基于3'RACE的胃癌细胞肿瘤相关基因的APA位点分析

目的分析胃癌细胞中肿瘤相关基因的APA(alternative polyadenylation)位点变化。方法我们选取肿瘤相关基因HSP90α和SEC11A,利用3'RACE方法在胃癌细胞系MKN45、MKN28和AGS中扩增其mRNA的3'端序列,经过测序,与已知数据库UCSC比对分析其APA位点变化。结果与正常数据库相比,胃癌细胞中HSP90α和SEC11A两个基因均出现新的APA位点,产生含有不同长度的3'UTR(untranslated region)的新mRNA异构体。结论胃癌细胞中HSP90α和SEC11A的APA位点发生变化,产生新的mRNA异构体,为研究肿瘤发生发展提供了新思路。

雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析

目的描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端poly(A)位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析。结果在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR发生长度变化的基因1148个,其中795个(66%)3’UTR变短,353个(34%)基因3’UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3’UTR存在显著的缩短现象。结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。

酸敏感连接单元的合成及其在两亲性嵌段共聚物中的应用

合成了一类基于四氢吡喃/四氢呋喃醚结构的酸敏感连接单元1a和1b,该连接单元的两端均为易反应的活性官能团,其结构经1H NMR、13C NMR、IR和HRMS表征,并合成了一种含四氢吡喃醚结构的模型化合物以及含四氢呋喃醚结构的两亲性嵌段共聚物,其中聚乙二醇(PEG)为亲水片段,聚乳酸(PLA)为疏水片段,其结构经1H NMR、IR以及GPC的表征,并测定了该嵌段共聚物自组装胶束的粒径大小、临界胶束浓度(CMC)以及常温下的稳定性.实验结果表明该类酸敏感嵌段共聚物自组装胶束具有良好的发展前景.