基于简化基因组的上海水牛遗传结构分析和家系鉴定

为提高上海水牛的育种效率和遗传种质资源丰富度,采用基因测序分型(genotyping by sequencing,GBS)技术对80头上海水牛进行基因组测序,质控后获得高质量的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),进行群体亲缘关系以及近交系数分析。结果显示:从80头上海水牛的24条常染色体和1条性染色体上共检出的99963个高质量SNP位点、874个连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH);80头上海水牛分为2个大支(家系),A1和A2属于第一大支(家系A),包含9头公水牛、18头母水牛;B1、B2和B3属于第二大支(家系B),包含16头公水牛、37头母水牛。基于ROH测算近交系数的结果显示:25头公水牛和55头母水牛的平均近交系数分别为0.0145和0.0114。本研究构建了上海水牛家系,揭示了上海水牛的近交状态,为上海水牛繁育工作提供了科学依据。

上海地区猪萨佩罗病毒的检测及遗传进化分析

为了明确猪萨佩罗病毒在仔猪腹泻病情中的作用,2016—2020年采集上海市及周边11个猪场腹泻病料,共计1446份。利用RT-PCR方法对其进行PSV筛检,并对阳性样品进行病原分离及病毒特性研究。结果显示:共筛检出256份PSV核酸阳性样品,阳性率17.7%。从阳性样品中成功分离到2株PSV病毒,全基因序列遗传进化分析显示2株PSV分离株聚集在中国PSV毒株集群上,分离株在3D区域4696—5945 bp处存在重组区域。病毒核苷酸分析发现中国PSV毒株与韩国PSV毒株核苷酸相似性为87%—88.5%,与欧洲PSV毒株核苷酸相似性为84.9%—87.3%。对VP1基因氨基酸序列分析发现分离株与参考株存在氨基酸位点突变,中间氨基酸序列保守,无突变及插入和缺少现象。PSV分离株与参考株均含有173位潜在糖基化位点,VP1蛋白分子表面抗原表位分布均匀。该研究可为猪萨佩罗病毒病原学及其疫苗的研制奠定基础。

大麦青稞小孢子高频再生体系的建立及其在遗传育种上的应用

小孢子培养技术在十字花科油菜等作物育种上的应用已取得巨大成功,但在禾本科作物上进展不大。技术体系难度高和材料基因型限制在很大程度上阻碍了小孢子培养技术在禾本科作物育种中的应用与推广。本文总结了大麦青稞小孢子高频再生体系中的关键步骤与优化条件,将该优化技术体系应用在来自全国大麦青稞主产区的500多份育种材料上,获得了10万多份再生绿苗,并高效形成了加倍单倍体株系,经各地育种团队在当地开展鉴定和品比试验,选育出了一批抗病、耐逆性强、综合性状突出的大麦青稞优良新品系(种),同时在小孢子高频再生技术基础上还拓展了系列遗传改良新方法,显示了该技术的广阔应用前景。

转基因克隆技术与猪的遗传育种

动物克隆技术的研究现状及其发展趋势１、克隆动物研究背景“克隆”在生物学上有多个概念，但其基本含义系指一个细胞或个体以无性繁殖方式产生的一群细胞或一群个体，在不发生突变的情况下，克隆出的细胞或个体具有完全相同的遗传性状，常称“无性繁殖系”（细胞系）。因...

四个上海地方猪肉品质比较分析

为建立上海地方名猪肉质评价基础数据,对嘉定梅山猪、崇明沙乌头猪、金山枫泾猪和浦东白猪的背最长肌进行肉质性状、质构、氨基酸含量等指标进行检测分析。肉质性状检测结果显示:金山枫泾猪锁水能力显著高于其他3个品种(P<0.05),但嫩度最差;梅山猪肉色较好,肌内脂肪含量显著高于金山枫泾猪、崇明沙乌头猪(P<0.05)。质构指标测定结果显示:4个品种各有千秋,但就硬度和弹性指标来看,金山枫泾猪略好于其他3个品种;梅山猪的黏附性、凝聚力最低。氨基酸含量检测结果显示:梅山猪氨基酸总量最高,显著高于金山枫泾猪和浦东白猪(P<0.05);崇明沙乌头猪鲜味氨基酸含量最高。

