草莓白化伴随病毒RT-LAMP检测方法的建立

草莓白化伴随病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)能引起草莓白化病,与其他病毒复合侵染后会加重症状。本研究建立了SPaV的反转录环介导等温扩增方法(reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP),对反应体系的各条件进行评估优化后,检测了RT-LAMP的特异性和灵敏度,且对田间样品进行了测试。结果表明,优化后的反应体系包含2.5μL 10×Isothermal Amplification Buffer、6 mmol/L Mg^(2+)、1 mmol/L dNTPs、1μmol/L SPaV-FIP和SPaV-BIP,0.1μmol/L SPaV-F3和SPaV-B3,0.3μmol/L SPaV-LB,0.4 mol/L Betaine,0.256 U/μL WarmStart Bst 2.0 DNA Polymerase,0.12 U/μL WarmStart RTx Reverse Transcriptase,1μL RNA,反应条件为61℃恒温孵育40 min。采用优化后的反应体系,在特异性检测中,只有携带了病毒SPaV的样品才能发生阳性扩增。灵敏度测试中,RT-LAMP比RT-PCR灵敏度高10倍。田间应用中,RT-LAMP和RT-PCR检测结果一致。本研究建立的SPaV RT-LAMP检测方法操作简便、快速、特异,可供实验室及生产实践中应用,助力脱毒种苗的鉴定和田间病毒病调查。

鸽新城疫病毒可视化LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种简便、快速,适用于基层检测鸽Ⅰ型副黏病毒的方法,研究针对鸽Ⅰ型副黏病毒全基因组保守序列,设计了1组可检测基因Ⅵ、Ⅶ、ⅩⅩ、ⅩⅪ型分离株的环介导等温扩增(LAMP)引物,通过优化反应条件及体系,建立鸽Ⅰ型副黏病毒可视化LAMP检测方法。结果显示:建立的鸽Ⅰ型副黏病毒可视化LAMP检测方法可检测基因Ⅵ、Ⅶ、ⅩⅩ、ⅩⅪ型鸽新城疫病毒,与H9亚型禽流感病毒、马立克病病毒、禽网状内皮组织增殖病病毒、小鹅瘟病毒以及禽白血病病毒以及新城疫病毒La Sota疫苗株均无交叉反应,最低检测限为10^(1)copies/μL。研究表明所建立的鸽Ⅰ型副黏病毒可视化LAMP检测方法快速、简便,特异性强,灵敏度高,可应用于基层快速检测鸽Ⅰ型副黏病毒。

鸡圆圈病毒3型可视化LAMP检测方法的建立及应用

建立鸡圆圈病毒3型(GyV3)可视化环介导等温扩增(LAMP)检测方法,为临床上快速检测鸡GyV3提供一种诊断方法。参考GyV3的VP3基因序列,设计1套LAMP特异性引物,分别通过温度优化、引物浓度优化和反应时间的优化,确定鸡GyV3可视化LAMP诊断方法的扩增温度、引物浓度和反应时间,通过特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样品检测,验证鸡GyV3可视化LAMP诊断方法的特异性、敏感性、稳定性和可靠性。结果显示,鸡GyV3 LAMP检测方法的反应体系:总体积为20.0μL,包括DNA模板1.0μL,2×Master Mix 10.0μL,内引物GyV3-FIP和GyV3-BIP混合液(工作浓度16.0μmol/L)2.0μL,外引物GyV3-F3和GyV3-B3混合液(工作浓度2.0μmol/L)2.0μL,环引物GyV3-LF和GyV3-LB混合液(工作浓度8.0μmol/L)2.0μL,ddH_(2)O 3μL;鸡GyV3 LAMP检测方法的扩增程序:66℃反应20 min,80℃灭活5 min。鸡GyV3可视化LAMP检测方法能特异性检测GyV3,最低检测浓度为10^(1)拷贝/μL,组内和组间变异系数小于5%;与常规PCR方法检测临床样品的结果比较,两者结果符合率达100%。建立的鸡GyV3可视化LAMP检测方法能特异性检测GyV3,具有特异性好、敏感性高及污染小等优点,且检测结果可通过肉眼观察进行判断,适用于GyV3的临床快速筛查。

