核酸质谱检测结核分枝杆菌耐药方法的建立

目的建立核酸飞行质谱(MassARRAY)方法检测结核耐药基因突变检测体系,并评估其检测临床耐药结核病的应用价值。方法收集2016年1月-2019年6日上海市嘉定区中心医院肺科肺结核有治疗经历患者的菌培养样本55例,其中药物敏感样本10例,45例耐多药样本中,耐异烟肼、耐氟喹诺酮类(左氧氟沙星、莫西沙星)的样本45例、耐二线类注射药物(阿米卡星、卷曲霉素)的样本23例;供试样本均提取核酸,先用一代测序验证质谱检测的准确性,再根据临床药敏试验结果,验证质谱检测复治样本的有效性,主要评价指标为检测的灵敏度、特异性和一致性。结果与一代测序相比,该体系检测临床菌株异烟肼、氟喹诺酮类药物和二线注射类药物的灵敏度分别为100%(37/37)、100%(34/34)和100%(10/10),特异性分别为100%(18/18)、100%(21/21)和100%(45/45),总一致率100%,一致性检验Kappa值为1。以最低抑菌浓度法(MIC)为金标准,该体系检测临床菌株异烟肼、氟喹诺酮类药物和二线注射类药物的灵敏度分别为82.2%(37/45)、75.6%(34/45)和45.5%(10/22),特异性分别为100%(10/10)、100%(10/10)和100%(33/33),两种方法的总一致率为89.1%,一致性检验Kappa值为0.703。结论质谱检测基因突变与最低抑菌浓度法检测结核菌耐药总体具有一定的一致性,可快速检测结核分枝杆菌的耐药性,有望成为复治患者辅助临床治疗的新手段。

新型冠状病毒核酸检测阳性率低的原因及对策

目的分析新型冠状病毒核酸检测阳性率低的原因及对策。方法收集2020年1月20日-2月28日收治的62例新型冠状病毒肺炎疑似患者的流行病学及临床资料,分析新型冠状病毒核酸检测阳性率低的原因及对策。结果62例患者中,肺炎49例,急性支气管炎13例,其中4例患者新型冠状病毒核酸检测阳性,阳性率6.45%。4例新型冠状病毒核酸检测阳性患者主要表现为发热(3例)、咳嗽(2例)、咳痰(1例)、咽痛(1例)、腰痛(1例);2例有武汉居住史,2例有新型冠状病毒肺炎患者密切接触史;3例白细胞正常、1例减低,4例淋巴细胞绝对值正常;3例患者肺部可见渗出性病变。结论我院新型冠状病毒核酸检测阳性率较低,可能与标本采集时间和方法、标本保存和运输、检测操作过程、检测试剂质控等有关,我们应仔细询问病史,加强操作人员的培训,标本采样后尽快送检,最大限度减少漏诊率。

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱在结核分枝杆菌耐药检测中的应用价值研究

背景结核复治患者耐药情况复杂。基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)可一次性检测菌株对多种临床常见抗结核药物的耐药性,进而利于抗结核治疗方案的制定。目的分析MALDI-TOF在结核分枝杆菌耐药检测中的应用价值。方法收集2016—2020年上海市嘉定区中心医院肺科诊治的200例复治肺结核患者的痰液标本。以最低药敏浓度(MIC)法为本次药敏试验的“金标准”,评价MALDI-TOF对结核分枝杆菌耐药性的检出情况,采用三代测序验证MALDI-TOF检测结核分枝杆菌耐药相关位点突变的准确性。结果以MIC法为药敏试验的“金标准”,MALDI-TOF检测结核分枝杆菌对利福平耐药的灵敏度为93.1%、特异度为87.8%、正确率为90.5%、Kappa值为0.810;MALDI-TOF检测结核分枝杆菌对异烟肼耐药的灵敏度为77.2%、特异度为98.6%、正确率为85.0%、Kappa值为0.701;MALDI-TOF检测结核分枝杆菌对左氧氟沙星耐药的灵敏度为77.8%、特异度为99.0%、正确率为88.5%、Kappa值为0.769;MALDI-TOF检测结核分枝杆菌对莫西沙星耐药的灵敏度为85.7%、特异度为76.2%、正确率为78.5%、Kappa值为0.516;MALDI-TOF检测结核分枝杆菌对阿米卡星耐药的灵敏度为94.9%、特异度为89.4%、正确率为90.5%、Kappa值为0.736;MALDI-TOF检测结核分枝杆菌对卷曲霉素耐药的灵敏度为88.9%、特异度为87.8%、正确率为88.0%、Kappa值为0.654。MALDI-TOF检测的耐药突变位点与三代测序检测的耐药突变位点一致率为100%,此外三代测序还获得MALDI-TOF检测体系中未涉及的突变位点。结论通过MALDI-TOF检测的结核分枝杆菌对常用抗结核药物耐药结果与MIC法高度或中度一致,其检测的耐药突变位点与三代测序检测的耐药突变位点一致率为100%,故MALDI-TOF检测的结核分枝杆菌耐药结果可以作为临床鉴定结核分枝杆菌药敏试验结果的有效补充。