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蛋白质组学及其研究技术在肺癌分子生物标志物研究中的应用
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作者 乔滨 王文静 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 2006年第1期63-66,共4页
肺癌是全球发病率和死亡率较高的恶性肿瘤。细胞从正常状态转变为肿瘤的过程中,细胞内蛋白质表达谱必然会发生一系列变化,肿瘤分子标记物就是细胞在非正常状态下产生的分子。以高通量结合生物信息学为特点的蛋白质组学分析技术可以从细... 肺癌是全球发病率和死亡率较高的恶性肿瘤。细胞从正常状态转变为肿瘤的过程中,细胞内蛋白质表达谱必然会发生一系列变化,肿瘤分子标记物就是细胞在非正常状态下产生的分子。以高通量结合生物信息学为特点的蛋白质组学分析技术可以从细胞整体水平上检测到这种变化。近年来,为了降低肺癌的死亡率并提高其治疗效果,研究人员利用这一新的手段如利用激光捕获显微切割技术和双相凝胶电泳结合基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALD I-TOF MS)和表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELD I-TOF MS)寻找有效的肺癌标记物。本文对蛋白质组学技术在肺癌生物标志物研究中的应用作了综述。 展开更多
关键词 蛋白质组学 肺癌 肿瘤生物标志物
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上海市中老年人群中糖尿病发病与糖化血红蛋白基线值相关性的回顾性研究 被引量:7
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作者 陆晔 郑杨 +6 位作者 郭雁飞 李新建 程月华 何丽芸 徐继英 应韶旭 吴凡 《实用老年医学》 CAS 2013年第1期35-37,40,共4页
目的研究中老年人群中糖尿病发病与糖化血红蛋白(HbA1c)基线值的相关性,并分析影响其检测结果的个体因素。方法在2009年通过多阶段分层随机抽样在上海地区调查了3219名≥50岁的上海常住居民。对空腹血糖受损(6.1mmol/L≤空腹血糖<7.0... 目的研究中老年人群中糖尿病发病与糖化血红蛋白(HbA1c)基线值的相关性,并分析影响其检测结果的个体因素。方法在2009年通过多阶段分层随机抽样在上海地区调查了3219名≥50岁的上海常住居民。对空腹血糖受损(6.1mmol/L≤空腹血糖<7.0mmol/L)但调查前未被各级医疗机构诊断为糖尿病的调查对象,于2011年通过电话开展糖尿病发病率调查,并检测随访应答对象2009年所留血液样本HbA1c。结果基线人群自报糖尿病发病率为8.6%(278/3219)。2938名非糖尿病人中,空腹血糖受损病例为11%(313/2938)。对其中240名留有电话信息的调查对象于2011年开展电话随访,随访应答率为45%(108/240)。15%(16/108)在2年中新诊断为糖尿病。HbA1c≥6.5%的对象中有50%(6/12)发展为糖尿病,而HbA1c<6.5%的对象中仅有14%(10/72)(OR=6.4,95%CI:1.45~29.06)。多元线性逐步回归分析表明,HbA1c水平和三酰甘油水平呈显著正相关(r=0.176,P=0.026)。结论空腹血糖受损人群糖尿病发病率高于正常人群。基线HbA1c≥6.5%和新发糖尿病显著相关。空腹血糖受损人群应要求检测HbA1c以利于糖尿病的早期诊断和早期治疗。 展开更多
关键词 糖尿病 空腹血糖受损 糖化血红蛋白
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慢性胃炎中医湿证血清蛋白组学研究 被引量:21
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作者 王忆勤 李福凤 +3 位作者 王文静 赵立宇 郭丽 王惠芳 《中西医结合学报》 CAS 2007年第5期514-516,共3页
目的:对慢性胃炎湿证患者血清蛋白组学进行分析,并探讨慢性胃炎湿证的微观信息。方法:采用表面增强激光解吸离子化蛋白质芯片分析仪对18例慢性胃炎湿证、17例非湿证患者及8例正常人血清蛋白质表达谱进行研究。结果:慢性胃炎湿证患者蛋... 目的:对慢性胃炎湿证患者血清蛋白组学进行分析,并探讨慢性胃炎湿证的微观信息。方法:采用表面增强激光解吸离子化蛋白质芯片分析仪对18例慢性胃炎湿证、17例非湿证患者及8例正常人血清蛋白质表达谱进行研究。结果:慢性胃炎湿证患者蛋白质表达谱质荷比为3.2 kD、6.4 kD、8.1 kD,出现高表达趋势,其波峰基本在10个单位以上;非湿证患者与正常人上述波谱峰呈低表达趋势,非湿证患者波峰基本在10个单位左右或以下;正常人波峰基本在5个单位以下。结论:血清蛋白组学分析对探索慢性胃炎湿证的生物学理论基础有一定意义。 展开更多
