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基于“从痰辨治”探讨石菖蒲治疗儿童注意缺陷多动障碍作用机制的网络药理研究
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作者 和婧伟 李梦瑶 +2 位作者 梁鹏晨 朱大倩 俞建 《中国中西医结合儿科学》 2023年第4期295-301,F0003,共8页
目的基于“从痰辨治”的中医理论,运用网络药理学研究探讨石菖蒲治疗注意缺陷多动障碍(ADHD)的关键靶点及其作用机制。方法通过中药系统药理学数据库、分析平台(TCMSP数据库)及Genecards数据库筛选出石菖蒲的有效活性成分、潜在靶标,以... 目的基于“从痰辨治”的中医理论,运用网络药理学研究探讨石菖蒲治疗注意缺陷多动障碍(ADHD)的关键靶点及其作用机制。方法通过中药系统药理学数据库、分析平台(TCMSP数据库)及Genecards数据库筛选出石菖蒲的有效活性成分、潜在靶标,以及ADHD的疾病靶点;在R软件平台上筛选共同靶点,进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络构建、“药物-活性成分-靶点-疾病”的关系构建,进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,使用pymol对对接结果进行可视化的处理。结果筛选出石菖蒲的9个活性成分及与ADHD相关的99个交集靶点;胰岛素(INS)、蛋白激酶1(AKT1)、Jun蛋白(JUN)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、Fos原癌基因(AP-1转录因子亚基,FOS)等靶蛋白是石菖蒲干预ADHD潜在靶点蛋白;相关靶点涉及多个生物过程与分子功能;石菖蒲治疗ADHD涤痰开窍的作用机制与细胞凋亡相关通路、炎症相关通路、脂类代谢信号通路、病毒感染通路等密切相关。结论石菖蒲的多种有效成分通过多条信号通路作用与不同靶点发挥作用,体现着中药多成分、多靶点、多环节、多途径的作用机制及特点,有助于探明石菖蒲治疗ADHD的作用机制。 展开更多
关键词 注意缺陷多动障碍 石菖蒲 从痰论治 网络药理学 儿童
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聚多巴胺辅助红景天苷改善微弧氧化纯钛的成骨性能 被引量:1
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作者 梁鹏晨 史俊峰 +4 位作者 孙苗苗 梁冬雨 沙爽 易清清 常庆 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2022年第10期1522-1529,共8页
背景:微弧氧化技术目前已被较多用于提高钛植入体骨整合性的研究中,在钛表面构建出多种含不同活性元素的多孔涂层。近年来研究发现,红景天苷具有较好的促成骨活性。聚多巴胺作为材料表面优良的黏合剂和二次吸附的载体具有较好负载活性... 背景:微弧氧化技术目前已被较多用于提高钛植入体骨整合性的研究中,在钛表面构建出多种含不同活性元素的多孔涂层。近年来研究发现,红景天苷具有较好的促成骨活性。聚多巴胺作为材料表面优良的黏合剂和二次吸附的载体具有较好负载活性分子的特性。目的:为进一步提高钛表面微弧氧化涂层的促成骨能力,在多孔形貌表面构建骨整合性优良的复合涂层。方法:在纯钛表面制作微弧氧化涂层,记为MAO组;进一步在微弧氧化涂层表面制作聚多巴胺涂层,记为PDA组;在聚多巴胺涂层表面加载1,2,4 g/L的红景天苷,依次记为Sal-1组、Sal-2组、Sal-4组,利用扫描电镜及X射线能谱仪分析各组涂层的微观形貌、表面元素含量及分布;通过CCK-8及荧光染色实验评估各组涂层表面的细胞增殖活性,通过碱性磷酸酶染色、茜素红染色实验观察各组涂层的促成骨分化及矿化能力;利用计算机分子对接技术预测红景天苷分子的潜在促成骨靶点。