上海市食源性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子特征及耐药性

目的:了解上海市不同类型食品中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)的流行情况及其分子特征和耐药性。方法:以2011—2016年从上海市收集到的184株食源性金黄色葡萄球菌为研究对象,通过检测其mecA基因筛选出MRSA菌株,对筛选出的MRSA菌株进行葡萄球菌A蛋白分型、多位点序列分型和葡萄球菌染色体基因盒mec分型以及毒素基因和耐药性检测。结果:184株食源性金黄色葡萄球菌共检测到9株MRSA菌株,检出率为4.9%(9/184),其中1株来源于鸡蛋样本,1株来源于凉拌菜样本,3株来源于生肉制品和4株来源于熟肉制品。所有的MRSA菌株均表现为多重耐药,其中,对氨苄西林和青霉素的耐药最为普遍(100.0%,9/9),其次为头孢西丁和甲氧苄啶/磺胺甲恶唑(88.9%,8/9)、红霉素(55.6%,5/9)、阿莫西林/克拉维酸(33.3%,3/9)、四环素和苯唑西林(22.2%,2/9)和环丙沙星(11.1%,1/9)。所有的MRSA菌株除对溶血素基因(hla、hlb和hld)和杀白细胞素基因(pvl)携带率较高外,对所有肠毒素基因的携带率都呈现较低水平。所有的MRSA菌株共涵盖6种分子型,主要分子型为ST59-IVa-t437(33.3%,3/9)和ST88-III-t14340(22.2%,2/9),其次为ST398-IVa-t034、ST630-III-t4549、ST5-II-t002和ST4495-t10738(11.1%,1/9)。结论:上海市食源性MRSA主要污染食源性动物制品和手工食品,其污染率较低;与动物源、社区获得性和医院获得性MRSA菌株均存在相同的分子型,虽然检出率不高,但其仍然存在通过食物链进行传播的可能。

上海地区2006-2009年分离的大肠埃希菌O157特征分析研究

目的分析2006年至2009年在上海地区各监测点从病人、动物粪便及食品中分离的13株大肠埃希菌O157(E.coliO157)携带毒力基因的情况,分子分型特征及各菌株之间的相关性。方法利用聚合酶链反应(PCR)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术,结合生化鉴定、血清学分型的表型分析方法及Vero细胞毒性试验对上海地区分离的13株E.coliO157进行研究。结果 PCR结果显示有9株菌株的菌体抗原基因O157,鞭毛抗原基因H7及毒力基因stx2,hly,eaeA检测结果均为阳性,其中1株食品分离株的stx1基因检测结果也为阳性;9株菌均对Vero细胞有毒性作用。其余4株牛粪分离株,除O157基因检测结果为阳性外,其他检测结果均为阴性。13株上海分离株可分成6个PFGE型别。其中1株食品分离株与同样带有stx1基因的德国分离株的图谱最为接近;2株腹泻病人分离株属于同一PFGE型别;6株牛粪分离株的PFGE型别相同或高度相似。其余4株不携带毒力基因的牛粪分离株为不相关菌株。结论上海地区从病人、动物粪便和食品中都分离获得了能产生stx毒素的E.coliO157,提示需加强对该菌的监测。

儿童下呼吸道人类博卡病毒感染的病毒载量和疾病严重程度相关性研究

目的研究下呼吸道感染患儿人类博卡病毒(HBoV)载量与疾病严重程度的相关性。方法对2009年1月至2012年9月间554例因下呼吸道感染住院的5岁以下患儿及195名健康对照组儿童下呼吸道吸出物(NPAs)、鼻咽拭子采用荧光聚合酶链反应(PCR)检测HBoV种类,并同时测定阳性标本感染HBoV的载量,利用商品化试剂盒检测其他种类的呼吸道病毒,结合患儿的临床症状和生化指标进行综合分析。结果实验组与健康对照组HBoV阳性率有明显差异,实验组病毒载量(5.10×106拷贝/mL)明显高于对照组(2.70×103拷贝/mL,P<0.05)。实验组中混合感染组疾病严重程度为一般和中等的患儿HBoV载量(分别为2.70×105、3.85×106拷贝/mL)明显低于严重患儿(8.70×106拷贝/mL,P<0.05)。在1例新生儿重症肺炎患儿NPAs、血液和粪便中均检测到HBoV,并排除了其他常见呼吸道病毒和细菌感染。结论 HBoV是呼吸道疾病致病病原,混合感染中HBoV载量与疾病严重程度呈正相关,HBoV在某些患儿中可以导致重症肺炎。

