基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素

旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先,对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤,获得高质量序列比对到鸡的参考基因组,GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点,进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后,比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异,分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值,筛选受到选择的区域,并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明:1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率>98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区;系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远;文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能,而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述,影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌,这3个因素在进化过程中都受到强烈选择,对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理,不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征,而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。

基于全基因组重测序SNP分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构

旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP),以群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性标记比例(P_(N))、核苷酸多态性(Pi)、次等位基因频率(Maf)以及连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)衰减情况分析群体遗传多样性;使用主成分分析、系统发育树、群体结构分析探究不同品种的群体遗传结构;以群体分化指数(Fst)评估品种间的分化程度,以状态同源(identity by state,IBS)、G矩阵和群体近交系数(F ROH)分析宁蒗高原鸡保种群体的亲缘关系。结果显示,宁蒗高原鸡群体的观测杂合度(Ho)为0.212,小于其0.221的期望杂合度(He),而大围山微型鸡、独龙鸡和尼西鸡的Ho均高于He,表明宁蒗高原鸡群体遗传多样性较为丰富;LD衰减分析表明,4个品种的衰减速度由快到慢依次为宁蒗高原鸡、大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡,说明宁蒗高原鸡群体遗传多样性最高,基因组受选择程度最低;主成分分析和系统发育树结果表明,宁蒗高原鸡分为3个支系,大围山微型鸡与宁蒗高原鸡、独龙鸡和尼西鸡之间的遗传背景差异较大;群体结构分析显示,当K=2时为最优分群数,宁蒗高原鸡血统较为复杂,独龙鸡和尼西鸡血统较为相似;群体遗传分化结果发现,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均出现中等程度的分化,而独龙鸡和尼西鸡之间的遗传分化指数较小;IBS矩阵和G矩阵分析发现,宁蒗高原鸡保种群体间大部分个体亲缘关系较远,少数个体亲缘关系较近。以上结果表明,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均存在中等程度的分化,宁蒗高原鸡保种群体的遗传多样性较为丰富,但保种群体间存在一定的近交趋势,应建立有效的育种方案,加强保种,避免近交衰退。

全基因组关联分析筛选文昌鸡体尺性状相关分子标记

【目的】体尺是评价禽类生长特性的主要指标,通过筛选与文昌鸡体尺性状相关的分子标记及候选基因,为解析体尺性状的遗传机制及分子育种提供理论支撑。【方法】利用海南省文昌鸡品系3个世代(n=2024)群体作为研究对象,测定每只鸡在上市日龄的胫长、胫围、体斜长、龙骨长及胸宽等5个体尺性状。采集血液进行鸡“京芯一号”55 K芯片测序及基因分型,使用GEMMA软件与PLINK软件进行全基因组关联分析,鉴定与体尺性状相关的SNP位点和候选基因,通过LD分析鉴定与体尺性状显著相关的单倍型。【结果】表型结果显示,113日龄文昌鸡公鸡平均胫长8.64 cm,胫围0.46 cm,体斜长19.73 cm,龙骨长12.32 cm,胸宽6.81 cm;母鸡平均胫长6.98 cm,胫围0.40 cm,体斜长17.79 cm,龙骨长10.45 cm,胸宽6.24 cm。经过质控后,共保留42206个SNPs和2024个个体用于后续研究。使用Plink软件进行PCA主成分分析,结果发现3个世代群体存在一定的分散情况,因此在GWAS关联分析中加入了前3个主成分作为协变量,以校正群体结构对关联分析的影响。GWAS结果研究共鉴定出19个SNPs位点与胫长性状显著或建议性显著相关(P值分别为2.17789E-06和4.35578E-05),23个SNPs位点与胫围性状显著或建议性显著相关,7个SNPs位点与体斜长性状显著或建议性显著相关,2个SNPs位点与龙骨长性状显著或建议性显著相关,未鉴定出与胸宽性状或建议性显著相关的SNPs位点。通过对显著性位点进行注释,结果共鉴定到16个体尺性状相关的候选基因,包括羧基末端LIM结构域结合蛋白2(LIM domain binding 2,LDB2)、染色体缩合蛋白G(non-SMC condensin I complex subunit G,NCAPG)、序列相似家族184成员B基因(family with sequence similarity 184 member B,FAM184B)、A型钾离子通道调节蛋白4(potassium voltage-gated channel interacting protein 4,KCNIP4)等。通过LD单倍型分析结果显示,GGA4存在3个显著关联的单倍型,对于胫长性状,rs316943436和rs313978573两个位点位于单倍型区块中;对于胫围性状,rs313196946AA、rs316242963、rs315796839、rs313978573、rs734365522共5个位点位于单倍型区块中;对于体斜长性状,只有1个位点(rs313978573)位于单倍型区块中,其中候选基因LDB2和NCAPG在显著的block区块中被注释到。【结论】经GWAS方法筛选出SEPSECS、LGI2、DHX15、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、LDB2、CC2D2A作为胫长性状潜在的候选基因;FH、TBC1D1、DTHD1、SEPSECS、LGI2、SOD3、PPARGC1A、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、CLRN2、LDB2、TAPT1、CC2D2A作为胫围性状潜在的候选基因,KCNIP4、LDB2、TAPT1、NRXN3作为体斜长性状潜在的候选基因,FAM184B作为龙骨长性状潜在的候选基因。总之,本文确定了LDB2、NCAPG和FAM184B等作为胫长、胫围、体斜长和龙骨长等体尺性状的潜在功能基因。为文昌鸡体尺性能的分子标记辅助选择育种提供理论支撑。