结果与结论:①扫描电镜显示,5组试件表面为多孔微米形貌结构,平均孔径相似;X射线能谱仪分析显示,通过聚多巴胺载体可将红景天苷加载到微弧氧化涂层表面;②CCK-8实验显示,Sal-2组、Sal-4组培养第3,5天的MC3T3-E1细胞存活率高于MAO组(P<0.05);荧光染色实验显示,5组试件表面MC3T3-E1间形态差异较明显,与MAO组相比,Sal-2组、Sal-4组细胞形态更好、铺展面积大,与相邻细胞连接较好;③Sal-2组、Sal-4组培养第4,7天的的碱性磷酸酶活性高于MAO组(P<0.05);培养21 d时的茜素红染色显示,各组均有一定程度的钙结节出现,其中Sal-2组、Sal-4组的钙结节数量更加明显;④计算机分子对接结果表明,细胞外调节蛋白激酶2、c-Jun氨基末端激酶3、雌激素受体β、孕激素受体可能是红景天苷发挥促成骨作用时活性较强的靶点;⑤结果表明,通过聚多巴胺将红景天苷负载到钛微弧氧化涂层表面,适当加载量的红景天苷较好地改善了微弧氧化涂层的促成骨活性。 展开更多
关键词 材料 纯钛 表面改性 微弧氧化 聚多巴胺 红景天苷 成骨活性 分子对接
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基于L1000数据集筛选骨质疏松症的潜在治疗化合物 被引量:2
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作者 梁鹏晨 周紫艳 +5 位作者 常庆 易清清 孙苗苗 唐晔翎 曹励欧 杨洁 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2022年第1期1-7,12,共8页
目的:应用L1000微干扰数据集筛选治疗骨质疏松症的化合物,通过多种生物信息学的方法评价及细胞学活性验证,旨在发现新的骨质疏松症治疗药物。方法:在GEO数据库中检索与骨质疏松症相关的数据,利用R语言的limma包对数据集进行基因表达量... 目的:应用L1000微干扰数据集筛选治疗骨质疏松症的化合物,通过多种生物信息学的方法评价及细胞学活性验证,旨在发现新的骨质疏松症治疗药物。方法:在GEO数据库中检索与骨质疏松症相关的数据,利用R语言的limma包对数据集进行基因表达量的差异分析;通过MetaScape数据平台对差异表达基因进行通路富集分析。利用分析得到的骨质疏松症差异基因表达谱,在“连接图”数据库的L1000数据集中,匹配潜在治疗化合物。通过Autodock_Vina软件将匹配化合物与骨代谢靶点进行分子对接研究,利用pkCSM数据库对匹配化合物的ADMET(吸收、分布、代谢、排泄、毒性)特征进行计算分析,通过细胞增殖活性实验对候选化合物的活性进行研究。结果:分析骨质疏松症的表达谱数据集,共获得195个与骨质疏松症相关的差异表达基因,表达量显著上调的基因有127个,表达量显著下调的基因有68个;差异表达基因富集的GO生物过程共有146个;富集的KEGG信号通路共有9条,富集的Reactome基因集共有9个。在L1000数据集中匹配到潜在治疗化合物共10个,分别为己烯雌酚、PLX-4720、美西林、KU-C103428N、土大黄苷、马拉韦罗、奎宁、MST-312、利培酮、CO-102862。通过分子对接研究,发现匹配化合物具有多靶点的特性,与化合物对接活性较好的主要有碳酸酐酶Ⅱ(CAⅡ)、孕酮受体(PGR)、雌激素受体β(ERβ)、骨形态发生蛋白2(BMP2)等骨质疏松症的靶点。通过pkCSM数据库对潜在治疗化合物的ADMET性质计算表明,美西林具有较好的ADME性能和较低的毒性,综合评价较好;细胞增殖实验结果显示20μg/mL的美西林对成骨细胞的增殖效果最为显著。结论:通过L1000数据集,筛选得到的骨质疏松症治疗候选化合物美西林,具有较好的ADMET特征和促成骨细胞增殖的活性。 展开更多
关键词 L1000数据集 生物信息学 骨质疏松药物 美西林 成骨细胞增殖 分子对接 信号通路
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微弧氧化技术在骨科钛植入体生物功能改性中的应用进展 被引量:4
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作者 梁鹏晨 李路易 +1 位作者 常庆 史俊峰 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2019年第11期1335-1341,共7页
