基于生物信息学方法分析肝癌和糖尿病共有的关键基因和信号通路

目的利用生物信息学方法探究肝癌和糖尿病共有的基因特征和致病机制。方法在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载肝癌数据集(GSE121248)和糖尿病数据集(GSE29221),通过R语言包进行差异分析,Venn图获取共有的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。对DEGs进行GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,Cytoscape软件获取PPI(protein protein interaction)网络中的关键模块和核心基因。在NetworkAnalyst数据库中进行基因、转录因子和mi-RNA的网络互作分析。DGIdb数据库用于基因与药物的互作分析。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因的预后价值。结果共筛选出39个DEGs,这些DEGs在细胞外基质、胰岛素样生长因子受体信号通路的正调控、肝素结合和P53通路等信号通路中显著富集。共筛选出6个核心基因(THBS1、DCN、BGN、COL14A1、LUM、PCOLC),其中2个核心基因(DCN、THBS1)可与相关肿瘤治疗药物互作,1个核心基因(DCN)与肝癌患者预后相关。结论DCN可能是治疗糖尿病并发肝癌的潜在药物靶点。

KIF20A基因对肝癌Huh7细胞放射敏感性的影响及作用机制的研究

目的探讨驱动蛋白家族20A(kinesin family 20A,KIF20A)基因对肝癌Huh7细胞放射敏感性的影响及可能的作用机制。方法qPCR检测不同剂量(0、2、4、6、8 Gy)照射后Huh7中KIF20A mRNA表达量,通过慢病毒感染构建沉默KIF20A的Huh7细胞株,RT-qPCR和蛋白质印迹验证KIF20A沉默效果,细胞计数试剂盒8(cell counting kit 8,CCK-8)法、集落形成实验检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞凋亡,Transwell实验、划痕实验检测细胞侵袭和迁移能力,蛋白质印迹检测PI3K/AKT信号通路相关蛋白表达。结果肝癌Huh7细胞中KIF20A的mRNA表达水平随着X射线剂量的增加而逐渐上调(P<0.05)。感染KIF20A siRNA能够显著抑制Huh7细胞中KIF20A mRNA和蛋白表达(P<0.05)。随着辐射剂量的增加,细胞存活率逐渐下降(P<0.05),沉默KIF20A的Huh7细胞存活率明显降低(P<0.05)。沉默KIF20A的Huh7细胞集落形成率明显降低(P<0.05),侵袭和迁移能力明显受到抑制(P<0.05),凋亡率明显升高(P<0.05),细胞中PI3K水平下调(P<0.05),AKT磷酸化水平减少(P<0.05)。结论沉默KIF20A能够增强肝癌Huh7细胞放射敏感性,其作用机制可能与PI3K/AKT信号通路有关。

TGF-β2 mRNA及蛋白在睾丸癌癌组织中的表达及临床意义

目的:探讨转化生长因子β2(TGF-β2)mRNA及蛋白在睾丸癌癌组织中的表达及临床意义。方法:病例选取西安交通大学医学院附属三二○一医院2013年4月至2016年12月期间经手术切除的睾丸癌标本,总共160例,另选取30例同期活检正常睾丸标本作为对照。采用荧光定量法和免疫印迹法检测TGF-β2在睾丸癌组织和正常睾丸组织中的表达水平,并分析TGF-β2在睾丸癌组织中表达的临床意义。结果:睾丸癌组织中TGF-β2 mRNA表达水平和蛋白表达水平高于正常睾丸组织,差异有统计学意义(P<0.01);单因素分析结果显示,TGF-β2蛋白表达水平与患者年龄和肿瘤分化程度无关,差异无统计学意义(P>0.05);与肿瘤大小、临床分期以及淋巴结转移相关,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:睾丸癌组织中TGF-β2表达水平升高,可能与睾丸癌发生发展有关,有助于睾丸癌术前临床分期以及预后评估。

寻常型银屑病伴肥胖患者血清Ghrelin Obestatin水平及其诊断价值

目的探究寻常型银屑病伴肥胖患者血清中胃生长素(Ghrelin)、肥胖抑制素(Obestatin)水平及其诊断价值。方法选取三二○一医院收治的106例寻常型银屑病患者,根据是否伴有肥胖将其分为寻常型银屑病无肥胖组50例和寻常型银屑病伴肥胖组56例,另选取同期健康体检者43例作为对照组。采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测所有受试对象血清中Ghrelin、Obestatin水平;采用全自动生化分析仪检测所有受试者血清总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平;采用Pearson法分析寻常型银屑病伴肥胖患者血清中Ghrelin与Obestatin水平的相关性,及2者与血脂指标的相关性;同时使用受试者工作特征(ROC)曲线分析血清中Ghrelin、Obestatin水平单独及联合对寻常型银屑病伴肥胖的预测价值。结果寻常型银屑病无肥胖组和伴肥胖组血清Ghrelin、TC、TG、LDL-C水平高于对照组(P<0.05),血清Obestatin、HDL-C水平低于对照组(P<0.05);寻常型银屑病伴肥胖组血清Ghrelin、TC、TG、LDL-C水平高于寻常型银屑病无肥胖组(P<0.05),血清Obestatin、HDL-C水平低于寻常型银屑病无肥胖组(P<0.05)。寻常型银屑病伴肥胖患者血清中Ghrelin与Obestatin水平呈负相关(r=-0.328,P<0.05);血清Ghrelin水平与TC、TG、LDL-C呈正相关(r=0.389、0.554、0.520,P<0.05),与HDL-C呈负相关(r=-0.672,P<0.05);血清Obestatin水平与TC、TG、LDL-C呈负相关(r=-0.516、-0.435、-0.468,P<0.05),与HDL-C呈正相关(r=0.634,P<0.05)。血清Ghrelin、Obestatin水平单独及2者联合检测预测寻常型银屑病伴肥胖的曲线下面积(AUC)分别为0.725、0.821、0.823,灵敏度分别为82.07%、92.86%、89.43%,特异度分别为90.00%、88.44%、92.00%。结论寻常型银屑病伴肥胖患者血清Ghrelin呈高表达,Obestatin呈低表达,2者水平均与血脂密切相关,有望作为预测此病的生物学辅助指标。