鱼类传染性造血器官坏死病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用

将逆转录环介导的等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)引入到鱼类的传染性造血器官坏死病病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)检测中,建立了简单、快速、灵敏的IHNV检测方法。针对IHNV的聚合酶蛋白基因(polymerase protein,L)设计特异性引物,以IHNV基因组RNA为模板,在反转录酶和Bst DNA聚合酶的作用下进行RT-LAMP,反应产物添加SYBR Green I荧光染料后,肉眼观察阳性样本表现为荧光绿色,阴性样本表现为红棕色。2%琼脂糖凝胶电泳检测结果与可视化检测结果一致。该方法实现了检测结果的可视化。特异性分析显示该方法不与传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)及病毒性出血性败血症病毒(viral haemorrhagic septicaemia virus,VHSV)发生交叉反应,并且可检测不低于10 pfu的IHNV RNA。本研究所建立的IHNV RT-LAMP可视化检测方法具有灵敏度高、特异性好、成本低、不依赖任何专门的仪器设备的优点,其检测结果直观可视化,可实现现场高通量快速检测。

柑橘黄龙病可视化LAMP检测技术的建立及应用

建立柑橘黄龙病(HLB)可视化环介导等温扩增(LAMP)检测方法,为HLB的快速检测提供有力的技术支持。根据LAMP技术原理,针对柑橘黄龙病菌16S rDNA靶序列的6个位点设计4条特异性引物,通过对反应体系和反应条件的优化,并在反应前的体系中加入1∶10的钙黄绿素(calcein)和氯化锰(MnCl2)混合液作为荧光显色剂,建立可视化LAMP检测技术,同时对该技术的特异性、灵敏度和样品检测进行了测试。该检测方法具有很高的特异性,反应体系中除了HLB具有特异性的扩增,产生黄绿色荧光扩增产物,其他供试菌株均无特异扩增。对柑橘黄龙病菌总DNA的检测限为1.51×10-3 ng/μL,而对含有目的基因的CG-pMD18-T质粒DNA的检测限为2.12×10-6 ng/μL,与定量PCR灵敏度相当,而比常规PCR灵敏度高1 000倍。利用可视化LAMP技术和定量PCR对来自漳州、南平、福州等地的样品进行检测,结果 2种技术的检出率均为76.7%,符合率达到100%。

鸭圆环病毒LAMP可视化检测方法的建立

根据GenBank中DuCV基因序列,在保守区设计了6条特异性引物,并对反应条件进行优化,建立了一种适用于鸭圆环病毒(DuCV)的环介导等温扩增快速检测方法(LAMP)。该方法对H9亚型禽流感、小鹅瘟、鸭瘟、鸭肝炎、鸭副黏病毒均无扩增反应;且扩增反应只需在常规水浴锅中进行,1小时内即可完成反应;对DuCV模版DNA的最小检测限为10fg,灵敏度是一步法PCR的1000倍。本研究建立的LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,适合在基层进行DuCV的快速检测。

鸭Ⅰ型肝炎病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种快速检测鸭Ⅰ型肝炎病毒(DHV I)的方法,本研究根据基因库中DHV Ⅰ基因的保守序列,设计特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,建立了DHV I的RT-LAMP可视化检测方法。该方法的敏感性可达10fg,高于常规PCR方法 100倍;全部反应可在1 h内完成;可以通过肉眼观察颜色直接判定结果;对其它鸭常见病原体的检测结果均为阴性。实验结果表明建立的RT-LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,可用于DHV Ⅰ感染的快速检测。

猪圆环病毒2型LAMP检测方法的建立

基于猪圆环病毒2型(porcine circocirus type 2,PCV-2)的ORF2基因建立了一种便捷、灵敏而又特异的可视化环介导等温核酸扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法。该方法通过针对PCV-2 6个位点的4条特异性引物,在Bst DNA聚合酶的作用下对PCV-2靶序列进行等温核酸扩增。经过对LAMP反应体系和反应条件的优化,所建立方法在61℃反应1 h能够成功的检测出PCV-2基因组DNA,且操作简单,不需要PCR仪等复杂仪器,结果可经电泳检测及肉眼观察;敏感性和特异性试验表明,所建立的方法能特异地检测PCV-2并且其敏感度可以达到0.5 pg的DNA分子;所建立LAMP方法的阳性检出率与国标PCR的阳性检出率符合度为100%。该研究为PCV-2的现场快速检测提供更加简便、快捷的方法,可以满足基层检疫的需要。