上海地区部分婴幼儿腹泻标本中诺如病毒基因分析

目的了解2006年上海哨点医院婴幼儿疑似病毒性腹泻散发病例中诺如病毒基因型别和基因特征。方法应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增标本中诺如病毒核酸,测序后使用DNAstar基因分析软件与Genbank中的参考株进行核酸序列分析。结果13份测序结果均属于诺如病毒GⅡ遗传组,以GⅡ.4基因型为主。其中2份核酸序列与2006年德国汉堡毒株序列同源性相近,分别为86.2%和88.2%;2份核酸序列与2006年荷兰乌得勒支毒株序列同源性相近,均为83.9%;其余9份核酸序列与2004年中国广西、2004年和2005年日本东京毒株序列同源性相近,为87.3%～97.5%。结论2006年上海哨点医院婴幼儿疑似病毒性腹泻标本中存在诺如病毒GⅡ.4基因型散发病例,不同病毒株之间差异较大。

2009年上海市手足口病流行病学和病原学特征

本研究对上海市手足口病(Hand-foot-and-mouth disease,HFMD)的流行病学和病原学特征进行了分析。从国家疾病监测信息报告管理系统获取上海市2009年HFMD的流行病学数据;采用荧光定量RT-PCR方法对来自上海15个区县的799例HFMD进行肠道病毒(Enterovirus,EV)核酸检测;对部分肠道病毒71型(Enterovirus71,EV71)的VP1区和部分其它EV的VP4区序列进行测定和分析。采用Office excel软件进行简单数据统计分析,用BioEdit和MEGA软件进行病毒基因特征分析,通过BLAST服务器的在线比对进行EV型别鉴定。分析显示:上海市18个区县均有病例报告,地区分布无显著特点;小于6岁的婴幼儿期为疾病高发年龄段;4～7月为发病高峰期;EV71和柯萨奇病毒A16(Coxsackie virus A16,CA16)为主要病原,不同地区、不同月份的病原构成各不相同,CA16为轻症病例的主要病原,EV71则为重症病例的主要病原;基于VP1区序列分析,上海EV71毒株与C4a亚型毒株具有最近的亲缘性和最高的同源性;2株其它肠道病毒经鉴定属于CA2和CA10型。结果表明:EV71和CA16为2009年上海HFMD流行的主要病原,EV71属于C4a亚型;除EV71和CA16外,还存在小部分其它EV(如:CA2和CA10)引起的HFMD。

上海市1962--2011年霍乱弧菌表型特征及分子分型研究

目的分析1962--2011年上海市霍乱弧菌的表型及分子分型特征。方法采用WHO推荐的改良K，B纸片法，对222株霍乱弧菌进行11种抗菌药物（头孢曲松、强力霉素、诺氟沙星、环丙沙星、复方新诺明、丁胺卡那霉素、四环素、氯霉素、萘啶酸、氨苄西林、庆大霉素）敏感试验。以PCR检测霍乱毒素基因（ctxA）、小带联结毒素基因（zot）、辅助霍乱肠毒素基因（ace）、溶血素基因（hZya）、毒素协调菌毛基因（tcpA）、外膜蛋白基因（ompU）和调控蛋白基因（toxR）。采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法对菌株进行分子分型，用BioNumefics软件分析电泳图谱。结果222株霍乱弧菌经药物敏感试验分析显示，1962—1996年的菌株对多种药物敏感，2005--2011年的菌株对多种药物耐药。0139群耐药率明显高于01群，0139群产毒株的耐药率比非产毒株高。毒力基因分析显示，1962—1996年霍乱患者来源菌株多为01群产毒株，2005--2011年患者来源菌株多为0139群产毒株，水体来源菌株未检出ctxA基因，01群水产来源菌株以hlya＋toxR＋ompU＋为主，占25．6％（11／43），0139群水产来源菌株以hlya＋toxR＋ompU＋ctxA＋ace＋zot＋tcpa＋为主，占76．1％（16／21）。PFGE分析将222株菌分为121个PFGE型，0139群分为3个聚类，01群分为5个聚类。结论上海市霍乱弧菌随着时间推移表型及分子特征均发生了很大变化，耐药情况加重。