关键词 慢性胃炎 湿证 血清 蛋白组学
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基于血清蛋白组学的慢性肾衰中医不同证型的研究 被引量:13
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作者 何磊 程亚伟 +6 位作者 廖萍 胡衡 金亚明 李福凤 王文静 王忆勤 郝一鸣 《辽宁中医杂志》 CAS 北大核心 2010年第2期202-205,共4页
目的:探讨慢性肾功能衰竭中医不同证型的血清蛋白质谱的变化及生物学基础。方法:收集慢性肾功能衰竭患者83例及正常人36例并辨证分型,采用SELDI-TOF蛋白芯片技术对不同证型的血清蛋白质表达谱进行研究。结果:在慢性肾衰中医各证型的整... 目的:探讨慢性肾功能衰竭中医不同证型的血清蛋白质谱的变化及生物学基础。方法:收集慢性肾功能衰竭患者83例及正常人36例并辨证分型,采用SELDI-TOF蛋白芯片技术对不同证型的血清蛋白质表达谱进行研究。结果:在慢性肾衰中医各证型的整体研究中,17个蛋白峰有显著差异(P<0.001),通过层次聚类分析显示中医各证型之间聚类性质差异较小;通过对中医不同证型作两两比较发现,脾肾气虚组与脾肾阳虚组之间得到2个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾气虚组与阴阳两虚组得到4个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾气虚组与脾肾气阴两虚组之间得到5个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾阳虚组与阴阳两虚组之间得到4个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾阳虚组与脾肾气阴两虚组之间得到4个差异蛋白峰(P<0.01),阴阳两虚组与脾肾气阴两虚组之间得到2个差异蛋白峰(P<0.01);运用PCA分析显示,各证型组之间的差异蛋白峰能较好把各组相区分。结论:采用SELDI-TOF-MS蛋白芯片技术分析慢性肾功能衰竭中医不同证型血清蛋白质谱变化对探讨中医证型的生物学基础具有一定的意义。 展开更多
关键词 慢性肾功能衰竭 血清 蛋白组学 证型 SELDI-TOF-MS
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慢性肾功能衰竭中医湿证舌苔中相关蛋白研究 被引量:6
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作者 程亚伟 何磊 +6 位作者 廖萍 胡衡 金亚明 李福凤 王文静 王忆勤 钱鹏 《中华中医药学刊》 CAS 2010年第9期1920-1924,共5页
目的:探讨慢性肾衰舌苔上清液中相关蛋白变化与慢性肾衰中医湿证的相关性。方法:临床收集慢性肾衰患者舌苔样本102例,其中湿证组76例,非湿证组26例;另有正常对照组38例,对所有样本采用1500r/min的离心转速,离心2min后取上清液,选用NP20... 目的:探讨慢性肾衰舌苔上清液中相关蛋白变化与慢性肾衰中医湿证的相关性。方法:临床收集慢性肾衰患者舌苔样本102例,其中湿证组76例,非湿证组26例;另有正常对照组38例,对所有样本采用1500r/min的离心转速,离心2min后取上清液,选用NP20蛋白芯片点样,经SELDI-TOF-MS技术测定得到蛋白质谱峰,通过Biomarker Wizard软件比较湿证组、非湿证组及正常对照组之间蛋白质谱峰的差异,利用层次聚类算法进行层次聚类分析和主成分分析(PCA),经生物信息学分析得到慢性肾衰中医湿证决策树模型。结果:(1)慢性肾衰湿证76例、非湿证26例及正常对照组38例舌苔样本经SELDI-TOF-MS技术测定,质荷比1000~20000范围内共检测到136个蛋白峰,经生物信息学统计分析,有11个差异质谱峰有统计学意义(P<0.05),其中,M/Z2434.53、M/Z3672.89、M/Z7118.00和M/Z8411.134个差异质谱峰在湿证组和非湿证组呈高表达,M/Z3333.52、M/Z4619.83、M/Z4711.35和M/Z10664.24个差异质谱峰在湿证组和非湿证组呈低表达,M/Z5142.52、M/Z5231.98和M/Z5272.633个差异质谱峰在湿证组呈高表达,在非湿证组呈低表达;(2)利用层次聚类算法进行层次聚类分析和主成分分析(PCA),慢性肾衰湿证组、非湿证组与正常对照组两两之间均有明显的区分度,但都存在部分重叠;(3)经生物信息学分析建立慢性肾衰中医湿证决策树模型,最终得到M/Z5231.98、M/Z2325.41、M/Z4558.86和M/Z3491.894个差异质谱峰组成的生物标记物可以将湿证组和非湿证组样品较好的分类(最终决策树模型对所有样品分组判别的正确率为83.33%,灵敏度为81.58%,特异性为88.46%)。结论:该研究从生物学角度来探讨中医湿证,为中医湿证辨证提供客观依据。 展开更多
关键词 慢性肾功能衰竭 中医湿证 舌苔上清液 SELDI-TOF-MS
