基于线粒体DNA (mtDNA) COⅠ～COⅡ分析四川省东方蜜蜂遗传多样性

为探讨四川省东方蜜蜂的遗传多样性,本文以线粒体DNA COⅠ～ COⅡ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析四川省9个地区共268种群东方蜜蜂的遗传多样性.结果显示：（1）该线粒体DNA片段的碱基长度为761 bp,碱基组成为：A为40.4％,T为42.4％,C为10.8％,G为6.4％,表现出A＋T偏倚性;（2）共发现36个置换突变和两个移码突变.其中,置换突变包括27个转换、8个颠换和第608位既包括转换又包括颠换的置换突变;第279,280位插入缺失突变的移码突变;（3）共发现单倍型38个,单倍型多样性为：0.903±0.010,核苷酸多样性为：0.00291±0.000 13; （4）聚类分析结果显示四川省东方蜜蜂无明显分化,与国内云南、重庆、甘肃、北京以及吉林等地亲缘关系较近,无明显遗传分化现象,与日本亲缘关系较近,与台湾、马来西亚等地的亲缘关系较远.

基于线粒体DNA tRNA^(leu)-COⅡ序列分析阿坝中蜂遗传多样性

为了解阿坝中蜂遗传多样性,对21个样点的347群阿坝中蜂样本进行线粒体DNA tRNA^(leu)-COⅡ序列扩增、测序,获得347条长度为335bp多序列片段包括36bp的非编码序列和299bp的COII基因编码序列,两个序列A+T碱基含量分别是99.8%、84.6%,分析出14个碱基变异位点,占总测定位点4.18%;划分出18个单倍型(Hap_1~Hap_18),单倍型Hap_1在所有样点均有分布且数量最多,有231个样本,达到总样本的66.6%。总体单倍型多样度为0.536,核苷酸多样度为0.00200,平均核苷酸差异数0.666,汶川县威州镇万村样本单倍体多样度最低,黑水县芦花镇昌德村样本单倍体多样度最高;单倍型系统发育树构建显示18个单倍型聚为2个大类群,不存在单独聚类一起单倍型;说明阿坝中蜂种群内部存在不同程度分化,研究结果可为阿坝中蜂遗传多样性研究、保护与利用提供一定的理论基础。

基于线粒体DNA COⅠ～COⅡ分析云南省东方蜜蜂遗传多样性

为探讨云南省东方蜜蜂的遗传多样性,本研究以线粒体DNA COⅠ～COⅡ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了云南省6个采样点共179群东方蜜蜂的遗传多样性。结果显示：（1）所得线粒体DNA片段的碱基长度为760 bp,碱基组成为：A为40.4%,T为42.4%,C为10.7%,G为6.5%,表现出A＋T偏倚性;（2）共发现28个变异位点,其中,简约信息位点18个,单一多态位点10个;（3）定义了29种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.884和0.002 69;（4）聚类分析结果显示云南省东方蜜蜂无明显遗传分化现象,与国内重庆、甘肃、北京等地亲缘关系较近,与台湾地区亲缘关系较远;与国外的韩国、日本亲缘关系较近,而与马来西亚等地的亲缘关系较远。

基于线粒体COⅠ～COⅡ序列的黑带食蚜蝇(Episyrphus balteatus)遗传多样性初探

利用COⅠ的通用引物,采用PCR法对黑带食蚜蝇(Episyrphus balteatus)线粒体DNA序列进行扩增、测序及比对;4个不同地区的种群分析结果表明:1共获得1041个bp的DNA序列,A、T、G、C的比例分别为40.2%、30.1%、13.1%、16.6%,表现出明显的A+T偏倚性;2经过与GENEBANK已知序列比对,该片断位于线粒体的COⅠ~tRNALEU^COⅡ区域;3共检测到8处(N=20)碱基变异,已经产生了遗传差异,形成1个共有单倍型、7个特有单倍型;4NETWORK分析表明,已经产生明显的遗传分化.

