爱滋病病毒全序列回文结构的研究

统计分析了爱滋病病毒全序列中中间间隔S从0到100、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构,通过分析不同S、L的回文结构的频数以及AT含量,发现回文结构的AT含量普遍高于全序列的AT含量.有三种辅助蛋白(Vif、Vpu、Nef)存在于病毒颗粒内,我们找出编码这三种蛋白的DNA序列,并统计出它们的回文结构,分析它们的AT含量及回文数密度(平均每1000个碱基中包含的回文数),并与丙型肝炎病毒序列回文结构进行对比.发现编码Vpu(HIV-1特有的蛋白)蛋白序列的回文结构在AT含量,和回文数密度方面均显示其特性.由此推测高AT含量的回文结构在HIV-1中起到重要作用.

高致病病毒序列中高AT含量回文结构的研究

统计分析了SARS病毒及其他几种冠状病毒全序列、艾滋病病毒全序列、丙型肝炎病毒全序列中,中间间隔S从0～100、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构.通过分析不同S,L的回文结构的频数以及AT含量,发现了一些特殊的回文结构,这些特殊结构的共同特点是AT含量高,而且都处于病毒中编码重要蛋白的序列中.综合考虑3种高致病病毒序列中高AT含量的回文结构的特点及其所处位置的特殊性,推测高AT含量的回文结构是某种具有生物学意义的结构,在病毒的侵入、复制等方面扮演着非常重要的角色.