镇坪乌鸡群体遗传多样性及遗传结构分析

为了解镇坪乌鸡的群体遗传多样性和遗传结构差异,试验对镇坪乌鸡及国内外9个品种鸡(略阳乌鸡、红色原鸡、白来航鸡、BRB肉鸡、赤水乌骨鸡、乌蒙乌骨鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡和藏黑鸡)的基因组测序数据进行分析,利用基因组核苷酸多态性信息计算观测杂合度和连锁不平衡衰减距离等评价群体遗传多样性的指标,并通过构建系统发育树,进行群体遗传分化指数(Fst)、主成分和Admixture分析解析这些品种的群体结构特征。结果显示:镇坪乌鸡遗传多样性丰富、杂合度较低,连锁不平衡(LD)衰减距离短,衰减速度快;Fst分析结果表明,不同乌鸡品种之间呈现较低水平的遗传分化,而镇坪乌鸡与非乌鸡品种之间呈现中高水平的遗传分化;Admixture分析显示,国外品种遗传结构单一,国内地方品种则遗传结构相对复杂,且可能与国外品种发生过杂交;此外,略阳乌鸡与镇坪乌鸡的遗传结构相似,表明两个品种可能具有较高的同源性。综上所述,镇坪乌鸡遗传多样性丰富,遗传资源具有巨大的挖掘潜力,但杂合度较低,存在与其他品种杂交的现象,应及时建立和实施遗传资源保护策略。

不同方法检测鸡胴体中沙门菌结果的比较研究

对鸡胴体淋洗液样品进行沙门菌检测,样品经过前增菌和选择性增菌后,分别采用4种不同的方法进行检测,即普通PCR方法、实时荧光PCR方法、免疫学方法(VIDAS)和传统的微生物检验方法。共检测了56份样品,普通PCR检出阳性样品34份,实时荧光PCR阳性样品36份,VIDAS阳性样品28份;PCR和实时荧光定量PCR均无假阳性和假阴性结果。结果显示该3种检测方法均可以用于鸡胴体中沙门菌的快速检测。

从鸡血中提取高质量DNA的研究

经研究改进，建立了一种从鸡血中提取高质量ＤＮＡ的有效方法，电泳检测，ＤＮＡ带型整齐集中，无拖尾现象，证明ＤＮＡ分子片段完整，长度大于２３ｋｂ。紫外分光光度计检测，所提取ＤＮＡ的ＯＤ２６０与ＯＤ２８０比值达１．７５±０．０６，证明所提ＤＮＡ质量好，纯度高。

基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性

为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息,本研究采集了江西省5个地方鸡品种,广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样,利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况。结果表明,8个地方鸡品种45647个位点的多态信息含量大多为0.25<PIC<0.5,属于中度多态,表明这8个地方鸡品种有较丰富的遗传多样性;聚类分析表明,8个地方鸡品种有较弱的地理关系;品种间的遗传距离在0.2549~0.3609,修水黄羽乌鸡和泰和乌鸡的遗传距离为0.2549,东乡绿壳蛋鸡和崇仁麻鸡的遗传距离为0.3069。安义瓦灰鸡与其它品种的遗传距离在0.2747和0.3408之间,其中安义瓦灰鸡和修水黄羽乌鸡遗传距离最近,和崇仁麻鸡遗传距离最远。结果表明,8个地方鸡品种有较丰富的遗传多样性,为以后品种开发利用提供遗传素材;不同地区的地方鸡没有明显的地域差异,品种间没有显著的遗传分化,两个乌鸡品种(泰和乌鸡和修水黄羽乌鸡)和安义瓦灰鸡品种有相对较近的遗传关系。