基于线粒体DNA COⅡ基因的亚洲玉米螟中国不同地理种群遗传分化及基因流研究

本文通过对中国亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis(Guenée)17个地理种群的线粒体COⅡ基因进行序列分析,对中国亚洲玉米螟种群间的遗传分化程度和基因流水平进行了初步研究。在获得的413条序列样本中共发现了34个变异位点、35种单倍型。总体单倍型多样性指数Hd为0.811,种群内单倍型多样度在0.424～0.862范围内。17个种群间的平均基因流(Nm)为2.02。总群体的固定系数Fst为0.234。AMOVA分子方差分析结果表明中国玉米螟的遗传分化主要来自种群内部(76.45%)。各种群的TajimasD值中性检验符合中性突变,说明中国亚洲玉米螟在历史上没有出现群体扩张,群体大小稳定。各地理种群的遗传距离与地理距离间不具有显著的相关性。各地理种群中的单倍型在系统发生树上散布在不同的分布群中,缺乏明显的地理分布格局。

基于线粒体COⅡ基因序列的双斑长跗萤叶甲中国北方地理种群的遗传多样性研究

双斑长跗萤叶甲Monolepta hieroglyphica(Motschulsky)是自2001年以来在我国北方为害玉米呈加重趋势的一种害虫。为初步探讨中国北方不同地理种群间和种群内该害虫的遗传分化程度、遗传多样性以及基因流水平,对来自中国北方的26个不同地理种群的线粒体COⅡ(细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ)基因片段序列的核苷酸多态性进行了研究。结果表明:在515头个体的长度为484bpCOⅡ片段中共发现了28个变异位点和15种单倍型。单倍型间的系统进化分析发现,15种单倍型主要分为两大分支。总种群单倍型多样性指数Hd为0.257,种群内单倍型多样度在0.100～0.515范围内。总种群的Fst为0.585,Gst为0.417,基因流Nm为0.35。AMOVA分子变异分析结果发现,双斑长跗萤叶甲的遗传分化主要来自种群之间,占方差比率的58.58%。实验总种群及大部分种群的中性检验符合中性突变,说明我国北方双斑长跗萤叶甲在近期没有出现种群扩张现象。研究结果揭示中国北方双斑长跗萤叶甲不同地理种群间基因流水平低,种群间已发生明显的遗传分化,分化主要来自种群之间。

嗜尸性苍蝇mtDNA中COⅠ和COⅡ基因序列检测及法医学应用

目的 利用线粒体DNA(m t DNA)上细胞色素氧化酶辅酶 和 (CO 、CO )中2 78bp和6 35 bp基因序列对嗜尸性苍蝇及其幼虫、卵进行种属鉴定。方法 随机采集放置在呼和浩特地区室外草地兔尸体和甘肃敦煌戈壁滩猪尸体上的嗜尸性苍蝇、幼虫、苍蝇腹中的卵,提取苍蝇m t DNA进行PCR扩增;并进行扩增结果检测;PCR胶回收纯化、测序并进行序列分析和构建系统发育树。结果 上述嗜尸性苍蝇mt DNA上CO 和(或) CO 基因序列在双翅目嗜尸性苍蝇的种内基因差异均数小于1% ,种间差异均数大于3% ,成虫与幼虫、卵之间几乎没有明显差异,表明在嗜尸性苍蝇种内和种间序列差异均数百分比范围内无重叠,并由此根据CO 和(或) CO 序列差异判断两个个体是否同种。结论 mt DNA上CO 和(或) CO 序列分析均能有效地对嗜尸性苍蝇及其幼虫、卵进行种属鉴定,CO +CO 和CO 的检验效能要高于CO 。

3种中华绒螯蟹群体线粒体CO Ⅱ基因序列测定与进化分析

对我国长江与移居到英国泰晤士河、美国旧金山湾的3个中华绒螯蟹群体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(CO Ⅱ)的全序列进行了测定。在693bp的序列长度中,长江群体、泰晤士河群体和旧金山湾群体分别有20、8、7个变异位点;它们的单倍型多样性指数分别为0.8433、0.8158、0.7821;核苷酸多样性指数分别为0.0048、0.0031、0.0039。AMOVA分析表明:长江群体与泰晤士河群体和旧金山湾群体已出了显著的遗传分化,而泰晤士河群体和旧金山湾群体间却未出显著的遗传分化。邻接法(NJ)构建的系统关系树和最小拓展网络分析显示,旧金山湾群体与泰晤士河群体存在一定程度的基因流,旧金山湾的中华绒螯蟹群体除直接来自中国长江外,也可能有一部分来自先移居于欧洲的群体。

中华绒螯蟹线粒体COⅡ基因全序列测定

通过克隆测序方法 ,报道了中华绒螯蟹 (Eriocheirjaponicasinensis)线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ (COⅡ )基因全序列 .与已知甲壳动物线粒体同源序列的比较显示 ,绒螯蟹COⅡ基因的核苷酸组成及其编码的氨基酸组成与软甲类甲壳动物最相近似 .其序列组成与密码子使用对A、T核苷酸没有明显的偏倚 .对中华绒螯蟹COⅡ全序列及其序列特征的研究 。

