基因芯片在筛选宫颈癌相关基因中的应用研究

目的 :通过研究宫颈癌组织和正常宫颈组织中差异表达的基因 ,筛选出与宫颈癌相关的基因群 ,并进一步研究其表达和初步功能。方法 :以含 2 0 4 8条人类全长基因的 c DNA基因表达谱芯片 ,检测 3例宫颈癌标本和正常宫颈标本的基因表达谱 ,计算机分析比较两种组织中差异表达的基因。 结果:3例宫颈癌差异表达基因分别有 197条、4 2 9条和 6 6 5条 ,共同差异表达的基因有 6 4条。 结论 :宫颈癌同其他肿瘤一样 ,是多种基因结构和功能改变的结果 。

基因芯片研究血卟啉单甲醚对人肝癌细胞HEPG2基因表达的影响

目的 :利用芯片技术观察血卟啉单甲醚 (HMME)光动力疗法对人原发性肝癌 HEPG2细胞基因表达的影响 ,以深入探讨其作用的分子机制。方法 :HMME加激光照射处理培养的肝癌 HEPG2细胞 ,H- E染色观察细胞形态 ;抽提细胞 m RNA,利用荧光标记 d UTP逆转录制备 c DNA探针 ,与人肝癌表达谱基因芯片杂交 ,并对 Cy3、Cy5荧光信号做扫描分析。 结果 :光照射后实验组细胞呈现凋亡形态 ;芯片扫描显示 2 .47%的检测基因 (389/15 38)出现明显表达差异 ,其中下调基因占 80 % ,多与细胞增殖调控功能有关 ;而细胞凋亡通路中几个重要关键蛋白 (CCP32、AIF、Mch2 )的基因明显上调。结论 :HMME激光疗法可诱导 HEPG2细胞凋亡 ;

一种基于主集分割的基因芯片聚类算法

聚类算法广泛应用于生物芯片数据分析中,用于寻找表达相似的基因或样本.大多数已有算法都需要人为地给出一些参数,然而在没有先验知识的情况下,人为地确定这些参数是十分困难的.为了解决这一难题,提出了一种迭代的聚类算法.首先用主集方法对原有基因进行重新排序,使高度相似的基因排列在特定区域.类的分割界线通常难于确定.提出一种标准,根据类内元素间的距离远小于类外元素间的距离的性质,从排序后的数据集中划分出一个类.将找到的类从当前数据集中排除以后,对剩下的数据重复以上处理,直到满足所提出的循环停止条件为止.从多方面分析了该算法的性能,并将该算法应用于酵母细胞周期的芯片表达谱数据聚类.理论分析和应用结果都表明,该算法是实用、有效的,并且有很好的抗噪性能.

应用寡核苷酸芯片并行检测CYP1A1和GSTM1基因多态性

利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A1单核苷酸多态性 (SNP)和GSTM1缺失与否 ,实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型 ,可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片 ,检测了 84份正常人的血液DNA样本 ,其中GSTM1基因缺失率达到 4 7 6 % ,接近报道数值。统计分析发现 ,CYP1A1m1 m2的 3种基因型组合TT AG、TT GG和TC GG的发生频率都为 0 ,而根据实验得到的m1和m2各自基因型数据计算 ,它们的发生频率应是11 4 %、2 6 %和 3 1% ,所以推测在所检测的样本中没有T(m1位点 )和G(m2位点 )的连锁组合 ,即m1和m2位点的组合只有 3种单体型 :T A、C A和C G ,其发生频率分别是 6 9 6 %、7 7%和 2 2 6 %。

隔药灸治疗大鼠溃疡性结肠炎差异表达基因研究

目的:探讨隔药灸治疗溃疡性结肠炎的作用机理。方法:将溃疡性结肠炎大鼠随机分为模型组和隔药灸组,并设正常对照组。隔药灸组选取“天枢”,隔药灸治疗大鼠溃疡性结肠炎。应用BiostarR-40s基因芯片进行结肠组织差异表达基因检测,并应用实时荧光定量PCR方法对差异表达基因白细胞介素-1βmRNA(IL-1βmRNA)进行鉴定。结果:筛选出在溃疡性结肠炎大鼠结肠中异常表达、隔药灸治疗后得到调节的差异表达基因174条,其中28条(含已知基因7条)在溃疡性结肠炎大鼠中表达下调的基因经隔药灸治疗后表达升高,146条(已知基因42条)上调基因经隔药灸治疗后表达降低。结论:大鼠溃疡性结肠炎的发生涉及多种基因表达异常,隔药灸可通过调节IL-1β等诸多基因的表达,起到治疗作用。

Kkay小鼠Ⅱ型糖尿病相关基因的表达谱研究

目的 :研究 Kkay 型糖尿病小鼠与正常小鼠肝脏差异表达的基因 ,为人类 型糖尿病及其慢性并发症的防治提供依据。 方法 :以包含 8192条小鼠的 c DNA基因表达谱芯片研究 Kkay 型糖尿病小鼠肝脏的基因表达谱。 结果 :共筛选出差异表达基因 15 4条 ,包括全长基因 6 8条 ,表达序列标识 (EST) 86条 ;其中 40条基因表达增加 ,114条表达降低。结论 : 型糖尿病发病机制复杂 ,不仅有糖、脂肪及蛋白质等物质的代谢紊乱 。