上海地方猪种抗腹泻基因与免疫相关因子分析

为鉴定上海地方猪种上海白猪、枫泾猪和沙乌头猪中抗腹泻基因抗原加工相关转运体1(transporterassociated with antigen processing 1, TAP1)、α(1, 2)岩藻糖转移酶1[α (1, 2)-fucosyltransferase 1, FUT1]、天然抗性相关的巨噬细胞蛋白1(natural resistance-associated macrophage protein 1, NRAMP1)、黏蛋白4(mucin 4,MUC4)和黏蛋白13(mucin 13, MUC13)基因的有效遗传标记,为上海地方猪种资源特性提供参考,应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism, PCRRFLR)和序列测序分析上述基因的多态性,结合部分免疫相关因子,探讨对3个上海地方猪种免疫力的影响。结果显示,3个猪种中TAP1和MUC4基因均具有抗腹泻基因型GG,而仅在枫泾猪和沙乌头猪中检测到MUC13基因抗腹泻基因型GG,在3个猪种中均未检测到FUT1和NRAMP1基因抗腹泻基因型AA。上海白猪、枫泾猪和沙乌头猪TAP1基因处于中度多态,上海白猪的MUC4基因处于低度多态,枫泾猪和沙乌头猪的MUC4基因处于中度多态,上海白猪MUC13基因处于中度多态,其中上海白猪和沙乌头猪的TAP1基因不满足HardyWeinberg平衡,枫泾猪的MUC4基因不满足Hardy-Weinberg平衡。上海白猪MUC13基因AA型的白细胞介素12(interleukin-12, IL-12)水平显著高于AG型,枫泾猪TAP1基因AA型的肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor, TNF-α)指标显著高于GG和AG型,沙乌头猪TAP1基因AG型的IL-12指标显著高于GG型。以上研究结果对上海白猪、枫泾猪和沙乌头猪的抗腹泻育种和分子选育具有一定指导意义,为今后上海各地方猪种抗腹泻育种工作奠定了基础。

应用RAPD技术对香菇融合菌株进行遗传鉴定

本文应用RAPD技术与聚类分析方法,对香菇细胞融合菌株F1及亲本S1、465进行遗传分析.根据DNA扩增的指纹图谱,估算融合子与亲本的DNA相似系数并构建遗传相关性聚类图.结果表明,RAPD技术与聚类分析方法可应用于香菇细胞融合菌株的遗传鉴定.

一株猪流感病毒A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)的分离鉴定及遗传进化分析

为鉴定上海地区猪流感病毒的流行株及其分子生物学特征,本研究从上海地区养殖场采集疑似流感症状的猪咽拭子样品40份,采用套式PCR结合鸡胚分离鉴定方法,从中分离到1株H1N1亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)。经全基因组测定和遗传进化分析结果显示该分离株的8个基因节段与欧亚类禽H1N1 SIV同源性最高,其PB2、PB1、PA基因节段可能来源于A/swine/Jiangsu/49/2012(H1N1)病毒,NA、NP和M基因节段可能来源于A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)病毒。该分离病毒的HA蛋白裂解位点为PSIQSR↓GLFGAI,为低致病性流感病毒的分子特征。该分离株NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变,M2蛋白S31N突变表明该病毒可能对金刚烷胺类药物具有一定的耐药性。PA蛋白224S和PB2蛋白701N突变提示该分离株对哺乳动物的适应性增强,可能导致其致病性增强,需要加强对此类SIV的监测。结合近年来的监测表明,上海地区猪群中H1N1亚型SIV持续存在,需要持续跟踪监测SIV变异趋势。本研究为防控猪流感提供实验依据。

香菇子实体组织分离物与菌丝体的遗传相关性

以中国香菇主栽品种苏香为材料，利用现代分子生物学技术扩增获得DNA指纹图谱，以此估算出同一菌种子实体菇肉、菇柄组织分离物与菌丝体DNA相似系数，并构建了遗传相关聚类图，结果显示，同一菌种子实体的菇柄组织分离物与菌丝体的遗传相关性可能低于菇肉。

优良大麦品种花30幼胚遗传转化体系的优化

以大麦花培基因型花30的幼胚为外植体,设置不同的培养基类型、不同激素配比及碳源,研究其对幼胚愈伤组织诱导及绿苗分化的影响,以此建立和优化一个适于优良大麦品种遗传转化的高效组织培养体系。结果表明:在N6、MS和B5的组合改良培养基下,以蔗糖为碳源,附加2mg/L 2,4-D、1mg/L ABA时,有最高的愈伤组织诱导率,且愈伤质量最好。Cu2+的添加具有抑制幼胚直接发芽成苗和改善愈伤组织质量的双重功效。添加2mg/L 6-BA对愈伤组织的分化效果比较理想。为了提高农杆菌介导转化大麦外源基因的瞬时表达率和优化遗传转化体系,利用花30幼胚产生的愈伤组织为受体材料,通过检测GUS基因的瞬时表达情况,研究了农杆菌介导的大麦遗传转化中菌液的浓度、侵染时间以及共培养天数对遗传转化的影响,结果表明:当菌液浓度OD600=0.5的条件下,侵染15min,共培养2d表现出最佳的GUS瞬时表达率。

