泛肽相关蛋白基因UBAP1单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关研究

UBAP1基因是在鼻咽癌 9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因 ,通过采用病例 对照研究方法 ,对 10 5例鼻咽癌患者和 183例正常人UBAP1基因的 5个单核苷酸多态 (SNPs)用测序法进行了分型 ,在实验过程中 ,偶然发现了一个新的SNP位点 ,并已登录至dbSNP (登录号 :rs3135 92 9) .经相关分析发现 ,位于UBAP1基因第 6外显子中的SNPrs10 4 95 5 7与鼻咽癌发病存在显著相关性 ,基因型GG和GC的相对危险度分别为 1 6 4和 1 31.实验结果进一步支持了UBAP1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系 ,SNPrs10 4 95 5 7由于处在UBAP1基因下游 3′非翻译区 ,其多态类型可能在某种程度上影响UBAP1基因的表达调控 。

固液界面纳米气泡的研究

在经典热力学理论中 ,室温下水中纳米气泡被认为是不能稳定存在的。近年来随着对疏水表面研究的深入 ,越来越多的现象暗示固液界面存在纳米气泡 ,并引起疏水长程作用力。目前直接探测固液界面纳米气泡的最有力手段是AFM ,但它只能观察纳米气泡的形貌 ,无法对其进行直接定性 ,很有必要提供纳米气泡存在和来源的更直接证据。在云母表面进行乙醇和水替换形成纳米气泡 ,从成像条件和脱气对纳米气泡的影响两方面进行系统研究。不同成像模式和成像条件下AFM观察到的差异在一定程度上证明了观察到的就是纳米气泡。脱气实验结果表明 ,经脱气后乙醇和水形成纳米气泡的数量和概率明显降低 ,表明乙醇和水中溶解的气体是纳米气泡的来源 。

利用动态等位基因特异性杂交技术进行单核苷酸多态高通量分型

动态等位基因特异性杂交 (dynamicallele specifichybridization ,DASH)是新发展起来的一种单核苷酸多态(singlenucleotidepolymorphisms,SNP)等位基因分型技术 ,具有快速、经济、准确、高通量、重复性好等优点 .利用DASH技术 ,对 96份正常人外周血DNA样品成功地进行了两个SNP位点的基因分型 ,并摸索实验条件 。

基于原子力显微镜技术的单个生物大分子压弹性研究

单个生物大分子力学性质已经成为一个新兴的研究领域,近几年来由于单分子技术的不断发展,这个领域取得了很多突破性的进展。本文介绍了基于原子力显微镜技术的几种单分子压弹性测量技术及这些技术的具体应用,同时也简要阐述了这些技术的局限性。另外对这个领域的发展也进行了初步地探讨。

DNA计算机的分子生物学研究进展

DNA(脱氧核糖核酸 )计算机研究是一个新领域。从字面上看 ,它既包含DNA研究也包含计算机的研究 ,因而也包含DNA技术与计算机技术如何交融的研究。 1994年 ,Adleman在Science上报道了首例DNA计算的研究结果 ;2 0 0 1年 ,Benenson等在Nature报道了一种由DNA分子和相应的酶分子构成的、有图灵机功能的可程序试管型DNA计算机 ,标志着DNA计算机研究的重大进展。DNA计算机最大的特点是超大规模的并行运算能力和潜在的巨大的数据储存能力。目前DNA计算机研究已涉及许多领域 ,包括生物学、数学、物理、化学、计算机科学和自动化工程等具体应用 ,是计算概念上的一次革命。DNA计算机的研究大大促进了DNA分子操作技术尤其是在纳米尺度下操作DNA分子的研究速度。从DNA计算机的基本原理、应用形式、与基因组学研究的重要关系等方面总结和评述了相关研究进展。

人舌鳞癌组织超薄切片的AFM成像和切割

利用一种基于电镜超薄切片法改进的制样方法 ,将人舌鳞状细胞癌病理组织以环氧树脂包埋并切片后 ,将薄片平整地贴附在云母上 ,用原子力显微镜 (AFM)对切片表面进行研究 ,可以得到高分辨率的细胞超微结构图像 ,局部的亚细胞水平的形态结构可以与电镜下得到的图像相比拟。在此基础上 ,利用AFM针尖对肿瘤细胞核内特定区域进行切割和操纵 ,形成生物分子的堆积 ,从而为拾取 (pick up)