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慢性肾衰中医不同证型舌苔中相关蛋白研究 被引量:5
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作者 程亚伟 何磊 +6 位作者 廖萍 胡衡 金亚明 李福凤 王文静 王忆勤 郝一鸣 《辽宁中医杂志》 CAS 北大核心 2011年第7期1264-1267,共4页
目的:研究通过比较慢性肾功能衰竭(CRF,简称慢性肾衰)中医不同证型组患者及正常对照组人群舌苔上清液中蛋白质谱峰的差异,初步探讨慢性肾衰舌苔上清液中相关蛋白变化与慢性肾衰中医不同证型的相关性。方法:临床收集慢性肾衰患者舌苔样... 目的:研究通过比较慢性肾功能衰竭(CRF,简称慢性肾衰)中医不同证型组患者及正常对照组人群舌苔上清液中蛋白质谱峰的差异,初步探讨慢性肾衰舌苔上清液中相关蛋白变化与慢性肾衰中医不同证型的相关性。方法:临床收集慢性肾衰患者舌苔样本并辨证分型出5个不同证型,其中脾肾气虚组21例、脾肾阳虚组14例、阴阳两虚组18例、脾肾气阴两虚组11例、肝肾阴虚组3例,另有正常对照组38例,对所有样本采用1500r/min的离心转速,离心2min后取上清液,选用NP20蛋白芯片点样,经SELDI-TOF-MS技术测定得到蛋白质谱图,通过Biomarker Wizard软件分析慢性肾衰中医不同证型组及正常对照组之间蛋白质谱图的变化,并利用层次聚类算法进行层次聚类分析和主成分分析(PCA)来比较各组之间蛋白质谱图的差异。结果:(1)应用SELDI-TOF-MS技术筛选出慢性肾衰中医各证型组及正常对照组舌苔样本中有7个差异蛋白质谱峰有统计学意义(P<0.01)。其中,质荷比M/Z1090.66和M/Z1092.68两个差异质谱峰在各证型组均呈高表达;M/Z13302.5一个差异质谱峰在各证型组均呈低表达;M/Z10241.4和M/Z10464.8两个差异质谱峰在脾肾气阴两虚组、肝肾阴虚组高表达,在脾肾气虚组、脾肾阳虚组、阴阳两虚组呈低表达;M/Z3742.33一个差异质谱峰在脾肾气虚组、脾肾气阴两虚组、肝肾阴虚组呈高表达,在脾肾阳虚组、阴阳两虚组呈低表达;M/Z 10867.6一个差异质谱峰在脾肾气阴两虚组呈高表达,在脾肾气虚组、脾肾阳虚组、阴阳两虚组、肝肾阴虚组呈低表达。(2)利用层次聚类算法进行层次聚类分析和主成分分析(PCA),慢性肾衰各证型组之间及与正常对照组舌苔样本之间都有一定的区分度,但均存在部分重叠。结论:该研究从生物学理论的角度初步探讨慢性肾衰舌苔上清液中相关蛋白变化与慢性肾衰中医不同证型的相关性,为中医证候研究提供客观依据。 展开更多
关键词 慢性肾功能衰竭 中医证型 舌苔 蛋白 SELDI-TOF-MS
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WCX2蛋白芯片筛选食管鳞癌血清标志蛋白的研究 被引量:5
7
作者 刘茶珍 朱佩云 +5 位作者 施民新 刘继斌 王文静 廖萍 项翠琴 张一心 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 2007年第9期701-705,共5页
背景与目的:蛋白质组学研究有助于筛选食管上皮癌变相关的分子变化。本研究通过比较食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)患者和正常对照血清蛋白表达谱的差异,来筛选食管鳞癌相关血清蛋白标志物,为筛选和建立食管鳞癌早... 背景与目的:蛋白质组学研究有助于筛选食管上皮癌变相关的分子变化。本研究通过比较食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)患者和正常对照血清蛋白表达谱的差异,来筛选食管鳞癌相关血清蛋白标志物,为筛选和建立食管鳞癌早期诊断的血清学指标提供依据。方法:应用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术,采用弱阳离子交换芯片(WCX2)首先对训练组44对食管鳞癌患者和性别年龄匹配的正常对照血清蛋白表达谱的差异进行了分析,建立决策树分类模型后,对测试组进行盲法验证。结果:在质荷比(M/Z)2000~20000范围内,共检测到84个有效蛋白峰,其中28个峰差异有显著性(P<0.05)。自动选用M/Z为2545、3371、3746、5009、5021和15886的6个差异蛋白峰,建立食管鳞癌决策树分类模型,其灵敏度为93.18%(41/44),特异度为97.73%(43/44)。对测试组进行双盲检测,结果显示灵敏度和特异度分别为77.27%(34/44)和75.00%(33/44)。结论:应用SELDI-TOF-MS技术可以筛选出食管鳞癌相关的血清蛋白标志,建立的决策树模型可能对食管鳞癌的诊断具有重要的临床价值。 展开更多
关键词 食管鳞癌 肿瘤标志物 SELDI-TOF-MS 蛋白质组
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基于蛋白芯片的慢性肾衰舌苔上清液中蛋白研究 被引量:5