广西肝癌高低发病区p53基因突变热点的对比研究

目的 :并行、对比研究广西高、低发病区原发性肝癌p5 3基因突变热点。方法 :参照国际公共p5 3突变数据库资料发生频率最高的 7个突变类型作为检测探针设计寡核苷酸芯片 ,应用该种寡核苷酸芯片技术检测肝癌抑癌基因p5 3上对应的 7个常见突变位点的突变频率及突变类型。结果 :检测高发区组及低发区组肝癌石蜡包埋标本各 14例 ,p5 3突变发生率分别为 6 4 3%及 14 3% ,P <0 0 5。高发区组p5 3突变热点为 2 4 9编码区 ,占该组突变的 77 8% ,突变形式为 2 4 9ser突变。结论 :广西高发区肝癌p5 3基因突变热点为 2 4 9ser突变 ,低发地区肝癌p5 3基因突变点呈散发性 ;应用寡核苷酸芯片技术可并行、高效。

清胰消积中药对实验性胰腺癌基因表达的影响

目的:研究中药清胰消积方对裸鼠体内人胰腺癌SW1990细胞移植瘤的抑瘤作用,并利用基因表达谱芯片探索其作用机理。方法:荷瘤裸小鼠随机分为对照组、5-FU组、中药不同剂量组,治疗后计算抑瘤率。提取对照组及中药中剂量组肿瘤组织mRNA,制备cDNA探针并分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因。结果:中药18g/kg、36g/kg、72g/kg剂量组抑瘤率分别为21.31%、38.16%及29.09%。筛选出癌基因、蛋白翻译合成、DNA合成和修复、细胞信号传导蛋白等表达下调的基因共7条。结论:清胰消积中药对人胰腺癌体内生长有抑制作用,调节癌基因及其相关的信号传导、改变肿瘤细胞蛋白合成等可能是其作用机制。

中风易感性与候选基因SNP位点关联研究

脑中风是严重危害我国中老年人身体健康的主要疾病之一,对中风相关基因单核苷酸多态性位点在人群中分布情况的研究将有助于深入认识中风发病机制及提高防治能力。该研究用寡核苷酸芯片方法检测了8个多态性位点与中风易感性之间的关联。结果发现:寡核苷酸芯片技术作为一种很好的基因分型方法,具有高通量、平行性、微量化、自动化和快速灵敏等的特点,适用于大规模基因分型平台的建立;实验初步发现与中风易感性相关的有血管紧张素原(AGT)基因M235T(OR=3.437,CI=1.211,9.709),载脂蛋白E(APOE)基因cys158arg (OR=9.434,1.686-83.3),亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T(OR=2.591,1.002-6.711),血管紧张素ⅡⅠ型受体(AT1R)基因A1166C(OR=0.213,0.057-0.799)。

亚甲基四氢叶酸还原酶基因C677T、β-纤维蛋白原基因G448A多态性与缺血性卒中遗传易感性的关系

目的探讨亚甲基四氢叶酸还原酶（methylenetetrahydrofolate reductase，MTHFR）基因C677T、β-纤维蛋白原（β—fibrinogen,β-Fg）基因G448A多态性与缺血性卒中遗传易感性的关系。方法采用寡核苷酸芯片技术对88例缺血性卒中患者及与其配对的88名对照者进行单核苷酸多态性位点检测和分析。结果缺血性卒中患者组MTHFR基因T纯合基因型、杂合基因型和T等位基因频率分别为17．0％、50．0％和42．05％，对照组为11．4％、36．4％和29．55％，两组间MTHFR基因C677T基因型频率（P=0．034）和等位基因频率（P=0．014）分布有显著差异，β—Fg基因杂合基因型和A等位基因频率分别为27．3％和15．91％，对照组为25．0％和14．77％。多元logistic回归分析显示，MTHFR基因C677TCT基因型与缺血性卒中发病有关（优势比为2．181，95％CI1．138～4．181；P〈0．05）；β—Vg基因G448A与缺血性卒中无显著相关性，其与MTHFR基因C677T位点无协同作用。结论MTHFR基因C677T位点突变可能是缺血性卒中发病的遗传因素之一。

cDNA芯片应用在急性白血病研究中的初步探索

基因芯片技术对肿瘤基因组学的研究提供了一种高效的手段 .采用基因芯片技术观察了 14例初发急性髓系白血病患者 12 80 0条基因的表达谱 ,找到了一些和白血病发生有密切关系的基因 .用表达谱的聚类方法分析难治性白血病的基因表达特征 ,发现一些与耐药相关的基因在难治性白血病人和易治性白血病人中表达有明显不同 ,证明难治性白血病与耐药有一定关系 .