基于PCR-DGGE技术的剑湖湿地湖滨带土壤微生物群落结构多样性分析

为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用PCR-DGGE技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤细菌多样性指数(H′)、丰度(S)和均匀度(J)均有所不同,根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均高于非根际,其中茭草根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均最高,说明植物群落类型与土壤微生物多样性的关系十分密切;不同植物群落根际土壤细菌群落结构相似性较高,非根际土壤细菌群落结构相似性较低,在82%的相似水平上聚为4大类群,根际土壤细菌和茭草非根际土壤细菌聚为一类,其余非根际土壤细菌各聚为一类,说明植物群落对微生物群落结构具有一定的影响。对DGGE的优势条带序列分析,同源性最高的微生物分别属于变形菌门(Proteobacteria)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、紫色杆菌属(Janthinobacte rium)、杜擀氏菌属(Duganella)、埃希氏菌属(Escherichia)和链球菌属(Streptococcus),它们均为未培养微生物。不同植物群落根际土壤氮磷含量均有所差异,其中茭草根际土壤氮磷含量最高,湿地土壤细菌多样性与土壤有机质、总N、总P的含量呈正相关关系,土壤细菌多样性与土壤pH值呈负相关关系。

应用PCR-DGGE指纹技术研究真空包装火腿切片贮藏过程中的微生物动态变化

应用16S rDNA变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱和系统发育分析方法,揭示了火腿切片在真空包装、4℃贮藏条件下主要微生物的动态变化。直接从火腿中提取总的细菌DNA,用巢式PCR和降落PCR扩增16S rDNA V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化指纹图谱。DGGE图谱表明,产品在贮藏初期具有丰富的微生物群落,说明污染微生物的多样性,但经过一段时间后,只有少数种类细菌存活并最终成为主导菌群。DGGE优势条带经DNA序列分析表明,代表最相似菌为清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)和弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus),其次是长膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)和非培养的明串珠菌(uncultured Leuconostoc)。

用PCR-DGGE研究菌肥对西藏青稞土壤微生物群落多样性的影响

为探讨微生物菌肥对西藏青稞土壤根际微生态的影响,利用传统纯培养与PCR-DGGE(聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳)技术相结合的方法,研究了谷特微生物菌肥不同施用方式和施肥浓度对西藏青稞根区土壤微生物量和细菌群落结构的影响.结果表明,与对照相比,施肥处理显著降低了土壤真菌数量(p<0.05),土壤放线菌数量和微生物量氮含量显著上升(p<0.05).DGGE分析表明,菌肥处理土壤与未施菌肥土壤的细菌群落结构存在明显差异,土壤微生物区系结构发生了改变;DGGE所反映的土壤细菌多样性可以用来判断菌肥发挥作用的程度,合理指导菌肥的施用.本研究中,菌肥的施入促进了土著细菌Acidobacteria、Actinobacteria和Bacillus的生长,抑制了土壤中Blastomonas、Uncultured Rhizobium和Cyanobacterium的生长.两种施肥方式,根施对青稞根区土壤中细菌、真菌和放线菌数量的影响较叶面喷施大,根施对土壤微生物区系的改变较叶面喷施高,根施最佳菌肥施用量为20.0mL/hm2,叶面喷施最佳菌肥施用量为26.7mL/hm2.本研究为准确预测和评价微生物菌肥的施用效果提供了技术参考.

PCR-DGGE分析绍兴黄酒麦曲中细菌群落方法的建立

利用垂直电泳及时间间歇法初步确立了变性剂的梯度范围和电泳时间,首次建立了聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)法分析绍兴黄酒机制生麦曲和熟麦曲中细菌群落结构的电泳条件。机制生麦曲的变性剂梯度范围为50%～65%,电泳时间为5～5.5h;熟麦曲的变性剂梯度范围为40%～60%,电泳时间为4.5～5h。DGGE条带经切胶回收、重新扩增、T-A克隆及DNA测序后,鉴定结果显示绍兴黄酒麦曲中存在糖多孢菌、肠杆菌、棒形杆菌等多属种细菌,并且从熟麦曲中鉴定到的细菌种类都包含于机制生麦曲中的细菌群落,表明不同工艺的黄酒麦曲其细菌群落结构存在着一定的差异。研究结果丰富了对绍兴黄酒麦曲中细菌群落的认识,为进一步剖析细菌在黄酒发酵中的作用奠定一定的基础。

人工湿地生态系统中的微生物作用及PCR-DGGE技术的应用

人工湿地作为一种经济高效的污水生态处理工艺,可通过植物、微生物、基质三者的协同作用实现污染物的去除。而微生物作为湿地生态系统的重要组成部分,又是污染物去除的积极分解者,发挥了不可忽视的关键作用,其数量、丰度、多样性及群落结构等均直接影响污水净化效果。本文介绍了湿地生态系统在微生物种群结构、污染物降解机制等方面的国内外研究进展,并针对PCR-DGGE新型分子技术在湿地微生物领域的应用成果进行了探讨,以为湿地生态系统的微生物作用及新型分子技术在其中的应用提供理论支撑和技术支持。