8
作者 程亚伟 何磊 +6 位作者 廖萍 胡衡 金亚明 李福凤 王文静 郝一鸣 王忆勤 《世界科学技术-中医药现代化》 2011年第4期616-621,共6页
目的:通过比较慢性肾衰(CRF)患者与正常对照组人群舌苔上清液中蛋白表达谱的差异,筛选慢性肾衰舌苔蛋白标志物并建立预测模型,探讨其在慢性肾衰诊断中的意义。方法:对67例慢性肾衰患者和38例正常对照组人群舌苔上清液样本,运用SELDI-TOF... 目的:通过比较慢性肾衰(CRF)患者与正常对照组人群舌苔上清液中蛋白表达谱的差异,筛选慢性肾衰舌苔蛋白标志物并建立预测模型,探讨其在慢性肾衰诊断中的意义。方法:对67例慢性肾衰患者和38例正常对照组人群舌苔上清液样本,运用SELDI-TOF-MS蛋白芯片技术筛选慢性肾衰舌苔蛋白标志物,经生物信息学分析建立预测模型并进行验证。结果:①慢性肾衰组67例和正常对照组38例舌苔样本经SELDI-TOF-MS技术测定,质荷比1000~20000范围内共检测到242个蛋白峰,经生物信息学统计分析,有13个差异质谱峰有统计学意义(P<0.01),其中m/z 1092.68、m/z 1508.26等7个差异质谱峰在慢性肾衰组中呈高表达;m/z 13302.5、m/z 14330.7等6个差异质谱峰在慢性肾衰组中呈低表达。②利用层次聚类算法进行层次聚类分析和主成分分析(PCA),结果显示,慢性肾衰组与正常对照组样本之间区分较明显,但均存在部分重叠。③经生物信息学分析建立慢性肾衰预测模型,最终得到m/z 1049.61、m/z 1076.94、m/z 15295.7等7个差异质谱峰组成的生物标记物可以将慢性肾衰组和正常对照组样品较好的分类(最终预测模型的灵敏度为61.4%,特异度为57.3%,预测正确率为64.4%)。结论:该研究运用SELDI-TOF-MS蛋白芯片技术,初步筛选出了慢性肾衰舌苔蛋白标志物并建立了预测模型,为慢性肾衰的诊断研究提供客观依据。 展开更多
关键词 慢性肾功能衰竭(CRF) 舌苔上清液 蛋白芯片 SELDI-TOF-MS
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SERPA技术及其在微生物学研究中的应用
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作者 陆晔 林成招 贺福初 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期282-285,共4页
血清蛋白质组分析技术(serological proteome analysis,SERPA)是蛋白质组学与免疫学结合产生的一种高通量筛选和鉴定疾病相关抗原、抗体的新技术。该技术最早由Klade等于2001年应用于肾细胞癌患者的肿瘤相关抗原及其抗体的研究。之... 血清蛋白质组分析技术(serological proteome analysis,SERPA)是蛋白质组学与免疫学结合产生的一种高通量筛选和鉴定疾病相关抗原、抗体的新技术。该技术最早由Klade等于2001年应用于肾细胞癌患者的肿瘤相关抗原及其抗体的研究。之后被广泛用于肝癌、乳腺癌及肺癌等肿瘤的自发抗原和抗体的筛选及鉴定。与此同时,SERPA技术也被用于微生物学研究,寻找新的适用于临床诊断和疫苗研制的抗原。本文就SERPA技术的基本原理、技术路线及其在微生物学研究中的应用和发展趋势做一综述。 展开更多
关键词 微生物学 肿瘤相关抗原 高通量筛选 蛋白质组分析 蛋白质组学 疫苗研制 临床诊断 技术路线
原文传递
应用IMAC3蛋白芯片分析食管鳞癌患者血清蛋白质谱的变化 被引量:20
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作者 刘茶珍 朱佩云 +5 位作者 施民新 刘继斌 廖萍 项翠琴 张一心 王文静 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第3期272-278,共7页
背景与目的:血清蛋白指纹图谱技术有助于筛选与食管上皮癌变相关的分子变化。本研究通过比较食管鳞癌患者与正常对照血清蛋白表达谱的差异,筛选食管鳞癌相关血清蛋白标志物并建立诊断模型,同时探讨其在食管鳞癌血清学诊断中的意义。方法... 背景与目的:血清蛋白指纹图谱技术有助于筛选与食管上皮癌变相关的分子变化。本研究通过比较食管鳞癌患者与正常对照血清蛋白表达谱的差异,筛选食管鳞癌相关血清蛋白标志物并建立诊断模型,同时探讨其在食管鳞癌血清学诊断中的意义。方法:收集68例食管鳞癌患者和44例正常对照的血清,其中建模型组90例(55例为食管鳞癌,35例为正常对照),盲法筛选组22例(13例为食管鳞癌,9例为正常对照)。采用固定金属亲和表面(immobilized metalaffinity capture,IMAC3)芯片,经表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)测定得到蛋白质谱,通过Biomarker Wizard软件比较两组人群的血清蛋白质谱的差异,经生物信息学分析得到决策树模型并进行盲法验证。结果:在质荷比(m/z)1.5~20ku范围内,共检测到78个有效蛋白峰,其中25个峰差异有统计学意义(P<0.001)。对建模型组的蛋白质谱数据,通过1000次随机抽样,得到1000个决策树。结合3倍交叉证实方法,构建了"食管鳞癌-正常对照"分组诊断的20个决策树模型。用这20个决策树来对22个盲法筛选样本进行归类预测,预测正确的样本为18个,盲法验证的灵敏度为92.31%,特异度为66.67%。结论:应用SELDI-TOF-MS技术可以筛选出食管鳞癌相关的血清蛋白标志,建立的决策树模型可以对食管鳞癌做出较为准确的预测判断。 展开更多