上海市黄浦区理发业从业人员手部皮炎的患病情况及相关因素分析

[目的]初步了解上海市黄浦区理发业从业人员手部皮炎的患病情况，讨论可能的相关因素，为进一步的研究提供数据基础。[方法]通过随机整群抽样，在上海市黄浦区抽取113家理发店进行问卷调查。将理发业从业人员的工种分为4类，即专职从事洗发（工种1），专职从事染、烫发（工种2），既从事洗发又从事染、烫发（工种3），从事洗发和染、烫发以外的其他工种[主要为剪发和（或）吹发，工种4]。问卷内容包括人口学信息、手部皮炎相关的临床症状、可能的暴露及相关的保护措施等内容。由经过统一培训的调查员对研究对象进行面对面的问卷调查。数据录入后，先经单因素卡方检验分析不同因素对理发业从业人员手部皮炎的影响，再进行多因素logistic回归分析，找出可能与理发业从业人员手部皮炎发生相关的因素。[结果]最后共得到578份有效问卷。37．7％的研究对象（218人）曾患过手部皮炎，在这些患过手部皮炎的理发业从业人员中，90．4％为慢性手部皮炎，9．6％为急性。单因素分析结果显示，下同年龄、不同工龄、有无采取手套防护间理发业从业人员手部皮炎的患病率差异无统计学意义。多因素分析结果显示，与工种4相比，工种1、工种2、工种3的OR值分别为5．28（95％CI：2．72—10．25）、2．44（95％CI：1．20～4．95）和5．56（95％CI：3．12—9．90）；与报告无过敏史的理发业从业人员相比，报告有过敏史者发生手部皮炎的可能性增大，OR值为3．06（95％CI：1．98～4．72）；同时，未发现工作过程中佩戴手套、涂抹护手霜等防护措施对理发业从业人员手部皮炎的发生有统计学意义上的影响。[结论]从事洗发，染、烫发工种可能增加理发业从业人员手部皮炎的患病可能。有过敏史的理发业从业人员可能更容易患手部接触性皮炎。

上海市健康人群C群脑膜炎奈瑟菌血清杀菌力抗体水平检测

本研究采用多位点序列分型（MLST）技术分析上海地区2005-2009年脑膜炎奈瑟菌的优势基因型,以该优势型别的菌株作为靶菌,检测健康人群对于该菌株的血清杀菌力水平,评价本地区的疫苗免疫效果.

上海市类流感监测病例中肠道病毒病原特征研究

目的:了解上海地区类流感病例中肠道病毒病原特征。方法:应用RD、Vero、Hep2细胞对2008年1月-12月收集的567份类流感咽拭子标本进行肠道病毒分离培养,并对分离的毒株进行肠道病毒Vp1区域扩增和测序,通过NC-BI BLAST服务器在线比对进行肠道病毒型别鉴定。结果:从567份咽拭子标本中分离到39株肠道病毒,全年阳性分离率占总分离标本数的6.88%。4月-7月期间获得分离毒株28株,阳性分离率占同期收集标本的21.05%。对所有分离到的肠道毒株进行测序比对,29株为COXB3型病毒、5株为COXA4型病毒、3株为COXA10型病毒,1株为COXA5型病毒和1株为COXA6型病毒。所有COXB3型毒株序列与GenBank网上当年公布的北京株、安徽株、广东株、广州株和日本株同源性达94%以上。结论:在上海地区2008年肠道病毒是引起上呼吸道感染的常见病原体之一,并以COXB3型病毒感染为主,还存在其他肠道病毒病原体感染。应用分子分型技术加强引起呼吸道感染的肠道病毒病原体监测可为相关疾病的流行或暴发提供预警信号,也为临床医生的正确诊断提供依据。