PCR-DGGE解析浓香型大曲发酵、储藏过程真菌群落的演替规律

以浓香型大曲培菌发酵期(0-10 d)和储藏期(20-100 d)共12个大曲样品为研究对象,采用PCR-DGGE技术解析浓香型大曲制备过程真菌群落结构的变化。PCR-DGGE图谱表征的微生物群落丰度、优势度及多样性指数分析结果表明:大曲制备过程中,真核微生物群落结构复杂多样。发酵环境的剧烈变化及真菌群落间的协同和制约效应均对大曲制备过程中真核微生物群落组成产生影响。

不同施肥处理对毛竹根际微生物影响及其PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE技术对不同施肥处理毛竹根际微生物多样性特征进行研究。结果表明:采用改进的蛋白酶K-CTAB法提取的毛竹土壤DNA经PCR扩增的产物经DGGE检测后得到的电泳条带清晰且分离效果好,可以明显反映出毛竹根际微生物多样性的变化。根际微生物种群组成特征受施肥量、肥料种类影响很大,施肥能够增加毛竹根际微生物的多样性指数,在同等氮、磷养分情况下,钾肥的加入会对毛竹根际微生物种群组成产生很大的影响,并且根际微生物多样性有随钾肥施用量增加而升高的趋势。

PCR-DGGE法解析牛粪厌氧发酵稳定期微生物多样性

为了研究牛粪两相厌氧溢流发酵系统装置稳定产气阶段的生物菌群的生长状态及特性,使用了PCR-DGGE技术对牛粪厌氧发酵中的微生物稳定期细菌种群结构进行了研究。在发酵稳定期不同时间进行了取样,试验结果表明厌氧发酵系统细菌种群丰富,优势种群明显,群落结构较稳定。菌群具有交替生长特性,有利于系统的持续稳定产气。

PCR-DGGE在水处理微生物群落多样性分析中的应用

阐述了PCR-DGGE技术的原理及其操作过程中的常见问题,并提出了相应的解决方法。综述了PCR-DGGE技术在水处理微生物群落多样性和动态性研究中的应用现状、局限性,展望了该技术的发展方向。

PCR-DGGE用于浓香型大曲微生物群落分析的条件优化

试验对浓香型大曲微生物群落的PCR-DGGE电泳最佳变性剂梯度范围、电泳时间进行了优化。结果表明:细菌DGGE电泳最佳变性剂浓度梯度为35%～55%;而真菌DGGE电泳最佳变性剂浓度梯度为30%～50%。通过时间进程法得出最佳电泳时间为16小时。运用此优化后的PCR-DGGE技术对不同时期曲药微生物群落进行了研究,获得了较丰富的微生物多样性。

PCR-DGGE技术在废水生物处理中的应用研究

聚合酶链式反应-变形梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)作为一种分子指纹图谱能够较准确地反应污水处理过程中微生物群落结构多样性及其动态变化而广泛应用于废水生物处理技术的研究中。PCR-DGGE技术不仅能对样品中微生物群落结构多样性及种群演替进行分析,还能用于污水处理中优势菌群的分离与鉴定,克服了传统方法费时费力、培养条件苛刻等局限性,进而运用该技术构建高效的污染物降解工程菌,提高难降解有机物的去除效率,调节实际工艺参数,提高污水处理效率。

PCR-DGGE技术在食品微生物中应用的研究进展

聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)结合变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术能快速的研究微生物物种多样性,该技术不依赖于微生物的分离培养,便能快速、准确地获取复杂样品中微生物的菌群组成及其遗传信息,因此被广泛应用于微生物生态学、食品微生物学等领域。本文主要介绍了PCR-DGGE在食品微生物中和其他一些方面应用的研究进展。

PCR-DGGE/TGGE技术在食品微生物分子生态研究中的应用

综述了PCR-DGGE/TGGE技术原理及其在食品及相关生态环境研究中的应用现状与前景。

PCR-DGGE技术及其在云南传统火腿微生物研究中的应用展望

聚合酶链式反应技术(PCR技术)能快速的研究传统发酵肉制品微生物物种的多样性,准确地获取复杂样品中微生物的消长规律而不需要进行微生物的传统培养,因此被广泛应用于各领域的研究。主要介绍了各种PCR-DGGE技术在发酵肉制品微生物方面的应用,并对其在云南传统火腿微生物中的研究应用做出展望。