2种银鱼线粒体COⅡ及侧翼tRNA基因的测定分析及其亲缘关系研究

探讨4种银鱼及香鱼线粒体COⅡ基因序列变异及它们的亲缘关系。测定和分析大银鱼和太湖新银鱼线粒体COⅡ基因全序列及侧翼tRNA基因序列。并与有明银鱼、小齿日本银鱼及香鱼的同源序列比较,发现大银鱼和太湖新银鱼COⅡ基因的核苷酸序列差异最小,香鱼与有明银鱼的差异最大。此外,选加大西洋鲑等共11种鱼类的COⅡ基因序列,用NJ法和MP法对其进行系统树重建,结果显示:系统树一致将4种银鱼和香鱼聚为一支,其中大银鱼与太湖新银鱼亲缘关系最近。

应用COⅡ基因部分序列分析翘嘴鲌群体的遗传多样性

应用线粒体COⅡ基因的部分序列，分析了中国不同地理群体翘嘴鲌Culter alburnus的遗传多样性。结果表明：中国翘嘴鲌各群体的核苷酸多样性为0～0．00444，核苷酸差异度为0．00085—0．00454；6个群体的36个个体中共检测到6种单倍型，单倍型多样性为0．6048。AMOVA分析显示，42．58％的遗传变异来自群体间，而57．42％的遗传变异来自群体内（P〈0．01）。36个个体的MP和NJ系统树明显地分为两大分支，即兴凯湖、南湾和太湖群体为一支；三溪口、浮桥河和梁子湖群体为另一支。分析结果表明，应用COⅡ基因仅可以把中国的翘嘴鲌进行大致的区域划分，但尚不能作为群体之间鉴别的分子标记。

抗霉素A抑制PC12细胞线粒体COⅡ基因表达

采用不同浓度的抗霉素 A(一种能提高线粒体内活性氧水平的线粒体抑制剂 )处理 PC12细胞 ,利用血细胞计数、台盼蓝排除法以及 MTT法进行细胞活性检测。实验证明 ,当抗霉素 A的浓度达到 15 0 μmol/L时 ,PC12细胞开始出现损伤 ;进一步采用 RNA斑点杂交和 RT-PCR技术分析发现抗霉素 A所致的细胞损伤和线粒体内细胞色素 C氧化酶亚基 (CO )基因表达下降有关。本研究证实线粒体介导的活性氧的产生能早期诱导线粒体细胞色素氧化酶的活性的改变 ,逐步引起

中国黄粉蝶亚科六属间基于COⅡ和EF-1α基因部分序列的系统发育关系(鳞翅目:粉蝶科)

为了探讨中国黄粉蝶亚科属间的系统发育关系,我们对其中6属9种的细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)的部分序列和延伸因子基因(EF-1α)部分序列进行了分析。分别采用最大简约法(maximum parsimony,MP)、最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯推论法(bayesian inference,BI)构建黄粉蝶亚科分子系统树。结果表明:在测得的COⅡ基因的648bp序列和EF-1α基因的504bp序列中,有261个变异位点,151个简约信息位点,黄粉蝶亚科内各属COⅡ基因A+T含量(77.3%)均明显偏高。系统发育分析显示黄粉蝶属为亚科中较为原始的类群,分化较早,豆粉蝶属和迁粉蝶属亲缘关系较近,但钩粉蝶属与豆粉蝶属、迁粉蝶属之间的亲缘关系还不能确定。本研究结果和传统的基于形态学的黄粉蝶亚科的分类体系有所不同,最显著的分歧是本研究支持内群中分化最早的属应为黄粉蝶属,而不是豆粉蝶属和迁粉蝶属。

基于线粒体COⅡ基因的中国蝽科分子系统学研究(半翅目,异翅亚目)