微弧氧化是用于增强钛植入体的生物相容性和抗菌性的有效表面处理技术。在钛植入体表面制备生物活性元素组成的多孔涂层,是微弧氧化技术最具吸引力的特征。本研究主要介绍了微弧氧化的基本原理,阐述了该方法的技术优势,并总结了几种微... 微弧氧化是用于增强钛植入体的生物相容性和抗菌性的有效表面处理技术。在钛植入体表面制备生物活性元素组成的多孔涂层,是微弧氧化技术最具吸引力的特征。本研究主要介绍了微弧氧化的基本原理,阐述了该方法的技术优势,并总结了几种微弧氧化涂层的国内外研究进展;对含钙磷、银、铜、锌、硅的微弧氧化涂层,重点关注了对该类型涂层的骨整合性、抗菌性以及毒性的研究报道,旨在为研究者提供较为全面的视角,评估微弧氧化在骨科钛植入体上的应用进展,为后续临床研究提供参考。 展开更多
关键词 微弧氧化 钛植入体 骨整合性 抗菌性 生物活性元素
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骨愈灵胶囊活性成分治疗骨质疏松的生物信息学分析
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作者 唐晔翎 梁鹏晨 +8 位作者 史俊峰 孙苗苗 周紫艳 朱莉莎 李田 梁冬雨 沙爽 易清清 常庆 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2022年第12期1899-1906,共8页
背景:临床研究表明骨愈灵胶囊对骨质疏松症治疗有效,但作用机制不明确。目的:文章旨在通过生物信息学中的分子对接技术筛选骨愈灵胶囊中作用于骨质疏松症相关靶蛋白的活性成分。方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)和中药... 背景:临床研究表明骨愈灵胶囊对骨质疏松症治疗有效,但作用机制不明确。目的:文章旨在通过生物信息学中的分子对接技术筛选骨愈灵胶囊中作用于骨质疏松症相关靶蛋白的活性成分。方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)筛选骨愈灵胶囊中的化学成分,筛选条件为生物利用度≥20%,类药性值≥0.18。根据文献和数据库记载构建骨质疏松症相关靶蛋白库。通过Discovery Studio 2016(DS 2016)软件进行药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性(Absorption,Distribution,Metabolism,Excretion,Toxicity,ADMET)预测和分子对接。结果与结论:(1)在中药数据库中筛选并下载骨愈灵胶囊的生物利用度较好的潜在活性成分130个,通过Discovery Studio 2016软件的ADMET预测功能筛选得到63个吸收良好、低毒性的活性成分,如L-α-甘油棕榈酸酯、芝麻素等;(2)通过查阅文献和数据库,选取与骨质疏松有确切相关性的17个膜蛋白受体,如对细胞生长分化具有调节作用的细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)、AKT、糖原合成酶激酶3β(GSK3β)等;主要与有丝分裂原激活的蛋白激酶信号通路、骨形态发生蛋白信号通路等通路有关,可能通过调节间充质干细胞的生长和分化,促进骨形成;(3)分子对接结果表明苏式-二羟基脱氢二松柏醇、(23E)-20,25-二羟基达玛-23-烯-3-酮、L-α-甘油棕榈酸酯、芝麻素、(24S)-20,24-环氧-25-羟基达玛树脂-3-酮与细胞外信号调节激酶1/2、蛋白激酶、糖原合成酶激酶3等膜蛋白具有较高对接得分,可能主要通过调节丝裂原活化蛋白激酶信号通路治疗骨质疏松;(4)上述结果证实,骨愈灵胶囊中的活性成分苏式-二羟基脱氢二松柏醇、(23E)-20,25-二羟基达玛-23-烯-3-酮、L-α-甘油棕榈酸酯、芝麻素、(24S)-20,24-环氧-25-羟基达玛树脂-3-酮可能通过与细胞外信号调节激酶1/2、蛋白激酶、糖原合成酶激酶3β等膜蛋白结合,调控丝裂原活化蛋白激酶、骨形态发生蛋白、Wnt、雌激素受体等信号通路,进而发挥治疗骨质疏松的疗效,为进一步展开相关实验研究提供大数据分析基础及思路。 展开更多
关键词 骨质疏松 中医药 骨愈灵胶囊 生物信息学 分子对接 靶点 成分
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载促进成骨中药活性化合物的研究进展 被引量:1
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作者 孙苗苗 梁鹏晨 +2 位作者 李路易 常庆 易清清 《医药导报》 CAS 北大核心 2021年第6期792-796,共5页