氨基糖苷类耐药的肠杆菌科细菌16S rRNA甲基化酶基因研究

目的探讨临床分离的对氨基糖苷类耐药的肠杆菌科细菌产16S rRNA甲基化酶状况,分析其分子流行趋势及其耐药性形成和传播的机制。方法采用纸片扩散法筛选庆大霉素和/或阿米卡星耐药的肠杆菌科细菌;采用聚合酶链反应(PCR)扩增16S rRNA甲基化酶基因、氨基糖苷修饰酶基因、β-内酰胺酶基因;采用质粒接合试验验证16S rRNA甲基化酶的转移性;应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对16S rRNA甲基化酶基因阳性菌株进行分型。结果 201株对庆大霉素和/或阿米卡星耐药的肠杆菌科细菌中共检出38株16S rRNA甲基化酶阳性株(armA基因16株,rmtB基因22株)。其中30株可通过接合试验将耐药质粒转移至受体菌。blaCTX-M-14、blaTEM-1和blaSHV-12可连同armA或rmtB分别转移到11、20和7个接合子中。肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌和阴沟肠杆菌分别被PFGE分为4、21和1个型别。结论本研究分离的肠杆菌科细菌16S rRNA甲基化酶以armA和rmtB为主要流行型别,且后者分离率较高。该甲基化酶可导致氨基糖苷类高水平耐药,而且酶编码基因位于质粒上,具有转移性,β-内酰胺酶基因和氟喹诺酮耐药决定因子可随之一同转移。

不同emm基因型化脓性链球菌的菌落形态

为探究不同emm基因型的化脓性链球菌的特异性菌落形态,对2019年1—12月从猩红热儿科患者中分离的179株化脓性链球菌进行emm基因测序与分型,观察不同emm基因型的菌落形态。结果表明4种emm基因型(emm12,emm1,emm3和emm4)的菌落特点明显不同,emm12型及亚型菌落为光滑型或粗糙型,直径较小,约0.5 mm。emm1型及亚型均为光滑型,明显区别于emm1的是肉眼可见的菌落大小差异,emm1型菌落较大,大小约为emm12型的2倍。emm3型菌落为所有基因型里最大的,直径3~4 mm,属于黏液型,明显不同于其他3种菌落特点。emm4型大小约0.5 mm,表面光滑或粗糙,溶血不典型。化脓性链球菌的菌落形态有明显的emm基因型特异性,不同emm基因型菌株的菌落特点不同,同一基因型的各亚型菌落特征相同,不同菌落形态可以辅助早期辨别化脓性链球菌的emm基因型。

上海2010—2013年H3N2流感病毒流行特征

[目的]了解上海市2010—2013年流行的甲3流感病毒血凝毒(HA)基因突变及其抗原变异情况与流感流行的关系。[方法]用实时荧光聚合酶链反应(real-time PCR)检测2010—2013年因类流感症状(ILI)到流感哨点医院就诊的监测病例,分析甲3亚型流感病毒流行特征。鸡胚传代甲3亚型阳性标本,收获尿囊腔液用作提取病毒的RNA,进行逆转录聚合酶链扩增,扩增产物纯化后进行测序,用MegAlign软件对血凝素(HA)1区域氨基酸位点进行对比分析,用MEGA软件对HA基因进化树进行分析。[结果]2010—2013年间,上海市甲3亚型流感病毒为2010、2012、2013年主要流行株。流行特征具有明显的年度和季节特点,与全国一致。与2011年世界卫生组织推荐的疫苗株相比,上海市甲3亚型流感病毒HA1区域在2010年发生明显抗原改变,共发生35处氨基酸替代,其中23处位点改变较大,6个氨基酸位点涉及HA1的4个抗原决定簇。2011年后的毒株在进化树上也形成一个独立的分支。[结论]上海市2012年较大规模的甲3亚型流感病毒流行与病毒的抗原性漂移有关。

