研究中的应用进展
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作者 王雪 牛亚利 +2 位作者 王婧 陈晓娜 万春晓 《中国医疗器械杂志》 2024年第1期51-56,共6页
血管性认知障碍是由脑血管疾病导致的一种从轻度认知功能障碍至痴呆的综合征,由于缺乏敏感性和特异性生物标志物,早期不易鉴别和诊断。血管性认知障碍患者脑网络连接异常的脑区多位于默认网络,其异常变化的功能连接与患者的认知障碍程... 血管性认知障碍是由脑血管疾病导致的一种从轻度认知功能障碍至痴呆的综合征,由于缺乏敏感性和特异性生物标志物,早期不易鉴别和诊断。血管性认知障碍患者脑网络连接异常的脑区多位于默认网络,其异常变化的功能连接与患者的认知障碍程度相关。静息态功能磁共振成像技术是一种常用的检测静息态大脑内在活动的方法,应用静息态磁共振不同分析技术探索血管性认知障碍患者默认网络异常变化有助于深入研究血管性认知障碍的发病机制,并提供客观的影像依据。该文主要综述静息态功能磁共振成像技术在血管性认知障碍患者默认网络研究中的应用成果,为血管性认知障碍的精准诊断和评估提供新思路。 展开更多
关键词 静息态功能磁共振成像 血管性认知障碍 默认网络
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益肺宣肺降浊方抗血管性痴呆的作用机制研究
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作者 卓桂锋 陈炜 +9 位作者 张金枝 黄德庆 袁炳茂 蒲珊珊 朱小敏 廖乃彬 苏明阳 陈湘怡 符钰岚 吴林 《中国药房》 CAS 北大核心 2024年第18期2207-2212,共6页
目的探讨益肺宣肺降浊方(YFXF)抗血管性痴呆(VD)的作用机制。方法通过网络药理学方法获取YFXF差异表达作用靶点(YDEGs);利用列线图模型从YDEGs中筛选高风险基因;基于高风险基因从广义线性、支持向量机、极限梯度上升和随机森林模型中筛... 目的探讨益肺宣肺降浊方(YFXF)抗血管性痴呆(VD)的作用机制。方法通过网络药理学方法获取YFXF差异表达作用靶点(YDEGs);利用列线图模型从YDEGs中筛选高风险基因;基于高风险基因从广义线性、支持向量机、极限梯度上升和随机森林模型中筛选最优机器学习模型。采用双侧颈总动脉闭塞术构建大鼠VD模型,并随机分为模型组、YFXF组(12.18 g/kg,以生药总量计),另设假手术组,每组6只。评价YFXF对VD大鼠行为学(以逃避潜伏期和穿越平台次数为指标)、大脑皮层组织病理形态学变化以及分泌磷酸蛋白1(SPP1)/磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(又名Akt)信号通路相关蛋白及SPP1 mRNA表达的影响。结果共获得6个YDEGs,其中SPP1、CCL2、HMOX1、HSPB1可能是VD的高风险基因;基于高风险基因的广义线性模型预测准确性最高(曲线下面积为0.954)。与模型组比较,YFXF可显著缩短VD大鼠的逃避潜伏期,显著增加穿越平台次数(P<0.05);可改善大脑皮层组织神经元固缩和坏死等病理损伤,显著降低SPP1蛋白及mRNA的表达水平(P<0.05),显著升高PI3K、Akt蛋白的磷酸化水平(P<0.05)。结论VD高风险基因SPP1、CCL2、HMOX1和HSPB1可能是YFXF的重要作用靶点;YFXF可能通过下调SPP1蛋白及mRNA的表达、激活PI3K/Akt信号通路来发挥抗VD作用。 展开更多
关键词 益肺宣肺降浊方 血管性痴呆 网络药理学 列线图模型 机器学习模型 SPP1/PI3K/Akt信号通路
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天麻-丹参药对治疗高血压作用机制的网络药理学分析及实验验证 被引量:4
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作者 钟思凡 陶源 +5 位作者 兰松博 常嘉昱 何霞 林佳玥 张婷 颜旭 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期384-393,共10页
目的基于网络药理学方法及动物实验验证探讨天麻-丹参药对治疗高血压的作用机制。方法(1)通过TCMSP、BATMAN及TCMIP数据库筛选天麻-丹参药对活性成分及其作用靶点;通过Drugbank、Genecard、TTD、Disgenet数据库检索获得高血压疾病相关靶... 目的基于网络药理学方法及动物实验验证探讨天麻-丹参药对治疗高血压的作用机制。方法(1)通过TCMSP、BATMAN及TCMIP数据库筛选天麻-丹参药对活性成分及其作用靶点;通过Drugbank、Genecard、TTD、Disgenet数据库检索获得高血压疾病相关靶点;对药对的活性成分作用靶点与高血压疾病相关靶点取交集(共同靶点),所得交集靶点即为天麻-丹参药对治疗高血压的潜在作用靶点。