江苏省肉鸡屠宰环节胴体沙门菌污染状况分析

目的了解江苏肉鸡屠宰过程中胴体沙门菌污染情况,为屠宰环节肉鸡胴体沙门菌风险评估提供依据。方法采集不同季节屠宰过程中的肉鸡胴体进行沙门菌定性及定量检验,并对检出的沙门菌进行血清学分型。结果 150份样品中检出沙门菌71份,污染率47.3%,其中夏、秋季(预冷后采样)污染率均为36.0%,冬季(预冷前采样)污染率70.0%,差异有统计学意义(P<0.01)。夏、秋季鸡胴体沙门菌污染量≤1.0MPN/g的占93.0%,所有样品污染量均<2.0MPN/g;冬季沙门菌污染量≤1.0MPN/g的占86.0%,其中1份样品污染量为3.8MPN/g。检出的沙门菌血清型集中在1～3种。结论屠宰厂肉鸡胴体沙门菌污染率与屠宰预冷处理环节有关,以鸡胴体间的交叉污染为主。

淅川乌骨鸡全基因组转座子的鉴定与分析

【目的】通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。【方法】对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。【结果】经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。【结论】转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。

响应面法优化烧全鸡抑菌配方

利用响应面法,以壳聚糖、Nisin、溶菌酶添加量为因素,抑菌率为响应值建立回归模型,以确定最佳的烧全鸡抑菌配方。结果表明:在添加壳聚糖0.36%、Nisin 0.038%、溶菌酶0.05%时,室温保存3d后,烧全鸡中的细菌抑菌率为95.4%,抑制细菌的效果最佳,且该配方下的试验结果与模型拟合程度较好。

鸡传染性支气管炎(IB)H_(120)细胞弱毒疫苗研究

通过近三年试验,研制出鸡传染性支气管炎毒株IB H_(120)细胞弱毒苗,经室内外近40万羽雏鸡免疫试验表明:该苗以每羽0.01ml滴鼻、点眼或口服免疫4～12日龄雏鸡,7d后产生免疫力;免疫后17d、32d、60d抗标准强毒攻击的免疫保护率分别为88.7%、87.5%、87.5%,免疫期可达二个月;其最小免疫量为0.001ml/羽;以10个免疫剂量接种雏鸡无任何不良反应,安全性能良好;-20℃保存半年、4℃保存一个月效力不变.

全胚连续消化制备鸡胚成纤维细胞技术研究

在一定条件下，将全胚置胰酶消化液中搅拌连续消化，建立了全胚连续消化制备鸡胚成纤维细胞（ＣｈｉｃｋｅｎＥｍｂｒｙｏＦｉｂｒｏｂｌａｓｔ，ＣＥＦ）技术，用该技术制备ＣＥＦ，每胚细胞产量达２．０亿个以上，是传统技术的２～３倍．所制备的细胞活性高，贴壁性强，分散度好，培养的单层均匀．以这种细胞单层为基质增殖病毒，病毒产量不低于传统方法制备的细胞单层的水平．

白煮整鸡的真空冷却工艺研究

研究真空冷却工艺(VC)对白煮整鸡鸡肉品质的影响,并与传统风冷(BC)比较,对其冷却速率、质量损失、细菌总数、色泽及质构进行研究。结果表明,真空冷却速度明显快于风冷,提高冷却速度在4倍以上,但其质量损失增加了3%以上。与风冷相比,真空冷却产品的红度值、剪切力增加,真空冷却可降低产品初始细菌总数,并减缓样品贮藏过程中微生物的增长速度。

全基因组重测序在鸡中的应用和研究进展

高通量测序技术的出现不仅推动了生命科学的发展进程,为许多生命机制的解析提供了技术支撑,也为基因组学研究中曾经未解的一些难题带来了新的解决方法。随着基因组研究水平的不断深入,越来越多家养动物的基因组信息被逐渐公布,极大地推动了家养动物重要性状在全基因水平上的研究进程。自鸡的基因组序列信息公布以来,重测序技术被大量运用于基因组选择以及由基因组序列差异导致的鸡群体结构、遗传多样性、进化机制、重要经济性状等方面的研究。本文对全基因组重测序原始数据的处理、序列比对、变异检测、测序深度进行阐述,综述了鸡的重要表型性状、遗传进化、基因组选择、蛋品质、肉品质、生长性状等的重要研究进展,并分析了当前鸡基因组研究面临的问题和挑战。