布鲁氏菌环介导等温扩增(LAMP)可视化检测方法的建立

应用环介导等温扩增(LAMP)技术建立了布鲁氏菌可视化快速检测方法。针对布鲁氏菌外膜蛋白OMP25基因保守区设计6条特异引物,反应前加入染料羟基萘芬蓝(HNB)作为LAMP扩增的指示剂,63℃恒温反应60min,根据HNB的颜色变化进行结果判定。分别评价所建立LAMP方法的特异性和灵敏性,并对60份牛布鲁氏菌病虎红平板凝集试验(RBT)阳性血清样本,经LAMP和B4/B5-PCR方法进行平行检测。结果显示,本方法最低检出限约为17fg布鲁氏菌基因组DNA。本方法特异性良好,布鲁氏菌反应管均出现特异性LAMP扩增反应,而猪大肠杆菌K99、巴氏杆菌C48-1、猪链球菌ST171、绿脓杆菌等对照组均未出现扩增。针对60份RBT阳性血清的平行检测结果显示,LAMP和B4/B5-PCR这两种方法间的结果符合率为85.0%。B4/B5-PCR检测为阳性的43份样品,经本方法检测全部为阳性;B4/B5-PCR检测为阴性的17份样品,经本方法检测,9份为阳性,8份为阴性。LAMP的敏感性高于B4/B5-PCR方法。实验表明,本文所建立的基于颜色判定的布鲁氏菌LAMP检测方法具有特异、灵敏、设备要求简单等特点,适用于基层兽医部门进行布鲁氏菌的快速检测。

鸭坦布苏病毒可视化RT-LAMP快速检测方法的建立与初步应用

为实现鸭坦布苏病毒(duck tembusu virus,DTMUV)的快速检测,本研究根据GenBank中公布的DTMUV E蛋白基因的高度保守序列设计了1套引物,通过优化反应体系各组分的浓度、反应时间和温度,建立了一种灵敏、便捷的RT-LAMP扩增方法。结果显示,在最佳条件下甜菜碱对反应体系影响不明显;该方法灵敏度是常规RT-PCR的100倍;只能特异性扩增坦布苏病毒,对于其他常见的禽源病毒无特异性扩增;检测结果可直接通过肉眼观察来判断;对临床74份疑似病料,可检出65份。本试验建立的方法灵敏性高、特异性强,可用于鸭坦布苏病毒病的临床诊断和流行病学调查。

鸡毒支原体LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种鸡毒支原体(MG)的快速检测方法,本研究根据GenBank中MG的基因保守序列,设计1套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,优化反应条件,建立了MG LAMP的可视化检测方法。该方法的敏感性可达10fg/μL,高于常规PCR方法100倍;其特异性好,对其他的鸡常见病原体的检测结果均为阴性。MG LAMP反应只需一个可控温的水浴锅,在1h内完成全部反应,通过肉眼观察颜色直接判定结果。本研究建立的LAMP方法具有灵敏度高、特异性好、操作简便的优点,可用于MG感染的快速检测。

H5亚型禽流感病毒RT-LAMP可视化检测技术的建立

【目的】建立一种适用于H5亚型禽流感病毒(AIV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)可视化快速检测技术,为控制疫情扩散、减少经济损失争取了时间。【方法】根据GenBank中H5亚型AIV血凝素(HA)基因序列,设计一套针对HA基因6个区域的4条特异性引物,在反应之前向反应液中加入荧光试剂(Calcein/MnCl2混合液),然后对反应条件和体系进行优化。【结果】优化的RT-LAMP技术操作简便迅速,常规水浴锅中50min可完成,能特异性地检测出H5亚型AIV,但对其他HA亚型AIV、禽呼吸道病原体无交叉扩增反应,灵敏度是常规RT-PCR的10倍;反应结束后无需打开反应管盖,即可根据反应液的颜色变化对结果进行判定。【结论】建立的H5亚型AIVRT-LAMP可视化检测技术具有简便、快速、特异等特点,可在设备有限的基层兽医站及养殖场对H5亚型AIV进行快速初步诊断。