将天麻-丹参药对活性成分及其作用靶点导入Cytoscape 3.9.1软件,构建“中药-活性成分-靶点”网络,筛选关键活性成分;构建潜在作用靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选潜在核心靶点;使用Metascape平台对潜在作用靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。选择关键活性成分与潜在核心靶点进行分子对接验证。(2)将30只雄性自发性高血压大鼠(SHR)随机分为模型组、西药组(坎地沙坦酯,0.72 mg·kg^(-1))及天麻-丹参药对低、中、高剂量组(2.25、4.50、9.00 g·kg^(-1)),另选雄性WKY大鼠为空白组,每组6只,每日1次,连续灌胃给药8周。分别在给药前及药物干预2、4、6、8周后检测大鼠尾动脉收缩压;采用HE染色法观察胸主动脉组织病理变化;Western Blot法检测腹主动脉中GRP78、CHOP、Caspase-12蛋白表达水平。结果(1)共得到天麻-丹参药对活性成分83个,筛选出天麻-丹参药对治疗高血压的潜在作用靶点(交集靶点)158个;5个关键活性成分:对羟基苯甲酸、4-羟基苄胺、丹参酮Ⅰ、丹参酮、γ-谷甾醇;6个潜在核心靶点:IL6、TNF、CASP3、JUN、PTGS2、IL1B;GO功能富集分析得到1826条生物学过程条目、89条细胞组分条目、199条分子功能条目;KEGG通路富集分析获得186条通路,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、炎症应答(如TNF和MAPK信号通路)、血管保护(如HIF-1和cAMP信号通路)、氧化应激(如PI3K-Akt信号通路)等信号通路;丹参酮Ⅰ、丹参酮对6个潜在核心靶点均有较强的结合力,γ-谷甾醇对IL6、CASP3、JUN、PTGS2、IL1B具有较强的结合力。(2)与空白组比较,模型组大鼠的收缩压显著升高(P<0.01);胸主动脉内皮损伤明显,内皮细胞形态异常,可见肿胀、脱落细胞,组织内膜排序紊乱,内膜结构不完整,出现内膜增厚;腹主动脉中GRP78、CHOP、Caspase-12蛋白表达量显著升高(P<0.01)。与模型组比较,给药组大鼠的收缩压均显著下降(P<0.01);胸主动脉损伤减轻,内皮细胞形态、内膜结构及厚度等均得到不同程度改善;腹主动脉中GRP78、CHOP、Caspase-12蛋白表达量显著降低(P<0.01)。结论天麻-丹参药对可能是通过对羟基苯甲酸、丹参酮、γ-谷甾醇等关键活性成分,作用于IL6、TNF、CASP3、JUN、PTGS2、IL1B等核心靶点,调控TNF信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、PERK信号通路等关键信号通路,发挥改善血管内皮功能障碍、抑制内质网应激及降血压的作用。 展开更多
关键词 天麻 丹参 药对 高血压 血管内皮 网络药理学 实验验证 大鼠
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通过整合的生物信息学方法鉴定H和L型血管内皮细胞中的ceRNA网络
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作者 刘志 阮哲 +5 位作者 龙海涛 赵瑞波 朱勇 林涨源 陈鹏 赵树山 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期562-577,共16页
目的:H型血管是一种骨特异性微血管亚型(CD31hiEmcnhi),在成血管-成骨耦联机制中具有重要的调节作用。研究报道H和L型血管在骨骼生理和病理条件下发挥不同的作用,它们之间的遗传差异仍有待阐明。本研究旨在通过整合的生物信息学方法构建... 目的:H型血管是一种骨特异性微血管亚型(CD31hiEmcnhi),在成血管-成骨耦联机制中具有重要的调节作用。研究报道H和L型血管在骨骼生理和病理条件下发挥不同的作用,它们之间的遗传差异仍有待阐明。本研究旨在通过整合的生物信息学方法构建H和L型血管内皮细胞中关键差异表达(differential expression,DE)基因的竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)网络。方法:从ArrayExpress和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载相关原始数据,通过Limma R-Bioconductor包筛选H和L型血管间的DE lncRNAs、DE miRNAs和DE mRNAs,构建总ceRNA网络,随后根据蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络筛选出上调和下调的关键基因,以此精细化ceRNA网络并对关键基因进行富集分析。最后,通过流式细胞术和real time RT-PCR进行随机验证。结果:共鉴定出1 761个DE mRNAs、187个DE lncRNAs和159个DE miRNAs,通过相互作用关系构建总ceRNA网络;通过PPI网络筛选出6个上调(Itga5、Kdr、Tjp1、Pecam1、Cdh5、Ptk2)和2个下调(Csf1r、Il10)的关键基因,并以此构建关键基因相关的ceRNA亚网络。上调的关键基因主要富集在血管生成与血管凋亡的负调控;流式细胞术和real-time RT-PCR的结果与生物信息学分析结果一致。结论:本研究根据所筛选的关键基因提出上调和下调的H型和L型血管内皮细胞相关的ceRNA网络,为H型和L型血管内皮细胞在骨代谢中的调控机制提供了新见解。 展开更多