预防性健康检查中沙门菌分离方法的优化与评估

[目的]沙门菌检测方法在预防性健康检查中的优化与效果评估。[方法]用实验室保存菌株测试CHROMagarTM沙门菌显色琼脂平板(CAS)、木糖赖氨酸胆酸盐琼脂平板(XLD)和武汉SS琼脂平板(WS)的敏感性、特异性;使用单盲法比较经亚硒酸盐增菌液(SF)增菌后用CAS与WS、亚硒酸煌绿增菌液(SBG)与SF增菌后,用XLD与WS分别在1 717件和1 000件食品从业者体检肛拭中分离沙门菌的效果;评价优化检测方法在上海市静安区预防性健康检查中的应用。[结果]CAS和XLD菌株测试和现场检测的敏感性和特异性均明显优于WS,SBG-XLD/CAS组合的优化方法的检测效果明显优于传统的SF-WS的结果。2008年静安区职业体检的年度阳性率分别是2006年的8倍和2007年的10倍,月度阳性率也是历史同期水平的2～10倍,7、8月份的阳性率高达1%。[结论]CAS能兼备伤寒、副伤寒在内的所有沙门菌的分离能力;SBG-XLD/CAS组合的沙门菌优化检测流程具有易于掌握和高敏感性的优点,适于预防性职业体检中沙门菌常规分离。

环境水体中感染性胃肠道病毒检测方法研究进展

胃肠道病毒,是全球范围内引起经水传播的疾病的主要病原物。寻找检测水环境中具有感染性病毒的方法是当务之急。传统细胞培养是鉴定病毒感染力的金标准,但是仍存在费时、费力、成本高且有些病毒(诺如病毒)无法培养的缺点。常用的分子生物学检测方法在检测水中病毒时,虽然有很高的灵敏度和特异性,但亦存在病毒基因拷贝数和感染力之间缺乏相关性的局限性。本文遂对目前国内外在检测感染性病毒的相关研究方面,能部分克服传统细胞培养和直接聚合酶链式反应(PCR)法检测感染性病毒时之局限性的研究成果作一综述报道。

H7N9禽流感监测病例的病原谱分析

人感染H7N9禽流感病毒是一种新型重组禽流感病毒，编码血凝素（hemagglutinin，HA）的基因与分离白浙江鸭的禽流感病毒A／duck／Zhejiang／12／2011（H7N3）的一致性最高，

实时细胞监测技术的人肠道病毒71型感染性检测方法研究

开展基于微电子传感器技术的实时细胞监测技术(Real-time Cell Assay,RTCA)在人肠道病毒71型(HEV71)病毒诱导的细胞病变检测方法中的应用价值研究。动态观察RD细胞不同阶段的生长指数,选择合适的细胞浓度开展HEV71病毒感染力和血清中HEV71中和抗体效价测定。同时应用传统的微量试验作为方法学的比较和结果验证。细胞阻抗通过软件转换成细胞指数CI值和可视的动态变化曲线显示,在96电子孔板上,当RD细胞浓度为1.5×104个/孔时能满足HEV71病毒感染性检测的观察天数大于5d的要求。与传统显微镜观察细胞CPE的方法比较,两种方法在接种病毒后的132h(约5.5d)产生病毒致细胞病变的终点判断结果一致。在中和抗体试验中,三份感染HEV71病毒的人血清中和抗体效价CI值结果和传统的96孔微量板镜检法结果相符。实时细胞监测技术可以提示研究者,即使是终点判断结果为相同的中和抗体滴度的血清,其所含病毒诱导的细胞病变出现时间也可能有所不同。实时细胞监测技术用于HEV71病毒感染力和血清中和抗体效价检测与传统的微量板法检测相比可以节省劳力,消除人为判断的误差,可以作为传统检测方法的补充手段之一,也可以动态观察细胞病变的发生和发展,为进一步深入研究病毒感染力强弱或血清抗体消长提供更为科学的数据。