非洲马瘟病毒可视化RT-LAMP现场检测方法的建立

为建立非洲马瘟病毒(AHSV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据AHSV外衣壳蛋白(VP7)基因保守序列设计2对特异性引物,通过反应条件优化建立了AHSV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,本实验所建立RT-LAMP方法的最佳反应条件为62℃1 h;利用该方法检测进口灭活冻干疫苗中的9个血清型AHSV以及马流感病毒、马传贫病毒、马动脉炎病毒和蓝舌病病毒的RNA,结果显示所有血清型AHSV RNA检测均为阳性,其它病毒RNA检测为阴性,该方法特异性较强;该方法最低可检测到3.2×10-9 ng/μL的RNA,敏感性是普通RT-PCR方法的1000倍。利用建立的RT-LAMP方法和普通RT-PCR方法对35份马血和5份驴血样品同时进行检测,结果显示二者阳性和阴性符合率均为100%。本研究在国内外首次建立了AHSV 9种血清型的可视化RT-LAMP检测方法,其具有特异性强、敏感性高、快速和高通量检测的优点,为非洲马瘟(AHS)快速的可视化现场诊断提供可行方法。

蓝舌病病毒8型可视化RT-LAMP检测方法的建立

为建立蓝舌病病毒8型(BTV-8)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据BTV-8外衣壳蛋白(VP2)基因保守序列设计2对BTV-8血清型特异性引物,通过反应条件优化建立了BTV-8可视化RT-LAMP检测方法。该方法最佳反应条件为60℃1 h;利用本实验建立的方法检测BTV-8,以及其它23个血清型BTV以及口蹄疫病毒、小反刍兽疫病毒、鹿流行性出血热病毒、阿卡斑病毒和狂犬病病毒,结果显示除BTV-8外,该方法与其它病原无交叉反应,特异性较强;该方法最低可检测到8.3×10-10 ng/μL的病毒RNA,敏感性是OIE标准套式RT-PCR检测方法的10倍,敏感性较高。应用建立的RT-LAMP方法和普通RT-PCR方法对38份牛羊临床样品进行检测,两种方法检测结果一致均为阴性。本研究建立的BTV-8可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高、操作简便、快速和高通量检测的优点,为BTV-8的可视化快速检测提供可行方法。

家蚕核型多角体病毒LAMP可视化检测技术的建立

【目的】建立针对家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)的环介导等温扩增(LAMP)可视化检测技术,为生产现场进行家蚕血液型脓病早期诊断提供技术支持。【方法】以Bm NPV多角体蛋白基因polh为扩增靶标,分别设计5组内/外引物和5条环引物,根据扩增效率筛选最佳引物组合;优化LAMP反应条件,并进行LAMP检测的特异性、敏感性及临床样本检测试验;使用羟基萘酚蓝(HNB)染色对结果进行比色观察,对简化样品处理的条件进行摸索。【结果】使用环引物后LAMP对Bm NPV基因组DNA的最低检测浓度为7 fg/μL,检测灵敏度得到有效提高,且反应时间缩短。建立的LAMP检测方法对靶标DNA扩增具有特异性,对样本的检出率高于常规PCR,其最低检测限是常规PCR的100倍。在反应前加入HNB,结果易判断且能减少交叉污染。感染家蚕血淋巴进行100℃煮沸处理后即可直接用于LAMP反应,既简化了操作步骤,又降低了检测成本。【结论】针对Bm NPV建立的LAMP可视化检测技术具有灵敏、快捷、可靠的特点,适合用于生产现场的Bm NPV感染早期诊断。

杏褪绿卷叶植原体新疆分离物可视化LAMP检测方法的建立

为新疆杏褪绿卷叶病的田间快速诊断和检测提供新方法,根据杏褪绿卷叶植原体新疆分离物tuf基因保守序列,设计并筛选出1套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,通过对反应体系中主要影响因素的优化,建立适用于快速检测杏褪绿卷叶植原体的LAMP检测方法。结果表明:建立的LAMP检测方法能特异性地检测出杏褪绿卷叶植原体,检测灵敏度是普通PCR的100倍,且可通过肉眼观察直接对反应结果进行判定。

猪圆环病毒2型LAMP检测方法的建立和初步应用

根据GenBank上已报道的猪圆环病毒2型(PCV2)基因组序列设计1组LAMP引物(F3/B3、FIP/BIP),通过对环介导等温扩增技术(LAMP)反应条件的优化,建立了猪圆环病毒2型LAMP检测方法,并对阳性结果进行了酶切验证。结果表明:该方法具有较高的检测灵敏度,最低可以检测到反应体系内1 pg的PCV2DNA;通过反应结束后的肉眼可视化观察,可方便地进行结果判定。本研究建立的PCV2 LAMP检测方法能够满足基层临床PCV2病原的快速检测要求。

