2023年海南省三亚市疑似肺部感染患者病原体宏基因组学二代测序技术检测

目的应用宏基因组学二代测序(mNGS)技术检测疑似肺部感染患者的病原体,评估mNGS筛查病原体的应用价值,提高临床对于肺部感染患者病原学特征的认识。方法收集2023年2-9月海南省三亚市人民医院收治的45例疑似肺部感染患者的肺泡灌洗液,采用mNGS与常规微生物综合试验(CMT)方法筛选病原体,回顾性分析患者的下呼吸道微生物特征。利用Spearman分析病原体每百万序列数(RPM)与炎症因子的相关性。结果在45例患者中,利用mNGS技术,检出41例阳性,单一感染7例,混合感染34例,包括37例细菌、19例真菌、26例病毒、1例肺炎支原体和1例鹦鹉热衣原体阳性;检出46种病原体,包括26种细菌、8种真菌、10种病毒、2种其他病原体。CMT检出23例阳性,单一感染13例,混合感染10例,包括14例细菌、16例真菌和3例病毒阳性。采用mNGS技术分离出的病原体中,细菌检出率居前5位的分别是铜绿假单胞菌(20.00%)、纹带棒杆菌(17.78%)、鲍曼不动杆菌(15.56%)、肺炎链球菌(13.33%)、肺炎克雷伯菌(11.11%),真菌和病毒检出率最高的分别是白色念珠菌(24.44%)和人类γ疱疹病毒4型(22.22%)。病原体RPM与炎症因子呈一定的相关性。结论mNGS可以初步筛选肺泡灌洗液的病原体,能提高病原体检出率,炎症因子可为评估病原体感染提供参考,但需进一步验证。

结核硬脂酸棒状杆菌引起脐尿管感染1例

报告1例患者因脐部疼痛入院,患者脐部脓性分泌物标本革兰染色可见短小阳性球杆菌,同时对分离菌株采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术进行鉴定和16S rRNA检测,并进行体外药敏试验。革兰染色、MALDI-TOF MS鉴定和16S rRNA检测结果均为结核硬脂酸棒状杆菌。药敏结果提示该菌对青霉素、头孢曲松、头孢吡肟、美罗培南、万古霉素、达托霉素、利奈唑胺、复方磺胺甲口恶唑、氨苄西林、庆大霉素、四环素均敏感。微生物的形态学涂片有助于结核硬脂酸棒状杆菌的鉴别,MALDI-TOF MS对于快速鉴定该菌种是必要的,药敏试验也可以为临床该菌感染的经验性治疗提供一定的帮助。

惰性乳杆菌致产妇血流感染1例

乳杆菌属(Lactobacillus)为厌氧或兼性厌氧革兰阳性无芽孢杆菌,菌体形态呈直或弯的杆状,常呈链杆状或球杆状,因能发酵糖类产生大量乳酸而得名,其广泛存在于自然界中,是女性生殖道的正常菌群和动物口腔及肠道的常居菌群[1-2]。对人类来说该菌属多为益生菌,很少有引起免疫功能正常人群感染的报道,但对于免疫低下人群可引起菌血症、心内膜炎等疾病的发生[3-5]。其中鼠李糖乳杆菌、发酵乳杆菌、干酪乳杆菌是引起临床感染常见菌种[6-7]。作为人类生殖道乳杆菌常见的菌种,惰性乳杆菌感染可能导致阴道微生态的失衡和促进细菌性阴道病的发生[8-9]。本实验室于2023年8月从本院就诊的1例产妇血培养标本中分离出1株惰性乳杆菌。报道如下。