关键词 食管肿瘤 鳞状细胞 血清 肿瘤标志物 SELDI-TOF-MS 蛋白质组
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重组酶介导扩增技术与传统聚合酶链反应技术在甲状腺癌DNA甲基化检测中的应用比较 被引量:6
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作者 廖萍 刘茶珍 +2 位作者 朱佩云 刘国星 王文静 《中国医药》 2013年第6期797-799,共3页
目的建立重组酶介导的核酸扩增(RAA)技术特异性检测DNA甲基化的新方法并与传统的DNA甲基化特异性PCR(MSP)方法进行比较。方法选取OXTR基因作为目的基因,提取样品外周血基因组DNA,经亚硫酸氢盐修饰后分别以MSP和RAA技术进行特异性... 目的建立重组酶介导的核酸扩增(RAA)技术特异性检测DNA甲基化的新方法并与传统的DNA甲基化特异性PCR(MSP)方法进行比较。方法选取OXTR基因作为目的基因,提取样品外周血基因组DNA,经亚硫酸氢盐修饰后分别以MSP和RAA技术进行特异性检测DNA甲基化实验。结果2种技术皆能扩增出OXTR非甲基化条带,而RAA技术成功扩增OXTR甲基化条带。结论RAA是一种新型的等温体外核酸扩增技术,实现了在37℃恒温下的核酸快速扩增,可成为替代MSP乃至其他PCR实验的新方法。 展开更多
关键词 重组酶介导扩增技术 甲状腺癌 聚合酶链反应 DNA甲基化
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上海地区中老年人肝功能异常相关因素研究 被引量:3
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作者 陆晔 郭雁飞 +4 位作者 郑杨 李新建 徐继英 朱佩云 吴凡 《中华老年医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期283-286,共4页
目的 探讨中老年人群肝功能异常主要危险因素及其在肝功能异常进程中的作用.方法 采用病例对照研究,在已建立的8642例上海中老年人群队列(50岁及以上)中选取137例肝功能异常者[血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)或天冬氨酸氨基转移酶(AST... 目的 探讨中老年人群肝功能异常主要危险因素及其在肝功能异常进程中的作用.方法 采用病例对照研究,在已建立的8642例上海中老年人群队列(50岁及以上)中选取137例肝功能异常者[血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)或天冬氨酸氨基转移酶(AST) >40 U/L]作为本次研究的病例,按照年龄&#177;1岁、性别匹配的原则以1∶3从同一队列人群中选取411例肝功能正常者作为对照.所有调查对象均参加面对面的问卷调查和体格检查,并采集血清样本测定ALT、AST、空腹血糖、总胆固醇、三酰甘油、乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)和丙型肝炎病毒抗体(anti-HCVAb).χ^2检验和秩和检验用于单因素分析,条件Logistic回归用于多因素分析. 结果 本组HBsAg携带率为12.4%(68/548).经单因素分析结果显示,病毒感染和体质指数可能与中老年人群肝功能异常相关(P<0.000).进一步多因素分析结果显示,病毒感染(OR=1.85,95%CI:1.04~3.29,P=0.036)和肥胖(OR=3.60,95%CI:1.92~6.73)增加了肝功能异常的危险(均P<0.001);慢性病用药降低了肝功能异常的危险(OR=0.51,95%CI:0.32~0.80,P=0.004). 结论 病毒感染和肥胖是中老年人肝功能异常的危险因素;在调整了其他因素后,慢性病用药与肝功能异常相关,可能是肝功能异常的保护因素. 展开更多
关键词 肝功能不全 肝炎病毒 肝炎 病毒性
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用SELDI-TOF-MS技术筛查肺腺癌血清蛋白质标志物 被引量:4
13
作者 蒋敏 顾国浩 +2 位作者 王文静 廖萍 胡衡 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期417-419,共3页