南洋臀纹粉蚧生物学特性及LAMP检测

【目的】明确南洋臀纹粉蚧Planococcus lilacinus生物学特性及实现对该虫的可视化检测。【方法】室内观察记录南洋臀纹粉蚧不同发育阶段的形态特征和历期及雌成虫的繁殖能力;以南洋臀纹粉蚧28S rDNA序列为靶标,设计其特异性的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)引物组用于建立相应的可视化检测方法,并进行特异性、灵敏度及稳定性验证。【结果】南洋臀纹粉蚧雌雄虫具有不同的世代生活史,卵初产时即可见虫体轮廓,并具1对暗红色单眼;1龄若虫行动活泼,雌雄难辨;2龄若虫体缘出现白色细蜡棒,雌雄体型出现分化;3龄若虫仅存在雌虫,形似雌成虫;蛹仅存在雄虫,分为预蛹期和蛹期;雌成虫体表覆盖厚实的白色蜡粉,体缘18对粗蜡棒突出明显;雄成虫有一对透明发达的前翅,腹部末端具1对白色长蜡丝。该虫卵历期(1.37±0.26)h,雌成虫历期(32.67±4.82)d,各龄若虫、蛹和雄成虫历期均不超过(7.65±0.82)d;两性生殖的单雌产卵量和卵孵化率分别为(531.92±69.98)粒和96.02%±1.35%,孤雌生殖的单雌产卵量和卵孵化率分别为(403.50±71.11)粒和88.41%±3.03%。建立的LAMP可视化检测方法能有效扩增南洋臀纹粉蚧DNA,最佳反应温度和时间及最低检测浓度分别为66℃、55 min和100 fg/μL,反应产物呈绿色阳性,检出率达91.67%~100.00%,但无法扩增其他7种近缘种属粉蚧DNA,反应产物呈橙黄色阴性。【结论】南洋臀纹粉蚧雌雄二型,生长发育快,繁殖力强,急需作好其检测与监测工作;该虫的LAMP可视化检测方法便捷高效、特异性强、灵敏度高且稳定性好,有望用于非专业鉴定人员对该虫的现场快速、准确识别。

版纳病毒和芒市病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立及应用

为建立版纳病毒(BAV)和芒市病毒(MSV)的可视化RT-LAMP检测方法,根据我国分离的BAV(YNSZ043)和MSV(V301/YNJH/2019)毒株Seg-12基因的保守序列,分别设计2对特异性引物和1条环引物,通过反应条件优化,分别建立了2种病毒的可视化RT-LAMP检测方法,其最佳反应条件为64℃50 min,分别利用2种方法检测西藏环状病毒、流行性出血病病毒、蓝舌病病毒、中山病病毒、广西环状病毒和阿卡斑病毒等虫媒病毒的核酸样品,结果2种方法仅能分别检测出BAV和MSV,其他虫媒病毒均无非特异性扩增。灵敏度试验检出BAV和MSV的最低检测限制分别为13.7拷贝/μL和19.0拷贝/μL,敏感性是常规RT-PCR的10倍以上。应用2种病毒的RT-LAMP及RT-PCR方法分别对2596只蠓虫和蚊虫的核酸样品进行检测,结果阳性检出率均是RT-PCR的2倍以上。结果表明,建立的BAV和MSV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高和可视化等优点,为我国开展2种病毒的现场快速检测与流行病学研究提供了有效的技术支撑。

可视化LAMP鉴定冬虫夏草方法的研究

为建立可视化环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)鉴定冬虫夏草的方法,根据冬虫夏草csp2(serine protease-2)基因设计引物,采用CTAB法提取亚香棒虫草,古尼虫草和冬虫夏草的基因组DNA.并在LAMP反应体系优化的基础上,进行特异性和灵敏度检测.在LAMP产物中加入CuSO_4或SYBR Green Ⅰ核酸染料.结果表明,经优化最适反应温度为65℃,最佳反应时间为60 min.电泳结果显示,该法可特异性检测出虫草真伪,其灵敏度检测限为6.34 pg/mL.反应结束后,添加SYBR Green Ⅰ,在紫外灯下进行观察阳性管呈明显的绿色荧光.加CuSO_4后,在可见光下进行观察,阴性管中有蓝色环状沉淀.因此,本研究建立的可视化LAMP为鉴定冬虫夏草真伪提供了一种参考方法.