鲫鱼GABAARβ_3亚基生物信息学分析与同源建模

A型γ-氨基丁酸（aminobutyric acid，GABA）是一类配体门控离子通道型受体，亦为脊椎动物和非脊椎动物的中枢神经系统内最主要的抑制性神经递质GABA的受体，其离子通道上存在氟虫腈等杀虫剂的作用靶点，是医药和农药工作者研究的重点。通过RACE—PCR技术成功获取新基因鲫鱼GABAARβ3的全长（GenBank登录号：KC964110）。序列分析显示该基因核苷酸序列共2767bp，含有1个由502个氨基酸残基组成的开放阅读框，编码蛋白分子量约为56KD。报道了该基因的生物信息学分析和三维结构模拟及其与氟虫腈作用情况，BLAST结果表明，氨基酸序列与其他已知GABAAR岛基因家族成员间序列相似性介于76％～89％之间，并与其他亚族蛋白基因存在很高的同源性。以线虫体内对阿维菌素敏感的谷氨酸门控氯离子通道受体蛋白的a亚基（PDBID：3RHW）作为模板，用DS（Discovery Studio）模拟鲫鱼GABAA鼠亚基的同源五聚体结构，优化结构模型，与农药配体分子做分子对接，计算作用模式和结合能力。研究鱼类GABAAR亚基与农药分子的作用。

鲫鱼γ-氨基丁酸受体β_3亚基基因克隆及其分析

γ-氨基丁酸受体(GABAR)主要存在于脊椎动物和非脊椎动物的中枢神经系统(CNS),是氟虫腈、阿维菌素、硫丹和林丹等杀虫剂的作用靶标。为了阐明GABAR拮抗剂类农药影响鱼类安全性的分子作用机理,并研究其与农药分子的亲和作用,运用生物信息学方法,在NCBI基因组数据库中找到已经公布的同源的GABAARβ3亚基基因序列,通过多序列同源比对寻找高度保守区,再根据高度保守区设计特异性引物,通过RT PCR和RACE PCR技术,成功地克隆了鲫鱼GABAR A型β3亚基基因的全长cDNA序列(GenBank登录号:KC964110),该基因长2 767 bp,开放阅读框(ORF)为1 506 bp,编码502个氨基酸,与已知的其他物种β3亚基具有高度的保守性。应用qRT-PCR扩增,检测到该基因在鲫鱼不同组织器官的差异性表达。