关键词 骨骼血管 H型血管内皮细胞 ceRNA网络 生物信息学
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MCFNet:融合上下文信息的多尺度视网膜动静脉分类网络
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作者 崔颖 朱佳 +2 位作者 高山 陈立伟 张广 《应用科技》 CAS 2024年第2期105-111,共7页
针对由于血管类间具有强相似性造成的动静脉错误分类问题,提出了一种新的融合上下文信息的多尺度视网膜动静脉分类网络(multi-scale retinal artery and vein classification network,MCFNet),该网络使用多尺度特征(multi-scale feature... 针对由于血管类间具有强相似性造成的动静脉错误分类问题,提出了一种新的融合上下文信息的多尺度视网膜动静脉分类网络(multi-scale retinal artery and vein classification network,MCFNet),该网络使用多尺度特征(multi-scale feature,MSF)提取模块及高效的全局上下文信息融合(efficient global contextual information aggregation,EGCA)模块结合U型分割网络进行动静脉分类,抑制了倾向于背景的特征并增强了血管的边缘、交点和末端特征,解决了段内动静脉错误分类问题。此外,在U型网络的解码器部分加入3层深度监督,使浅层信息得到充分训练,避免梯度消失,优化训练过程。在2个公开的眼底图像数据集(DRIVE-AV,LES-AV)上,与3种现有网络进行方法对比,该模型的F1评分分别提高了2.86、1.92、0.81个百分点,灵敏度分别提高了4.27、2.43、1.21个百分点,结果表明所提出的模型能够很好地解决动静脉分类错误的问题。 展开更多
关键词 多类分割 动静脉分类 视网膜图像 多尺度特征提取 血管分割 全局信息融合 卷积神经网络 深度监督
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利用斑马鱼模型和网络药理学研究荷丹胶囊血管保护作用的主要活性成分
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作者 王娜 王喆 +6 位作者 张杨腾皎 王哲哲 王松松 张友刚 曾英姿 傅春升 韩利文 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 2024年第2期168-176,共9页
目的利用斑马鱼模型和网络药理学方法研究荷丹胶囊的血管保护作用主要活性成分,为后续深入研究提供科学依据。方法采用血管转基因标记的CZ55系斑马鱼为实验动物,评价荷丹胶囊对斑马鱼血管损伤的保护作用;通过中医药整合药理学研究平台TC... 目的利用斑马鱼模型和网络药理学方法研究荷丹胶囊的血管保护作用主要活性成分,为后续深入研究提供科学依据。方法采用血管转基因标记的CZ55系斑马鱼为实验动物,评价荷丹胶囊对斑马鱼血管损伤的保护作用;通过中医药整合药理学研究平台TCMIP、TCMSP、Gencards数据库、String平台、Cytoscape软件构建荷丹胶囊中荷叶、丹参、山楂、番泻叶、补骨脂的主要化学成分与作用靶点的相互作用网络,并筛选中药活性成分,同时利用分子对接进行成分与靶点结合能评价,然后采用斑马鱼模型对筛选的活性成分进行二次验证。结果斑马鱼实验结果显示荷丹胶囊具有显著保护血管内皮损伤的作用;网络药理学筛选和分子对接结果提示丹参酮ⅡA、荷叶碱、补骨脂异黄酮醛、槲皮素可能是荷丹胶囊发挥药效的重要物质基础;斑马鱼实验结果显示,丹参酮ⅡA、槲皮素具有明显的血管保护活性。结论荷丹胶囊中丹参酮ⅡA、槲皮素可能是发挥血管保护作用的重要物质基础,具有多靶点整合调节的作用特点。 展开更多
关键词 荷丹胶囊 网络药理学 血管保护 斑马鱼模型
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基于网络药理学和分子对接探究半夏-陈皮-天南星治疗血管性痴呆的机制