金属钛表面具有较好的生物性能,其植入体在骨组织中具有一定的促成骨作用。然而在植入体被整合到骨组织的过程中,骨感染、骨缺损、骨质疏松等相关的疾病也相继出现。中药作为预防、治疗和诊断疾病的物质,将其活性化合物应用于钛植入体... 金属钛表面具有较好的生物性能,其植入体在骨组织中具有一定的促成骨作用。然而在植入体被整合到骨组织的过程中,骨感染、骨缺损、骨质疏松等相关的疾病也相继出现。中药作为预防、治疗和诊断疾病的物质,将其活性化合物应用于钛植入体中发挥促成骨作用是一种很有效的方法。因此构建中药活性化合物载体,研究其加载方式,实现中药与钛植入体表面结合具有非常重要的意义。该文从中药活性化合物的促成骨作用,钛植入体表面载药的载体,药物结合的方式,以及中药活性化合物在钛植入体表面的应用等几个方面进行综述。希望能够将中药活性化合物更好地应用于钛植入体表面,为局部发挥促成骨作用提供新的研究思路。 展开更多
关键词 钛植入体 中药活性化合物 药物载体 药物结合方式 促成骨
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基于生物信息学筛选银杏叶中的促成骨活性成分
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作者 孙苗苗 梁鹏晨 +5 位作者 周紫艳 唐晔翎 李田 梁冬雨 易清清 常庆 《中南药学》 CAS 2022年第3期517-524,共8页
目的通过生物信息学的方法筛选银杏叶中具有促成骨作用的有效成分。方法利用TCMSP平台筛选银杏叶中的有效成分,通过文献查找MAPK和BMP等相关通路上的蛋白,利用Autodock Vina对受体与蛋白进行分子对接,并将对接结果中对接分数排名前20的... 目的通过生物信息学的方法筛选银杏叶中具有促成骨作用的有效成分。方法利用TCMSP平台筛选银杏叶中的有效成分,通过文献查找MAPK和BMP等相关通路上的蛋白,利用Autodock Vina对受体与蛋白进行分子对接,并将对接结果中对接分数排名前20的化合物进行吸收、分布、代谢和排泄和毒性的预测。通过细胞增殖和RT-PCR实验验证胡萝卜苷的促成骨增殖和促进TAK1、AKT1 mRNA表达的效果。结果胡萝卜苷相对于其他化合物,具有较低的肝毒性、较低的突变性以及促进成骨细胞增殖和促进TAK1、AKT1 mRNA的表达等性质。结论银杏叶中胡萝卜苷是一种较好的促成骨活性成分,可为中药银杏叶在骨疾病方面提供思路。 展开更多
关键词 银杏叶 促成骨 吸收 分布 代谢 排泄 毒性 胡萝卜苷
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基于虚拟筛选的丹参促成骨化合物筛选及活性验证
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作者 周紫艳 孙苗苗 +3 位作者 唐晔翎 梁鹏晨 梁冬雨 常庆 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2022年第5期444-451,共8页
目的:借助虚拟筛选技术对丹参促成骨化合物进行筛选并通过体外实验对其活性进行验证。方法:TCMSP数据库查询丹参的活性成分;通过Autodock vina进行分子对接,CCK-8实验考察对细胞的增殖作用,碱性磷酸酶(ALP)活性实验、DAPI-鬼笔环肽双染... 目的:借助虚拟筛选技术对丹参促成骨化合物进行筛选并通过体外实验对其活性进行验证。方法:TCMSP数据库查询丹参的活性成分;通过Autodock vina进行分子对接,CCK-8实验考察对细胞的增殖作用,碱性磷酸酶(ALP)活性实验、DAPI-鬼笔环肽双染以及茜素红染色观察促成骨作用。结果:根据分子对接及文献检索最终筛选得到丹参素、丹酚酸B、丹参酮ⅡA和隐丹参酮4种活性成分。CCK-8实验结果显示,丹酚酸B能够促进MC3T3-E1小鼠前成骨细胞的增殖。ALP活性实验发现,丹参素和丹酚酸B能显著增加MC3T3-E1细胞的ALP活性。DAPI-鬼笔环肽双染及茜素红染色实验进一步证明了丹酚酸B对MC3T3-E1细胞具有一定的促成骨作用。结论:通过分子对接技术筛选出来的丹酚酸B在经过活性验证后,证明其具有一定的促成骨作用。 展开更多