目的筛查并分析肺腺癌和健康人对照者血清差异蛋白质,寻找诊断肺腺癌的血清肿瘤标志物。方法采用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术,使用强阴离子芯片(SAX-2)分析31对肺腺癌和健康人的血清蛋白质表达谱,结合决策树... 目的筛查并分析肺腺癌和健康人对照者血清差异蛋白质,寻找诊断肺腺癌的血清肿瘤标志物。方法采用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术,使用强阴离子芯片(SAX-2)分析31对肺腺癌和健康人的血清蛋白质表达谱,结合决策树软件建立诊断模型并进行验证。结果在相对分子量2 000~20 000范围内,与健康对照者相比,在肺腺癌血清中共筛选到102个差异峰,选择差异最显著质荷比(m/z)分别为14 022.9和3735.99的2个蛋白峰建立决策树模型。利用该模型对肺腺癌进行盲测,结果诊断敏感性和特异性均为100%。结论SELDI-TOF-MS技术结合生物信息学方法,能筛选出敏感性和特异性较好的血清差异蛋白,为肺腺癌早期诊断提供了新的实验方法。 展开更多
关键词 肺腺癌 蛋白质指纹图谱 诊断
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肺癌组织与癌旁组织的差异蛋白谱 被引量:1
14
作者 蒋敏 顾国浩 +3 位作者 王文静 孙雅琼 胡衡 吴伟华 《广东医学》 CAS 北大核心 2015年第17期2710-2713,共4页
目的应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术筛选出肺癌组织和癌旁组织中的差异蛋白,并探讨其临床意义。方法选用CM10芯片、SELDI-TOF-MS技术检测8例肺癌和癌旁组织蛋白质质谱,采用生物信息学方法找到差异蛋白。结... 目的应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术筛选出肺癌组织和癌旁组织中的差异蛋白,并探讨其临床意义。方法选用CM10芯片、SELDI-TOF-MS技术检测8例肺癌和癌旁组织蛋白质质谱,采用生物信息学方法找到差异蛋白。结果结果在分子量1~50 k D范围内共检测到4个峰组织中蛋白质的成分差异有统计学意义(P〈0.05)。其中2个峰(1 187.8 Da、1 420 Da)在癌组织中呈高表达,2个峰(9 999.5 Da、11 908 Da)呈低表达。结论肺癌组织和癌旁组织存在蛋白水平差异,使用SELDI-TOF-MS技术有可能筛选出肿瘤标志蛋白模式。 展开更多
关键词 肺癌 蛋白质组 表面增强激光解析电离飞行时间质谱
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基于血清蛋白组学的慢性肾衰预测模型探讨
15
作者 何磊 程亚伟 +6 位作者 廖萍 胡衡 金亚明 李福凤 王文静 钱鹏 王忆勤 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2010年第3期263-267,共5页
目的通过比较慢性肾衰(CRF)患者与正常人血清蛋白表达谱的差异,筛选血清蛋白标志物并建立诊断模型,探讨其在慢性肾衰血清学诊断中的意义。方法收集62例CRF患者和28例正常人的血清,经表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)... 目的通过比较慢性肾衰(CRF)患者与正常人血清蛋白表达谱的差异,筛选血清蛋白标志物并建立诊断模型,探讨其在慢性肾衰血清学诊断中的意义。方法收集62例CRF患者和28例正常人的血清,经表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)检验并筛选血清蛋白标志物。经生物信息学分析建立预测模型并进行验证。结果在质荷比(m/z)1500~30000范围内,检测到51个有效蛋白峰,发现有19个峰有显著差异(P<0.001),其中18个峰呈低表达,1个峰呈高表达;且CRF组和正常组的聚类性质明显不同;组内样本彼此靠近,组间样本彼此分开。构建的"慢性肾衰组-正常组"诊断决策树模型,预测正确率为87.8%,灵敏度为87.1%,特异度为89.3%。结论该决策树模型能对慢性肾衰做出较为准确的预测判断,为慢性肾衰的临床早期发现提供一定的实验依据。 展开更多
关键词 慢性肾功能衰竭 CM10蛋白芯片 血清
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SELDI技术对肝硬化相关血浆差异蛋白的鉴定
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作者 陆晔 刘杰 +2 位作者 项翠琴 林成招 王吉耀 《中国实验诊断学》 北大核心 2009年第10期1311-1314,共4页