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作者 田澳凯 孙阳龙 +3 位作者 崔浩洋 赵鹏鸿 李彦霖 黄春元 《中医临床研究》 2024年第14期22-29,共8页
目的:基于网络药理学探究半夏-陈皮-天南星治疗血管性痴呆的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)获取药物有效成分并且预测靶点。获取2D结构图,并录入PhramMapper数据库获得成分靶点。使用4种数据库,包括PharmGKb、... 目的:基于网络药理学探究半夏-陈皮-天南星治疗血管性痴呆的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)获取药物有效成分并且预测靶点。获取2D结构图,并录入PhramMapper数据库获得成分靶点。使用4种数据库,包括PharmGKb、GeneCards、DrugBank、Therapeutic Target Database来预测疾病靶点。使用Venny 2.1韦恩图绘制平台获取药物疾病交集靶点。使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。使用R语言和CytoScape软件中CytoNCA APP获取核心靶点。通过R语言中BiocManager包和OrgDb包等和R Studio软件进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析。使用CytoScape软件,建立“药物-成分-靶点-通路”网络关系图。结果:获得药物核心成分8个,为β-谷甾醇、谷甾醇、黄芩苷、豆甾醇、黄芩素、贡多酸、10,13-二十碳二烯酸和分生孢子素。核心靶点14个,主要为细胞肿瘤抗原p53(Cellular Tumor Antigen p53,TP53)、前列腺素G/H合酶2(Prostaglandin G/H Synthase 2,PTGS2)、MAP激酶活化蛋白激酶3(MAP kinase-activated Protein Kinase 3,MAPK3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase-3,CASP3)、转录因子Jun(Transcription Factor Jun,JUN)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alphaserine/threonine-protein Kinase,AKT1)、白蛋白(Albumin,ALB)和缺氧诱导因子1α(Hypoxia-inducible Factor 1-alpha,HIF1A)等。GO富集分析中的生物过程主要为对氧气水平降低的反应、蛋白质定位建立的调节、对异生素刺激的反应和磷代谢过程的正向调节等;细胞组分主要为蛋白激酶复合物、受体复合物、谷氨酸能突触和血液微粒等;分子功能主要为激酶调节剂活性、一氧化氮合酶调节剂活性和MAP激酶活性等。KEGG富集主要包括等癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、糖尿病性心肌病、血清素能突触、长寿调节途径和多巴胺能突触等前20个信号通路。结论:半夏-陈皮-天南星在治疗血管性痴呆病中具有多种成分、多个靶点、多条通路共同发挥作用的特点。 展开更多
关键词 血管性痴呆 半夏-陈皮-天南星 网络药理学 作用机制
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川芎-当归药对治疗血管性痴呆的网络药理学研究
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作者 蔡茜 卢昌均 +3 位作者 黄锦 梁美霞 魏晓玲 邹莉芳 《中医临床研究》 2024年第14期30-35,共6页
目的:通过网络药理学的方法探索川芎-当归药对治疗血管性痴呆的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库检索,获得当归-川芎药对与血管性痴呆的交集靶点。构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络及... 目的:通过网络药理学的方法探索川芎-当归药对治疗血管性痴呆的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库检索,获得当归-川芎药对与血管性痴呆的交集靶点。构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络及共同靶点的相互作用网络图,并对交集靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共筛选出川芎-当归药对活性成分13个,作用靶点155个,血管性痴呆靶点1215个,取交集后获得共同作用靶点76个。