少量胃癌细胞SHP1基因启动子区CpG岛甲基化的状态

目的检测胃癌细胞中SHP1基因启动子区CpG岛异常甲基化状态。方法使用甲基化分析软件Cpgplot预测SHP1基因转录起始位点-1 000 bp^1 340 bp区域的CpG岛并用MethPrimer软件设计甲基化特异性PCR(MSP)引物;建立一种基于Bisulfite修饰、无需提取DNA而直接检测少量细胞甲基化的新方法,并将其用于胃癌细胞SHP1基因启动子区甲基化状态的检测;克隆MSP产物、Sanger测序、分析测序峰图;比较Bisulfite修饰前后序列并分析CpG位点甲基化状态。结果 MSP引物均位于SHP1基因第一外显子区近转录起始位点;CpG岛长度>200 bp、GC含量>50%、Obs/Exp>0.60;MSP检测仅出现甲基化引物特异性扩增条带,提示该区域高甲基化。结论胃癌细胞中SHP1基因启动子区CpG岛存在高甲基化。

基于3'RACE的胃癌细胞肿瘤相关基因的APA位点分析

目的分析胃癌细胞中肿瘤相关基因的APA(alternative polyadenylation)位点变化。方法我们选取肿瘤相关基因HSP90α和SEC11A,利用3'RACE方法在胃癌细胞系MKN45、MKN28和AGS中扩增其mRNA的3'端序列,经过测序,与已知数据库UCSC比对分析其APA位点变化。结果与正常数据库相比,胃癌细胞中HSP90α和SEC11A两个基因均出现新的APA位点,产生含有不同长度的3'UTR(untranslated region)的新mRNA异构体。结论胃癌细胞中HSP90α和SEC11A的APA位点发生变化,产生新的mRNA异构体,为研究肿瘤发生发展提供了新思路。

裂殖酵母核心启动子结构的初步研究

位于转录起始位点附近的核心启动子是调控真核生物基因转录的关键区域。近年来发现的高等真核生物核心启动子具有多样的形状、结构和调控机制,使得对核心启动子多样化结构的研究成为了该领域新的研究热点。为研究简单真核生物启动子的结构及其参与调控的机制,我们利用CAGE技术在全基因组范围内捕获裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)的转录起始位点,从而鉴定其核心启动子序列,并对其形状和序列进行分析。我们的研究揭示了低等真核生物酵母的核心启动子结构具有类似于高等真核生物的多样性,预示着其转录调控可能具有前所未知的复杂性。

单细胞转录组研究进展

单细胞转录组分析以单个细胞为特定研究对象,提取mRNA进行逆转录、放大和高通量测序分析,能揭示该细胞内整体水平的基因表达状态和基因结构信息,准确反映细胞间的异质性,深入理解其基因型和表型之间的相互关系,在发育生物学、基础医学、临床诊断和药物开发等领域都发挥重要作用.本文主要介绍了单细胞转录组分析的特点和技术发展历史以及常用研究策略和不同技术的优缺点,并就其面临挑战和未来发展前景进行了讨论,为该技术的进一步研究与应用提供参考.

雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析

目的描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端poly(A)位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析。结果在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR发生长度变化的基因1148个,其中795个(66%)3’UTR变短,353个(34%)基因3’UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3’UTR存在显著的缩短现象。结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。

一种新的双重标记免疫组化图像自动分割方法

本文描述一种自动分割双重标记免疫组化图像的方法,此方法直接从双重标记的两种阳性组织细胞着色特征对其进行分离。与常用的彩色反卷积方法相比,此方法提高了分割准确度且需要样品切片的数量从3张减少到1张。通过细胞角蛋白和S-100蛋白双重标记,分别经二氨基联苯胺(DAB)与3-氨基-9-乙基咔唑(AEC)显色的舌鳞癌样品图像的实验证明,此方法可以有效地将鳞癌与神经组织细胞两种不同的染色区域分割出来,与手动分割的结果作比较其准确度和精确度都有较大的提高。此方法也适用于分割其他用DAB和AEC双重染色的免疫组化图像。