目的建立基于SELDI-TOF-MS技术的蛋白质分离、纯化、鉴定技术,用于鉴定运用SELDI技术发现的肝硬化相关血浆差异蛋白。方法采用尿素预处理血液样本,结合离子交换层析、SELDI芯片检测及芯片上酶解、质谱鉴定等多种技术手段,对肝硬化相关... 目的建立基于SELDI-TOF-MS技术的蛋白质分离、纯化、鉴定技术,用于鉴定运用SELDI技术发现的肝硬化相关血浆差异蛋白。方法采用尿素预处理血液样本,结合离子交换层析、SELDI芯片检测及芯片上酶解、质谱鉴定等多种技术手段,对肝硬化相关的差异蛋白质进行了分离、纯化和鉴定。结果选用阳离子交换剂对血浆样品进行分离,并对分离的各组分进行芯片检测,在300 mM NaCl洗脱组分中,含有与目标蛋白荷质比相同、理化性质相同的蛋白质峰,并且该目标蛋白得到富集。采取芯片原位酶解的方法对目标蛋白进行快速酶解和质谱鉴定,鉴定该差异蛋白为人血浆结合珠蛋白。结论这一技术路线可以对前期运用SELDI技术检测到的疾病相关的差异蛋白质峰进行分离、纯化和鉴定,从而开展进一步的机制研究和应用研究。 展开更多
关键词 SELDI技术 血浆蛋白质组 疾病标志物 蛋白质鉴定
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甲状腺癌患者血DNA甲基化分子标志物 被引量:5
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作者 廖萍 刘茶珍 +7 位作者 罗全勇 王金普 朱佩云 翁康生 顾国浩 蒋敏 吴凡 王文静 《环境与职业医学》 CAS 北大核心 2012年第2期77-82,共6页
[目的]探讨甲状腺癌患者血液中DNA甲基化情况,筛选出与甲状腺癌相关的甲基化分子标志物。[方法]收集上海地区14例甲状腺癌患者血液样本,10份正常对照血液样本,利用Illumina 27K甲基化芯片检测全血基因组DNA样本,得到甲状腺癌血液DNA甲... [目的]探讨甲状腺癌患者血液中DNA甲基化情况,筛选出与甲状腺癌相关的甲基化分子标志物。[方法]收集上海地区14例甲状腺癌患者血液样本,10份正常对照血液样本,利用Illumina 27K甲基化芯片检测全血基因组DNA样本,得到甲状腺癌血液DNA甲基化谱,采用Fisher、Pearson和Wilcoxon检验等进行统计学和生物信息学分析。[结果]经病例组和对照组之间位点的甲基化差异分析,统计学筛选阈值选择P≤5×10-4时,29个基因在病例组中显著高表达(高甲基化);11个基因在病例组中低表达(低甲基化)。统计学筛选阈值选择P≤1×10-4时,则筛选出的差异甲基化基因(位点)总计8个,其中7个基因在病例组中显著高表达(高甲基化);1个基因在病例组中显著低表达(低甲基化)。构建甲状腺癌疾病诊断预测模型,在阈值为P≤1×10-4时筛选出来的8个差异甲基化基因对于疾病预测平均准确度达91.67%。[结论]血液中甲基化修饰异常的基因与甲状腺癌的发生发展有关,其有可能成为甲状腺癌血液诊断的分子标志物。 展开更多
关键词 表观遗传学 甲状腺癌 甲基化芯片 DNA甲基化 分子标志物
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结核分枝杆菌异烟肼耐药株和敏感株亚细胞蛋白质组差异研究 被引量:1
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作者 陆晔 林成招 +3 位作者 胡衡 梅建 武洁 沈鑫 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期713-717,共5页
目的研究结核分枝杆菌异烟肼耐药株和敏感株亚细胞蛋白质组差异,鉴定菌体细胞壁蛋白和细胞膜蛋白中与异烟肼耐药相关的蛋白,并初步探讨其在临床检验中的应用价值。方法应用密度梯度离心法分离5株异烟肼耐药株和5株敏感株的细胞壁和细... 目的研究结核分枝杆菌异烟肼耐药株和敏感株亚细胞蛋白质组差异,鉴定菌体细胞壁蛋白和细胞膜蛋白中与异烟肼耐药相关的蛋白,并初步探讨其在临床检验中的应用价值。方法应用密度梯度离心法分离5株异烟肼耐药株和5株敏感株的细胞壁和细胞膜蛋白,利用二维液相色谱分离技术进一步获得耐药株和敏感株的亚细胞蛋白表达差异图谱。运用基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱技术对获得的1280个细胞壁和细胞膜组分进行质谱鉴定,并运用DAVID数据库中GO注释功能对鉴定到的蛋白进行细胞成分和生物过程的注释和分类。运用NASF技术对蛋白表达进行定量,报告阈值为1.5。选取5个在耐药株中表达上调、2个在敏感株中表达上调的蛋白分别与菌株来源患者的血清进行ELISA检测,检测上述组分与血清样品发生免疫应答的强度,组问比较采用t检验。结果共鉴定到347个蛋白。蛋白定位分析表明58%蛋白定位于细胞膜或跨膜。蛋白功能聚类分析表明31%蛋白参与三羧酸循环,26%、15%蛋白分别参与脂类、脂肪酸生物合成和代谢,28%蛋白参与脂质体的生物合成、代谢、转运和定位。其中琥珀酰氯化胆碱合酶、单加氧酶、假想蛋白Rv2255c、烟碱核苷二甲基联苯酰磷酸核酮糖激酶、膜磷脂胞嘧啶转移酶在耐药株中表达上调,含有上述蛋白的组分与感染耐药株患者的血清免疫学反应的吸光度(A450值)明显高于与感染敏感株患者的血清免疫学反应强度,差异有统计学意义(t值分别为0.028、0.044、0.066、0.064、0.083,P均〈0.01)。