核心成分为β-谷甾醇、杨梅酮、叶酸;核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)14、MAPK10。GO富集分析显示,以上共同作用靶点主要参与血管生成、细胞外调节蛋白激酶(Extracellular Regulated Protein Kinases,ERK)1和ERK2级联的正向调节、细胞内类固醇激素受体信号传导途径和凋亡过程的正调控等细胞生物过程。KEGG富集结果显示,交集靶点富集的信号通路中与血管性痴呆相关的主要有动脉粥样硬化相关信号通路、突触相关通路、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)信号通路等。分子对接结果显示,川芎-当归药对的核心成分与核心靶点均结合稳定。结论:川芎-当归药对治疗血管性痴呆的作用是多靶点、多途径的,其作用机制可能与动脉粥样硬化、血清突触、TNF等信号通路相关。 展开更多
关键词 川芎 当归 血管性痴呆 网络药理学
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基于网络药理及分子对接技术拓扑分析人参-川芎治疗血管性痴呆的作用机制
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作者 郭灿 班文明 +1 位作者 孙媛媛 赵莉莉 《中医临床研究》 2024年第14期15-22,共8页
目的:基于网络药理学及分子对接技术拓扑分析人参-川芎药对治疗血管性痴呆的分子作用机制,为临床应用人参-川芎药对提供依据。方法:首先通过检索中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)数据库与相关文献查找,获得人参-川芎药对的有效活性... 目的:基于网络药理学及分子对接技术拓扑分析人参-川芎药对治疗血管性痴呆的分子作用机制,为临床应用人参-川芎药对提供依据。方法:首先通过检索中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)数据库与相关文献查找,获得人参-川芎药对的有效活性成分及作用靶点;通过GeneCards等数据库获取血管性痴呆的疾病靶点;利用微生信在线平台将人参-川芎药对与血管性痴呆的靶点制作韦恩图取交集;借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络模型,并运用CytoScape 3.9.0软件进行拓扑分析;使用CytoScape3.9.0软件构建人参-川芎药对与血管性痴呆的“成分-靶点”网络图;应用DAVID数据库进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后应用AutoDock Vina等分子对接软件验证预测结果。结果:筛选出人参-川芎活性成分26个,经拓扑分析筛选出SRC原癌基因(SRC Proto-Oncogene,SRC)、磷脂酰肌醇-3-激酶调节亚基1(Phosphoinositide-3-Kinase Regulatory Subunit 1,PIK3R1)、磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基α(Phosphatidylinositol-3-Kinase Catalytic Subunit Alpha,PIK3CA)、磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基β(Phosphatidylinositol-3-Kinase Catalytic Subunit Beta,PIK3CB)、磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基δ(Phosphatidylinositol-3-Kinase Catalytic Subunit Delta,PIK3CD)等20个核心靶点。KEGG分析显示靶点主要富集在神经活性配体-受体相互作用、钙离子信号通路、环磷酸腺苷(Cyclic Adenosine Monophosphate,cAMP)信号通路、癌症的途径等信号通路。最后通过分子对接技术,验证核心靶点与对应活性成分间具有良好的结合活性。结论:人参-川芎药对化合物通过多种成分、多个靶点、多条通路实现对血管性痴呆的治疗作用,为后续药对治疗血管性痴呆的运用提供研究基础。 展开更多
关键词 人参 川芎 血管性痴呆 网络药理学 分子对接
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血清VNN1及CCN2检测对2~4期慢性肾脏病并发急性肾损伤的预测价值
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作者 周洪文 刘健君 +2 位作者 刘冬菊 刘小霞 汤跃武 《疑难病杂志》 CAS 2024年第3期334-339,共6页