关键词 丹参 促成骨 分子对接 丹酚酸B 虚拟筛选 MC3T3-E1小鼠前成骨细胞
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基于QSAR机器学习模型结合“久病致瘀”理论对丹参治疗慢性疼痛的分子机制研究
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作者 杨紫媛 李晨红 +4 位作者 唐晔翎 梁鹏晨 雷璇子 常庆 马杰 《上海中医药大学学报》 CAS 2024年第2期71-82,共12页
目的:运用定量结构-活性关系(QSAR)机器学习模型和分子对接技术预测丹参治疗慢性疼痛相关的活性成分,并结合“久病致瘀”理论以及网络药理学探讨丹参治疗慢性疼痛的分子机制。方法:首先通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和人... 目的:运用定量结构-活性关系(QSAR)机器学习模型和分子对接技术预测丹参治疗慢性疼痛相关的活性成分,并结合“久病致瘀”理论以及网络药理学探讨丹参治疗慢性疼痛的分子机制。方法:首先通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和人类基因组数据库(GeneCards)收集丹参化学成分和慢性疼痛作用靶点,筛选核心靶标,通过STRING数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析;然后对交集靶标进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后运用QSAR机器学习模型以及分子对接技术筛选丹参治疗慢性疼痛的活性成分和核心靶点。结果:(1)筛选获得丹参与慢性疼痛的交集靶标55个、潜在活性成分55个,通过PPI分析发现丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、白介素(IL)-6等核心靶标;(2)通过功能富集分析得到细胞组成45个,分子功能87个,生物过程1 450个,信号通路140条,涉及磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、IL-17、缺氧诱导因子1(HIF-1)、环磷腺苷(cAMP)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路;(3)通过QSAR模型和分子对接发现丹参中的鼠尾草呋萘嵌苯、表丹参螺缩酮内脂、salvianan A、异丹参酮Ⅱ和丹酚酸C是治疗慢性疼痛的活性成分。结论:丹参治疗慢性疼痛的活性成分为二萜类化合物,其作用机制可能与调节AKT1介导的信号通路密切相关。 展开更多
关键词 慢性疼痛 丹参 定量构效关系 机器学习 网络药理学
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丹参酮Ⅱ_A对缺血性心脏病中细胞凋亡与自噬的调控机制研究进展 被引量:19
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作者 冯帅 沙爽 +1 位作者 常庆 陈颖敏 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第19期4670-4677,共8页
缺血性心脏病是全球发病率和致死率最高的疾病,严重地威胁着人类健康。丹参酮Ⅱ_A是从丹参的根部提取的主要亲脂性成分,研究表明,丹参酮Ⅱ_A具有多种抗心血管疾病的作用,其作用机制与调节心肌细胞的凋亡和自噬有关。论述了缺血性心脏病... 缺血性心脏病是全球发病率和致死率最高的疾病,严重地威胁着人类健康。丹参酮Ⅱ_A是从丹参的根部提取的主要亲脂性成分,研究表明,丹参酮Ⅱ_A具有多种抗心血管疾病的作用,其作用机制与调节心肌细胞的凋亡和自噬有关。论述了缺血性心脏病中细胞凋亡和自噬相关的信号通路及其相互关系,总结了近年来丹参酮Ⅱ_A通过调控细胞凋亡和自噬治疗缺血性心脏病的研究进展,探讨了其通过调控细胞凋亡和自噬从而产生心血管保护作用的机制,为深入研究缺血性心脏病以及药物的开发利用提供依据。 展开更多
关键词 缺血性心脏病 细胞凋亡 自噬 丹参酮ⅡA 调控机制
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