Rv2002蛋白A链、Rv2632e蛋白A链在敏感株中表达上调,含有上述蛋白的组分与感染敏感株患者的血清免疫学反应的A柏。值明显高于与感染耐药株患者的血清免疫学反应强度,差异有统计学意义(t值分别为0.053、0.073,P均〈0.05)。结论运用密度梯度离心法和二维液相色谱-质谱技术能在亚细胞水平上富集并鉴定结核分枝杆菌异烟肼耐药株和敏感株中表达有差异的蛋白。有助于寻找异烟肼耐药株感染相关的抗原蛋白,为进一步探讨结核分枝杆菌耐异烟肼机制、研究耐药株-宿主相互作用提供了有价值的线索。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 异烟肼耐药 二维液相色谱-质谱技术 亚细胞蛋白质组
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人结核分枝杆菌和牛结核分枝杆菌差异蛋白质组学的研究
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作者 陆晔 梅建 +4 位作者 胡衡 罗继 武洁 沈鑫 桂晓红 《中华结核和呼吸杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期197-200,共4页
目的探讨人MTB标准株H37Rv与牛分枝杆菌标准株卡介苗株的亚细胞蛋白质组学差异。方法应用密度梯度离心法分离H37Rv和卡介苗株的细胞壁、细胞膜和细胞质蛋白,利用二维液相色谱分离技术进一步获得H37Rv和卡介苗株亚细胞蛋白质组,采用酶... 目的探讨人MTB标准株H37Rv与牛分枝杆菌标准株卡介苗株的亚细胞蛋白质组学差异。方法应用密度梯度离心法分离H37Rv和卡介苗株的细胞壁、细胞膜和细胞质蛋白,利用二维液相色谱分离技术进一步获得H37Rv和卡介苗株亚细胞蛋白质组,采用酶联免疫吸附试验分别检测H37Rv和卡介苗各组分与结核病患者和健康人各5例血清的免疫学反应。组间比较采用t检验。结果共获得26个特异性引发免疫反应的H37Rv菌株蛋白组分。细胞膜组分M3Frl8与结核病患者的血清免疫学反应的吸收光度(A450值)为(721±3)×10^-3,明显高于健康人[(356±6)×10-3],也明显高于卡介苗株细胞膜相应组分与健康人的血清免疫学反应强度[(414±7)×10-3],差异均有统计学意义(t值分别为1.852和1.037,均P〈0.01)。细胞膜组分MIOFr21与结核病患者的血清免疫学反应的A450值为(954±6)×10-3,明显高于健康人[(415±6)×10-3],也明显高于卡介苗株细胞膜相应组分与健康人的血清免疫学反应强度[(315±4)×10-3],差异均有统计学意义(t值分别为2.113和2.550,均P〈0.01)。结论二维液相色谱和酶联免疫吸附试验联合应用,有助于检测人MTB感染的相关抗原蛋白。M3Frl8和M10Fr21蛋白质组分可引起结核病患者的特异性免疫反应,提示其可能是人MTB感染的特异抗原。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 蛋白质组学 色谱法 液相 酶联免疫吸附测定
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SELDI-TOF-MS技术在生物医学应用中局限性
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作者 翁康生 廖萍 +5 位作者 陆晔 胡衡 项翠琴 刘国星 朱佩云 王文静 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期931-933,共3页
表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术(surface-en-hanced laserdesorption/ionization-time of flight-mass spectrome-try,SELDI-TOF-MS)是近年发展起来的蛋白质组学研究前沿技术〔1〕。2001年以来,国内外许多文献报道介绍了用SELD... 表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术(surface-en-hanced laserdesorption/ionization-time of flight-mass spectrome-try,SELDI-TOF-MS)是近年发展起来的蛋白质组学研究前沿技术〔1〕。2001年以来,国内外许多文献报道介绍了用SELDI-TOF-MS技术分析血浆/血清等人体液中的差异表达蛋白质图谱,发现多种肿瘤等疾病如卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、乳腺癌、肾癌、肺癌等相关生物标志物。 展开更多
关键词 SELDI-TOF-MS 生物标志物 生物医学
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