目的分析2~4期慢性肾脏病(CKD)患者血清血管非炎性因子(VNN1)、细胞交流网络因子2(CCN2)水平及对并发急性肾损伤(AKI)的预测价值。方法选取2020年3月—2022年3月重庆医科大学附属第一医院梁平医院肾内科诊治2~4期CKD患者102例为CKD组,... 目的分析2~4期慢性肾脏病(CKD)患者血清血管非炎性因子(VNN1)、细胞交流网络因子2(CCN2)水平及对并发急性肾损伤(AKI)的预测价值。方法选取2020年3月—2022年3月重庆医科大学附属第一医院梁平医院肾内科诊治2~4期CKD患者102例为CKD组,根据是否并发AKI,分为AKI亚组28例和非AKI亚组74例,以同期体检的健康者60例为健康对照组。Pearson相关分析血清VNN1、CCN2与肾疾病指标的相关性;多因素Logistic回归分析影响2~4期CKD患者并发AKI的因素;受试者工作特征曲线分析血清VNN1、CCN2及二者联合对2~4期CKD患者并发AKI的预测价值。结果CKD组患者血清VNN1、CCN2水平高于健康对照组(t=34.043,16.383,P均<0.001)。AKI亚组血肌酐、血尿酸、血尿素氮、24 h尿蛋白定量及血清VNN1、CCN2水平均高于非AKI亚组(t/P=4.842/<0.001,3.578/0.001,5.268/<0.001,3.876/<0.001,20.046/<0.001,10.791/<0.001)。2~4期CKD患者血清VNN1、CCN2与血肌酐、血尿酸、血尿素氮、24 h尿蛋白定量呈显著正相关(VNN1:r/P=0.627/<0.001,0.624/<0.001,0.521/<0.001,0.705/<0.001;CCN2:r/P=0.646/<0.001,0.610/<0.001,0.536/<0.001,0.689/<0.001)。血肌酐、血尿素氮、血尿酸、24h尿蛋白定量、血清VNN1、CCN2升高是影响2~4期CKD患者并发AKI的独立危险因素[OR(95%CI)=1.602(1.268~2.022),1.652(1.263~2.161),1.594(1.252~2.028),1.579(1.196~2.086),1.568(1.131~2.176),1.673(1.124~2.385)]。血清VNN1、CCN2及二者联合预测2~4期CKD患者并发AKI的AUC为0.814、0.822、0.890,二者联合的AUC大于单一指标检测(Z=4.675、4.513,P均<0.001)。结论2~4期CKD患者血清VNN1、CCN2升高,两者是影响2~4期CKD患者并发AKI的独立危险因素,且二者联合对2~4期CKD并发AKI具有较高的预测价值。 展开更多
关键词 慢性肾脏病 急性肾损伤 血管非炎性因子 细胞交流网络因子2 预测价值
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探讨丹芪精颗粒对急性高原暴露下肺血管内皮的保护作用
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作者 齐小荣 陆柏辰 +3 位作者 王亮 潘宇 秦丽 李敏 《中华保健医学杂志》 2024年第5期601-605,共5页
目的运用网络药理学结合临床试验探究阐明丹芪精颗粒对急性高原暴露后肺血管内皮的保护作用。方法首先利用中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)平台检索丹芪精颗粒的有效成分和药物作用靶点,并检索疾病作用靶点,获得疾病与药物的相互... 目的运用网络药理学结合临床试验探究阐明丹芪精颗粒对急性高原暴露后肺血管内皮的保护作用。方法首先利用中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)平台检索丹芪精颗粒的有效成分和药物作用靶点,并检索疾病作用靶点,获得疾病与药物的相互作用靶点。随后进行疾病和药物交叉靶点的基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,最后构建药物-疾病通路靶标网络图。根据随机对照法将80例患者分为红景天胶囊对照组和丹芪精颗粒组,各40例。分别于两组研究对象不同时间点(进驻高原后第1、3和7天)记录血清血管内皮生长因子(VEGF)和内皮素-1(ET-1)水平。结果网络药理学分析结果显示,丹芪精颗粒可能通过调节急性高原暴露中的VEGF信号通路参与炎症反应等生物学过程。临床试验结果显示,与红景天胶囊组相比,丹芪精颗粒组的VEGF水平升高(F=8.977,P<0.05),ET-1水平降低(F=5.248,P<0.05)。结论丹芪精颗粒对急性高海拔暴露具有多靶点、多通路的治疗作用,并且可以提高急性高海拔暴露患者血管内皮功能核心靶点VEGF水平、降低ET-1动态水平,对肺血管内皮细胞起保护作用。 展开更多
关键词 丹芪精颗粒 急性高原暴露 网络药理学 血管内皮生长因子 内皮素-1 肺血管内皮
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