不同品种鸡全蛋及蛋黄营养物质含量分析研究

为了研究高产蛋鸡和地方品种鸡在全蛋与蛋黄中营养物质相对含量和绝对含量的差异及其原因,选用罗曼粉壳蛋鸡和北京油鸡为试验材料,在相同的饲养条件下进行饲养,43周龄时,连续收集10 d的鸡蛋并进行蛋品质测定。结果显示:除粗蛋白外,主要的营养化学物质存在于蛋黄中;营养化学物质在蛋黄中的差异要小于在全蛋中的差异,并且这种差异主要是由于干物质含量以及蛋黄比例的差异所引起的。只有在卵磷脂这一营养化学指标上,不管是在全蛋还是在蛋黄中,不管是相对含量还是绝对含量上,北京油鸡都要极显著地高于罗曼粉壳蛋鸡,这可能与品种有关。

基于GO法的冰鲜鸡流通全过程的可靠性研究

通过将GO法运用到冰鲜鸡流通全过程的可靠性研究中,来提升冰鲜鸡流通过程的可靠性。首先,构建冰鲜鸡流通全过程的结构模型,找到与冰鲜鸡流通过程有关的种鸡饲养环节、屠宰冰鲜环节、冷链运输销售等环节的影响因素;其次,建立GO图模型,计算出冰鲜鸡流通过程中各环节影响因素的故障概率,并对冰鲜鸡流通全过程可靠度进行定量计算,得出冰鲜鸡流通全过程的可靠度为0.898;再次,运用故障树分析方法对冰鲜鸡流通全过程可靠度进行定性分析,并对各个环节影响因素的重要度进行计算,找出了影响冰鲜鸡流通全过程可靠性的重要因素。最后,通过对冰鲜鸡流通全过程可靠度定量计算和定性分析,证明了在基于GO法的冰鲜鸡流通全过程可靠性分析的可行性及优越性。

鸡Ⅹ期胚盘细胞分散培养与整胚培养比较初探

为比较鸡Ⅹ期胚盘细胞分散培养与整胚培养效果,对鸡Ⅹ期胚盘细胞分别进行分散培养和整胚培养并进行传代,观察细胞生长情况,通过碱性磷酸酶(AKP)染色鉴定计算阳性克隆率;结果,分散培养的细胞生长状态良好,整胚培养的细胞贴壁能力较差,培养过程中细胞易分化;传代后两种方法培养的细胞AKP阳性克隆率差异显著(P<0.01)。表明鸡Ⅹ期胚盘细胞分散培养效果较为理想。

罗曼鹤鸡骨髓间充质干细胞的分离培养和鉴定

目的建立鸡骨髓间充质干细胞（BMSCs）的分离培养和鉴定体系。方法从1～14天龄罗曼鹤鸡骨髓中分离骨髓细胞，差速贴壁法纯化、扩增BMSCs。倒置显微镜下观察细胞形态特征，MTY法绘制生长曲线，流式细胞仪检测细胞标志物，并分别进行成骨、成脂诱导分化能力检测。结果分离培养的细胞呈成纤维细胞样或长梭形，生长状态良好；CD29阳性表达率为92．10％，CD34阳性表达率仅为0．80％；经成骨诱导分化，出现明显的钙化结节，茜素红染色阳性；经成脂诱导分化，油红O染色阳性，细胞内出现明显的脂质小滴。结论建立了操作简单、高效的鸡BMSCs分离培养和鉴定体系，为鸡BMSCs的进一步研究和应用提供了良好的基础。

响应面法优化全骨复合物营养液调配工艺

响应面法对全骨复合物营养液调配工艺进行优化。以鸡骨为原料制备全骨复合物营养液,以其气味、色泽、外观形态及滋味组成,经层次分析法定义的感官质量评价综合得分为响应值对全骨复合物营养液调配工艺参数进行优化,得到其回归方程。同时,采用SAS软件进行响应面分析优化后营养液制备工艺参数为苹果酸添加量0.11%、甘氨酸添加量0.58%、谷氨酸添加量0.42%、蔗糖添加量5.27%、蜂蜜添加量2.05%,试验值与方程模拟值较吻合。

全基因组测序在畜禽中应用的研究进展

在基因组研究方面,目前全基因组测序已由第一代测序技术发展到第三代测序技术,全基因组测序与传统方法相比具有更加全面、精准、高效等优势。随着测序技术的发展和费用的降低,全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术逐渐成为基因组研究应用最广泛的技术。全基因组测序已经在畜禽起源进化、重要经济性状基因挖掘、分子育种等方面取得了诸多成果。通过全基因组重测序,能够发现拷贝数变异(copy number variation,CNV)及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)变异,丰富现有的CNV和SNP数据库,为抗病、生长、食欲、代谢调节、表型、环境适应机制及重要经济性状基因的分析提供重要数据。作者针对全基因组测序技术在主要畜禽上的研究进展,综述了全基因组测序在畜禽的品种遗传多样性、群体演变机制、功能基因挖掘等研究中的应用,并探讨了全基因组测序存在的问题,旨在为畜禽种质资源保护和分子育种实践提供参考。