兔骨骼肌ryanodine受体/钙释放通道的AFM研究

Ryanodine受体 (RyR)是位于细胞内质网膜上的钙释放通道 ,在肌细胞的兴奋 -收缩偶联中发挥重要作用。RyR难于结晶 ,以往主要是用电镜和计算机三维重组相结合的方法来获得其高级结构的信息。由于RyR结构庞大 ,易于水解 ,在提取的过程中需要加入外源性磷脂以保护其结构 ,而磷脂的存在对电镜的分辨率有影响 ,所以电镜研究的RyR在提纯过程中一般不添加外源性磷脂 ,这样得到的结构信息并没有反映RyR在生理状况下的真实情况。我们用原子力显微镜 (AFM)对RyR进行研究 ,经过了空气中RyR成像、液体中RyR成像、重组到脂双层中的RyR研究几个阶段 ,提供了RyR在接近生理条件下的结构信息 。

应用PCS和AFM研究单价阳离子和通道功能状态对兔骨骼肌ryanodine受体(钙释放通道)相互作用的影响

Ryanodine受体 (RyR)是位于细胞内钙库膜上的一种钙释放通道。对骨骼肌和心肌的肌浆网的电镜研究表明RyR在膜上相互连接在一起 ,形成大片规则的二维晶格排列。近年来理论模型和试验证据表明 ,排列在一起的RyR在通道打开和关闭时存在协同效应 ,即具有“门控偶联”的调控机制。研究RyR之间相互作用的基本规律及其调控因素对于深入了解这种机制具有重要意义。在我们的工作中 ,主要采用两种互补的手段 :光子相关光谱法(PCS)和原子力显微镜 (AFM)来研究溶液中RyR的相互作用。初步的研究主要集中在细胞内两种主要的单价阳离子Na+ 和K+ 。

组织微阵列的原理及应用

组织微阵列是将若干石蜡包埋块上的各种典型组织或细胞转移到一个新石蜡块上重新构建微型化高通量组织阵列的方法 ,可以有效地进行各类临床病理组织的原位观察和研究。组织微阵列技术可以在一块薄片上同时排列几百个样品 ,进行高通量的基因和蛋白质分析 ,且能够充分利用组织资源 ,将多个样品的平行实验一次完成。在分析RNA和某些蛋白质时 ,石蜡包埋组织的使用受到限制。为了解决这个问题 ,发展了冷冻微阵列的方法。该方法快速便捷 ,效率很高 ,为使用临床标本及其相关的病理数据库来进行基因和蛋白质水平的研究提供了机会。该文阐述了来自于组织和细胞系的微阵列的制备方法和技术特点 ,并概述它们在临床研究中的应用以及发展前景。

NPY及YWHAH基因多态性与精神分裂症的关联分析

调查了583例精神分裂症患者及372例健康人,对NPY(neuropeptideY)及YWHAH(1433etachaingene)基因中几个已报道过的阳性关联位点进行了检测。YWHAH基因上的-134(GCCTGCA)2～4位点因扩增失败未能考察,NPY基因上的T1128C位点在样本中则不存在。重点对-485C>T(NPY)和G753A(YWHAH)两个位点进行了分析,各相匹配组间比较均未发现等位型频率(P值分别是0.696和0.743,OR值分别是1.041和0.962)和基因型频率(P值分别是0.45和0.75,χ2值分别是1.51和0.58)的显著性差异。对两个基因之间的基因型相对风险分析表明,它们也不能协同导致疾病风险(P>0.05)。结果提示,在中国汉族人群中-485C>T(NPY)和G753A(YWHAH)两个多态性位点与精神分裂症的遗传易感性不存在关联。

单分子PCR产物错误率分析

碱基错配致使PCR扩增产物中存在突变序列 .大量模板PCR扩增时突变序列所占的比例较低 ,对随后进行的PCR产物分析影响不大 ,但当对微量甚至单个模板DNA扩增时 ,情况则完全不同 .对单分子PCR产物的错误率进行了理论分析 ,结果表明 :根据实验目的和条件 。

散发性结直肠癌4号染色体等位基因杂合缺失的研究

目的通过在4号染色体寻找杂合缺失区域,为定位、筛选高频杂合缺失区存在的散发性结直肠癌相关肿瘤抑制基因提供依据。方法20个荧光标记的微卫星引物与83例结、直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应。微卫星的平均遗传距离是10.4里摩(cmol)。产物进行电泳、扫描及杂合缺失分析,并与临床、病理因素进行相关性检验。结果短臂(4p)、长臂(4q)的平均杂合缺失率为24.25%、28.56%,可见3个最小的高频缺失区域(Region):R1:在D4S405和D4S3013(4p1415.2)之间;R2:在D4S3000和D4S2915位点之间(4q1221.1);R3:在D4S407和D4S2939位点之间(4q2531.1)。D4S1534位点与肝脏转移有关(P<0.05),其余位点与临床病理因素均无显著相关(P>0.05)。结论4号染色体的3个高频杂合缺失区域4p1415.2、4q1221.1、4q2531.1存在散发性结直肠癌发生、发展相关的肿瘤抑制基因。