陕西西安地区汉族孕龄女性MTHFR基因多态性的分布研究

目的探讨西安地区孕龄女性亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)的基因多态性构成频率及地域空间分布特征。方法随机抽取本地区1 966名汉族健康孕龄女性为研究对象,应用全血基因组DNA提取、PCR扩增、芯片杂交和芯片识读仪扫描出患者基因型,统计分析MTHFR C667T位点的基因型频率和等位基因频率,与已报道的其他地区汉族女性的数据进行比较,采用地域经纬度空间分布相关分析,并采用系统聚类法和K-means聚类法分析不同地域的突变频率差异。结果西安地区汉族孕龄女性MTHFR C677T位点突变型T的频率为53.3%,显著高于我国南方9个地区,但却明显低于北方的山东(63.1%)、河南(60.2%)及河北(57.7%)地区。MTHFR C677T基因型分布在我国北方地区可明显聚为一类,南方地区聚为另一类,我国汉族孕龄女性MTHFR C677T基因型的人群分布存在南北差异,T等位基因频率和中国的地域纬度呈现显著性正相关(r=0.868,P<0.001),该突变频率随着我国地域纬度的增加而显著性升高。结论西安地区汉族孕龄女性MTHFR C677T位点突变型T的频率较高,该基因多态性分布具有区域特异性;我国北方地区突变频率高于南方地区,并随着地域纬度的增加而升高。在我国北方地区提高叶酸的干预剂量,将有可能获得更理想的一级预防效果。

基因芯片法检测中国人乙醛脱氢酶2的基因多态性

目的:对中国人乙醛脱氢酶2(ALDH2)的基因多态性进行检测,指导临床硝酸甘油的合理用药。方法:采用显色基因芯片方法测定ALDH2基因(Glu504Lys)多态性。结果:对1 026例中国人群临床样本的检测,获得3种基因型,分布频率为:ALDH2(504Glu)野生纯合子61.7%(623例),ALDH2(Glu 504Lys)杂合子31.6%(319例),ALDH2(504Lys)突变纯合子6.6%(67例)。结论:中国人群对硝酸甘油无效概率高的患者大约占1/3。本文建立的检测方法适合医院开展常规临床指导用药的基因检测。

新疆维吾尔族和哈萨克族健康人群CYP2C9和VKORC1基因多态性研究

目的:了解细胞色素P450(CYP)2C9、维生素K环氧化还原酶复合体1(VKORC1)基因单核苷酸多态性在新疆维吾尔族和哈萨克族健康人群中的频率分布及与其他不同民族之间的差异,为新疆维吾尔族和哈萨克族人群实施华法林个体化用药剂量提供理论依据。方法:采用BaiO华法林敏感性基因检测试剂盒的芯片检测技术对506位新疆维吾尔族和哈萨克族健康者的CYP2C9*2和CYP2C9*3位点以及VKORCI(-1639A/G和1173T/C)位点基因多态性进行检测,统计其等位基因和基因型频率,并与国外多个民族的这两个基因多态性分布进行比较。结果:506份样本中共检测到CYP2C9的3种等位基因CYP2C9*1、CYP2C9*2和CYP2C9*3,等位基因频率分别为89.6%、2.8%和7.6%;5种等位基因型分别为CYP2C9*1/*1,CYP2C9*1/*2,CYP2C9*1/*3,CYP2C9*2/*3和CYP2C9*3/*3。VKORC1-1639A/G检测出两种等位基因A和G,其频率分别为63.8%和36.2%;三种等位基因型AA(41.7%)、AG(44.3%)和GG(14%)的频率分别与1173T/C的TT、TC和CC型完全相同。结论:新疆维吾尔族和哈萨克族人群CYP2C9和VKORC1存在明显的基因多态性,其分布与中国汉族等亚洲人群以及欧美人群均存在较大差异。

一种新型显色生物芯片识读仪软件的设计

为了提高显色生物芯片图像处理的准确性且实现信号点自动定位,从而提升显色生物芯片识读仪的自动化程度,我们设计了一种用于显色生物芯片识读仪的配套软件。在EClipse中使用Open CV,实现在Linux环境下完成对显色生物芯片图像的分析工作。然后将数据交由PC端处理判型,提高了工作效率。在图像分析软件中,借助摄像机读取CODE128条形码存储的阵列信息,提高定位准确性。通过与同类型上市识读仪软件进行对比实验,结果表明本研究设计的软件可靠。

CYP2C19显色型基因芯片的研究

目的提供一种基于显色原理的CYP2C19基因芯片诊断方法。方法采用碱性磷酸酶促显色原理设计制备固定有*2、*3检测探针的CYP2C19基因芯片,通过EDTA抗凝外周血样本提取基因组DNA,PCR扩增CYP2C19*2、*3突变片段并与芯片在43℃杂交,经洗涤、显色后扫描获取图像,经软件分析输出基因型并对基因芯片性能进行系统评价。结果 CYP2C19显色型基因芯片检出限为20 ng基因组DNA;与基因组DNA同等浓度鱼精DNA检测信号阴性;用*2/*2、*1/*3基因型样本重复检测10次,结果一致;常见浓度的甘油三酯、总胆固醇、胆红素和完全溶血对测定没有影响。临床三家医院临检实验室对1000例临床样本的检测与双向测序方法比对验证,结果一致。结论为高通量基因诊断产品的产业化提供了一种实用的技术选择。

荧光定量法测定DNA熔解温度

DNA熔解温度（Tm）指DNA双链变性过程中一半双链解离为单链的温度[1],是DNA片段的一个重要特性。准确测定DNA片段Tm值,是分子生物学实验方法（如PCR检测技术、核酸杂交检测技术等）建立的基础,在疾病的分子诊断领域具有重要现实意义。影响DNA片段Tm值的因素有很多,如DNA片段的长度、

新型全自动显色生物芯片杂交仪的设计与实现

针对目前市场上生物芯片杂交设备存在的通量低,不进液,反应温度控制不精准等问题,该文设计完成了一款高通量(一次反应24片)全自动显色生物芯片杂交反应设备。该设备使用注射泵完成试剂自动加取;通过自适应密封反应舱有效地解决了试剂泄漏;通过对温控软件的改进,提高了控温的精度和稳定性。该文介绍了新型设备的硬件系统和软件系统。经温度控制与液体输送性能试验表明,该设备实现了设计目标。

基于电荷耦合元件的新型显色生物芯片识读仪的研究

针对目前市场上显色生物芯片检测设备存在的信号采集时间长、通量低、信噪比差、智能程度较低等问题,开发了一种高通量(1次检测8片)快速检测设备。该设备由硬件系统和软件系统两部分构成,采用基于i.MX6嵌入式操作系统,以电荷耦合元件(CCD)成像方式读取生物芯片上微阵列检测图像,通过芯片条码由软件自动完成微阵列图像处理以及数据分析和结果输出。本系统对标准灰度片以及标准格式芯片测量显示,光学测量误差小于0.1%,检测信号线性R2为98.7%,重复性CV值为1.096 1%。对200例临床检测芯片的对比研究结果显示,检测性能优于同类型已上市识读仪。