纹带棒状杆菌耐药特征研究

分析我国山东地区临床分离的纹带棒状杆菌对常用药物的敏感性,并对其耐药机制进行探讨。收集该省某三甲医院临床样本,用哥伦比亚血平板培养基对纹带棒状杆菌进行分离培养,用微量肉汤稀释法检测12种常用抗生素对纹带棒状杆菌的最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)。采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)对耐药菌株的耐药基因[aph(3”)-Ⅰb、aph(6)-Ⅰd、aac(6’)-Ⅰb,tetW,ermX,gyrA]进行扩增、测序比对,以探讨相关的耐药机制。通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)对耐药基因ermX、tetW进行定量分析,采用公式2^(-ΔΔCt)计算基因相对表达量差异倍数。结果显示,共分离出纹带棒状杆菌83株,且均为多重耐药菌。对万古霉素、利奈唑胺表现为完全敏感;对红霉素、环丙沙星、克林霉素表现出完全耐药,对四环素的耐药率为86.7%(72/83),对庆大霉素的耐药率为38.6%(32/83);ermX基因的检出率为100%(83/83),tetW基因的检出率为88.0%(73/83),aph(3”)-Ⅰb基因的检出率为36.1%(30/83),aph(6)-Ⅰd基因的检出率为37.3%(31/83),aac(6’)-Ⅰb基因的检出率为15.7%(13/83)。ermX和tetW基因的相对表达量均有所变化,但变化不明显。内在型耐药(cMLS)是菌株对红霉素耐药的潜在机制。结果提示,本研究调查医院的纹带棒状杆菌耐药严重,耐药谱较为广泛,须引起医院和实验室的重视。

可可毛色二孢致角膜溃疡病例分析

本文报告1例可可毛色二孢致角膜溃疡。患者男,54岁,右眼发红,疼痛加重3天。眼科检查见右眼球结膜混合充血,角膜全层灰白色浑浊,呈地图状,面不平,前房下方可见淡白色沉积,余眼内情况窥不清。取角膜刮取物标本进行真菌荧光染色镜检和培养,对培养的菌株进行形态学和分子生物学鉴定,用E-test法进行丝状真菌药敏试验。真菌荧光染色后,镜下可见有隔菌丝。培养14 d有分生孢子座产生,分生孢子位于分生孢子座里。对培养出的丝状真菌进行基因测序,测序后确定病原菌为可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae,L.theobromae),临床诊断为可可毛色二孢引起的角膜溃疡。药敏试验结果显示,L.theobromae对两性霉素B和伏立康唑相对敏感。给予局部药物治疗,氟康唑滴眼液q2h滴右眼,同时使用氟康唑氯化钠注射液0.4 g qd静脉滴注。患者治疗5 d未见好转,要求出院。

多器官功能衰竭患者检出栖稻假单胞菌1例

栖稻假单胞菌(Pseudomonas oryzihabitans,P.oryzihabitans)作为条件致病菌和院内感染菌,多见于免疫力低下合并基础疾病患者,其抗感染预后良好,甚少出现多器官功能衰竭病例。本例患者无明显诱因出现双下肢水肿半月余,后全身乏力、气短、尿少3d,继而出现多器官功能衰竭。患者的血培养中检出1株革兰氏阴性杆菌,经生化鉴定、全自动快速微生物质谱检测(MALDI-TOF MS)和16SrRNA测序,鉴定为P.oryzihabitans;运用Mega 7.0软件构建系统发育树,发现其与耐冷假单胞菌(Pseudomonas psychrotolerans,P.psychrotolerans)亲缘关系十分密切;采用纸片扩散法(Kirby-Bauer method,K-B method)进行药物敏感试验(antimicrobial susceptibility test,AST),显示该菌对头孢他啶、庆大霉素、亚胺培南、左氧氟沙星等敏感,对氨曲南、氨苄西林、头孢唑啉等耐药。采用亚胺培南西司他丁联合莫西沙星对患者进行抗感染治疗,但因患者家属要求出院,无法追踪后续治疗结果。本例报告提示,临床微生物工作者应关注栖稻假单胞菌病例报道和相关研究,以获取更多资料为该病的临床诊治提供依据。

无乳链球菌致眼内炎1例

无乳链球菌(S.agalactiae)属于链球菌属,是一种兼性厌氧革兰阳性球菌,触酶阴性,最早在20世纪30年代因引起奶牛的牛乳腺炎而得名。无乳链球菌定植于消化道和泌尿生殖道,定植率为15%~30%[1],是引起妊娠孕产妇围产期感染和新生儿败血症、脑膜炎等的重要病原菌之一[2-3]。近年来,非妊娠无乳链球菌有较多的病例报道,主要见于伤口等,而对于眼睛部位的感染尚未见报道。我院从角膜脓性分泌物中分离出无乳链球菌1例,报道如下。