中国主要香菇栽培菌种交配型基因的遗传分析

从我国使用的 19个主要香菇栽培菌种中制备了 2 5种原生质体单核体 ,以此为材料 ,以交配型基因为标记 ,在交配反应和RAPD两个水平上对这 19个菌株进行了较为详细的遗传相似性分析。 2 5种原生质体单核体两两配对共 30 0个组合 ,其中不亲和性反应为 110对 ,占配对总数的 36 .7%。根据交配反应结果 ,2 5个单核体可分为三大类群、7个交配型组。这些结果从交配型角度证明 ,这 19个菌株具有十分狭窄的以交配型基因为标记的遗传背景。RAPD反应和聚类分析中 ,这三大类群、7个交配型组基本上都能聚为一类 ,从而在分子水平上验证了交配型分析的结果 ,也为交配型基因在菌种鉴定中的作用提供了依据。

新发猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传进化分析

从浙江地区分离的2株代表性样品与全国范围内流行的参考毒株进行比对和遗传进化分析,结果分为4个组,代表性样品与大部分国内的毒株落入G4-2组,与国内早期CH-S毒株核苷酸(氨基酸)同源性为98.4%~98.5%(99.1%~99.6%);以华南地区为主的2011-2012年分离的毒株自成一组,与中国其他地区的毒株的同源性为95.0%~97.2%,与其余3组比较有9个核苷酸的变异。遗传进化分析表明所分离毒株与大部分中国的流行毒株属于一个基因型;以2011-2012年中国华南地区为主的毒株成为PEDV的一个新的基因型;提示2011-2012年中国流行着2种PEDV的基因型。

戊型肝炎的研究进展及反向遗传学在戊肝研究中的应用

综述了戊型肝炎的研究进展以及反向遗传学技术在戊肝研究中的应用,讨论了戊肝研究的公共卫生学意义。

白灵侧耳交配型遗传研究

控制白灵侧耳(Pleurotusnebrodensis)担孢子单核体交配行为的交配系统由A、B两个互不连锁的因子组成。在白灵侧耳的有性生殖过程中,除可按孟德尔定律产生标准的四种交配型的担孢子外,构成B因子的遗传单位还可以发生因子内的遗传重组,产生两种新的、不同于亲本的B因子,重组率为14.1%。未发现重组型A因子。

大麦DH群体在耐低氮相关遗传连锁图谱初步构建中的运用

为给大麦耐低氮基因的发掘提供参考,以耐低氮品种BI-04和氮敏感品种BI-45为亲本,用通过花药离体培养方法得到的84个单倍加倍体(DH)后代作为作图群体进行耐低氮性遗传图谱的构建。利用376对SSR引物对亲本BI-04和BI-45进行多态性检测,共筛选出76对多态性引物,多态性频率为20.2%。利用Joinmap 4.0作图软件构建BI-04×BI-45 DH群体分子标记连锁图谱,取LOD>3.0进行分子标记连锁分析,构建了含有7个连锁群、27对标记的分子标记连锁图谱,连锁群总长度为303.6 cM,标记之间的平均遗传距离为11.24 cM。这7个连锁群包含了大麦的7条染色体,为大麦耐低氮的QTL分析奠定了一定的基础。

草菇电击法遗传转化的研究

建立了草菇电击遗传转化体系,遗传转化的最优条件为:用1.5%溶壁酶,32℃酶解草菇48 h菌龄菌丝体3 h,将20μL 50 ng/μL质粒融入100μL草菇酶解液中,在外加电压1 000 V的条件下电击;电击后的草菇菌丝体涂布于再生培养基中,32℃培养2 d后在含有20μg/mL潮霉素的培养基上进行抗性筛选,分子检测正常生长的单克隆是否为阳性克隆。