扩增并测定了我国蝽科4亚科8属11种昆虫线粒体COⅡ基因585 bp的序列,对序列的碱基组成、转换颠换、遗传距离等进行分析,探讨了COⅡ基因在该科的分子进化机制.并基于COⅡ基因序列数据,分别采用邻接法（NI）、最大简约法（MP）和贝叶斯推论法（BI）建立蝽科分子系统发育关系.研究结果表明,蝽科昆虫COⅡ基因A＋T含量平均为71.7%,存在较强的A＋T含量偏向性,氨基酸的变异率为27.2%;亚科间的遗传距离介于0.168～0.242之间,大于亚科内属种间的遗传距离,蝽科与盾蝽科2外群之间遗传距离最大,两科之间存在明显的间断.分子系统发育树表明,短喙蝽亚科为蝽科中较为原始的类群,分化较早,益蝽亚科与舌盾蝽亚科关系较近,形成一对姐妹群,蝽科中捕食性种类--益蝽亚科是较为特化的类群,它是由植食性种类分化而来.蝽科4亚科间的分子系统发育关系为Phyllocephalinae＋（Pentatominae＋（Asopinae＋Podopinae）.

浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)CO Ⅱ和D-loop基因克隆及系统发育分析

采用扩增COⅡ、D-loop序列、进行序列比对和系统树分析并结合形态特征观察的方法,研究了浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)的系统分类和种类鉴定。形态特征结果表明,新昌光唇鱼具有光唇鱼属鱼类的基本特征;扩增得到COⅡ序列全长691bp,D-loop序列全长931—944bp,A+T含量两基因序列都高于G+C(A+T的含量分别为57.30%—57.80%和65.30%—65.90%),G的含量在四种碱基中最低;COⅡ序列有6个碱基位点存在转换,而D-loop则存在多个碱基的转换、颠换、缺失或插入位点。浙江新昌光唇鱼群体内COⅡ、D-loop基因的平均遗传距离分别为0.003、0.005;基于COⅡ和D-loop序列构建的NJ法系统树均显示新昌光唇鱼与温州光唇鱼(A.wenchowensis)形成一个紧密的簇,序列相似性分别为99.94%和99.36%,遗传距离分别为0.000、0.011,未达到种间分化水平(遗传距离大于0.05),表明新昌光唇鱼与温州光唇鱼为同一种,且根据形态特征可以断定为二个不同的地理群体,而D-loop序列因进化速度较快更适于光唇鱼属种内及近缘物种的种间亲缘关系的研究。研究结果既有助于新昌光唇鱼资源的开发利用,又可为研究光唇鱼类的分类提供参考资料。

基于COⅡ和EF-1α基因部分序列的中国蝶类科间系统发生关系

为了探讨中国蝶类科间系统发生关系,本文对细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)的部分序列(620bp)和延伸因子基因(EF-1α)部分序列(595bp)进行了分析(共1215bp)。其中有464个变异位点,330个简约信息位点。COⅡ基因部分序列表现出明显的A+T含量(76.3%)偏高。分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯推论法(Bayesian Inference,BI)重建了分子系统树。结果表明:弄蝶科、凤蝶科、粉蝶科、灰蝶科能够单独成一支,其中弄蝶科位于系统树的基部,分化较早,是较原始的类群,与传统的形态分类结果是相一致的;粉蝶科与凤蝶科的亲缘关系较近;蚬蝶科倾向与灰蝶科有较近的亲缘关系,且蚬蝶科种群始终聚为一支,显示了该科是一个单系群,从单系性方面来看,本文支持将蚬蝶科作为一个独立的科;此外,本文结果表明,中国分布的蛱蝶总科是一单系群,并且它与灰蝶科和蚬蝶科聚成的一支是姐妹群关系。

叶尔羌河土著鱼类寄生对盲囊线虫的分子鉴定和群体遗传结构分析

为探明叶尔羌河5种土著鱼寄生对盲囊线虫(Contracaecum sp.)的群体遗传结构,基于其核糖体ITS-1基因进行分子鉴定,并利用线粒体COⅡ基因进行遗传结构分析。结果显示,5个对盲囊线虫群体均为鲁道夫对盲囊线虫B种(Contracaecum rudolphii B),共检测出71个单倍型,5个群体的单倍型多样性为0.714~0.978,核苷酸多样性为0.00540~0.01091。系统发育树和网络图显示,5个群体间未形成与宿主相对应谱系。遗传分化指数为-0.0013~0.1086,AMOVA分析显示,群体间变异和群体内变异分别占4.33%和95.67%,5个群体遗传变异主要来自群体内部。综上,叶尔羌河5种土著鱼体内寄生鲁道夫对盲囊线虫B种群体均属高遗传多样性群体,各群体间分化程度较低,群体间基因交流频繁。