纹带棒状杆菌多位点序列分型及应用

目的建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型(MLST)方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法筛选出7个管家基因(gyrA、gyrB、hsp65、sodA、secA1、rpoB、16S rRNA),设计引物并进行PCR扩增和测序,测序所得序列通过SeqMan软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价;采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别(ST)采用M-L法构建系统发育树,采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树,并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。结果所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物;Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致,提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力;MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs,85.7%的菌株形成克隆复合体(CC)结构,CC19形成了优势克隆复合体,但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性,CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型,但尚需优化改进。

海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型可培养细菌及病原菌分析

目的获得不同方案培养海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型细菌的多样性和丰度,从而为海水来源的细菌样本分离以及海洋源病原菌感染预防提供参考。方法基于分类设计原则,在2021年3月、6月、10月和12月对海南岛东北部沿岸6个地点的表层海水进行收集采样。然后,使用传统沙门菌、弧菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、放线菌以及通用海洋细菌培养方案进行细菌的富集培养。之后,使用16S rDNA一代测序和宏基因组测序鉴定细菌物种分类。结果5种方案共培养到了1151株快速生长型可培养细菌,可鉴定为66个属,213个种。在不同培养方案中,芽孢杆菌(Bacillus)和克雷伯菌(Klebsiella)具有广泛的鉴别优势,并且数量排名前列。方案1的优势属为埃希菌(Escherichia)、克雷伯菌(Klebsiella)以及柠檬酸杆菌(Citrobacter)。在实验已论证的病原菌中,方案1的优势检出菌为肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)和大肠杆菌(Escherichia coli),数量分别为37株和29株,独特检出菌为肠道沙门菌(Salmonella enterica),数量为7株。方案2的优势属为变形杆菌(Proteus)、肠球菌(Enterococcus)和普罗威登斯菌(Providencia)。方案2的优势检出病原菌为奇异变形杆菌(Proteus mirabilis),数量为66株,丰度较高的独特检出菌为霍乱弧菌(Vibrio cholerae),数量为6株。方案3的优势菌属为克雷伯菌、埃希菌和不动杆菌(Acinetobacter)。方案3的优势检出病原菌为肺炎克雷伯菌,数量为53株。丰度较高的独特检出菌是医院不动杆菌(Acinetobacter nosocomialis),共培养到7株。方案4的优势属为弧菌(Vibrio)和假交替单胞菌(Pseudoalteromonas),在分离培养海洋性弧菌上具有优势。方案5的优势属为微小杆菌(Exiguobacterium)、葡萄球菌(Staphylococcus)和芽孢杆菌(Bacillus)。优势检出病原菌为蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis),数量为20株和15株,丰度较高的独特检出菌也是乳酸乳球菌。宏基因组测序发现,肺炎克雷伯菌具有显著优势,基因丰度达到51.11%,其次为Alcanivorax sp.,占比12.57%。结论海南岛东北部沿岸表层海水中的细菌具有丰富的多样性,肺炎克雷伯菌在该区域海水中丰度很高。不同培养方案对不同菌属和病原菌的选择性优势不同,个别海洋细菌需要进一步优化培养条件。

不同靶基因检测新型冠状病毒结果分析

目的比较三种不同靶基因检测2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的检测结果,分析其一致性,初步评估各试剂的应用情况。方法收集43份本院患者和定点治疗医院送来的咽拭子标本,根据临床诊断分为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)组31份和对照组12份,用三种SARS-CoV-2核酸检测试剂同时进行实时荧光逆转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测,检测结果的阳性率差异和一致性分别用Fisher精确概率检验和Kendall′s协调系数W检验。结果在COVID-19组中试剂B的阳性检出率最高为90.32%,且不存在需复检结果;试剂A和试剂C的阳性检出率分别为77.42%和74.19%,且试剂C出现的需复检结果较多;在对照组中试剂A和试剂C未检测出阳性,但试剂B出现一例阳性结果。COVID-19组中各试剂的阳性检出率差异不具有统计学意义(P>0.05);一致性方面差异具有统计学意义,渐进显著性Sig=0.00,Kendall′sW系数值为0.852,说明三种试剂检测结果的一致性程度很高。结论三种试剂对COVID-19核酸检测的结果一致性很好,灵敏度方面试剂B较有优势,特异性方面试剂A和试剂C较稳定。试剂B最适合疫情期间的严格排查,但应注意假阳性结果的出现;试剂A和试剂C针对假阴性和需复检结果需要提高检测样本的质量,且试剂C的结果判读方式在处理大批量阳性标本数据时体验欠佳。