应用PCR-DGGE技术研究石莼、网地藻藻际微生物多样性

应用变性凝胶梯度电泳(PCR-DGGE)技术对石莼、网地藻藻际微生物多样性进行研究,并对其进行相似性、未加权聚类分析(UPGMA)及微生物多样性(Shannon)指数分析。结果表明,PCR-DGGE图谱显示,石莼、网地藻藻际微生物DGGE图谱有着明显的差异性,具体表现在条带数及密度值的不同。Quantity one图谱分析表明:石莼藻际微生物16S r RNA基因的V3区共分离得到25条DNA片段,网地藻为16条DNA片段。DGGE相似性及未加权聚类分析表明:网地藻藻际微生物间的相似性为77.78%,石莼藻际微生物细菌群落间的相似性为49.25%。Shannon指数分析表明,石莼藻际微生物多样性指数显著高于网地藻(P<0.05)。石莼藻际微生物细菌群落较网地藻丰富。

人参根际土壤微生物PCR-DGGE反应体系优化

[目的]优选人参根际土壤微生物的PCR-DGGE反应体系。[方法]以种植1年的人参土壤为材料,利用PCR-DGGE技术,对反应体系中的几种重要参数不同梯度进行了优化研究,包括模板、dNTPs、引物及Mg2+的用量。[结果]最适宜的反应体系为:模板DNA浓度为0.8μg/μl,dNTPs浓度为0.2 mmol/L,引物浓度为0.4μmol/L,Mg2+浓度为1.5 mmol/L。[结论]该方法简便快捷,为进一步研究人参根际土壤微生物多样性奠定了基础。

利用PCR-DGGE技术筛选分离海南黄帝椒产品微生物

黄帝椒是海南特产高辣度辣椒。该研究以黄帝椒产品为原料,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析了其微生物种群关系,并结合传统平板筛选法进行菌种分离及鉴定,获得了海南特辣黄帝椒产品优势微生物。研究结果显示,海南黄帝椒产品平板筛选分离到了Pseudomonas stutzeri,Lactobacillus plantarum,Lactobacillus brevis等可培养的菌株;DGGE图谱中检测到了6个条带,其中,乳酸菌占总菌数的65%,处于最优势地位,假单胞菌占总菌数的16%,处于次要地位。该研究也首次提及了不同的微生物对黄帝椒产品的颜色、脆性的影响。

应用PCR-DGGE技术研究宰后羊肉经不同处理后的微生物动态变化

应用16S rDNA变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱和系统发育分析方法,揭示了羊屠宰后经电刺激、吊挂两种方式处理后在4℃贮藏条件下主要微生物的动态变化。DGGE图谱表明,电刺激处理组在贮藏初期具有丰富的微生物群落,但经过一段时间后,只有少数种类细菌存活并最终成为主导菌群。吊挂组较电刺激组相比细菌群落较少。DGGE优势条带经DNA序列分析表明,羊肉中的主要细菌为嗜冷杆菌、葡萄球菌、克雷伯氏菌、假单胞菌、寡养单胞菌、肠杆菌、乳酸杆菌、热死环丝菌。两个处理组在储藏初期微生物菌群差异不大,但吊挂组在第10d后以葡萄球菌为主导菌群。电刺激组在贮藏过程后期才凸显的腐败菌为假单胞菌。

双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性的PCR-DGGE分析

将采自青岛市沿海潮间带的双齿围沙蚕Perinereis aibuhitensis(体质量为4～5 g)置于无菌海水中暂养24 h后,分别从5条双齿围沙蚕消化道中提取微生物基因组总DNA,应用细菌16S rDNA通用引物341f/534r进行细菌16S rDNA基因V3高变异区的PCR扩增,再将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),从而获得样品消化道共栖微生物群落特征的DNA指纹图谱。通过对指纹图谱半定量分析发现,采集的双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性丰富,优势条带明显,不同个体间既存在共同的微生物种属,也有各自特异的种属。其中存在一条共同的优势条带,但优势条带含量存在个体间差异。分别对DGGE指纹图谱中公共条带序列进行测序比对,结果表明,产丙酸菌属Propionigenium分别为5个样品中的优势菌群,假交替单胞菌属Pseudoalteromonas广泛分布于双齿围沙蚕消化道中。研究表明,基于16S rDNA的PCRDGGE图谱技术是分析双齿围沙蚕及其他海洋沉积食性无脊椎动物消化道微生物菌群结构较为有效的手段。

不同栽培时间三叶赤楠根际微生物多样性及其PCR-DGGE分析

应用聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）研究了不同栽培时间三叶赤楠根际微生物多样性特征。结果表明：采用改进的蛋白酶K-CTAB法提取的三叶赤楠土壤DNA经PCR扩增的产物经DGGE检测后得到的电泳条带清晰且分离效果好,可以明显反映出三叶赤楠生长过程中土壤微生物多样性的变化。栽培时间对三叶赤楠根际微生物特征有很大影响：随着栽培时间增加,土壤微生物多样性增加,在第4年多样性指数达到最高值2.741,第8年时多样性指数降为1.378。不同栽培时间三叶赤楠根际微生物类群组成有所变化。根际微生物特征可以作为盆景换盆的一个指导因素,三叶赤楠盆景的换盆在其生长46年时进行可能最为合适,此时三叶赤楠根际微生物的多样性最为丰富,进行换盆会加快其根际微生态系统的建成。