基于线粒体COⅠ和COⅡ基因的沙果小食心虫与梨小食心虫的分子鉴定

【目的】建立基于线粒体COⅠ和COⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫,利用PCR和基因测序技术,扩增2种食心虫的线粒体COⅠ和COⅡ基因,将获得的COⅠ和COⅡ基因序列在GenBank中进行BLAST比对,并通过GeneDoc软件分析基因序列相似性,利用Mega 5.05软件分别计算基于COⅠ和COⅡ基因序列的遗传距离,并分别构建COⅠ和COⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的2种食心虫样本中,沙果小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.4%以上,梨小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.6%以上,2种食心虫COⅠ基因的种间相似度为95.0%-95.6%;沙果小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.0%以上,梨小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.3%以上,2种食心虫COⅡ基因的种间相似度为94.6%-95.5%;2种食心虫COⅠ基因种间存在30个稳定变异位点,COⅡ基因种间有26个稳定变异位点。2种食心虫种内遗传距离为0.001-0.006（COⅠ）和0.001-0.010（COⅡ）,种间遗传距离为0.046-0.052（COⅠ）和0.047-0.057（COⅡ）,基于COⅠ和COⅡ基因的种间遗传距离均显著大于种内遗传距离。分别构建COⅠ和COⅡ基因单倍型的系统发育树,结果显示,在2个基因的系统发育树上,2种食心虫的基因序列分别位于不同的进化支,且置信度均达到100%,同种食心虫的基因序列位于相同的进化枝。【结论】可以根据本研究所用的COⅠ和COⅡ基因序列的差异性,进行沙果小食心虫和梨小食心虫的分子鉴定。

嗜尸性苍蝇mtDNA中COⅡ基因序列检测

目的利用线粒体DNA(m tDNA)上细胞色素氧化酶辅酶Ⅱ(COⅡ)中635bp基因序列,解决嗜尸性苍蝇及其卵和幼虫种类鉴定的难题。方法随机采集放置在呼和浩特地区室外草地家兔尸体上的嗜尸性苍蝇、幼虫、苍蝇腹中的卵。利用Chelex方法提取上述苍蝇m tDNA;通过Perk in-E lm er 9600扩增仪进行PCR扩增;琼脂糖水平电泳和银染显色技术进行扩增结果检测;PCR胶回收试剂盒纯化;AB I 377测序仪测序;DNAMAN 4.0序列分析软件,进行序列比对,截取等长度片段;MEGA2.1软件包进行序列分析和构建系统发育树。结果上述嗜尸性苍蝇m tDNA上COⅡ基因序列在双翅目嗜尸性苍蝇的种内差异均数小于1%,种间差异均数大于3%,成虫与幼虫、卵无明显差异。以此能够根据COⅡ序列差异判断两个个体是否同种。然而,对于亲缘关系非常接近的铜绿蝇和丝光绿蝇来说,由于二者的种内、种间进化分歧均数非常接近,运用上述两个片段则很难区别。结论m tDNA上COⅡ序列分析能有效地对绝大多数嗜尸性苍蝇进行种类鉴定。该检测方法快速、简便和精确,能作为法医鉴别嗜尸性苍蝇种类的依据。

池蝶蚌(Hyriopsis Schlegelii)线粒体DNA COⅡ基因的序列分析

用细胞色素氧化酶Ⅱ基因特异性引物,对人工选育后的F3代池蝶蚌的线粒体细胞色素氧化酶Ⅱ基因进行PCR扩增和双向测序,在10个个体中均得到序列一致的细胞色素氧化酶Ⅱ基因序列,长度为681bp;A、T、G、C含量分别为19.4%(132个)、30.4%(207个)、38.9%(265个)和11.3%(77个),A+T含量(58.3%)明显高于G+C(41.7%)含量,与其它淡水珠蚌科种类相同基因片段的碱基含量相似;密码子上4种碱基使用出现偏倚性,密码子第1位上碱基G使用率高达38.8%,碱基T为29.5%;密码子第2位上碱基T的使用率为38.8%,碱基C的使用率低至15.9%;密码子第3位上碱基T的使用率高达48.5%,而碱基C的使用率仅为4%;第3位碱基T的使用率比第二位高,这种递增现象也出现在高等无脊椎动物昆虫的COⅡ上。BLAST结果显示池蝶蚌COⅡ与三角帆蚌具有较高的同源性,相似性为95%,MP法构建的分子系统进化树表明这两种淡水珍珠育珠蚌的亲缘关系最近。