蛋白质结构标注中的基于支持向量机的拉氏图优化方法

拉氏图是一种经典的蛋白质结构验证工具,在蛋白质结构研究领域有广泛应用.然而,传统拉氏图定义的合理区域范围广,容错率高,且包含了一些不准确的结构.针对这一问题,提出了一种基于支持向量机(support vector machine,SVM)和贝叶斯优化的方法SVM-Rama,对传统拉氏图的合理区域定义进行优化和细分,使细分后的合理区域的范围精确到具体的二级结构种类,SVM-Rama法可以提高蛋白质结构验证准确率,且能简便精确地标注二级结构.研究结果表明,该方法在二级结构标记中的准确率接近传统方法取得的最好结果,但训练和计算成本远小于传统方法.

硅-1 , 6-己二硫醇-硅分子器件的输运性质

为揭示硅-硫分子结的微观结构与电学输运性质的依赖关系,基于密度泛函理论结合非平衡格林函数方法,研究硅-1,6-己二硫醇-硅分子器件的结构及电子输运性质,分析该器件的零偏压电导以及电子透射谱.采用Gaussian 16软件包优化硅-1,6-己二硫醇-硅的原子团簇结构,从中选取8组稳定的原子团簇结构构建了分子结模型,再用VASP软件对分子结进行结构优化,计算了分子结的零偏压电导及电子透射谱.结果表明,硅-硫分子结与基于金属电极所构建的金-硫分子结存在显著不同,硅-硫分子结的微观结构对其电学输运性质有至关重要的影响硅-硫分子结的微观结构对零偏压电导及透射谱等电输运性质有重要影响.研究结果可为理解基于硅-1,6-己二硫醇-硅分子器件的自组装单分子膜的结构和性质提供参考.

基于实时路径积分的双分子化学反应动力学计算方法

化学反应速率常数、动力学同位素效应(kinetic isotope effect,KIE)及散射截面的确定,在燃烧、大气以及星际化学反应的化学动力学和动态学研究中起着不可或缺的作用.而常用的理论如量子散射理论、过渡态理论(transition state theory,TST)和准经典轨线方法均难以准确快速地确定多原子反应的速率常数和散射截面.近十几年来,基丁实时路径积分的珠串分子动力学(ring-polymer molecular dynamics,RPMD)方法在气相双分子化学反应动力学研究中的应用获得了成功.而近几年来随着应用范围的扩大,RPMD方法在面临挑战的同时也取得了更多的研究进展.