猪星状病毒的流行病学调查及遗传进化分析

为了解上海地区猪群中猪星状病毒(PAstV)的流行现状及其遗传特性,本研究于2016年~2020年间在上海不同地区10个猪场共采集了1416份仔猪腹泻粪便样品,利用RT-PCR方法及生物信息学技术进行检测与分析。结果显示,PAstV的总阳性率为26.2%,PAstV与其他腹泻病病原的混合感染情况较复杂,二重感染率占比达56.93%,主要以PAstV/猪嵴病毒(PKoV)为主(20.07%);三重感染率占比29.41%,以PAstV/PKoV/猪流行性腹泻病毒(PEDV)(10.09%)感染模式为主;四重感染率为11.4%,以PAstV/牛病毒性腹泻病毒(BVDV)/猪札幌病毒(PoSaV)/猪萨佩罗病毒(PSV)(13.51%)感染为主。猪群中PAstV的流行与气温差有很大关系,在季节交替时节流行率较高,特别是秋冬交替时节。选取其中2个PAstV阳性样品(JS-PAstV和CM-PAstV)进行全基因组序列的测定和分析,结果显示两者的全基因组同源性不高,仅为73.8%。全基因组进化分析显示,CM-PAstV分别与挪威、日本、美国的PAstV 3型的亲缘性较近;而JS-PAstV与匈牙利的PAstV 3型的亲缘性最近。对ORF2基因进行病毒重组分析,显示JS-PAstV和CM-PAstV的ORF2基因均与人星状病毒之间存在重组现象。提示,上海地区猪群中存在PAstV 3型的流行,且遗传距离较远,但存在与人星状病毒重组的风险,需进一步监测关注。本研究数据丰富了国内PAstV的流行病学资料,可为该病的风险防控提供科学数据。

不同地域柳松菇菌株遗传多样性的初步研究

应用同工酶技术和RAPD技术对 7个来源于不同地域的柳松菇菌株进行了遗传多样性分析 ,两种方法的分析结果基本一致。结果表明 ,地域差异对柳松菇菌株之间的遗传差异有明显影响 ,不同地域中分布的柳松菇菌株有丰富的遗传多样性。该研究为柳松菇的杂交亲本选配提供了实验依据 。

实验小型猪发情周期和妊娠早期外周血清孕酮含量的变化规律

测定了5头贵州香猪和5头上海小型猪发情周期和妊娠早期外周血清的孕酮含量。发现两个品种发情周期血清孕酮含量有相似的变化，峰值均出现在发情周期的9～12d，贵州香猪为26．00ng／mL，上海小型猪为24．36ng／mL；妊娠早期的变化也大致相同。贵州香猪和上海小型猪在妊娠-3～12d与发情周期-2～12d的孕酮含量变化相近，妊振第12天峰值贵州香猪为21．40ng／mL，上海小型猪为27．78ng／mL；在妊振12d后两品种猪孕酮含量略有下降；16-20d后又开始回升，并维持在较高水平。发情周期和妊娠早期外周血清孕酮含量16d后有明显差异，可供早期妊娠诊断参考。

基于ISSR标记和农艺性状的金顶侧耳种质资源遗传多样性分析

为了解国家食用菌种质资源库(上海)金顶侧耳(Pleurotus citrinopilestus)种质资源的遗传多样性,通过提取24个菌株的菌丝体基因组DNA,采用15个简单序列重复区间(inter-simple sequence repeats,ISSR)标记检测ISSR多态性并考察农艺性状,采用皮尔逊法分析ISSR分子标记与农艺性状的相关性。结果表明:24个菌株存在丰富的遗传变异,15个ISSR引物共检测到72个多态性片段,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.08~0.72,Nei’s基因多样性指数为0.22~0.46,香农多样性指数为0.33~0.65;经非加权算数平均配对法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)聚类分析,24个金顶侧耳菌株被分为7个大类,第Ⅰ类包括1个野生菌株,第Ⅱ类包括4个野生菌株,第Ⅲ类包括2个野生菌株,第Ⅳ类包括2个野生菌株和3个栽培菌株,第Ⅴ类包括2个栽培菌株,第Ⅵ类包括4个栽培菌株,第Ⅶ类包括2个野生菌株和4个栽培菌株,野生和栽培菌株聚类均比较集中,其中栽培菌株P 23和P 24的遗传距离极近;农艺性状(第一潮菇产量、每丛子实体数、菌盖大小、菌盖厚度、菌盖凹陷程度、菌柄直径和菌柄长度)的变异系数为5.03%~32.20%,遗传多样性指数为4.50~4.57;相关性分析结果表明,7个ISSR标记与第一潮菇产量、菌盖直径和菌柄直径相关,其中ISSR 6和ISSR 17与第一潮菇产量和菌柄直径显著正相关。