2011—2016年上海市浦东新区集聚性手足口病流行特征

目的对上海市浦东新区2011—2016年引起聚集性手足口病的肠道病毒进行分子流行病学特征分析,了解浦东新区手足口病病毒流行规律,为浦东新区手足口病的防控提供实验室依据。方法 2011—2016年,对1 489例聚集性或暴发样本采用荧光定量PCR进行病毒核酸分型检测,对核酸阳性样本进行分离培养。从性别、年龄、时间分布等方面进行分析比较,同时对肠道病毒VP1区基因进行DNA测序和分子进化树分析。结果 1 489例样本中共检出肠道病毒核酸阳性736例,其中EV71型232例(15.58%)、CA16型290例(19.48%)、CA6型100例(6.72%),CA10型5例(0.34%),未分型109例(7.32%)。2011年以EV71为主,占67.42%,2012、2015和2016年均以CA16为主,分别占50.40%、49.61%、70.00%,2013年和2014年除CA10外,各型别均占17%以上。CA6构成从2012年的9.30%快速上升至2015年的22.48%。肠道病毒阳性男女性别比为1.59∶1,主要集中在<5岁的年龄组中,占84.65%。夏季4—6月为EV71和CA16感染的高峰期,而冬季11—12月为CA6感染的高峰期。病毒VP1区基因序列分析结果显示,EV71病例均属于C4a亚型,CA16病例属于B1亚型,CA6病例属于第3簇。结论 2011—2016年集聚性手足口病疫情以EV71型和CA16型为主,其次是CA6型,男性发病高于女性,<5岁人群高发,EV71和CA16感染高峰期为夏季4—6月,EV71和CA16与国内流行的基因亚型一致,CA6从2012年开始呈现流行。

2015-2016年上海市浦东新区涉禽场所禽流感病毒监测结果

目的了解2015-2016年上海市浦东新区禽流感病毒在涉禽场所中的阳性情况,为人禽流感防控工作提供依据。方法采集2015-2016年上海市浦东新区规模禽类养殖场、家庭禽类养殖户和活禽交易市场活禽鸡的禽类样本(喉/泄殖腔拭子)及外环境样本(禽类粪便、物体表面擦拭样本、水体样本),运用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RTPCR)方法检测禽流感病毒。结果2015-2016年共检测标本2820份,检出甲型流感病毒阳性530份,阳性率为18.79%。H5、H7和H9亚型均有检出,以H9为主,阳性率为10.92%。3类涉禽场所中,以活禽交易市场的禽流感病毒检出阳性率最高为37.69%,涉禽场所8种类型样本中,案板表面擦拭标本、笼具污水的阳性率高于禽喉试子、笼具表面擦拭标本、禽粪便、地表面擦拭物、禽饮用水及禽泄殖腔拭子。全年进行监测,其中1、6-7和10-12月检出阳性率高于2-5和8-9月。结论2015-2016年浦东新区活禽交易市场、禽贩卖及屠宰环节和冬季禽流感病毒检出率较高,今后应加强监测监管,做好消毒、适时关闭活禽交易市场等防控措施,降低人禽流感发生风险。

基于6种肠集聚性大肠埃希菌毒力基因检测诊断效果评价

目的对肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)分子诊断方法进行性能评价。方法对2015年1月-2019年12月上海市浦东新区腹泻门诊病例粪便样本分别进行大肠埃希菌分离鉴定,并对分离株进行“金标准”HEp-2细胞粘附试验和6种毒力基因检测(aggR、astA、pic、aaiA、aatA、aaiG)。根据不同基因组合,构建诊断方法一(uidA-aggR基因阳性)、诊断方法二(uidA-aggR/astA/pic任一基因阳性)、诊断方法三(uidA-aggR/aatA/aaiG/aaiA任一基因阳性)、诊断方法四(uidA-aggR/astA/aaiA任一基因阳性)、诊断方法五(uidA-aggR/astA/pic/aaiA/aatA/aaiG任一基因阳性)5种分子诊断方法。采用灵敏度、特异性、Kappa值、曲线下面积(AUC)等指标评价其诊断效能。结果在2366例病例样本中分离到1390株大肠埃希菌,19.14%(266/1390)分离株呈AA粘附表型,毒力基因检出率以astA(21.87%,304/1390)最高。以“金标准”、诊断方法一至五进行判定,EAEC检出率分别为11.24%(266/2366)、2.37%(56/2366)、14.84%(351/2366)、9.68%(229/2366)、5.26%(361/2366)和16.48%(390/2366)。诊断方法一特异性最高(99.86%,2097/2100)、灵敏度最低(19.92%,53/266),诊断方法三~五与金标准呈中度一致性(Kappa值为0.58~0.65),诊断方法二~五具有较高诊断价值(AUC为0.806~0.882)。结论基于EAEC毒力基因的分子诊断方法暂不可代替金标准。

基于rpoB基因分析方法鉴定艾伯特埃希菌

目的探讨一种合理的方法对既往分离到的鉴定为致病性大肠杆菌(EPEC)的菌株进行重新鉴定,发现可能存在的艾伯特埃希菌。方法以2013-2017年上海市浦东地区腹泻监测中分离到的491株EPEC为分析对象,首先用基于表型的方法进行筛检,然后用聚合酶链式反应(PCR)检测毒力基因,并对可疑株rpoB基因进行扩增和测序,获得的序列在genbank数据库中进行匹配,以艾伯特埃希菌参考株以及其他密切相关的大肠埃希菌和志贺菌的rpoB基因序列作为参考序列,使用MEGA8.0的最邻接法构建进化树。结果经筛选,33株生化表型符合艾伯特埃希菌株中,10株clpX、lysP、mdh以及ctdB基因阳性,符合艾伯特埃希菌定义,其rpoB基因序列与艾伯特埃希菌参考菌株的序列高度相似,并与其聚类为一簇,与其他23株菌株以及志贺菌、大肠埃希菌等参考菌株有显著区别。结论表型鉴定方法结合rpoB基因测序分析可用于艾伯特埃希菌的准确鉴定。